荧光定量核酸扩增检测技术与环介导等温扩增技术在呼吸道感染病原体检测中的对比研究

目的对比荧光定量核酸扩增检测技术与环介导等温扩增技术在呼吸道感染病原体检测中的应用价值。方法随机在2020年1月~2023年1月天津市河东区疾病预防控制中心接收的呼吸道感染的患者中选取120例作为研究对象,分别采用荧光定量核酸扩增(PCR)检测技术与环介导等温扩增技术(LAMP)检测呼吸道病原体,并对检测结果进行比较分析。结果120例患者中使用LAMP检出细菌感染85例(阳性率为70.83%)。荧光定量PCR检出细菌感染72例(阳性率60.00%),差异无统计学意义(P>0.05);其中LAMP法对耐甲氧西林葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌的检出率高于荧光定量PCR法,差异有统计学意义(P<0.05);采用荧光定量PCR与LAMP法对呼吸道感染10种病原体进行检测,结果表明,除LAMP法对耐甲氧西林葡萄球菌、流感嗜血杆菌的检测一致性极好,荧光定量PCR对耐甲氧西林葡萄球菌的检测一致性极好(Kappa≥0.75),其余病原体采用荧光定量PCR与LAMP法检测一致性均中等(0.4≤Kappa<0.75)。结论荧光定量PCR与LAMP两种检测方法对呼吸道感染病原体检出率均较高,其中LAMP法对耐甲氧西林葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌的检出率高于荧光定量PCR法。

社区获得性肺炎患儿肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测情况及特点分析

目的:探讨社区获得性肺炎(CAP)患儿肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测病原体分布情况,并进一步分析病原体分布特点。方法:选取240例行纤维支气管镜肺泡灌洗的CAP患儿作为研究对象,所有患儿均进行痰细菌培养、肺泡灌洗液细菌培养及肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测。比较上述三种检测方法结果的阳性率,并按照年龄将患儿分为<2岁、2~5岁、>5岁年龄组,分析肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测病原体在各组的分布特征。结果:240例患儿中,痰细菌培养结果阳性44例,阳性率18.34%;肺泡灌洗液细菌培养结果阳性者19例,阳性率7.93%;肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测结果阳性140例,阳性率58.33%。肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测的阳性率高于肺泡灌洗液细菌培养及痰细菌培养(P<0.05)。<2岁、2~5岁,>5岁年龄组患儿的病原体感染率分别为44.00%、61.27%及64.58%。140例肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测阳性患儿共检测病原体162株,排名前三的是肺炎链球菌、肺炎支原体及流感嗜血杆菌;其中,肺炎链球菌、肺炎支原体及流感嗜血杆菌占比均以2~5岁年龄组感染率最高。结论:肺泡灌洗液呼吸道病原体核酸十三项检测对CAP患儿诊疗具有重要价值,尤其是可准确检测肺部常见细菌、肺炎支原体感染情况。

河源市源城区2468例儿童呼吸道感染病原体核酸检测结果分析

目的 分析不同年龄、不同季节河源市源城区呼吸道感染的病原学情况,指导临床用药。方法 回顾性研究2020年3月—2022年2月2 468例呼吸道感染的住院患儿,取咽部分泌物送广州达安临床检验中心进行呼吸道核酸六项检测并分析结果。包括:肺炎链球菌(Sp)、呼吸道合胞病毒(RSV)、卡他莫拉菌(MC)、流感嗜血杆菌(Hi)、肺炎支原体(LP)、腺病毒(ADV)。结果 (1)2 468例患儿的标本中阳性率52.8%,其中RSV最高,其他依次为Sp、Hi、MC、MP、ADV。而混合感染仅次于RSV。(2)婴儿组和幼儿组以RSV感染为主,在学龄前组和学龄组儿童中,以Sp感染为主,各病原体的混合感染组合很多,一种细菌合并一种病毒多见。(3)秋冬季是河源市源城区呼吸道感染的高发季节,RSV是秋冬季呼吸道感染最主要的病原体。结论 秋冬季节为河源市源城区呼吸道感染的高发季节,RSV为该季节的主要病原体。RSV也是婴幼儿组感染的主要致病菌,随着年龄增大,细菌感染导致的呼吸道疾病逐渐占优势。混合感染在各年龄组中均占比较高,值得临床诊疗的重视。

呼吸道病原菌核酸检测在重症监护病房肺部感染患者中的临床应用分析

目的探讨重症监护病房肺部感染患者中呼吸道病原菌核酸检测价值。方法抽取2018年8月1日至2018年11月30日我院重症监护病房住院的肺部感染患者共计149例,入住重症监护病房后立即留取痰标本同时送检痰培养和呼吸道病原菌核酸检测。结果痰培养阳性率(82/149,55.0%),呼吸道病原菌核酸检测阳性率(99/149,66.4%)。结论针对重症监护病房肺部感染的患者,进行呼吸道病原菌核酸检测,可为临床肺部感染诊断提供准确参考依据。

微流控LAMP技术在呼吸道病原体检测中的临床应用进展

环介导等温扩增(LAMP)技术的恒温、快速、高效等扩增特点,使它在致病微生物的快速检测方面具有较高的临床应用价值。微流控的应用使得分析过程更加简约化、易操作和微型化。LAMP技术改变了传统核酸扩增方式,它与微流控技术的结合进一步增加其实用性。该文就其在呼吸道病原体细菌、病毒和真菌快速检测中的应用及其优缺点和核酸提取新技术作简述;分析表明微流控LAMP技术在呼吸道感染快速检测方面,具有较大的应用前景。

快速病原体检测技术在甲型流感病毒检测中的应用

目的探究甲型流感病毒(FluA)抗原检测法、核酸检测法和快速病原体检测技术的临床应用价值。方法收集2016年10月—2019年1月西京医院临床疑似FluA感染患者鼻咽拭子样本,分别采用FluA核酸检测法、抗原检测法进行检测,比较2种检测方法的结果,评价快速呼吸道病原体检测技术的临床应用价值。结果FluA抗原检测法的阳性检出率为9.56%,FluA核酸检测法的阳性检出率为27.29%。每年12月—次年2月为FluA感染暴发季,其抗原筛查阳性率为10.95%,核酸检测阳性率为27.71%;<5岁的婴幼儿、约20岁的青少年以及>90岁的老年人为易感人群;男性与女性比较,FluA核酸检测结果差异无统计学意义(P<0.05)。快速呼吸道病原体检测检出阳性170例,阳性结果207个,其中部分患者为多种呼吸道病原体混合感染。结论抗原和核酸检测均能较好地初步筛查FluA感染,快速病原体检测技术可快速检出多种常见呼吸道感染相关病原体,对临床呼吸道感染患者的诊断和治疗有重要意义。

晶芯呼吸道病原菌核酸检测在临床中的应用价值探究

目的探讨晶芯呼吸道病原菌核酸检测在临床中的应用价值。方法选取2019年4月至2020年1月本院收治的84例疑似下呼吸道感染患者,采集患者痰液,进行常规痰培养检测与晶芯呼吸道病原菌核酸检测,比较两种检测方式的样本检出阳性率,并分析两种检测方式对8种传统可培养细菌的检出一致性。结果两种检测方式阳性率比较差异无统计学意义;以痰培养鉴定为金标准,晶芯呼吸道病原菌核酸检测的灵敏度为96.01%(65/67),特异性为76.47%(13/17);8种传统可培养细菌在84例样本检测中有64例(76.19%),两种检测方法结果一致。结论晶芯呼吸道病原菌核酸检测方法,较常规痰培养检测法,操作简单,可快速一次性检出全部下呼吸道病源菌,且具有较高的特异性、敏感度与检出率,值得临床推广运用。

三项呼吸道病原体核酸检测双扩增法在患儿呼吸道疾病诊断的临床价值

目的:探讨呼吸道合胞病毒(RSV)、副流感病毒(PIV)和腺病毒(ADV)病原体核酸检测双扩增法在患儿呼吸道疾病临床诊断及治疗中的价值.方法:选取2000例呼吸道疾病患儿,做咽拭子RSV、 PIV、 ADV核酸双扩增法检测和血清抗体IgM检测,比较两种检测方法的检测结果;统计研究对象不同呼吸道疾病、不同年龄组别核酸双扩增法检测结果,分析核酸双扩增法在患儿呼吸道疾病临床诊断和治疗中的指导价值.结果: 2000例同时用核酸双扩增法检测和抗体检测的患儿,核酸双扩增法RSV、 PIV、 ADV三项检出率都明显高于抗体法(χ2=133.16, P<0.01;χ2=49.28, P<0.01;χ2=42.92, P<0.01);核酸双扩增法检测病原体在不同呼吸道疾病感染中,以单一病毒感染为主(98.25%) ,也有双重感染(1.75%),总阳性率RSV (10.50%)最高,其次是PIV (8.00%);核酸双扩增法在检测不同年龄组别中, RSV有明显年龄特征,随着年龄的增大,患病率变低;PIV以学龄儿童感染为主;ADV以幼儿、学龄前儿童感染居多.结论:三项呼吸道病原体核酸检测双扩增法在患儿呼吸道病原体疾病检出率高,准确性好,为疾病的早期诊断、选择合适的治疗方案提供了有力的依据.

下呼吸道六项病原菌多重核酸检测与传统细菌培养方法的比较

目的通过对多重核酸检测与传统细菌培养方法的比较,探讨多重核酸检测技术在下呼吸道病原菌感染早期诊断中的价值和应用。方法收集2022年7月12日—2023年7月26日所有行下呼吸道六项病原体核酸检测样本,同期行传统细菌培养,分析比较两种方法病原体检出率的差异。结果痰标本中对于荚膜型流感嗜血杆菌和肺炎链球菌的检出率,多重核酸检测方法高于传统培养方法(12.39%vs.4.42%,P=0.012;27.43%vs.0.00%),对于铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌和肺炎克雷伯杆菌两种方法的检出率差异均无统计学意义(P>0.05),具有一般到中等的一致性(kappa=0.328&0.387&0.490,均P<0.001);在支气管肺泡灌洗液标本中对于肺炎克雷伯杆菌和肺炎链球菌的检出率,多重核酸检测方法高于传统培养方法(29.87%vs.14.29%,P<0.001,14.29%vs.0.00%),对于金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌两种方法检出率差异均无统计学意义(P>0.05),二者具有一般到中等的一致性(kappa=0.252&0.490,均P<0.05)。多重核酸检测实验室内平均周转时间短于传统培养方法(χ^(2)=7905.733,P<0.001)。结论多重核酸检测方法在部分下呼吸道病原菌的检出中更具优势,部分细菌的检出与传统培养方法具有一定的一致性,此外具有更短的实验室内周转时间,可以快速准确地为临床提供诊疗信息,两种方法之间具有一定的互补性,二者结合可有效地避免漏诊和误诊。

2018年-2020年甘肃省天水市发热呼吸道症候群病原体的研究分析

目的了解2018年—2020年甘肃省天水地区发热呼吸道疾病患者病原体构成,分析其流行特征。方法首先进行细菌培养,然后用多重实时荧光PCR方法进行病原体核酸检测。结果通过对407份发热呼吸道疾病患者样本检测,共检出22种病原体,阳性267例,总阳性率为65.6%(267/407),前9种病原体阳性232例,阳性率为57.0%(232/407)。阳性率较高的前4位依次为肺炎链球菌PRSP(53.2%)、流感嗜血杆菌HiB(25.8%)、流感病毒Flu(13.5%)、呼吸道合胞病毒RSV(11.2%)。前9种病原体感染情况:每年10月—次年3月的检出率较高,12月检出阳性病例数最高,存在明显的季节性变化。男性感染占63.8%,女性感染占36.2%;≤3岁组检出率最高。混合感染者有117例,占50.4%(117/232),以PRSP和HiB的混合感染最为常见。结论2018年—2020年甘肃省天水地区最主要的病原体构成为PRSP、HiB、Flu、RSV 4种,其他病原体也占有较大的比例。

基于不同型别腺病毒标准品的呼吸道病原体核酸试剂最低检测限性能评价

目的利用不同型别呼吸道腺病毒核酸标准品对呼吸道病原体核酸检测试剂进行最低检测限性能评价。方法选择已研制的1、2、3、4、5、7、55型呼吸道腺病毒核酸标准品,参照美国临床实验室标准化协会(CLSI)的EP17-A2文件,采用Probit回归方法对28种不同方法学原理的呼吸道病原体核酸检测试剂的最低检测限(Lod)进行评估,比较各试剂盒声称Lod和评估Lod之间以及对不同腺病毒型别检测Lod之间的差异。结果28种试剂盒中能够准确评估Lod的比例为50%(12/24)。12种试剂盒的评估Lod与声称Lod一致性较好;12种试剂盒一致性较差,其中4种试剂盒差异较小(measured Lod<5×claimed Lod),8种试剂盒差异较大(measured Lod>5×claimed Lod),最大者可达24000倍。不同试剂间评估的Lod浓度差异可达106数量级以上(最低和最高分别为20拷贝/ml和4.8×10^(7)拷贝/ml);同种试剂对不同型别腺病毒的检测Lod均不相同,其浓度差异最高可达104数量级(最低和最高分别为5.0×10^(3)拷贝/ml和4.8×10^(7)拷贝/ml)。结论部分呼吸道病原体核酸检测试剂检测腺病毒的最低检测限性能评估缺乏准确性,使用检测范围内的多种病原体型别或亚型进行性能评估尤为必要。

22种呼吸道病原体核酸多重联检试剂盒检测效能评估

目的通过对1种新型呼吸道病原体核酸多重联检试剂盒检测效能评价,为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)、流行性感冒(流感)病毒等叠加流行的大规模检测提供适宜技术方法。方法收集北京地区急性呼吸道感染病例阳性标本252份,采用4种核酸检测试剂盒(3种核酸多重检测试剂盒A、B、C及1种SARS-CoV-2检测试剂盒D)分别进行荧光聚合酶链式反应(PCR)检测,评价其与临床标本检测结果的一致性。选取3份呼吸道病原体标本核酸,使用无核糖核酸(RNA)酶水10倍梯度稀释,并选取1份SARS-CoV-2阳性标本核酸稀释为10^(−1)~10^(−6),评价A试剂盒的检出能力及批内重复性。结果A、B、C试剂盒对甲型流感病毒、鼻病毒、腺病毒、肠道病毒、人偏肺病毒、副流感病毒3型、副流感病毒4型、冠状病毒NL63的检出率均为100%,Kappa值均为1,结果完全一致。对乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒1型、副流感病毒2型、冠状病毒OC43、冠状病毒229E、冠状病毒HKU1及肺炎支原体的Kappa值范围为0.91~1。3种核酸联检试剂盒对呼吸道病原体的最低检出限相当。A与D试剂盒对SARS-CoV-2的阴阳性符合率均为100%,批内重复性显示在稀释度10^(−1)~10^(−3)范围内,2种试剂各重复检测5次变异系数(CV)值均<5%。在稀释度10^(−4)~10^(−5)范围内,A试剂对ORF1ab基因检出率为40%,N基因检出率为80%,D试剂对ORF1ab基因检出率为30%,N基因检出率为20%。结论A试剂盒与其他3种试剂盒对病毒载量较高的阳性标本检测的准确度无明显差异,检测性能相似;本研究为大规模核酸检测提供了检测试剂盒的多种选择。

多重核酸检测在儿童下呼吸道感染病原学诊断中的应用分析

目的对临床诊断为下呼吸道感染(支气管肺炎、大叶性肺炎、支气管炎、毛细支气管炎)的住院患儿采集深部痰液进行细菌培养及咽拭子进行多重RT-PCR和毛细电泳联用技术,检测呼吸道常见病原(呼吸道合胞病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、偏肺病毒、冠状病毒和腺病毒、博卡病毒、肺炎支原体、衣原体),分析多重PCR检测技术在儿童下呼吸道感染病原学诊断的临床应用价值。方法收集2018年12月至2019年2月在成都儿童专科医院住院的155例下呼吸道感染患儿的鼻咽分泌物及深部痰液标本,年龄在1月~14岁,病程在1~60天。结果本组患者男93例(60%),女62例(40%),平均发病时间为7.2天,≤7天94例,>7天61例,<1岁组39例(25.2%),1~3岁组42例(27.1%),3~5岁组41例(26.5%),>5岁33例(21.3%),平均年龄3.1岁。多重核酸检测结果发现,155例患儿的鼻咽分泌物标本中至少有一种病原检测阳性的共计143份标本(占92.3%),其中有40份标本(占27.97%)检测到两种或两种以上病原。排名前三位的病原依次为、呼吸道合胞病毒、甲型流感病毒和偏肺病毒。按照不同年龄组病原阳性率分析,除呼吸道合胞病毒外(χ^2=29.241,P<0.001),其余病毒组间差异无统计学意义。通过多重PCR检查阳性标本中混合细菌感染者占57例共计59株(36.77%),各年龄组混合感染差异无统计学意义,其中卡他布兰汉菌28株(47.46%),流感嗜血杆菌18株(30.51%),肺炎链球菌9株(15.25%),金黄色葡萄球菌3株(5.08%),大肠埃希菌1株(1.70%);根据发病时间分为≤7天和>7天组,核酸检测阳性结果≤7天组91例(58.71%),与>7天组阳性例数52例(33.54%)(χ^2=5.4,P=0.02<0.05)差异具有统计学意义。结论呼吸道合胞病毒是本院冬春季3岁以下儿童下呼吸道感染主要病原,偏肺病毒、流感病毒是5岁以下儿童该时期下呼吸道感染的主要病原,支原体感染仍多见于5岁以上儿童;和痰培养比较,进行多重PCR病原检测有助于全面了解儿童下呼吸道感染的病原,发病早期(≤7天)检测阳性率更高。

一种新的核酸自动化提取方法在病原体检测中应用的评价

目的评价一种新的核酸自动化提取方法在病原体检测中的应用。方法分别用试剂盒(QIAamp Viral RNA Mini Kit)和核酸自动提取仪Genolution NX-48平行提取同一批104份临床咽拭子样本,利用商业化的RespiFinder SMART22多重荧光PCR检测试剂盒和甲型流感病毒实时荧光定量PCR检测试剂盒,比较两种核酸提取方法对不同病原体检出率及甲型流感病毒最低检测限的影响。结果临床咽拭子样本经两种方法提取核酸后用于呼吸道多病原检测,结果具有高度一致性(Kappa> 0. 60)。可检出19种呼吸道病原,包括DNA病毒、RNA病毒及非病毒病原,其中检出率较高的病原为鼻病毒/肠道病毒(rhinovirus/enterovirus,Rhino/Entero)、肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)、甲型流感(influenza A,InfA)病毒及腺病毒(adenovirus,Adeno)。QIAamp Viral RNA Mini Kit及核酸自动提取仪Genolution NX-48提取的甲型流感病毒的最低检测限为1. 36×10~0和1. 41×10~1 PFU/m L,差异无统计学意义(P> 0. 05)。结论核酸自动提取仪Genolution NX-48应用性能良好,提取核酸省时、快捷、成本低,结合RespiFinder SMART22多重荧光PCR检测试剂盒,可进行临床和实验室大量样本的核酸快速提取及呼吸道多病原检测。

呼吸道病原菌核酸检测在HAP/VAP患者中的应用

目的:研究呼吸道病原菌核酸检测在HAP/VAP患者中的应用。方法:回顾性分析我院急诊重症医学科2018-02—09期间收治的行呼吸道病原菌核酸检测的82例HAP/VAP患者,留取患者痰标本,送细菌培养+药敏的同时行呼吸道病原菌核酸检测。结果:McNemar检验显示,核酸检测与痰培养结果阳性率差异无统计学意义(P>0.05),核酸检测结果阳性率稍大于痰培养;κ检验显示,两种检测方法的吻合度一般,差异有统计学意义(κ=0.616、P<0.01)。核酸检测与痰培养结果基本一致,主要为鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌等,部分核酸检测法和(或)痰培养结果为多种病原菌。对于鲍曼不动杆菌,McNemar显示两种检测方法阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05);κ检验显示两种检测方法的吻合度比较,差异有统计学意义(κ=0.817、P<0.01)。对于铜绿假单胞菌,McNemar显示两种检测方法阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05);κ检验显示两种检测方法的吻合度一般,差异有统计学意义(κ=0.585、P<0.01)。对于肺炎克雷伯杆菌,McNemar显示两种检测方法阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05);κ检验显示两种检测方法的吻合度一般,差异有统计学意义(κ=0.488、P<0.01)。对于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,McNemar显示两种检测方法阳性率差异有统计学意义(P<0.05);κ检验显示两种检测方法的吻合度差(κ=0.212、P<0.01)。结论:呼吸道病原菌核酸检测与痰培养结果基本一致,且具有灵敏度高、检测迅速的优点,有助于抗生素的早期筛选,值得临床上推广应用。

呼吸道病原体核酸检测在稳定期矽肺患者中的应用价值

目的探讨呼吸道病原体核酸检测(Nucleic acid detection of respiratory pathogens,NADRP)在稳定期矽肺患者中的应用价值。方法采集2018年1月—2019年12月在徐州医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科及尘肺科收治的60例矽肺(Ⅰ期矽肺28例,Ⅱ期矽肺25例,Ⅲ期矽肺7例)患者合格痰标本300份行NADRP;采集300份行痰培养,了解不同矽肺分期及合并症患者的呼吸道病原体。结果采用NADRP阳性标本数为245份,总阳性率为81.67%。检出率最高病原体分别为:Ⅰ期矽肺84.29%,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant staphylococcus,MRS)占35.7%;Ⅱ期矽肺81.6%,流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae,HIN)占32%;Ⅲ期矽肺71.43%,铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)占25.71%。合并慢性阻塞性肺疾病(Chronic obstructive pulmonary disease,COPD)者28例,发病率为46.67%,MRS检出数最高;合并分枝杆菌感染者6例,陈旧性肺结核3例,结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)阳性导致肺结核确诊2例,痰涂片抗酸染色阳性1例,发病率10%,HIN最常见;肺癌/肺占位患者6例,发病率10%,MRS及PA阳性率最高;支气管扩张患者3例,占5%,PA检出数居首位。痰培养阳性率为21%,最高的是PA,为5.33%,其次为大肠埃希菌(Escherichia coli,E.Coli),为4.33%。NADRP与痰培养的阳性率比较提示结果差异具有统计学意义(P<0.05)。结论在不同分期的稳定期矽肺患者中,NADRP可有效、快速地检出多种病原体,是了解矽肺进展及判断治疗决策的有效方式。