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Jurkat细胞TCR基因重排对BV CDR3的影响 被引量:7
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作者 邹红云 马骊 +3 位作者 姚新生 温茜 罗微 王小宁 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期939-943,共5页
目的探讨Jurkat细胞TCRBD2-BJ2基因重排对TCRβ链可变区互补决定区3(BVCDR3)可能产生的影响,为深入研究TCR基因重排奠定实验基础。方法RT-PCR扩增TCRBV26个亚家族CDR3区,结合TCR基因扫描(GeneScan)和基因测序技术,监测Jurkat细胞在增殖... 目的探讨Jurkat细胞TCRBD2-BJ2基因重排对TCRβ链可变区互补决定区3(BVCDR3)可能产生的影响,为深入研究TCR基因重排奠定实验基础。方法RT-PCR扩增TCRBV26个亚家族CDR3区,结合TCR基因扫描(GeneScan)和基因测序技术,监测Jurkat细胞在增殖传代过程中以及在T细胞激活剂和超抗原SEA等刺激诱导后TCRBVCDR3谱系漂移及长度和序列变化。结果表达TCRBV8家族的单克隆细胞株Jurkat,在增殖传代过程中,以及经刺激诱导48或72h后,未监测到有TCRBV8以外的新的BV亚家族出现,BV8CDR3长度和一级核苷酸序列也未发生变化。结论Jurkat细胞发生的TCR基因重排可能不引起TCRBVCDR3改变,因而对TCRBVCDR3区抗原识别特异性(即抗原特异性漂移)并未产生影响,但并不排除TCR发生改变的可能性。 展开更多
关键词 JURKAT细胞 基因重排 基因扫描 TCR BV cdr3
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乳腺癌淋巴结微转移患者克隆性T细胞TCRα链CDR3谱型分析 被引量:1
2
作者 张建波 吕晓东 +4 位作者 宋魏 于庆凯 刘明阁 胡骏 房百俊 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1109-1113,共5页
目的分析乳腺癌微转移淋巴结T细胞克隆性增生及TCRα链谱型偏移情况,了解抗肿瘤T细胞克隆的分子特征。方法利用RT-PCR扩增10例乳腺癌微转移淋巴结T细胞32个TCR可变区(AV)亚家族的基因,基因扫描检测T细胞克隆性及TCR AV亚家族取用情况,... 目的分析乳腺癌微转移淋巴结T细胞克隆性增生及TCRα链谱型偏移情况,了解抗肿瘤T细胞克隆的分子特征。方法利用RT-PCR扩增10例乳腺癌微转移淋巴结T细胞32个TCR可变区(AV)亚家族的基因,基因扫描检测T细胞克隆性及TCR AV亚家族取用情况,对单克隆家族行PCR扩增TCRα链全长序列,构建重组质粒后测序,分析互补决定区(CDR3)序列。结果乳腺癌淋巴结微转移患者T细胞呈单、寡克隆、寡克隆趋势和多克隆增生,不同患者表达1~4个TCR AV亚家族。克隆性T细胞的CDR3氨基酸序列不同,但是病例4和病例8含有相同的CDR3氨基酸基序:AM和DDKII。结论乳腺癌TCR AV基因表达具有多样性特点,TCR AV家族的取用可能与乳腺癌肿瘤抗原的多样性和不同个体的免疫应答反应有关。相同CDR3氨基酸基序的发现可能对乳腺癌的T细胞介导免疫治疗提供帮助。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 T细胞受体 互补决定区(cdr) 基因扫描
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人B细胞淋巴瘤细胞系Namalwa CDR3基因片段的克隆及其DNA疫苗制备
3
作者 仲凯励 张伟京 +1 位作者 张云生 毛宁 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期757-760,764,共5页
目的 :为探讨B细胞淋巴瘤细胞膜表面免疫球蛋白可变区的互补决定区 3能否在动物体内激发特异性抗独特型抗体 ,以人B细胞淋巴瘤细胞系Namalwa为模型 ,克隆其膜表面免疫球蛋白重链可变区互补决定区 3(CDR3)基因片段作为抗原基因 ,构建DNA... 目的 :为探讨B细胞淋巴瘤细胞膜表面免疫球蛋白可变区的互补决定区 3能否在动物体内激发特异性抗独特型抗体 ,以人B细胞淋巴瘤细胞系Namalwa为模型 ,克隆其膜表面免疫球蛋白重链可变区互补决定区 3(CDR3)基因片段作为抗原基因 ,构建DNA疫苗质粒。方法 :以RT PCR的方法获得互补决定区 3(CDR3)基因片段 ,进而克隆了小鼠单核细胞趋化因子 (MCP 3)基因作为佐剂分子 ,以重组PCR的方法获得CDR3和MCP 3基因的融合基因片段 ,克隆在真核表达载体pcDNA3 1中构建DNA疫苗质粒 ,然后通过脂质体转染的方法验证该质粒在真核细胞中的表达情况。结果 :应用分子生物学的方法获得了以Namalwa细胞mIgCDR3作为抗原基因的DNA疫苗质粒。结论 :人B细胞淋巴瘤细胞系NamalwaCDR3基因的DNA疫苗构建正确 ,体外瞬时转染实验证明该质粒能够在真核细胞中正确表达。 展开更多
关键词 DNA疫苗 独特位 互补决定区3(cdr3)
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慢性乙型肝炎患者CD_8^+ T细胞TCR-Vβ基因CDR3区克隆化特征的研究
4
作者 宋秀燕 《中国民康医学》 2015年第24期68-70,共3页
目的:检测慢性乙型肝炎(CHB)患者外周血T细胞TCR-Vβ基因CDR3的克隆化特征。方法:选择20例慢性乙型肝炎患者设为观察组;选择20例健康体检者设为对照组,采用多引物巢式PCR法两步扩增22个TCR-Vβ基因亚家族,高分辨率琼脂糖凝胶电泳法定性... 目的:检测慢性乙型肝炎(CHB)患者外周血T细胞TCR-Vβ基因CDR3的克隆化特征。方法:选择20例慢性乙型肝炎患者设为观察组;选择20例健康体检者设为对照组,采用多引物巢式PCR法两步扩增22个TCR-Vβ基因亚家族,高分辨率琼脂糖凝胶电泳法定性检测两组研究对象的PCR产物的克隆化特征。结果:CHB患者CD_8^+T细胞TCR-Vβ1、Vβ3、Vβ9、Vβ14出现优势增生。结论:CHB患者外周血CD_8^+T细胞Vβ1、Vβ3、Vβ9、Vβ14存在克隆性增生。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 T细胞受体 克隆 VΒ基因 cdr3
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基因扫描分析人T细胞受体CDR3谱型检测T细胞克隆技术的建立 被引量:1
5
作者 周健 胡亮杉 +5 位作者 郭坤元 黄迎 郭爱林 吴远彬 王杨 涂三芳 《山东医药》 CAS 北大核心 2007年第32期7-9,共3页
目的建立人T细胞受体(TCR)互补决定区3(CDR3)基因谱型的基因扫描分析术,为分析T细胞克隆提供研究方法。方法分别以Jurkat和Raji细胞作为阳性和阴性对照,应用RT-PCR方法扩增5例健康志愿者外周血T细胞的34个TCR Vα亚家族和26个TCR Vβ亚... 目的建立人T细胞受体(TCR)互补决定区3(CDR3)基因谱型的基因扫描分析术,为分析T细胞克隆提供研究方法。方法分别以Jurkat和Raji细胞作为阳性和阴性对照,应用RT-PCR方法扩增5例健康志愿者外周血T细胞的34个TCR Vα亚家族和26个TCR Vβ亚家族的CDR3,并用基因扫描分析扩增产物以确定T细胞的克隆性。结果T细胞株Jurkat细胞仅表达TCR Vα1.1和Vβ8基因,且为单克隆,而B细胞株Raji细胞则不表达所有的TCR Vα和Vβ基因。5例健康人表达所有的TCR Vα和Vβ基因,均为多克隆T细胞。结论基因扫描分析人TCR CDR3基因谱型是检测T细胞克隆性的精确敏感方法。 展开更多
关键词 T细胞受体 互补决定区3 基因扫描 T细胞克隆
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基因扫描分析小鼠T细胞受体CDR3谱型检测T细胞克隆技术的建立
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作者 周健 黄迎 +6 位作者 吴远彬 胡亮杉 涂三芳 王杨 孙明 郭爱林 郭坤元 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第17期2456-2459,2463,共5页
目的建立小鼠T细胞受体(TCR)互补决定区3(CDR3)谱型的基因扫描分析术,为分析T细胞克隆提供研究方法。方法应用RT-PCR方法分别扩增近交系小鼠C57BL/6H-2b,Balb/CH-2d和F1代小鼠(Balb/c×C57BL/6F1H-2d/b,CB6F1)脾脏T细胞的21个TCRV... 目的建立小鼠T细胞受体(TCR)互补决定区3(CDR3)谱型的基因扫描分析术,为分析T细胞克隆提供研究方法。方法应用RT-PCR方法分别扩增近交系小鼠C57BL/6H-2b,Balb/CH-2d和F1代小鼠(Balb/c×C57BL/6F1H-2d/b,CB6F1)脾脏T细胞的21个TCRVα家族和18个TCRVβ家族的CDR3,并用基因扫描分析扩增产物以确定T细胞的克隆性。结果3种小鼠脾脏T细胞均表达所有的TCRVα和VβCDR3基因,基因扫描显示全部TCRCDR3谱型呈高斯(钟型)分布,提示均为多克隆T细胞。各家族CDR3基因表达频率接近,但呈现不同的多态性和长度分布。结论基因扫描分析TCRαβCDR3基因谱型是检测小鼠T细胞克隆性的精确敏感方法。 展开更多
关键词 小鼠 T细胞受体 互补决定区3 基因扫描 T细胞克隆
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不同民族HBV疫苗志愿接种者PBL中CD4+T细胞TCRβ链CDR3谱系的监测及CDR3分子特征初步分析
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作者 王小妹 毕晓英 +3 位作者 马锐 贺晓燕 马龙 姚新生 《遵义医科大学学报》 2021年第1期28-35,共8页
目的初步分析20例HBV(Hepatitis B virus,HBV)疫苗志愿接种者(汉族、布依族、苗族、侗族)接种前、后外周血中淋巴细胞(Peripheral blood lymphocyte,PBL)CD4+T细胞受体(T cell receptor,TCR)β链26个TRBV家族互补决定区3(Complementarit... 目的初步分析20例HBV(Hepatitis B virus,HBV)疫苗志愿接种者(汉族、布依族、苗族、侗族)接种前、后外周血中淋巴细胞(Peripheral blood lymphocyte,PBL)CD4+T细胞受体(T cell receptor,TCR)β链26个TRBV家族互补决定区3(Complementarity determining region3,CDR3)的变化及特征。方法筛选乙肝五项标记物阴性的20例志愿接种者,于0、1、6月进行HBV疫苗接种,PCR扩增并分析志愿接种者接种前、后外周血CD4+T细胞TCRβ链的各家族CDR3谱系漂移的特征。结果20例HBV疫苗志愿接种者在接种后都表现出一个或几个TRBV家族的优势利用,个体乙肝疫苗接种后优势TRBV家族的取用与民族属性表现出具有一定的关联性,而与HLA-DR位点未表现出明显关联性。结论HBV疫苗接种诱导了机体相应的T细胞应答;个体疫苗接种后CD4+T细胞表现出优势利用TRBV家族CDR3的多样性,这种现象可能与TCR CDR3区本身的空间构型和结构、HBV抗原肽的不同抗原表位及HLA型别差异有一定关联性;同时,T细胞对HBV的应答和民族属性表现出一定的关联性。 展开更多
关键词 HBV疫苗 T细胞受体 互补决定区3 荧光定量PCR
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健脾解毒方对脾虚肝癌大鼠TCRVβCDR3基因谱系变化的影响 被引量:7
8
作者 孙保国 张磊 +2 位作者 项婷 陈泽雄 张诗军 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期735-743,共9页
目的观察健脾解毒方对脾虚肝癌大鼠模型的抗癌作用与T细胞受体β链超变区第3互补决定区(the third complementary-determining region of the variable region of T cell receptorβ-chain,TCRVβCDR3)基因谱系的关系。方法将大鼠按随... 目的观察健脾解毒方对脾虚肝癌大鼠模型的抗癌作用与T细胞受体β链超变区第3互补决定区(the third complementary-determining region of the variable region of T cell receptorβ-chain,TCRVβCDR3)基因谱系的关系。方法将大鼠按随机数字法分为空白对照组(正常组,灌胃生理盐水,每日1次),脾虚模型组(脾虚组),肝癌模型组(肝癌组),脾虚肝癌模型组(脾虚肝癌组),健脾解毒方(中药)高、中、低剂量(75.00、37.50、18.75 g/kg灌胃,每日1次)组和胸腺五肽(5 mg/kg,肌肉注射,每周2次)组(西药组),每组8只。采用苦寒泻下法制备脾虚模型,原位移植法制备肝癌模型。基因扫描检测大鼠胸腺、肝、肝癌20个TCRVβCDR3亚家族基因片段谱系。结果中药中、高剂量健脾解毒方可延缓肝癌的体积增长(P<0.05),且其肝指数和胸腺指数与正常组相当(P>0.05)。正常胸腺组织和肝组织TCRVβCDR3亚家族数量(20、19)、基因片段数量(220、113)、谱系准高斯分布比例(100%、42.1%)、片段荧光峰面积(6 539±2 325、1 238±439)在各组中均处于最高水平。中药中、高剂量组胸腺和肝组织TCRVβCDR3表达接近正常组,西药组、脾虚组和肝癌组居中,脾虚肝癌组最差。西药组肝癌组织TCRVβCDR3表达最佳。结论健脾解毒方对肝癌细胞增殖的抑制作用可能与其增强TCRVβCDR3基因谱系表达有关。 展开更多
关键词 健脾解毒方 肝癌 T细胞受体 互补决定区
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乳腺癌患者外周血CD4^+ CD25^+ CD127^(dim/-) Tregs细胞TCRβ链CDR3谱型漂移特征初步探讨
9
作者 明亚芳 杨伟明 +2 位作者 任宇 姚新生 杨雪峰 《中国妇幼保健》 CAS 2015年第34期6134-6138,共5页
目的探讨乳腺癌患者外周血单个核细胞中CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞TCRB链CDR3的基因,氨基酸序列及初步结构。方法采用免疫磁珠细胞分选技术,分选出10例乳腺癌患者及5例正常患者外周血中的CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞,流... 目的探讨乳腺癌患者外周血单个核细胞中CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞TCRB链CDR3的基因,氨基酸序列及初步结构。方法采用免疫磁珠细胞分选技术,分选出10例乳腺癌患者及5例正常患者外周血中的CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞,流式细胞术检测分选纯度;采用毛细吸管电泳法分析TCRB链CDR3优势利用情况,对单克隆增生的家族进行基因测序。结果 5例正常CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞TCR BV CDR3长度和多态性表达频率不一致,大部分呈高斯分布;10例乳腺癌患者CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞TCR BV CDR3家族长度和多态性表达频率不一致,乳腺癌患者外周血CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞TCR BV CDR3区谱型异常率明显大于正常人(χ~2=32.345,P<0.01),TCRBV22、TCRBV15、TCRBV16 3个家族被多例患者限制性取用,出现优势利用,单克隆增生的家族进行基因测序发现,病例1 TCR BV11和病例2 TCR BV4存在共同基序"ETQYF";病例2 TCR BV13.1和病例7 TCR BV15有共同基序"EQFF";病例2 TCR BV13.2和病例5 TCR BV22存在共同基序"TGELFF"。结论乳腺癌患者外周血CD4^+CD25^+CD127^(dim/-)Tregs细胞存在不同程度的克隆增生,部分TRBV家族被多例乳腺癌患者限制性取用并在免疫应答中发挥重要作用。多数TCR BV家族CDR3谱系存在单峰谱型,且部分单峰谱型的T细胞具有不同的CDR3序列,提示多个抗原表位参与了T细胞免疫应答。多数病例单峰谱型不同家族间存在共同基序,推测调节性T细胞可能识别抗原肽的相同部分。 展开更多
关键词 乳腺癌 调节性T细胞 互补决定区3
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艾滋病毒感染者外周血T细胞TCR β链CDR3谱系漂移的监测
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作者 李志峰 宋方洲 +3 位作者 周全华 冯连贵 凌华 张敏 《疾病监测》 CAS 2010年第11期859-864,共6页
目的利用"荧光定量PCR溶解曲线分析技术"监测HIV感染者外周血T细胞受体(TCR)β链CDR3谱系漂移(单/寡/多克隆增生)。方法提取6例HIV感染者、4名正常人外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclearcell-PBMC)中的总核糖核酸(... 目的利用"荧光定量PCR溶解曲线分析技术"监测HIV感染者外周血T细胞受体(TCR)β链CDR3谱系漂移(单/寡/多克隆增生)。方法提取6例HIV感染者、4名正常人外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclearcell-PBMC)中的总核糖核酸(RNA),反转录成互补脱氧核糖核酸(cDNA),设计人26个TRBV基因家族上、下游引物,荧光定量PCR(FQ-PCR)扩增26个TRBV基因各家族CDR3谱系,溶解曲线法分析各家族CDR3谱系的单/寡/多克隆增生。结果正常人外周血T细胞TCRβ链26个家族CDR3表达频率不一致,各家族PCR产物的"溶解曲线谱型图"显示多克隆增生的高斯分布,呈现溶点不同的CDR3多态性,6例HIV感染者的外周血TCRβ链CDR3谱系的26个家族CDR3表达频率不一致,患者各家族PCR产物的"溶解曲线谱型图"上,多数家族为多克隆增生的高斯分布,但每个患者均出现数量不等的单克隆和寡克隆增生家族。结论荧光定量PCR溶解曲线法监测人TCRβ链CDR3谱系漂移的方法稳定简便,可以用来监测正常人和HIV感染者外周血T细胞TCRβ链CDR3谱系漂移。 展开更多
关键词 互补决定区3 荧光定量PCR 溶解曲线
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IBV单链抗体的筛选及其互补决定区序列变异分析 被引量:2
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作者 林源 赵蕾 +4 位作者 王建敏 李本强 张英 王建华 朱建国 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2011年第2期47-53,共7页
【目的】筛选能表达鸡传染性支气管炎病毒(IBV)单链抗体(scFv)的原核阳性克隆,并分析scFv抗原结合位点的氨基酸变化。【方法】采用RT-PCR,从IBV疫苗免疫的鸡脾脏RNA中扩增出抗体编码基因的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)基因。利用重... 【目的】筛选能表达鸡传染性支气管炎病毒(IBV)单链抗体(scFv)的原核阳性克隆,并分析scFv抗原结合位点的氨基酸变化。【方法】采用RT-PCR,从IBV疫苗免疫的鸡脾脏RNA中扩增出抗体编码基因的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)基因。利用重组链延伸反应(SOE-PCR),将linker与VH和VL基因相连构建鸡scFv基因,并将其克隆到原核表达载体pOPE101-XP中,构建重组质粒并转入大肠杆菌表达,间接ELISA筛选原核表达的抗IBVscFv的阳性克隆,对其测序后进行Clustal.W多序列比较,分析scFv骨架区(FR)和互补决定区(CDR)氨基酸序列差异。【结果】筛选到表达IBVscFv的阳性克隆ZL.10和ZL.80;将它们的氨基酸序列与鸡胚系Gemline进行多序列比较,结果显示,ZL.10、ZL.80在CDR中易变异氨基酸占各区氨基酸的比率均在40%以上,其中VH的CDR3达90%,VL的CDR3达60%。此外,ZL.10、ZL.80在VH的CDR3区分别增加5个和7个氨基酸。FR氨基酸变异率较少,且大多均在12%以下,而FR4未发生突变。【结论】通过体外筛选原核表达产物的方法,获得了表达IBVscFv的阳性克隆ZL.10和ZL.80,其VH、VL氨基酸序列中的变异主要发生在各自的CDR,二者VH的CDR3氨基酸序列差异很大,提示这2个scFv阳性克隆针对的是IBV不同的抗原位点。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 单链抗体 筛选 抗原互补决定区 序列分析
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从一例慢性嗜酸性粒细胞白血病发现克隆性增殖T淋巴细胞 被引量:1
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作者 杨永红 李惠芳 朱平 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2003年第4期405-408,共4页
利用TCRβV基因指纹图谱分析 1例慢性嗜酸粒细胞白血病 (CEL)患者的外周血T细胞克隆变化 ,了解与CEL疾病相关的T细胞受体 (TCR) β可变区主要接触抗原的CDR3序列特征。用RT PCR扩增CEL患者的外周血TCRβV 1- 2 4个家族的基因序列 ,在变... 利用TCRβV基因指纹图谱分析 1例慢性嗜酸粒细胞白血病 (CEL)患者的外周血T细胞克隆变化 ,了解与CEL疾病相关的T细胞受体 (TCR) β可变区主要接触抗原的CDR3序列特征。用RT PCR扩增CEL患者的外周血TCRβV 1- 2 4个家族的基因序列 ,在变性测序胶上电泳 ,形成TCRβV基因指纹图谱 ,切割克隆性增生的电泳条带进行测序分析。结果显示 :TCRβV基因指纹图谱在 βV13.2家族中的分子量较小处出现一条明显扩增的条带 ,切割此条带并测序证实为单克隆性T细胞增殖 ,其CDR3的氨基酸序列为 :SFSYEQY ,其中SFSY基序为特异性保守序列 ,其它家族无异常改变。结论 :该CEL患者TCRβV13.2家族中出现了单克隆性增殖的T淋巴细胞群 ,可能是针对CEL恶性肿瘤细胞反应性增生的T细胞克隆。 展开更多
关键词 慢性嗜酸粒细胞白血病 克隆性增殖T淋巴细胞 T细胞受体 互补决定区
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Antibody-Like Phosphorylation Sites in Focus of Statistically Based Bilingual Approach 被引量:2
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作者 Jaroslav Kubrycht Karel Sigler +1 位作者 Pavel Souček Jiří Hudeček 《Computational Molecular Bioscience》 2016年第1期1-22,共22页
In accordance with previous reports, the sequences related to phosporylated protein segments occur in conserved variable domains of immunoglobulins including first of all certain N-terminally located segments. Consequ... In accordance with previous reports, the sequences related to phosporylated protein segments occur in conserved variable domains of immunoglobulins including first of all certain N-terminally located segments. Consequently, we look here for the sequences 1) composing human and mouse proteins different from antigen receptors, 2) identical with or highly similar to nucleotide sequence representatives of conserved variable immunoglobulin segments and 3) identical with or closely related to phosphorylation sites. More precisely, we searched for the corresponding actual pairs of DNA and protein sequence segments using five-step bilingual approach employing among others a) different types of BLAST searches, b) two in-principle-different machine-learning methods predicting phosphorylated sites and c) two large databases recording existing phosphorylation sites. The approach identified seven existing phosphorylation sites and thirty-seven related human and mouse segments achieving limits for several predictions or phylogenic parameters. Mostly serines phosporylated with ataxia-telangiectasia-related kinase (involved in regulation of DNA-double-strand-break repair) were indicated or predicted in this study. Hypermutation motifs, located in effective positions of the selected sequence segments, occurred significantly less frequently in transcribed than non-transcribed DNA strands suggesting thus the incidence of mutation events. In addition, marked differences between the numbers and proportions of human and mouse cancer-related sequence items were found in different steps of selection process. The possible role of hypermutation changes within the selected segments and the observed structural relationships are discussed here with respect to DNA damage, carcinogenesis, cancer vaccination, ageing and evolution. Taken together, our data represent additional and sometimes perhaps complementary information to the existing databases of empirically proven phosphorylation sites or pathogenically important spots. 展开更多
关键词 Ataxia Telangiectasia-Mutated-Protein (i.e. Kinase ATM Whose Pathogenic Mutation Is Responsible for Early Death of People) Complementarity determining region 1 (of Immunoglobulins i.e. cdr1 or Hypervariable region 1) Database (of Functional Structures) Hypermutation (i.e. Mutation of DNA Sequences Mediated by Enzymes) Immunoglobulin (i.e. Ig or Antibody) Phosphorylation (Enzyme Mediated Modification Concerns Here Mostly Protein Sequences)
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Antibody-Like Phosphorylation Sites. Theme for Studies of Cancer, Aging and Evolution
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作者 Jaroslav Kubrycht Karel Sigler 《Computational Molecular Bioscience》 2022年第1期58-83,共26页
Sequence similarities were found between protein and DNA sequences encoding certain part of conserved variable immunoglobulin domains (i.e. conserved IgV) and phosphorylation sites. Hypermutation motifs were then indi... Sequence similarities were found between protein and DNA sequences encoding certain part of conserved variable immunoglobulin domains (i.e. conserved IgV) and phosphorylation sites. Hypermutation motifs were then indicated in the majority of the corresponding non-IgV nucleotide sequences. According to database confirmations or double prediction of phosphorylation sites, 80% of the selected human and mouse IgV-related phosphorylation sites or their highly probable candidates exhibited substrate relationship to ataxia-telangiectasia-mutated kinase known as ATM. In accordance with literature data, inactivation of ATM by mutations can participate in the mechanisms of carcinogenesis, neurodegeneration and possibly also in aging. In agreement with this relationship, some of the selected IgV-/ATM-related segments formed molecules specifically involved in carcinogenesis. The selected IgV-related sequence segments were also similar to certain segments of higher plants containing immunoglobulin-like repeats and related regions. Bioinformatic analysis of some selected plant sequences then indicated the presence of catalytic domains composing serine/threonine/tyrosine receptor/receptor-like kinases, which are considered important structures for evolution of very early and part of later Ig-domain-related immunity. The analyzed conserved domain similarities also suggested certain interesting structural and phylogenic relationships, which need to be further investigated. This review in fact briefly summarizes the findings on the subject from the last twenty years. 展开更多
关键词 Ataxia-Telangiectasia-Mutated Kinase (ATM) CARCINOGENESIS Complementarity determining region 1 (cdr1 Hypervariable region 1) Conserved Domain(s) Deep Evolution EVOLUTION HYPERMUTATION Kinase(s) Phosphorylation Site(s) Plant Immunity Variable Immunoglobulin Domain(s) (IgV)
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慢性乙型肝炎患者外周血T淋巴细胞受体谱型特征及其与干扰素抗病毒近期疗效的关系 被引量:3
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作者 张亚平 杨瑞 张光文 《新乡医学院学报》 CAS 2014年第3期195-198,201,共5页
目的了解慢性乙型肝炎(CHB)患者细胞免疫功能,并探讨与干扰素-α抗病毒治疗早期病毒学应答的关系。方法入选19例接受干扰素-α治疗的CHB患者,治疗前收集外周血5 mL,分离并提取单个核细胞(PBMC)中的总RNA,利用反转录-荧光定量聚合酶链反... 目的了解慢性乙型肝炎(CHB)患者细胞免疫功能,并探讨与干扰素-α抗病毒治疗早期病毒学应答的关系。方法入选19例接受干扰素-α治疗的CHB患者,治疗前收集外周血5 mL,分离并提取单个核细胞(PBMC)中的总RNA,利用反转录-荧光定量聚合酶链反应扩增T细胞受体(TCR)各β链可变区(BV)家族互补决定区3(CDR3)基因,溶解曲线分析各BV家族CDR3谱系的克隆性增生情况,同时观察治疗前及治疗3个月乙肝病毒脱氧核糖核酸(HBV-DNA)、肝功能水平变化。结果 19例CHB患者治疗前外周血TCR BV家族CDR3谱型均发生不同程度的单、寡及偏峰性克隆增生;治疗3个月时谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)水平及HBV-DNA载量较治疗前均显著下降(P<0.01);病毒学应答组较无应答组TRBV CDR3克隆增生异常率、HBV-DNA载量及ALT水平差异均无统计学意义(P>0.05),应答组AST水平显著高于无应答组(P<0.05)。结论 CHB患者外周血T淋巴细胞存在不同程度的克隆性增生,且细胞免疫功能与干扰素-α抗病毒治疗的早期病毒学应答效果间无相关性,采用细胞免疫功能状态来评估干扰素抗病毒近期疗效存在局限性。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 T淋巴细胞受体 互补决定区3 荧光定量聚合酶链反应 干扰素-Α
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T-cell and B-cell repertoire diversity are selectively skewed in children with idiopathic nephrotic syndrome revealed by high-throughput sequencing
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作者 Qing Ye Dong-Jie Wang +1 位作者 Bing Lan Jian-Hua Mao 《World Journal of Pediatrics》 SCIE CAS CSCD 2023年第3期273-282,共10页
Background Clinical studies suggest that the dysfunction of T cells and B cells may play an essential role in the pathogenesis of idiopathic nephrotic syndrome(INS),but laboratory evidence is lacking.Therefore,this st... Background Clinical studies suggest that the dysfunction of T cells and B cells may play an essential role in the pathogenesis of idiopathic nephrotic syndrome(INS),but laboratory evidence is lacking.Therefore,this study explored T-cell receptor(TCR)and B-cell receptor(BCR)profiling in children with idiopathic nephrotic syndrome.Methods High-throughput sequencing technology was used to profile the TCR and BCR repertoires in children with INS.Peripheral blood was collected from ten INS patients,including five vinculin autoantibody-positive patients and five vin-culin autoantibody-negative patients,before and after treatment.TCR and BCR libraries were constructed by 5'-RACE and sequenced by a DNBSEQ-T7 sequencer,and sequence analyses were performed using ReSeqTools,FastP,MiXCR,and VDJtools.Results The TRA(T-cell receptorα),TRG(T-cell receptor y),and IGH(immunoglobulin heavy chain)repertoires of the INS group were occupied by highly abundant clonotypes,whereas small clonotypes occupied the healthy group,especially TRA.A significant increase in the Shannon-Weaver index was observed for the TRA and TRG repertoires after treatment in vinculin autoantibody-negative patients,but a significant increase in the IGH repertoire after treatment was observed in vinculin autoantibody-positive patients.The frequency of some V-J pairs was significantly enriched in steroid-sensitive nephrotic syndrome patients.The usage frequency of the V and J genes was skewed in patients,which seemed not related to immunosuppressive therapy.However,after effective treatment,dynamic changes in the size of the individual clonotype were observed.Conclusion T-cell and B-cell immunity contribute to the pathogenesis of different INSs. 展开更多
关键词 B-cell receptor repertoire complementary determining region 3 Idiopathic nephrotic syndrome T-cell receptor repertoire
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在哺乳动物细胞内基于线性双链DNA"与门"基因线路构建纳米抗体文库
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作者 张凯丽 王怡 +2 位作者 李怡凡 赵雁杰 李帅 《中华生物医学工程杂志》 CAS 2023年第5期488-494,共7页
目的在哺乳动物细胞内基于线性双链DNA"与门"基因线路构建纳米抗体文库。方法应用基于线性双链DNA的"与门"逻辑基因线路构建纳米抗体文库,首先通过PCR扩增将互补决定区(CDR)随机序列引入上、下游线性双链DNA,将其... 目的在哺乳动物细胞内基于线性双链DNA"与门"基因线路构建纳米抗体文库。方法应用基于线性双链DNA的"与门"逻辑基因线路构建纳米抗体文库,首先通过PCR扩增将互补决定区(CDR)随机序列引入上、下游线性双链DNA,将其共转染至HEK293T细胞,转染48 h后,经RNA提取、cDNA合成、PCR扩增、高通量测序和数据处理步骤,鉴定"与门"形成的纳米抗体文库序列,对本策略进行了分析与评价。结果深度测序共测得4 173 356条序列,其中约88.18%的序列为纳米抗体文库序列。文库核酸序列最丰富的序列长度为264 bp,为理论设计长度。后续在264 bp序列中鉴定出22 172种纳米抗体序列,且CDR1~3序列中的核苷酸频率符合NNK模式。结论本研究开发了一种基于线性双链DNA"与门"逻辑基因线路在哺乳动物细胞中构建纳米抗体文库的新方法。 展开更多
关键词 纳米抗体 互补决定区 与门 线性双链DNA
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抗人TNF-α单克隆抗体液质联用肽图分析方法的建立及验证 被引量:4
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作者 桂芳 杨兰兰 +2 位作者 潘勇兵 张雅婷 张银川 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期51-63,共13页
目的:建立液相色谱-质谱联用肽图分析方法用于抗人肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor alpha,TNF-α)单抗的专属性鉴别。方法:TNF-α单抗样品经盐酸胍变性、还原,释放出的游离半胱氨酸残基进行烷化,还原剂中和过量的烷化剂。超滤置... 目的:建立液相色谱-质谱联用肽图分析方法用于抗人肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor alpha,TNF-α)单抗的专属性鉴别。方法:TNF-α单抗样品经盐酸胍变性、还原,释放出的游离半胱氨酸残基进行烷化,还原剂中和过量的烷化剂。超滤置换酶切缓冲液后进行胰酶酶切并终止。色谱条件:采用Waters UPLC BEH 300 C_(18)(2.1 mm×150mm,1.7μm)色谱柱,以0.1%甲酸水溶液(A)-0.1%甲酸乙腈溶液(B)为流动相,梯度洗脱(5-120 min,2%B→45%B),流速为0.2 mL·min^(-1),检测波长为214 nm;质谱条件:采用电喷雾离子源及正离子模式,数据采集范围m/z为100~1990。结果:TNF-α单抗重链及轻链的6个互补决定区(CDR)对应肽段由质谱鉴定出,HC CDR2及HC CDR3在色谱峰图中共流出;利妥昔单抗用于评估本方法的专属性,结果显示本方法专属性强,且不受基质的干扰;选定m/z 1 344(M^(+5))的色谱峰为参考峰,根据CDR的相对保留时间考察该方法的变异程度,5次重复测定CDR相对保留时间的RSD在0.57%~1.19%之间;中间精密度考察测定的相对保留时间的RSD在0.00%~1.08%之间;胰酶酶切比例在20:1~30:1,酶切时间在17~23h范围内变化时,相对保留时间的均较小,符合方法耐用性的要求;样品消化后在8℃储存24h以及-20℃储存5d的稳定性良好。结论:基于CDR相关肽段鉴别的液质联用肽图分析方法可定性鉴定出TNF-α单抗,方法学验证结果显示该方法适用于抗人TNF-α单抗的专属性鉴别,可用于其质量控制及批检验放行。 展开更多
关键词 单克隆抗体 肿瘤坏死因子α(TNF-α) 抗人TNF-α单抗 液质联用 肽图分析 互补决定区(cdr) 鉴别试验 方法学验证
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HIV-1感染者CD4^+T细胞受体基因多样性特点及其与病毒载量的相关性 被引量:1
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作者 高占 任国良 +6 位作者 宋玉国 贾明明 郑扬 赵全壁 邵一鸣 毕胜利 洪坤学 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期385-389,共5页
目的分析HIV-1感染者CD4^+T细胞受体(TCR)基因的多样性特征及其与病毒载量的相关性。方法应用抗CD4单克隆抗体从25份HIV-1感染者和10份HIV-1阴性对照样本外周血单个核细胞(PBMC)中分离CD4^+T细胞,提取细胞总RNA,然后通过逆转录... 目的分析HIV-1感染者CD4^+T细胞受体(TCR)基因的多样性特征及其与病毒载量的相关性。方法应用抗CD4单克隆抗体从25份HIV-1感染者和10份HIV-1阴性对照样本外周血单个核细胞(PBMC)中分离CD4^+T细胞,提取细胞总RNA,然后通过逆转录及巢式多聚酶链反应(nested-PCR)对TCR22个vβ基因家族的互补决定区3(CDR3)进行扩增,利用AB13700测序仪对扩增的PCR产物进行扫描,定量分析HIV-1感染者TCRCDR3区多样性变化特征及其与病毒载量的相关性。结果HIV-1感染者CIM^+T细胞TCRCDR3区平均D(distance)值显著高于正常对照组(P〈0.05),TCR Vβ基因各家族CDR3长度谱型成寡克隆分布,TCRCDR3区的紊乱与病毒载量呈正相关(r=0.494,P〈0.05);HIV-l感染引起TCR多样性的改变不仅表现在不同vβ基因家族上,而且也表现在CDR3长度上,其中感染者VB8、V1322、Vβ23基因家族的变化与正常人差异有统计学意义。结论HIV-1感染能引起CD4^+T细胞TCR基因多样性的减少及高斯(Gaussian)分布的破坏,TCRCDR3区的紊乱与病毒载量呈正相关。 展开更多
关键词 CD4^+T淋巴细胞 HIV-1 T细胞受体 互补决定区3
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