Contracaecum rudolphii姊妹种特异PCR鉴定方法的建立

参考已测得的C.rudolphii姊妹种(C.rudolphiiA和C.rudolphiiB)及C.septentrionale的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔1、2(ITS-1及ITS-2)核苷酸序列,设计、合成了针对C.rudolphiiA、C.rudolphiiB及C.septentrionale的特异性引物HFA(F)、HFA(R)、HFB(F)、HFS(F),通过PCR条件优化和扩增后,它们均能特异地扩增出目的DNA片段,分别是323、321、108 bp,而其它对照样品均未扩增出特异性片段,敏感性试验可检测到最低浓度分别为1.6、21.80、.27 ng/μL。从而初步建立了鉴定C.rudolphii姊妹种的特异PCR方法。该方法特异性强、敏感度较高、重复性好,不仅可用于C.rudolphii姊妹种的分类鉴定,也可用于它们所导致的寄生虫病的诊断和流行病学调查。

叶尔羌河土著鱼类寄生对盲囊线虫的分子鉴定和群体遗传结构分析

为探明叶尔羌河5种土著鱼寄生对盲囊线虫(Contracaecum sp.)的群体遗传结构,基于其核糖体ITS-1基因进行分子鉴定,并利用线粒体COⅡ基因进行遗传结构分析。结果显示,5个对盲囊线虫群体均为鲁道夫对盲囊线虫B种(Contracaecum rudolphii B),共检测出71个单倍型,5个群体的单倍型多样性为0.714~0.978,核苷酸多样性为0.00540~0.01091。系统发育树和网络图显示,5个群体间未形成与宿主相对应谱系。遗传分化指数为-0.0013~0.1086,AMOVA分析显示,群体间变异和群体内变异分别占4.33%和95.67%,5个群体遗传变异主要来自群体内部。综上,叶尔羌河5种土著鱼体内寄生鲁道夫对盲囊线虫B种群体均属高遗传多样性群体,各群体间分化程度较低,群体间基因交流频繁。

叶尔羌河流域长身高原鳅寄生线虫的感染情况及分布类型

为了探明叶尔羌河流域长身高原鳅(Triplophysa tenuis)体内寄生线虫(Nematodes)的感染情况及分布类型,于2019年5月-2020年7月对叶尔羌河长身高原鳅进行3次采样,通过运用统计学方法对长身高原鳅感染线虫情况和分布类型进行分析。结果显示:在捕获的414尾长身高原鳅中共检出2种线虫,分别为杆咽线虫(Rhabdochona sp.)、鲁道夫对盲囊线虫(Contracaecum rudolphii),其中杆咽线虫为优势虫种;线虫的总感染率为53.38%,平均感染丰度为7.00±0.99,平均感染强度为13.10±0.56;杆咽线虫和鲁道夫对盲囊线虫平均感染丰度均随着长身高原鳅体长增加而增大,在大于14 cm体长组取得最大值;不同体长段宿主中,杆咽线虫感染强度差异性极显著,鲁道夫对盲囊线虫感染强度差异性不显著;两种线虫在宿主种群中的分布类型均为聚集型分布。

用PCR-RFLP技术鉴别鲁道夫对盲囊线虫姊妹种的研究

用保守引物扩增鲁道夫对盲囊线虫Contracaecumrudolphii姊妹种和C .septentrionalerDNA第一内转录间隔区(ITS 1)片段并纯化,根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionalerDNAITS 1序列,选用限制性内切酶MspΙ和NsiI酶切,酶切产物用琼脂糖凝胶电泳分析.结果经MspΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫姊妹种与C .septentrionale表现出不同的条带;经NsiΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionale结果一致,与鲁道夫对盲囊线虫A不同.用MspΙ可以鉴定出C .septentrionale ,用NsiΙ可以鉴定出鲁道夫对盲囊线虫A ,2个限制性内切酶合用可以将鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionale分别鉴定出来.根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionalerDNAITS 1基因序列建立的鲁道夫对盲囊线虫姊妹种PCR RFLP鉴别技术能够对鲁道夫对盲囊线虫姊妹种进行准确。

青海湖裸鲤寄生对盲囊线虫的种群生态研究

对盲囊线虫的三期幼虫寄生在青海湖裸鲤的体腔，以扁平的透明薄囊包被，附于肠壁和肠系膜间，其种群平均密度随宿主体长的增加呈指数形式增加，寄生虫种群在宿主种群中呈聚集分布，且其聚集强度随寄生虫的种群平均密度增加而增加。这种分布形式与其第一中间宿主锯缘真剑水蚤在青海湖中分布的不均匀性和鱼类宿主在生长过程中的食性分化有关。具体机制无法用数学模式描述，感染率的显著增加引起分布的聚集强度降低。

鲁道夫对盲囊线虫C新种的ITS rDNA序列测定及种系发育关系分析

以鲁道夫对盲囊线虫C种为研究对象,对其rDNA的内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增、测序和序列分析,以ClustalⅩ1.81程序对序列进行比对,然后用MEGA4.0程序的MP法和NJ法及PUZ-ZLE4.1程序的ML法构建鲁道夫对盲囊线虫A、B、C种以及北方对盲囊线虫的种系发育关系。结果显示,鲁道夫对盲囊线虫C种的ITS-1,5.8 S,ITS-2序列大小分别为451 bp、127 bp和277 bp,鲁道夫对盲囊线虫3个种与北方对盲囊线虫ITS序列种内差异小,种间差异明显。种系发育关系分析发现,这3种方法(NJ法、MP法和ML法)构建的种系发育树的拓扑结构基本一致,其中C种和A种聚在一起,构成一支,再和B种聚在一起;北方对盲囊线虫单独成一支。研究结果证明鲁道夫对盲囊线虫C种确为一新种。

PCR-SSCP对我国鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

对来自青海湖的鲁道夫对盲囊线虫(Contracaecum rudolphii)核糖体DNA第一、第二内转录间隔区(ITS-1、ITS-2)进行PCR扩增、DNA单链构象多态性(SSCP)分析及序列分析,并与来自欧洲的2个姊妹种鲁道夫对盲囊线虫进行了比较。结果显示,我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫与来自意大利的C.rudolphii B具有一样的SSCP带型及ITS序列,但不同于C.rudolphii A,因此属于C.rudolphii B。本试验证实了ITS片段可作为遗传标记用于鉴别鲁道夫对盲囊线虫的姊妹种,从而为鲁道夫对盲囊线虫的进一步研究奠定了基础。

青海湖裸鲤体腔寄生蠕虫种群动态与宿主食性的关系

对盲囊线虫在青海湖中以锯缘真剑水蚤作为第一中间宿主 ,舌状绦虫和裂头绦虫都以咸水北镖水蚤和锯缘真剑水蚤作为第一中间宿主 ,青海湖裸鲤对咸水北镖水蚤的摄食量随体长增加而增加 ,对锯缘真剑水蚤摄食量随体长增加的变化则不明显。因而提出 :舌状绦虫在不同大小的青海湖裸鲤中的种群数量变化不是由于宿主的摄食习性改变引起的。

裸鲤体腔寄生舌状绦虫和对盲囊线虫的种类确定

裸鲤体腔寄生舌状绦虫和对盲囊线虫的种类确定杨廷宝廖翔华（中山大学生命科学学院，广州５１０２７５）关键词舌状绦虫，对盲囊线虫，种类确定分类号Ｓ８５２．７３１，Ｓ８５２．７３４舌状绦虫Ｌｉｇｕｌａｓｐ．和对盲囊线虫Ｃｏｎｔｒａｃａｅｃｕｍｓｐ．的幼虫均...

PCR-RFLP和特异PCR技术用于鲁道夫对盲囊线虫鉴定的研究

本研究运用新建立的Contracaecum rudolphii姊妹种的PCR-RFLP和特异PCR鉴定方法对来自我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫进行分子鉴定。经PCR-RFLP分析,来自我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫的两个样品的带型与C.rudolphii B的酶切带型一致。经特异PCR扩增,C.rudolphii B的特异引物能从我国鲁道夫对盲囊线虫中扩增出目的片段,与对照C.rudolphii B的代表样品扩增片段大小相同。该两种方法试验结果都说明来自我国青海湖的对盲囊线虫为C.rudolphii B,与PCR-SSCP方法鉴定结果一致。本次研究结果及所建立的分子分类学方法为我国异尖线虫的进一步研究奠定了基础。

叶尔羌河流域鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定及遗传多样性分析

为评估叶尔羌河流域塔里木裂腹鱼体内寄生的鲁道夫对盲囊线虫(Contracaecum rudolphii)群体遗传多样性水平,本研究采用PCR方法测定叶尔羌河、塔什库尔干河、下坂地水库3个地区52条对盲囊线虫的ITS-1和COⅠ基因序列,对其基因序列及遗传结构进行鉴别分析。结果显示,基于ITS-1序列叶尔羌河流域塔里木裂腹鱼体内对盲囊线虫被鉴定为鲁道夫对盲囊线虫B种(C.rudolphii B),利用COⅠ序列共检测出30个单倍型,其中共享单倍型1种。多样性分析显示,3个群体的整体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.931和0.00967。系统进化树和单倍型网络结构表明,3个群体间单倍型随机地聚集在一起,没有形成明显的空间地理格局。群体遗传结构和分子方差分析表明,3个群体间遗传距离较小且呈弱分化水平,鲁道夫对盲囊线虫B种的分化主要来自于群体内部。研究结果表明,叶尔羌河流域3个不同地理群体的鲁道夫对盲囊线虫B种均属高遗传多样性群体,各群体间基因交流频繁,没有形成特定的地理遗传结构,正处于稳定扩增状态,本研究旨在为保护其宿主塔里木裂腹鱼种质资源提供理论依据。

广州动物园鸬鹚鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

目的以核糖体DNA(rDNA)的第一与第二内转录间隔区序列(ITS-1及ITS-2)鉴定从广州动物园鸬鹚体内分离出来的鲁道夫对盲囊线虫种类。方法将鲁道夫对盲囊线虫样品GZ1、GZ2、GZ3和GZ4的ITS-1、5.8S、ITS-2进行PCR扩增及序列分析,并与GenBankTM公布的Contracaecum rudolphii A、B种相应序列进行比较。结果来自鸬鹚体内的4条鲁道夫对盲囊线虫具有相同长度的ITS序列,其ITS-1、5.8S、ITS-2分别为451、157和268bp,与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫B种(C.rudolphii B)序列几乎完全一致,但在第108位缺失T。结论来自广州动物园鸬鹚体内的对盲囊线虫是C.rudolphii B。

叶尔羌河塔里木裂腹鱼肠道寄生线虫的种类鉴定与系统发育分析

2019年5月至2020年7月期间,运用形态学和分子生物学方法对叶尔羌河流域(塔县河段)塔里木裂腹鱼肠道内寄生的2种线虫进行种类鉴定及系统发育分析。结果显示,采集到的线虫据其形态数据可初步鉴定为杆咽属和对盲囊属,用PCR扩增的受检样本JG1、JG2的COⅠmtDNA序列与GenBank中已知的Rhabdochona salgadoi的同源性最高,为89.9%;用PCR扩增的受检样本JD1、JD2的ITS1 rDNA序列与鲁道夫对盲囊线虫B的同源性最高,为99.27%;鉴定结果表明,塔里木裂腹鱼上寄生的2种线虫为杆咽线虫未定种和鲁道夫对盲囊线虫;利用最大似然法和贝叶斯法分别构建了2种线虫的分子系统发育关系,并进行分析,其中杆咽属线虫的不同种类均能形成一个单系,COⅠmtDNA序列能很好地作为分子标记对其进行分析,但由于目前公布的杆咽属线虫分子数据较少,尚需要很多数据有待补充;待测对盲囊属线虫(Contracaecum(s.l))与来自波兰、中国、意大利等地区的鲁道夫对盲囊线虫聚为一支,系统发育结果很好地佐证了该线虫为鲁道夫对盲囊线虫。这些实验结果也为杆咽属线虫和对盲囊属线虫的系统发育进化研究补充了相关资料。