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Association Mapping, QTL Mapping and Positional Cloning in Maize: Applications in Molecular Breeding
1
作者 S. Luck A. Rafalski S. Tingey 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第2期201-202,共2页
Natural variation is at the core of plant breeding. Genetic or linkage mapping is the traditional method for identifying loci/genes responsible for variati on in complex traits. More recently, association mapping or
关键词 玉米 分子育种 基因 克隆技术
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不同对虾种间共用微卫星DNA引物的研究 被引量:20
2
作者 张天时 刘萍 +3 位作者 孟宪红 王伟继 孔杰 王清印 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第11期80-85,共6页
采用已发表的斑节对虾的30对微卫星引物,对部分微卫星引物在中国对虾、凡纳对虾、日本对虾中的通用性进行了研究。通过所建立的降温PCR(Touchdown PCR)方法对3种对虾的DNA进行PCR扩增,筛选出3对引物在3种对虾中均能产生清晰谱带。根据... 采用已发表的斑节对虾的30对微卫星引物,对部分微卫星引物在中国对虾、凡纳对虾、日本对虾中的通用性进行了研究。通过所建立的降温PCR(Touchdown PCR)方法对3种对虾的DNA进行PCR扩增,筛选出3对引物在3种对虾中均能产生清晰谱带。根据上述结果适当调整PCR反应体系中各试剂的量及反应条件,达到了理想的结果。利用这3对引物对3种对虾进行遗传标记分析,结果显示,PCR扩增产物条带清晰,特异性强,每对引物在3种对虾间扩增出的特异性片段大小几乎一致。研究表明,3种对虾基因组间存在一定程度的相似性,引物W15-16、W21-22和W45-46可直接应用于中国对虾、凡纳对虾、日本对虾、斑节对虾分子标记的基因组比较作图,也为图谱克隆法提供了新的思路。 展开更多
关键词 对虾养殖 图谱克隆法 聚合酶链式反应 PCR 分子标记技术
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基因克隆技术 被引量:14
3
作者 周国岭 杨光圣 傅廷栋 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期584-592,共9页
综述了基因克隆常用技术包括图位克隆法、转座子或T DNA标签法、同源序列法、表达序列标签(EST)法和差异表达基因分离方法的原理、应用。
关键词 基因克隆 图位克隆 转座子标签 T-DNA标签 同源序列 EST 差异表达基因
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貂肠炎病毒基因的分子克隆和结构研究 被引量:8
4
作者 赵新泰 吴祥甫 +1 位作者 李载平 殷震 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1991年第3期235-240,共6页
从貂肠炎病毒(Mink enteritis virus,MEV)感染细胞培养物提取病毒的中间复制形双链DNA分子(RF DNA),经绿豆核酸酶(Mung bean nuclease)酶解消除RF DNA两端封闭的发夹结构,将全长基因组克隆于质粒pUC18中。对克隆片段进行了酶切位点分析... 从貂肠炎病毒(Mink enteritis virus,MEV)感染细胞培养物提取病毒的中间复制形双链DNA分子(RF DNA),经绿豆核酸酶(Mung bean nuclease)酶解消除RF DNA两端封闭的发夹结构,将全长基因组克隆于质粒pUC18中。对克隆片段进行了酶切位点分析,并做了限制性内切酶图谱。将测定的核苷酸序列与猫细小病毒(Feline parvovirus,FPV)相应片段的序列进行了比较,同源序列可达99.2%。 展开更多
关键词 貂肠炎病毒 分子克隆 酶切图谱
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图位克隆技术在农作物基因分离中的应用与评价 被引量:5
5
作者 何俊平 阮松林 +1 位作者 祝水金 马华升 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期903-913,共11页
图位克隆(Map-based cloning)作为分离基因的有效方法,已在小基因组作物的基因分离中得到了广泛应用和发展,而在具有大量重复DNA序列的大基因组作物中的应用仍存在挑战。基于图位克隆在基因分离中的重要性,文章就图位克隆技术的基本内... 图位克隆(Map-based cloning)作为分离基因的有效方法,已在小基因组作物的基因分离中得到了广泛应用和发展,而在具有大量重复DNA序列的大基因组作物中的应用仍存在挑战。基于图位克隆在基因分离中的重要性,文章就图位克隆技术的基本内容及发展做简要概述,着重对图位克隆技术在大基因组作物中的应用进行分析和评价,同时对它今后可能的发展方向进行了讨论,以期为大基因组作物基因的分离提供借鉴。 展开更多
关键词 图位克隆 基因分离 大基因组
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基于DNA分子标记的植物功能基因的分离策略 被引量:2
6
作者 宋小民 李宝光 +3 位作者 黄冬华 谢启鑫 倪国平 张春 《江西农业学报》 CAS 2008年第5期17-20,24,共5页
从分离群体的选择、DNA分子标记、基因文库的构建、目标基因的分离、鉴定等方面综述了基于DNA分子标记的植物功能基因的分离方法。
关键词 图位克隆 分子标记 多态性 CDNA文库 基因组文库 文库筛选
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重叠克隆群的研究进展 被引量:3
7
作者 曲雪萍 王斌 《生物工程进展》 CSCD 1999年第3期2-6,共5页
重叠克隆群的研究近年来取得了迅速发展,并被进一步运用到基因组测序、基因精确定位、基因图位克隆以及基因组织结构与功能研究等方面。本文着重讨论了构建重叠克隆群的策略、一般过程,同时也对构建重叠克隆群过程中存在的问题。
关键词 重叠克隆群 基因组 测序 图位克隆
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基因克隆技术的研究进展 被引量:2
8
作者 钟军 李栒 官春云 《生命科学研究》 CAS CSCD 2002年第S2期148-152,共5页
为能快速而准确地克隆目的基因,综述了一些基因克隆常用技术,包括差异表达基因分离技术、转座子标签技术、图位克隆技术、同源序列技术、表达序列标签技术的原理、应用及应用潜力,并对其作了简要的评价.这些技术有利有弊,应根据不同的... 为能快速而准确地克隆目的基因,综述了一些基因克隆常用技术,包括差异表达基因分离技术、转座子标签技术、图位克隆技术、同源序列技术、表达序列标签技术的原理、应用及应用潜力,并对其作了简要的评价.这些技术有利有弊,应根据不同的实验目的和水平来选择相应的技术. 展开更多
关键词 基因 克隆 差异表达基因分离技术 转座子标签技术 图位克隆技术 同源序列技术 表达序列标签技术
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作物数量性状基因图位克隆研究进展 被引量:7
9
作者 丁效华 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2005年第4期464-468,共5页
对数量性状基因(QTL)的鉴定和克隆不仅有利于从分子水平上阐明作物重要农艺性状的形成机理,而且对于有效开展这些性状的分子育种,进一步提高作物增产潜力具有重要意义。近年来作物QTL图位克隆取得了重要突破,一批QTL被成功克隆,而模式... 对数量性状基因(QTL)的鉴定和克隆不仅有利于从分子水平上阐明作物重要农艺性状的形成机理,而且对于有效开展这些性状的分子育种,进一步提高作物增产潜力具有重要意义。近年来作物QTL图位克隆取得了重要突破,一批QTL被成功克隆,而模式植物基因组研究的快速发展则为作物QTL图位克隆技术带来了新的策略和方法。本文就相关研究的主要进展和发展趋势进行了综述。 展开更多
关键词 作物 数量性状基因(QTL) 图位克隆 基因组学
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稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列差异性比较
10
作者 毛雪琴 姜华 +6 位作者 王艳丽 张震 柴荣耀 王教瑜 邱海萍 杜新法 孙国昌 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期425-433,共9页
为了明确稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列的差异,促进合理利用不同拼接版本基因组序列,比较了不同版本稻瘟病菌基因组数据库微卫星序列的分布情况,功能基因的位置及长度差异,SSR引物的位置差异等。结果表明,不同基因组数据库在序列长度... 为了明确稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列的差异,促进合理利用不同拼接版本基因组序列,比较了不同版本稻瘟病菌基因组数据库微卫星序列的分布情况,功能基因的位置及长度差异,SSR引物的位置差异等。结果表明,不同基因组数据库在序列长度上差异明显,功能基因的位置、SSR引物位置和SSR核苷酸重复类型数量也差异明显。无毒基因Avr-Pizt连锁标记比较分析表明Avr-Pizt基因定位在不同数据库中差别明显。不同稻瘟病菌数据库中,第7染色体的序列与其上的BAC序列之间差异显著,虽然这不影响功能基因的分析,但影响无毒基因图位克隆的定位区间的判断。因此,稻瘟病菌研究者应根据实际情况选择相应的数据库。 展开更多
关键词 稻瘟病 稻瘟病菌 基因组 图位克隆 无毒基因
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用于拟南芥染色体着陆的一套InDel标记的设计与应用
11
作者 纪耀勇 韩楷钊 +3 位作者 李丹 吕慧琴 张晨晖 刘天磊 《生命科学研究》 CAS CSCD 2017年第1期1-5,共5页
在拟南芥图位克隆中SSLP(simple sequence length polymorphism)是首选分子标记,当无可用SSLP时才会考虑CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)、d CAPS(designed CAPS)及SNAP(single nucleotide amplified polymorphism)等标... 在拟南芥图位克隆中SSLP(simple sequence length polymorphism)是首选分子标记,当无可用SSLP时才会考虑CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)、d CAPS(designed CAPS)及SNAP(single nucleotide amplified polymorphism)等标记。图位克隆的第1步就是染色体着陆,需逐个检测覆盖全基因组的标记,工作繁琐,更加依赖操作相对简单的SSLP标记。但是,SSLP标记在染色体上分布不均,有些标记缺乏物理位置记录,而且很多标记的PCR反应体系和扩增条件不同,这些瑕疵增加了染色体着陆乃至图位克隆其他步骤的工作量,有碍图位克隆的顺利开展。针对上述不足,以InDel多态性位点为基础设计一组标记,专门用于染色体着陆,以弥补现有SSLP标记的不足。这套标记有确切的物理位置,每个标记所控制的染色体区间小于30 cM,而且这套标记可采用相同的PCR反应体系和反应程序。随即用这套标记成功地实现了6个Ler背景的隐性突变体的染色体着陆,显示这组标记能够满足实验要求,使得拟南芥图位克隆得到简化。 展开更多
关键词 拟南芥 图位克隆 SSLP 染色体着陆 In Del标记 分离群体分组分析(BSA)
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细菌人工染色体基因组文库的构建及应用 被引量:2
12
作者 任斐 《河南科技学院学报》 2010年第1期44-48,共5页
细菌人工染色体(BAC)载体由于稳定复制、嵌合体少、分离纯化简单、转化效率高等优点,在构建基因组文库中得到了广泛的应用.BAC基因组文库构建的一般过程,主要有载体和高分子量DNA的制备、大片段DNA和载体的连接、重组载体转化受体感受... 细菌人工染色体(BAC)载体由于稳定复制、嵌合体少、分离纯化简单、转化效率高等优点,在构建基因组文库中得到了广泛的应用.BAC基因组文库构建的一般过程,主要有载体和高分子量DNA的制备、大片段DNA和载体的连接、重组载体转化受体感受态细胞、阳性克隆的挑取、文库质量的鉴定等.BAC基因组文库在基因克隆、基因组物理图谱的构建、基因组测序、比较基因组学的研究中有着十分广泛的应用.随着BAC载体的发展和更多生物BAC文库的构建,BAC基因组文库将会对基因组学研究产生重要的影响. 展开更多
关键词 BAC载体 基因组文库 图位克隆 物理图谱
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紫花苜蓿β-1,3-葡聚糖酶基因同源克隆与序列变异分析
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作者 高建明 桂枝 卢树昌 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2019年第5期56-62,共7页
β-1,3-葡聚糖酶是植物重要的防卫蛋白之一。采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿品种的集群DNA中分离到3个苜蓿β-1,3-葡聚糖酶基因的部分基因组编码序列,分别对应于蒺藜苜蓿3个不同的β-1,3-葡聚糖酶基因,并命名为β-1,3-葡聚糖酶基因1、β... β-1,3-葡聚糖酶是植物重要的防卫蛋白之一。采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿品种的集群DNA中分离到3个苜蓿β-1,3-葡聚糖酶基因的部分基因组编码序列,分别对应于蒺藜苜蓿3个不同的β-1,3-葡聚糖酶基因,并命名为β-1,3-葡聚糖酶基因1、β-1,3-葡聚糖酶基因2和β-1,3-葡聚糖酶基因3。其中,β-1,3-葡聚糖酶基因2和苜蓿β-1,3-葡聚糖酶基因3及其蒺藜苜蓿对应基因与包括β-1,3-葡聚糖酶基因1在内的其他豆科同类基因遗传距离较大。序列变异分析显示,β-1,3-葡聚糖酶基因2的SNP位点间平均距离为255bp,DNA和氨基酸序列均非常保守,表明其在进化中受到了强烈的选择压力。β-1,3-葡聚糖酶基因1的SNP位点间平均距离虽然较小(31bp),但其全部21个SNP位点均为同义SNP,同时,测序片段仅发现了10个单倍型,远远小于其理论单倍型数目(221)。这表明β-1,3-葡聚糖酶基因1的氨基酸序列高度保守,在功能上非常重要,少量单倍型的存在是为了调节其表达,以使苜蓿适应多种内、外部环境条件。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 Β-1 3-葡聚糖酶 同源克隆 基因组序列分离 单核苷酸多态性
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水稻卷叶突变体基因shallot like1-Fuhui673鉴定、克隆与序列分析 被引量:5
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作者 吴方喜 罗曦 +7 位作者 蒋家焕 连玲 魏毅东 何炜 陈丽萍 蔡秋华 谢华安 张建福 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第23期2369-2377,共9页
叶片是水稻进行光合作用的重要器官,其形态直接影响光合作用的强弱.叶片适度卷曲可以使叶片保持直立,改善群体内部透光状况,提高光能利用率,进而提高水稻产量.本研究通过Co60-γ辐照诱变杂交水稻恢复系福恢673,获得一个卷叶突变体,命名... 叶片是水稻进行光合作用的重要器官,其形态直接影响光合作用的强弱.叶片适度卷曲可以使叶片保持直立,改善群体内部透光状况,提高光能利用率,进而提高水稻产量.本研究通过Co60-γ辐照诱变杂交水稻恢复系福恢673,获得一个卷叶突变体,命名为sll1-fh673(shallot-like1 from Fuhui673).经遗传学分析表明,该突变体sll1-fh673卷叶性状受1对隐性基因控制,结合混合群体(BSA)和隐性群体(RCA)分离分析法,将该基因ssl1-fh673精细定位于水稻第9染色体的inD el标记Ri9-20与Ri9-7之间52 kb的区域内.测序结果表明,sll1-fh673(LOC_Os09g23200)的核苷酸序列在第1个外显子第447 bp处由C替换为A,447 bp后缺失5个碱基,导致编码的氨基酸序列从第148位起发生改变并移码,造成蛋白功能异常.因此,推测sll1-fh673是SLL1的新等位基因,该新等位基因的挖掘丰富了SLL1基因的等位资源,有助于深入研究叶片卷曲的形成机理. 展开更多
关键词 水稻 卷叶 sll1-fh673 图位克隆 序列分析
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A rice mutant displaying a heterochronically elongated internode carries a 100 kb deletion 被引量:1
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作者 Mika Hayashi-Tsugane Masahiko Maekawa +3 位作者 Qian Qian Hirokazu Kobayashi Shigeru Iida Kazuo Tsugane 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2011年第3期123-128,共6页
We have isolated a recessive rice mutant, designated as indeterminate growth (ing), which displays creeping and apparent heterochronic phenotypes in the vegetative period with lanky and winding culms. Rough mapping ... We have isolated a recessive rice mutant, designated as indeterminate growth (ing), which displays creeping and apparent heterochronic phenotypes in the vegetative period with lanky and winding culms. Rough mapping and subsequent molecular characterization revealed that the ing mutant carries a large deletion, which corresponds to a 103 kb region in the Nipponbare genome, containing nine annotated genes on chromosome 3. Of these annotated genes, the SLR1 gene encoding a DELLA protein is the only one that is well characterized in its function, and its null mutation, which is caused by a single base deletion in the middle of the intronless SLR1 gene, confers a slender phenotype that bears close resemblance to the ing mutant phenotype. The primary cause of the ing mutant phenotype is the deletion of the SLR1 gene, and the ing mutant appears to be the first characterized mutant having the entire SLR1 sequence deleted. Our results also suggest that the deleted region of 103 kb does not contain an indispensable gene, whose dysfunction must result in a lethal phenotype. 展开更多
关键词 Heterochronic Elongated intemode Large deletion map-based cloning Rice genome
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紫花苜蓿Ⅲ型几丁质酶基因同源克隆与序列变异分析 被引量:1
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作者 桂枝 高建明 卢树昌 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第15期4958-4964,共7页
型几丁质酶(chitinaseⅢ, ChiⅢ)是植物重要的防卫蛋白之一,可阻止病原菌的侵入和发展,抑制特定病害的发生,在植物抵抗病原菌的过程中具有重要作用。为了分离苜蓿ChiⅢ基因的基因组序列,进而分析其序列变异情况,本研究采用同源克隆法,... 型几丁质酶(chitinaseⅢ, ChiⅢ)是植物重要的防卫蛋白之一,可阻止病原菌的侵入和发展,抑制特定病害的发生,在植物抵抗病原菌的过程中具有重要作用。为了分离苜蓿ChiⅢ基因的基因组序列,进而分析其序列变异情况,本研究采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿(Medicago sativa)品种的集群DNA中分离了9个属于a类的ChiⅢ基因(ChiⅢa)的部分基因组编码序列,分别与蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)的9个ChiⅢa基因相对应,将其命名为chit3-1-1、chit3-1-2、chit3-1-4、chit3-1-5、chit3-1-6、chit3-1-9、chit3-1-10、chit3-1-11和chit3-1-12。序列变异分析显示:chit3-1-1、chit3-1-2、chit3-1-5、chit3-1-9、chit3-1-10、chit3-1-11和chit3-1-12这7个基因的单核苷酸多态性(SNP)位点间的平均距离分别为28 bp、27 bp、648 bp、55 bp、64 bp、130 bp和131 bp,差异较大。表明chit3-1-5序列高度保守,chit3-1-11和chit3-1-12比较保守,chit3-1-9和chit3-1-10变异中等,而chit3-1-1和chit3-1-2的变异较大。从总体看,在苜蓿基因组中ChiⅢa基因的序列较为保守。本试验为进一步对ChiⅢ基因进行关联分析等遗传学研究和cDNA全长克隆等分子生物学研究提供了良好的基础。 展开更多
关键词 紫花苜蓿(Medicago sativa) Ⅲ型几丁质酶 同源克隆 基因组序列分离
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