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题名茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析
被引量:7
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作者
胡振民
万青
李欢
李荣林
王枫
杨亦扬
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机构
江苏省农业科学院休闲农业研究所
南京农业大学园艺学院
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出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2019年第4期896-903,共8页
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基金
国家自然科学基金项目(31400587、31600558、31800590)
江苏省自然科学基金项目(BK20160590)
江苏省农业科技自主创新基金项目
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文摘
运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异。结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系。
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关键词
茶树
密码子
偏好性
硝态氮
csnrt1.1基因
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Keywords
Camellia sinensis
codon
preference
nitrate nitrogen
csnrt1.1 gene
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分类号
S571.101
[农业科学—茶叶生产加工]
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题名斑马鱼Gfi1.1基因的克隆及其体外转录
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作者
朱贤敏
姜利军
赵磊
关军
尹琎
张义成
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机构
华中科技大学同济医学院附属同济医院血液科
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出处
《现代生物医学进展》
CAS
2014年第10期1818-1820,1812,共4页
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文摘
目的:克隆斑马鱼Gfi1.1基因的全长cDNA,运用T7 RNA聚合酶对含有Gfi1.1基因的ORF区进行体外转录,在体外合成5端带有帽子结构的Gfi1.1 mRNA分子,为后续研究斑马鱼Gfi1.1基因的功能打下基础。方法:应用RT-PCR从斑马鱼组织中扩增出Gfi1.1 cDNA片段,经回收纯化与pGM-T载体连接并转化感受态细菌DH-5α,通过蓝白筛选酶切鉴定阳性菌落,小量提取质粒,Nde I限制性内切酶线性化pGM-T-Gfi1.1质粒,运用T7 RNA聚合酶对Gfi1.1基因进行体外转录及加帽。经凝胶电泳对目的片段进行鉴定。结果:RT-PCR扩增获得约1.2 kb的DNA片段,DNA序列分析的结果与GenBank上的序列(NM_001020776)一致,酶切线性化及体外转录加帽pGM-T-Gfi1.1,凝胶电泳鉴定RNA分子大小与预期完全一致。结论:成功克隆斑马鱼Gfi1.1基因并体外转录及加帽pGM-T-Gfi1.1。
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关键词
Gfi1
1基因
克隆
体外转录
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Keywords
Gfi 1.1 gene
Cloning
Transcript in vitro
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
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题名和田羊毛囊KAP1.1基因的克隆及生物信息学分析
被引量:1
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作者
刘鑫
李树伟
姜仁军
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机构
塔里木大学生命科学学院塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室
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出处
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2013年第5期41-43,共3页
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基金
国家自然科学基金项目(30960272)
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文摘
为了分析和田羊毛囊角蛋白关联蛋白(KAP)1.1基因,试验以南疆地方品种羊(和田羊)为样本,从和田羊毛囊中提取总RNA,设计1对引物,通过PCR反应扩增出长度为535 bp的基因片段,连接到pMD18-T载体上。结果表明:克隆得到和田羊毛囊KAP1.1基因成熟蛋白编码序列,序列长度与GenBank上发表的序列长度相同,经生物信息学软件分析,有2处碱基发生突变,同源性为99%,说明试验成功克隆了KAP1.1基因。
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关键词
和田羊毛囊
角蛋白关联蛋白(KAP)1
1基因
克隆
生物信息学分析
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Keywords
Hetian sheep
keratin - associated protein (KAP) 1.1 gene
cloning
bioinformatics analysis
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分类号
Q785
[生物学—分子生物学]
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