斑腿蝗科Catantopidae七种蝗虫线粒体COⅠ基因的DNA条形码研究

以我国常见的斑腿蝗科Catantopidae7种蝗虫为对象测定了COⅠ基因序列,探讨COⅠ基因作为DNA条形码在识别蝗虫物种方面的可行性。结果表明,斑腿蝗科3属7种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨蝗虫属、种分类单元的系统发育问题,为将线粒体基因组的COⅠ基因作为蝗虫DNA条形码进行分类鉴定手段的可行性提供一定的参考。

基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究

对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。

嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。

基于线粒体COⅠ基因的闪蛱蝶亚科系统发育关系研究(英文)

测定了重要林业害虫闪蛱蝶亚科Apaturinae 11属17种蝶类的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ的部分序列,并结合由GenBank下载的该亚科4种蝶类的相应序列进行分析,探讨了闪蛱蝶亚科各属间的系统发育关系。以玉杵带蛱蝶Athymajina,白斑眼蝶Penthema adelma,忘忧尾蛱蝶Polyura nepenthes和白带螯蛱蝶Charaxes bernardus作为外群,采用PAUP4.0b4a软件构建了闪蛱蝶亚科的MP和NJ分子系统树。虽然COI基因数据中第3位点的转换替换已达饱和,但由于这些位点含有大量系统发育信息,因而在数据统计分析时并没有将这些位点删除。同时通过对各分枝稳定性的比较,研究在简约分析中不同转换/颠换加权方式对假定所有特征具有相同权重的影响。分子系统树显示:NJ和不同转换/颠换加权方式下构建的MP系统树中闪蛱蝶亚科均有4个主要的聚类簇,该亚科系统树中存在许多置信度高且稳定的分枝,同时也存在一些因分枝置信度低且不稳定而使其分类地位不能确定的类群。在所构建的系统树中,由分子数据得到的蛱蝶亚科系统发育关系与传统分类学的基本一致,其中迷蛱蝶属Mimathyma为单系群;累积蛱蝶Lelecella limenitoides为明窗蛱蝶Dilipa fenestra的姐妹群且支持二者关系的置信度很高;支持将白斑迷蛱蝶Mimathyma schrenckii,迷蛱蝶M.chevana,夜迷蛱蝶M.nycteis,栗铠蛱蝶Chitoria subcaerulea,黄带铠蛱蝶C.fasciola,铂铠蛱蝶C.pallas,and银白蛱蝶Helcyra subalba等物种由闪蛱蝶属中移出的修订。

洪泽湖野生河蚬(Corbiculafluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002-0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。

基于COⅠ基因的厦门海域鱼类DNA条形码鉴定

为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种间、科内和目内的遗传距离(K2P)分别为:0.21%,20.50%、24.47%和25.62%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离明显大于种内遗传距离.所选厦门海域鱼类样品仅蓝圆鯵鉴定到圆鯵属,未能鉴定到种,其余22种全部鉴定到种,表明COⅠ基因序列可以作为鱼类分类鉴定的有效DNA条形码.

黄鲷线粒体COⅠ基因部分序列遗传变异研究

对采自中国东海外海和日本海的黄鲷Taius tumifrons线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因进行了研究。利用通用引物对该序列进行了PCR扩增,去掉两端引物及部分序列共得到590bp的碱基片断,其中A、T、G、C平均含量分别为30.4%、24.3%、25.0%和20.3%,A+T(54.7%)高于G+C(45.3%)含量。在获得的9个序列中共发现有156个碱基存在变异,其中包括42处简约信息位点,没有发现碱基的插入和缺失,序列中的转换大于颠换。实验结果显示,个体间的遗传距离在0—0.223 6之间,c3和j3与其它个体相比遗传差异明显。2群体间平均遗传距离为0.089 7,而东海和日本海群体内的平均遗传距离分别为0.086 9和0.113 3,说明黄鲷个体间遗传差异较大,但群体间的遗传差异不明显。

青石斑鱼细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COXⅠ)基因的克隆鉴定及表达分析

细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase,COX)是线粒体内呼吸链电子传递的终末复合物,是线粒体氧化能力的关键调节物质。细胞色素C氧化酶亚基I(COXⅠ)是细胞色素C氧化酶具有酶催化活性的3个亚基之一。本研究以本实验室构建的青石斑鱼消减杂交cDNA文库中长587bp的EST序列为基础,采用RACE-PCR方法克隆鉴定出青石斑鱼(Epinephelus awoara)细胞色素C氧化酶亚基I基因。研究结果表明:青石斑鱼COXⅠ全长1659bp,5'端非编码区3bp,3'端非编码区105bp,开放阅读框1551bp,编码516个氨基酸。序列分析表明,青石斑鱼COXⅠ与线纹刺尾鲷COXⅠ同源性最高,达96.9%。采用半定量RT-PCR方法研究COXⅠ基因在青石斑鱼各组织中的表达特征,结果表明COXⅠ基因在正常的青石斑鱼和注射了副溶血弧菌灭活疫苗的青石斑鱼的脾、肝、心、头肾、肾、肌肉和鳃中都有转录表达。注射副溶血弧菌灭活疫苗后,除了鳃组织,其他组织中COXⅠ基因表达量较对照组都有显著提高(P<0.05),而鳃组织中的COXⅠ基因表达量没有显著变化。

泥鳅和大鳞副泥鳅细胞色素P450c17-Ⅰ(CYP17-Ⅰ)基因的克隆及组织表达分析

采用3'-和5'-RACE法克隆了泥鳅和大鳞副泥鳅CYP17-Ⅰ基因的c DNA全长序列,通过实时荧光定量PCR技术分析其表达情况。结果表明,泥鳅CYP17-Ⅰ基因c DNA全长1 706 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)1 563 bp,编码520个氨基酸;大鳞副泥鳅CYP17-Ⅰ基因c DNA全长1 763 bp,ORF长1 545 bp,编码514个氨基酸。2种鳅CYP17-Ⅰ氨基酸序列都有1个信号肽、1个跨膜区、1个保守的蛋白结构域和3个功能保守区。相似度分析显示,2种鳅之间CYP17-Ⅰ相似度为99%,与其他鱼类的相似度也超过70%。系统进化分析显示,2种鳅之间关系最为接近,其系统发育关系基本符合传统的分类地位。qRT-PCR结果显示,CYP17-Ⅰ在2种鳅的肠、肌肉、心脏、胃、肝脏、精巢、卵巢、脾脏等8个组织均有表达,在精巢和卵巢中表达量相对较高。

栎黄掌舟蛾线粒体DNA COⅠ基因的碱基组成及系统进化分析

栎黄掌舟蛾(Phalera assimilis)是危害柞树的主要食叶害虫之一。克隆了栎黄掌舟蛾不同个体线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)基因5'端709 bp片段序列(GenBank登录号:KC573812～KC573814),通过与其它鳞翅目昆虫的同源序列比对,分析栎黄掌舟蛾mtDNA COⅠ基因序列片段的碱基组成及系统进化特点,从分子水平准确鉴定该柞树害虫。栎黄掌舟蛾及其比对昆虫的mtDNA COⅠ基因片段序列中,T、C、A、G 4种碱基的平均含量分别为39.8%、14.8%、30.9%、14.5%,密码子第3位点的A+T含量最高达94.2%,显著高于第1位点(59.9%)和第2位点(58.3%),碱基使用显著倾向于T(AT平均偏倚度为-0.125 9);在709 bp的序列片段中,16.36%为简约信息位点,4.51%为单突变位点,碱基转换略高于颠换,R值为1.2;不同昆虫mtDNA COⅠ基因序列间的平均遗传距离为0.054 1。克隆的栎黄掌舟蛾mtDNA COⅠ基因序列片段的T、C、A、G 4种碱基平均含量分别为38.7%、15.2%、31.3%、14.8%;所有样本的mtDNA COⅠ基因序列碱基替换数均与遗传距离呈显著线性关系。系统进化分析显示,栎黄掌舟蛾等掌舟蛾属(Phalera)昆虫与Datana属、Antheua属昆虫的亲缘关系最近,形成进化群Ⅰ,其它属种昆虫聚集形成进化群Ⅱ。研究结果表明,mtDNA COⅠ基因序列片段能作为DNA条形码将栎黄掌舟蛾与其它鳞翅目昆虫区分开。

大熊猫等8种野生哺乳动物蛔虫的线粒体COXⅠ和COXⅡ基因的亲缘关系分析

为了探讨寄生于大熊猫、小熊猫、北极熊、棕熊东北亚种、棕熊西藏亚种、黑熊四川亚种、黑猩猩和白眉长臂猿体内蛔虫的分类地位,采用PCR技术扩增了这些野生动物体内寄生蛔虫的线粒体COXⅠ、COXⅡ基因序列,并与GenBank中注册的同源性序列进行了分析。序列分析结果显示:扩增的8种野生哺乳动物蛔虫的COXⅠ、COXⅡ基因长度均分别为393和582bp,其中大熊猫与小熊猫及4种熊科动物蛔虫COXⅠ和COXⅡ基因的相似性分别为94.8%～95.0%和94.9%～95.5%;黑猩猩和白眉长臂猿蛔虫的COXⅠ、COXⅡ基因的相似性分别为99.8%和99.5%。分子系统树(NJ/MP/ML)表明,寄生在大熊猫、小熊猫和4种熊科动物体内的蛔虫均为贝蛔属(Baylisascaris)蛔虫;而黑猩猩和白眉长臂猿体内寄生的蛔虫应为蛔属(Ascaris)蛔虫。同时,分析结果也揭示了蛔虫与宿主之间存在协同进化关系。

基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。

洛阳地区9种嗜尸性丽蝇28S rRNA和COⅠ基因序列分析

目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性丽蝇标本23只,经形态学鉴定后,提取腿部DNA,扩增并测序细胞核28S rRNA和线粒体COⅠ基因片段,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列的碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,用邻接法构建系统发育树。结果形态学鉴定23只嗜尸性丽蝇归属于5属9种。获得28S rRNA中715bp和COⅠ基因中637bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度达99%以上,系统发育树显示9种蝇类可以较好聚类,与形态学鉴定结果一致。28S rRNA基因序列的种内差异为0,种间差异为0.001～0.033;COⅠ基因序列的种内差异为0～0.008,种间差异为0.006～0.101。结论联合28S rRNA和COⅠ靶基因序列片段可以有效区分本研究中的9种嗜尸性丽蝇,但对于近缘种的判定需要更多遗传标记的开发和联合应用。

高氧对早产大鼠肺组织细胞色素氧化酶亚基Ⅰ表达的影响

目的探讨85%高体积浓度氧暴露对早产新生大鼠肺组织中线粒体DNA编码细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COXⅠ)动态表达的影响。方法早产SD大鼠生后d2随机分为空气组、高氧组。高氧组持续暴露于85%氧气中,空气组置于同一室内常压空气中。两组分别于暴露满1、4、7、10和14 d时,提取肺组织RNA,采用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)测定COXⅠmRNA表达;采用免疫组织化学、免疫印迹(Western-blot)法检测COXⅠ蛋白表达。结果1.与空气组相比,高氧d1和d4 COXⅠmRNA的表达显著增强(P<0.05,0.01),其后开始下降,d7时两者无显著性差异(P>0.05),d10时较空气组显著降低(P<0.01),d14时又增高(P<0.01)。2.COXⅠ蛋白水平表达,与空气组相比,高氧d1和d4时,COXⅠ表达显著增强(P<0.01,0.05),d7时两者无显著性差异(P>0.05),其后开始下降,d10和d14时较空气组显著降低(P<0.01,0.05)。结论85%高体积浓度氧暴露诱导早产新生大鼠线粒体DNA编码COXⅠ异常表达,这种变化可能参与高氧肺损伤的发生。

基于线粒体COⅠ基因序列对中国海蛾螺科的分子系统学分析

本研究利用18种蛾螺总科(Buccinoidea)动物的COⅠ基因序列对中国海蛾螺科进行了科上和科内水平的分子系统学分析。在建立的系统发育树中,蛾螺科种类聚成了4个明显的分枝:第一枝包括侧平肩螺(Japelion latus)、朝鲜蛾螺(Buccinum koreana)、黄海蛾螺(Buccinum yokomaruae)、皮氏蛾螺(Voluthapaperryi)、香螺(Neptunea cumingi)、小鼠脊蛾螺(Lirabuccinum musculus)以及褐线蛾螺(Japeuthria cingulata);第二枝包括莫氏角亮螺(Antillophos monsecourorum)和尖鱼篮螺(Nassaria acuminata);第三枝包括黑口甲虫螺(Cantharus melanostoma)和矛唇齿螺属(Engina lanceolata);第四枝包括褐管蛾螺(Siphonalia spadicea)和长吻真螺(Euthria lubrica)。该结果与先前基于形态分析进行的亚科划分基本一致。蛾螺科的单系性没有得到支持,织纹螺科种类(Nassarius thachi、N.sinarus、N.euglyptus)插到蛾螺科系统树中并与角亮螺属(Antillophos)及鱼篮螺属(Nassaria)聚成一枝;东风螺科种类(Babylonia areolata、B.spirata)和榧螺科种类(Oliva mustelina)与褐线蛾螺(Japeuthria cingulata)聚成一枝。东风螺属起初隶属于蛾螺科,现已被移出并作为单独的一科——东风螺科Babyloniidae,本研究确认了这一结论。鱼篮螺属(Nassaria)和角亮螺属(Antillophos)与织纹螺属(Nassarius)种类聚在一起,这与最近的分子研究得到的结果一致。

大鼠β_2-糖蛋白Ⅰ的氧化修饰

目的 :探讨 β2 -糖蛋白 ( β2 - GP )在体外的氧化修饰 ,为其在体内诱导抗磷脂抗体产生研究作准备。方法 :首先纯化并鉴定大鼠 β2 - GP ,然后在体外以次黄嘌呤 /黄嘌呤氧化酶氧化系统氧化大鼠β2 - GP 。结果 :大鼠的 β2 - GP 在体外被氧化产生羰基 ,氧化后的羰基含量与氧化前的比较有显著差异( P<0 .0 5)。结论 :在体外 β2 - GP 可以被次黄嘌呤 /黄嘌呤氧化酶氧化系统氧化产生羰基。

以线粒体COⅠ基因探讨萧氏松茎象的分类地位

用蛋白酶K消化法提取萧氏松茎象总DNA,并对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠgene,COⅠ)序列分析发现,COⅠ序列4种核苷酸量平均为A=30.2%,C=17.3%,G=15.4%,T=37.0%。将所获得的5个不同地区萧氏松茎象个体COⅠ序列排序后,比较形成了一个含1 209个位点的矩阵,其中1 174个不变位点,35个变异位点,所占比例为2.89%,序列的A+T含量较高。遗传距离、核酸和氨基酸变异及系统发育树分析表明:萧氏松茎象与树皮象属亲缘关系最近,且分子水平上萧氏松茎象与树皮象属之间较之树皮象属内种间无明显差异,对目前的分类地位提出质疑。

基于线粒体COXⅠ基因变异探讨国内外猪种的遗传多样性及系统进化研究

基于mtDNA COXⅠ基因,探讨了6个猪种687个样本(大白猪、长白猪、杜洛克、藏猪、甘肃黑猪和八眉猪)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系。对各猪种样本mtDNACOXⅠ基因构建混合池,并利用直接测序技术获得6个猪种COXⅠ基因的序列,采用MEGA 6.0分析软件基于Kimurk双参数模型应用邻接法构建系统发生树。结果表明,6个猪种mtDNA COXⅠ基因序列共存在21个突变位点,其中8个突变为各群体特有。长白猪与杜洛克猪的多态性较丰富,含有13个相同位点的突变,核苷酸的转换数(si)和颠换数(sv)的比值(R)分别为12和15,序列替换远未达到饱和。而藏猪、黑猪和八眉猪的多态性较贫乏。系统进化树和遗传距离分析显示,6个猪种及野猪先聚为一支而后与同属为偶蹄目的牛、羊聚为一支,3个地方猪种间遗传距离较近。外来猪种引入中国后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献,线粒体COXⅠ基因可有效区别6个猪种的亲缘关系,在一定程度上为中国地方猪品种的有效保护和合理利用提供理论依据。

脂联素受体2基因+33371Gln/Arg、细胞色素P4502E1基因RsaⅠ位点多态性和吸烟与非酒精性脂肪性肝病的相关性

目的探讨脂联素受体2（AdipoR2）基因＋33371Gln/Arg、细胞色素P4502E1（CYP2E1）基因RsaⅠ位点多态性和吸烟与非酒精性脂肪性肝病（nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD）发病之间的关系。方法采用病例-对照研究的方法,以750例NAFLD患者及750例健康对照者的外周血白细胞为样本,利用聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术分析了＋33371Gln/Arg和CYP2E1-RsaⅠ基因多态性。结果 ＋33371Gln/Arg（A/A）基因型和CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型频率分布分别为39.20%、71.73%（病例组）和21.07%、43.07%（对照组）。＋33371Gln/Arg（A/A）患NAFLD的风险显著增加（OR=2.4156,95%CI=1.8164-4.0725）。CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型者患NAFLD的风险也显著增加（OR=3.3547,95%CI=1.9182-4.5057）。＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型者在NAFLD组和对照组中的分布频率分别为32.67%和6.40%。＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型者患NAFLD的风险显著增加（OR=9.9264,95%CI=4.2928-12.4241）。病例组的吸烟率显著高于对照组的吸烟率（OR=2.5919,95%CI=1.4194-4.9528）,＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型与吸烟有协同作用（OR=34.6764,95%CI=18.9076-61.5825）。结论 ＋33371Gln/Arg（A/A）/CYP2E1-RsaⅠ（c2/c2）基因型和吸烟是NAFLD的易患因素,三者的联合在NAFLD的发生中起着协同的作用。

基于线粒体COⅠ序列的南海北部栉江珧遗传多样性分析

为了解南海栉江珧(Atrina pectinata)的群体遗传变异特征,研究利用线粒体DNA COⅠ(细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ)基因部分序列对7个群体共191个栉江珧个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:在600 bp长的序列中,共检测到113个核苷酸变异位点,定义了73个单倍型。南海北部栉江珧总体呈现较高的单倍型多样性(0.8996)和较高的核苷酸多样性(0.0257),但L1组内6个群体(汕头、阳江、湛江、海口、琼海、北海)呈现较高的单倍型多样性(0.8133—0.9286)和较低的核苷酸多样性(0.0033—0.0045)。单倍型系统发育树和网络支系图将7个群体划分为L1和L2(防城港群体)两大类群,但L1组单倍型并未表现出与地理位置相对应的谱系结构。F_(st)分析显示, L1组内6个群体间不存在明显的遗传分化(F_(st)=–0.0200—–0.0055, P>0.05),但L1组与L2组间存在极显著的遗传分化(F_(st)=0.8729—0.8821, P<0.01)。L1组的Tajima’s D检验(D=–2.3190, P=0)和Fu’s F_s检验(F_s=–26.8316, P=0)均为显著负值,核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布; L2组的Tajima’s D检验(D=–1.4320, P=0.0565)为不显著负值, Fu’s F_s检验(F_s=4.9540, P=0.9620)为不显著正值。以上数据说明, L1组和L2组栉江珧可能已经分化为两个群体, L1组内6个群体具有频繁的基因交流,导致了较高的遗传同质性。