黄瓜花叶病毒山东株(CMV-SD)RNA2全长cDNA克隆的构建及全序列分析

分别利用５’ＲＡＣＥ和３’ＲＡＣＥ确定了ＣＭＶＳＤＲＮＡ２的５’和３’末端序列，在此基础上，利用ＲＴＰＣＲ得到了ＲＮＡ２的５’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２５和３’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２３，并通过拼接构建了ＲＮＡ２全长ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２Ｆ。通过对ｐＣ２５和ｐＣ２３进行序列测定，得到了ＲＮＡ２的全序列。序列分析结果表明ＣＭＶＳＤＲＮＡ２由３０４８ｎｔ组成，其中存在２个部分重叠的阅读框ＯＲＦ１（７９～２６５２ｎｔ）和ＯＲＦ２（２４１４～２７４６ｎｔ），分别编码８５８ａａ的２ａ蛋白和１１１ａａ的２ｂ蛋白，并在２ａ蛋白的序列中发现了动植物病毒复制酶所特有的两个保守序列。该株系ＲＮＡ２核苷酸序列与分属ＣＭＶＩ亚组的Ｆｎｙ株系和ＩＩ亚组的Ｑ株系ＲＮＡ２的核苷酸序列同源性分别为９１７％和７５６％；２ａ蛋白的氨基酸序列同源性分别为９３８％和６７７％，２ｂ蛋白的氨基酸序列同源性分别为８３０％和５１３％。同源性比较的结果表明ＳＤ株系属于ＣＭＶＩ亚组。

黄瓜花叶病毒香蕉株系(CMV-Xb)RNA3 cDNA的克隆和序列分析

通过RT PCR方法 ,设计两对引物 ,克隆了黄瓜花叶病毒香蕉株系 (CMV Xb)RNA3 ,并进行了核苷酸和蛋白质水平上的分析。结果表明Xb株系RNA3全长 2 2 0 5nt,具有两个蛋白编码阅读框架 (ORF) ,其中 5’端 (97～ 936nt)编码一个 2 79aa的 3a蛋白 ;3’端 (12 2 5～ 1871nt)编码一个 2 18aa的CP蛋白。 5’非编码区域为 96nt;基因间隔区 (IR)长2 88nt;3’NR含有 32 4nt。通过与亚组Ⅱ其它株系RNA3核苷酸和所编码产物推导的氨基酸序列分析发现 ,亚组Ⅱ株系无论在编码区还是非编码区的核苷酸同源性都相对较高 ;亚组Ⅱ株系在进化过程中具有连续性。