正交设计优化黄瓜ISSR体系

黄瓜是一种重要的蔬菜作物,品种资源较为丰富,利用分子标记进行黄瓜资源鉴定和分类、构建分子遗传图谱和基因定位方面已取得一定进展,目前应用的分子标记主要包括RAPD、AFLP和SSR,尚未见有关于ISSR标记在黄瓜上的研究报道。ISSR主要是由单一引物且以重复序列为主要引物序列的PCR标记,其反应条件受模板DNA、TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs和引物等因素的影响。正交试验设计能明确各因素间的互作效应,建立最优化的反应体系。本研究利用这一方法,从Taq酶、dNTPs、引物、Mg2+4种因素各3个水平来优化黄瓜ISSR反应体系。通过实验,在25μl反应体系中初步确定各反应成分为:1×PCRbuffer,1.5mmol/LMg2+,25ng黄瓜模板DNA,ddH2O,1UTaq酶,200μmol/LdNTPs,0.75μmol/L引物。这一体系的建立为今后利用ISSR技术进行黄瓜种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。

柑橘基因组DNA快速提取及ISSR-PCR扩增体系优化

对CTAB-mini法进行改良,得到一种效率较高的柑橘DNA提取方法。试验结果表明,得到的高质量DNA适合柑橘ISSR分析。同时,采用正交设计对影响柑橘ISSR-PCR因子进行优化。试验结果表明:20μl反应体系中采用5ng模板DNA、0.35mmol/LdNTPs、0.15μmol/LPrimer、1UTaq酶和3μl10×Buffer(含Mg2+)为柑橘ISSR-PCR最优反应体系。

紫云英ISSR引物的筛选及PCR反应体系的优化

以紫云英为研究材料,用哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物和11种株系紫云英品种的DNA为模板进行PCR扩增,筛选出33条扩增条带较好的ISSR引物,对其中的ISSR引物进行梯度PCR,筛选出最佳的退火温度。再采用正交试验和单因素试验相结合的方法对紫云英ISSR-PCR反应体系的5种因素(模板、Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTP及引物)进行优化浓度。确立了适合紫云英的ISSR分析的反应体系。在25μl反应体系中,其反应浓度为:DNA模版50.00ng,Mg2+2.00mol/L,Taq聚合酶1.0 U,dNTP 0.25mmol/L,引物0.20μmol/L,2.5μl 10×buffer。本试验为以后利用ISSR技术进行紫云英遗传多样性分析和物种保护奠定了技术基础。

乌塌菜ISSR-PCR反应体系的建立及优化

为获得乌塌菜ISSR-PCR的最佳反应体系,采用单因素浓度梯度试验和正交优化设计相结合的方法,研究了引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量对PCR反应的影响。并在此基础上对退火温度和循环数进一步优化,最终确立了适合乌塌菜ISSR-PCR反应的最佳体系和程序。即20μL PCR反应体系含:30 ng模板DNA,0.50μmol.L-1引物,0.25 mmol.L-1 dNTP,1 mmol.L-1 Mg2+,1.0 U Taq DNA聚合酶。PCR扩增程序为:94℃预变性3 min;94℃变性30 s,50℃退火1 min,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min,4℃保存。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立为今后利用ISSR技术对乌塌菜进行种质资源的分类鉴定奠定了基础。

甜瓜ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

为找到甜瓜ISSR-PCR反应4个主要因素的最优水平,确定甜瓜ISSR-PCR最优反应体系。通过采用CTAB法提取甜瓜基因组DNA,获得完整性好且纯度较高的DNA样品。利用统计软件MINTAB创建4因素3水平的正交试验设计,PCR结果用MINITAB进行方差分析。结果显示引物浓度对PCR反应结果影响最大,Taq DNA聚合酶对PCR结果影响最小,并对各因素水平间进行因素内多重比较分析,最终建立最优化的反应体系(20μL):1×buffer,100ng DNA模板,TaqDNA聚合酶1U,引物0.4μmol/L,dNTP为0.1mmol/L。

正交设计优化菜薹ISSR反应体系研究

菜薹原产中国,是华南地区重要的特产蔬菜之一。目前,分子标记技术已广泛应用于多种作物研究,但在菜薹上的应用研究刚刚起步。ISSR主要是由单一引物且以重复序列为主要引物序列的PCR标记,其反应条件受模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTP和引物等因素的影响。正交试验设计能明确各因素间的互作效应,建立最优化的反应体系。本研究利用正交试验设计,从Taq DNA聚合酶、dNTP、引物、Mg2+4种因素3个水平对菜薹ISSR反应体系进行了优化,确立了适合菜薹的ISSR反应体系并在7个菜薹品种中进行了验证。在20μl反应体系中,含Taq DNA聚合酶1U、dNTP250μmol/L、引物0.25μmol/L、1×PCRbuffer、Mg2+2.5mmol/L、模板DNA30ng。通过梯度PCR测验,确定了适宜的退火温度。这一体系的建立为今后利用ISSR技术进行菜薹种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。

爱玉ISSR反应体系的建立与优化

通过单因子试验和正交设计,对影响爱玉ISSR-PCR扩增效果的因素,如模板DNA用量、Taq酶用量、dNTPs浓度、引物浓度、延伸时间和循环次数等指标进行优化.实验确立了可用于爱玉ISSR-PCR分析最适宜的反应体系:20μL反应体积中含1ng模板DNA、1.0U Taq酶、0.4μmol/L引物和0.18mmol/L dNTPs;PCR扩增程序为94℃预变性4min;94℃变性45s,53℃退火45s,72℃延伸2.5min,共35个循环;72℃延伸7min,4℃保存.应用该体系对14份爱玉种质进行扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.

不结球白菜ISSR反应条件的优化

本文通过单因素试验确定了Taq DNA聚合酶、dNTP、引物和Mg^(2+)4种因素在不结球白菜ISSR反应体系中的适宜浓度范围,并在此基础上利用正交试验设计,从4种因素3个水平对不结球白菜ISSR反应体系进行了优化,确立了适合不结球白菜的ISSR反应体系,并在10个不结球白菜品种中进行了验证。在20μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶1U、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.25μmol/L、1×PCR buffer、Mg^(2+) 2.5 mmol/L、模板DNA 30 ng。通过梯度PCR测验和总循环次数梯度处理试验,确定了适宜的退火温度和总循环数。这一体系的建立为今后利用ISSR技术进行不结球白菜种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。

西葫芦ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为了确定西葫芦ISSR-PCR的最佳反应体系,以西葫芦基因组DNA为模板,采用正交试验方法,对模板DNA、引物及2×Taq PCR Master Mix的用量进行了优化,并通过梯度PCR确定不同引物的最佳退火温度。结果表明,最佳反应体系为:在20μL的体系中,模板DNA(50 ng/μL)1 L,引物(10μmol/L)3 L,Master Mix 10μL;利用该体系从50条ISSR引物中筛选出18条扩增条带清晰、多态性好的引物。这一体系的建立及引物筛选为以后利用ISSR分子标记技术对西葫芦进行研究提供了科学依据。

桑叶ISSR-PCR反应体系的建立与优化

[目的]建立和优化桑叶稳定的ISSR-PCR反应体系和扩增程序。[方法]采用5因素4水平的正交试验和单因子梯度优化相结合的方法对最适因素水平进行筛选。[结果]适用于桑叶的25μl ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度分别为:dNTPs 0.35 mmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、Taq酶1.25 U、引物0.4μmol/L、DNA 100 ng。[结论]对于桑叶ISSR-PCR试验,一次正交试验基本可以建立满足要求的ISSR-PCR体系。

萝卜ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

本研究利用正交设计L16(45)对萝卜ISSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验。研究结果表明,获得了最佳的反应体系,在10μL反应体系中,含TaqDNA聚合酶0.6U﹑Mg2+2.0mmo/L﹑模板DNA 40ng﹑dNTP 250μmol/L﹑引物0.25μmol/L﹑10×PCRBuffer,不足部分以ddH2O补足。确立了以UBC876为引物的最优反应条件,退火温度为48℃,总循环数为40次。新优化的萝卜ISSR-PCR的反应体系和程序有很好的重复性和稳定性好。此研究为今后利用ISSR技术对萝卜进行种质资源分类﹑遗传图谱构建和基因定位奠定了基础。

黔产宽叶缬草ISSR反应体系的建立与优化

旨在建立稳定、可靠的宽叶缬草ISSR反应体系。以10个水平单因素试验为基础,应用L16(45)正交设计对反应体系中4个主要因子在4个水平上进行组合优化,并采用直观法、极差法和方差法对试验结果进行分析;利用优化的反应体系,筛选引物以及最佳退火温度;同时,以9份不同产地宽叶缬草样品对反应体系进行稳定性检测。结果显示,宽叶缬草25μL ISSR最佳反应体系为:2.5μL 10×Taq Buffer,2.0 mmol/L Mg2+,0.28 mmol/L d NTPs,0.3μmol/L引物,1.75 U Taq DNA聚合酶,60 ng DNA模板,dd H2O补齐;影响大小依次是:Mg2+>引物>d NTPs>Taq DNA聚合酶;确定了各引物的最佳退火温度以及筛选出扩增条带清晰稳定的17条ISSR引物;稳定性实验表明,该体系稳定可靠。优化出宽叶缬草ISSR最佳反应体系并筛选出理想的引物。

利用正交设计优选菜心ISSR-PCR反应体系(英文)

利用正交设计L16(44)探讨引物、Taq聚合酶、dNTPs、Mg2+对菜心ISSR-PCR反应的影响.得到适合菜心IS-SR-PCR反应的最佳体系:在25μL反应体系中含2.5μL 10×buffer,2.0 mmol/L Mg2+,0.5UTaqDNA聚合酶,0.24 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L引物,60 ng DNA模板.

酥瓜(Cucumis melo var. conomon Group)ISSR-PCR反应体系建立与优化

利用正交设计L16（45）,对酥瓜ISSR-PCR反应体系的5个影响因素（引物,d NTPs,Taq DNA聚合酶,Mg2+和模板DNA）在4个水平上进行优化试验,并在36℃56℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜ISSR-PCR反应体系,结果表明,在20μL反应体系中,含有引物0.2μmol/L、d NTPs 0.3 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、Mg2+1.0 mmol/L、DNA模板70 ng、10×Buffer 2.0μL为最佳反应体系,ISSR-PCR扩增程序中最佳退火温度为52.5℃。该体系为酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价提供了帮助。

萝卜EST-SSR反应体系的建立与优化

利用正交设计L16(45)对萝卜SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,获得了最佳反应体系,即20μl反应体系中含有0.10 mmol/L dNTP,3.0 mmol/LMg2+,50 ng模板,0.500μmol/L引物,1.0 U Taq酶。使用优化的反应体系,扩增条带清晰,可满足不同引物组合和萝卜材料的要求。此研究为今后利用SSR技术对萝卜种质资源进行分类、构建遗传图谱和基因定位奠定了基础。

夏枯草ISSR分子标记技术的建立与体系优化

目的建立并优化夏枯草ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为探讨夏枯草种质间遗传多样性奠定基础。方法采用单因子试验和正交设计方法,研究Mg2+、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数对PCR扩增的影响。结果夏枯草ISSR-PCR的最佳反应体系为:在20μL的反应体系中含模板DNA30ng,Mg2+2.2mmol/L、dNTP175μmol/L、引物0.75μmol/L、TaqDNA聚合酶1.0U。在此基础上,从92条引物中筛选出18条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度。结论采用单因子试验和正交设计方法可以快速建立ISSR-PCR反应体系,经过24份夏枯草种质检验,证明该体系稳定可靠,可用于夏枯草遗传分析。

藜芦ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以藜芦为试验材料,通过L16(45)正交试验与单因素实验两种方法对藜芦ISSR-PCR反应体系中的5个主要因素(模板DNA,引物, Taq DNA聚合酶, dNTPs, Mg2+)进行筛选与优化,建立藜芦ISSR-PCR最佳反应体系;在此优化体系下,从100条引物中筛选适宜的ISSR引物,设置温度梯度检测各引物最佳退火温度。结果表明,藜芦20μL ISSR-PCR反应体系包括:0.30μmol/L引物、24 ng/20μL模板DNA、2 U/20μL Taq DNA聚合酶、0.20 mmol/L dNTP、1.00 mmol/L Mg2+;从100条引物中筛选出16条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。利用14份藜芦样品验证该优化体系的稳定性,证明该体系稳定可靠,可为后续藜芦的遗传多样性分析研究提供帮助。

回归正交设计优化西红花苷的提取工艺

目的研究从西红花中提取西红花苷的最佳工艺条件。方法以西红花苷的提取率为指标,在使用单因素试验方法考察乙醇浓度、提取时间、提取温度对西红花中西红花苷提取率的基础上,应用回归正交方法建立3元2次方程优化西红花苷的提取工艺。结果最佳的提取工艺是:乙醇浓度52%,提取时间30 min,提取温度30℃。此条件下,提取率为0.643 5 mg.g?1。结论在优化的提取工艺下,西红花中西红花苷提取率较高。