6种舌鳎亚科鱼类ITS1序列长度多态性及系统分析

利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种类间序列高度相似,平均遗传距离分别为0.00248、0.00217和0.00169,而不同类型间序列差异显著,平均遗传距离最小为0.38453。分析表明,序列长度多态性可能与物种分化时间有关。采用NJ(neighbour-joining)法及MP(maximum parsimony)法构建分子系统树,结合形态学特征及GenBank中的线粒体DNA序列进行分析,表明紫斑舌鳎(Cynoglossus purpureomaculatus)与短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)可能为同物异名。另外,舌鳎属(Cynoglossus)的中华舌鳎(C.sinicus)与须鳎属(Paraplagusia)的日本须鳎(Paraplagusia japonica)聚为一支,舌鳎属中三线舌鳎亚属(Areliscus)的长吻红舌鳎(C.lighti)与拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)的少鳞舌鳎(C.oligolepis)聚为一支,与形态分类学的观点不一致,值得进一步研究。

中国明对虾核糖体ITS1序列分析及其在对虾科系统分析中的应用

对采自不同群体的5个中国明对虾个体的核糖体RNA转录单元内间隔区1（ITS1）序列特点进行分析,并利用GeneBank数据库中已有的对虾科（Penaeidae）ITS1同源序列对对虾科虾类进行系统分析,探讨ITS1序列在对虾科系统及演化中的应用。结果表明,中国明对虾ITS1序列在个体间和个体内都表现出长度多态性,序列长度范围为637-652 bp,这种长度多态性主要是由于微卫星DNA简单重复序列的重复次数不同所造成。在中国明对虾ITS1序列中发现8个微卫星位点,根据目前已知的12种对虾的ITS1序列,发现某些微卫星位点只存于1种对虾中,如（CAGC）2-4只存在于中国明对虾中,（CGGA）4-9只存在于斑节对虾中,（GCGA）4只存在于短沟对虾中。利用ITS1序列对12种对虾进行的系统分析表明,12种对虾分为4个类群,同种的不同个体,同属的不同种各自聚支,与形态分类比较吻合。对虾科属间遗传距离范围为0.313-0.977,平均值为0.633,远高于用线粒体基因片段得出的属间的遗传距离,支持将原对虾属的6个亚属提升为属的观点。

4种大型水母类ITS-5.8S rDNA序列分析及其在钵水母类系统分析中的应用

由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇（Rhopilema esculentum）、沙蜇（Nemopilema nomurai）、海月水母（Aurelia sp.）、白色霞水母（Cyanea nozakii）4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲（Scyphomedusae）ITS1（the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer）同源序列对其进行序列分析并构建系统树,分析ITS1序列片段在大型水母种类鉴定方面的可行性及其在钵水母类系统及演化中的应用。结果显示,4种水母的ITS-5.8S rDNA序列变异较大且具有明显的序列长度多态性,序列长度范围675~833 bp。钵水母纲很多种类的ITS1序列具有种内长度多态性现象,这种长度多态性主要是由于微卫星重复次数不同所造成的。钵水母纲科间遗传距离为0.295~0.491,种间遗传距离为0.024~0.812;除白色霞水母和海蜇外,种内个体间遗传距离为0.000~0.099。采用ML法（maximum likelihood）和贝叶斯法（Bayesian）构建的分子系统树拓扑结构不完全相同且与形态分类学的观点不太一致。研究表明,ITS基因序列在钵水母纲不同阶元间变异较大,适合于钵水母纲种类鉴定和属内种间水平的系统进化研究。