结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的3D-QSAR研究及优化设计

结核分枝杆菌是导致结核病的病原体,1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶是结核分枝杆菌代谢的关键限速酶,因此被作为一个有潜力的抗菌靶点。收集了35个对结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(mtDXR)有体外抑制活性的膦胺霉素衍生物,运用比较分子场分析方法和比较分子相似性指数分析方法对它们进行三维定量构效关系研究,建立了相应模型。结果表明:CoMFA模型的最佳主成分值n=7,交互检验系数q^(2)=0.601,相关系数r^(2)=0.979;CoMSIA模型的最佳主成分值n=8,交互检验系数q^(2)=0.609,相关系数r^(2)=0.983。数据显示所建模型拥有较为可靠的预测能力。同时,利用分子对接进一步考察膦胺霉素类小分子抑制剂和靶点活性部位氨基酸残基的非键作用,结合3D-QSAR等势图,明确了该类化合物分子结构上可供加工和优化的区域,进而设计出14个全新的膦胺霉素衍生物,并对它们进行活性预测,得到了拥有更高预测活性的新化合物27m,为mtDXR抑制剂的进一步开发提供了理论依据和重要参考。

取代苯胺和苯酚对鲤鱼毒性的3D-QSAR研究

采用比较分子力场法(CoMFA)对取代苯胺、苯酚类化合物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,得到了合理、可信并具有良好预测能力的模型。立体场与静电场的贡献分别为18.0%和82.0%,说明化合物的静电相互作用是影响其生物毒性的主要因素。

类吗啡类拮抗物的结构与抑食活性的3D-QSAR研究

用比较力场分析研究了 3 ,4 二甲基 4 ( 3 羟基苯基 )哌啶及其衍生物类吗啡拮抗物的结构与抑食活性的关系 ,考察了网格结构和探针原子的影响 .结果表明 。

苯胺苯酚类皮革化学品毒性3D-QSAR研究

选用36种皮革中常用的苯胺苯酚类化合物及它们的半最大效应浓度EC50,使用比较分子立场分析法(CoMFA)和比较分子相似性分析法(CoMSIA)对这36种化合物进行了三维定量构效效应(3D-QSAR)分析。建立了这36种化合物的3D-QSAR的CoMFA模型和CoMSIA模型,其中CoMFA模型q2=0.719,r2=0.974,CoMSIA模型q2=0.749,r2=0.970。这些参数说明了该模型具有良好的拟合能力和预测能力,该类化合物毒性与其静电场、立体场、疏水场和氢键场分布具有良好的相关性,为进一步了解此类化合物毒性作用机制提供了理论参考。

HIV-1整合酶抑制剂的3D-QSAR研究

采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.运用这些信息进行分子对接,在理论上验证所构建的模型具有较高的可信性.此外,QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考.

苯胺苯酚类LC_(50)的3D-QSAR模型建立与分析

使用比较分子立场分析法(CoMFA)和比较分子相似性分析法(CoMSIA)对30种涉及皮革及制品的苯胺苯酚类化合物进行了三维定量构效效应(3D-QSAR)分析。以此类化合物半数致死浓度LC50为参考,建立了3D-QSAR的CoMFA模型和CoMSIA模型。其中CoMFA模型q2=0.724,r2=0.953,CoMSIA模型q2=0.657,r2=0.904。这些参数符合模型稳定性要求,说明苯胺苯酚类化合物毒性与其结构具有良好的相关性。

基于3D QSAR技术从毛冬青中筛选NF-кB小分子抑制剂

建立3D QSAR模型,从具有抗炎作用的中药毛冬青中筛选小分子NF-кB抑制剂。采用20个已知活性的NF-кB抑制剂组成训练集和测试集,构建3D QSAR模型;并运用建立的药效团对毛冬青所含的76个小分子化合物抗NF-кB活性进行预测分析。得到十个3D QSAR药效图,选择药效团1对测试集进行预测,预测值与实验值相关系数r^(2)为0.9414;从毛冬青所含的76个化学成分中筛选出4个可能具有较好活性的分子,美商陆皂苷B(Phytolaccoside B),冬青苷A(Ilexoside A),异绿原酸A(3,5-dicaffeoylquinic acid)和Sibiricaphenone。建立的3D QSAR模型能较好地预测化合物的抗NF-кB的活性,毛冬青中含有潜在的NF-κB小分子抑制剂。

苯并咪唑类PI3Kδ抑制剂的3D-QSAR研究

研究苯并咪唑类化合物对PI3Kδ抑制作用的三维定量构效关系。采用CoMFA(比较分子场)方法进行研究,建立CoMFA模型。结果:交叉验证系数q2=0.702,相关系数r2=0.981,F=104.661,标准偏差SD=0.211。结论:苯并咪唑类PI3Kδ抑制剂CoMFA模型具有较好的预测能力,本实验研究的三维定量构效关系,对开发和研制此类抑制剂能够起到重要的指导作用。

3 D-QSAR Analysis of Agonists of nAChRs: Epibatidine Analogues

A 3 D-QSAR about nAChRs agonists-epibatidine analogues was performed using the CoMFA and CoMSIA. The correlation coefficients were R2cv = 0.546, R2ncv = 0.907 in CoMFA and R2cv = 0.655, R2ncv = 0.962 in CoMSIA of the final model. The prediction using the final models to the test set was r2 = 0.675 in CoMFA and r2 = 0.462 in CoMSIA. This model will be useful in the design of novel compounds with high affinity.

DATA类逆转录酶抑制剂的三维定量构效关系

采用对接方法得到HIV-1抑制剂DATA(二芳基三嗪类)分子的活性构象,进一步用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性分析(CoMSIA)法对DATA类逆转录酶抑制剂(RTIs)的三维定量构效关系(3D-QSAR)进行了研究,建立3D-QSAR模型,以指导进一步结构修饰.用此模型预测了5个DATA类似物,预测偏差较小,表明了所建立的模型具有较强的预测能力.

取代苯甲醛衍生物的定量结构-活性关系(QSAR)研究

本文研究了反应性化合物取代苯甲醛衍生物对大型蚤(Daphnia magna)的48h急性毒性,建立了定量结构-活性关系模型,探讨了其毒性作用机制,发现其毒性主要取决于笨环上取代基的Hammett电效应常数.

2,4-二氨基-5-甲基-6-(取代苯胺基)甲基吡啶[2,3-d]并嘧啶类化合物的合成及定量构效关系

参照文献方法合成了１８个２，４二氨基５甲基６（取代苯胺基）甲基吡啶［２，３ｄ］并嘧啶化合物（Ⅳ），用Ｈａｎｓｃｈ方法研究了它们对Ｌ１２１０细胞株抑制作用的定量构效关系，其结果表明：苯环对位取代基不利于抑制作用。

甲状腺激素受体配体化合物的定量构效关系(QSAR)研究

研究了68个TR(Thyroid Hormone Receptor,甲状腺激素受体)配体化合物的化学结构与活性的定量构效关系.采用实验室新近提出的三维原子场全息相互作用矢量,对化合物进行了结构参数化表达,采用逐步回归对变量进行筛选后,建立了定量构效关系模型.复相关系数和交互检验复相关系数R2=0.767,Q2=0.625(TRα),R2=0.734,Q2=0.61(TRβ).模型具有良好的稳定性和预测能力,证明了该三维原子场全息相互作用矢量在分子结构表征和生物活性预测上的适用性,并可应用于潜在和新型的TR配体化合物的设计和开发.

吡啶类葡萄糖激酶激动剂的三维定量构效关系分析

葡萄糖激酶GK是调节体内葡萄糖代谢和参与血糖动态平衡的主要靶点之一。本文针对46个具有GK激动剂活性的吡啶类衍生化合物进行构效关系研究,研究了其结构与活性的关系。基于分子共同骨架叠合用分子力场分析法(COMFA),比较分子相似指数法(COMSIA)两种经典三维定量构效关系(3D-QSAR)方法,建立相应模型,进行分子结构和抗糖尿病活性分析。COMFA模型的交叉验证系数q^2为0.613,相关系数r^2为0.989;COMSIA模型交叉验证系数q^2为0.621,相关系数r^2为0.982。数据证明两种模型都显示出较好的预测性,为设计新的活性更高的小分子激动剂提供了可靠信息。

新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的比较定量构效关系研究

采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,对26个新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的除草活性进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了三维定量构效关系CoMFA模型(R2=0.948,F=91.364,SE=0.141).结果表明,此类磺酰脲类化合物的除草活性与苯环5位取代基的立体结构和电场性质密切相关.根据CoMFA模型的立体场和静电场三维等值线图不仅直观地解释了结构与活性的关系,而且为进一步设计高活性的目标化合物提供理论依据.

N－亚硝基化合物的结构／致癌活性的三维构效关系研究

用比较力场分析研究了Ｎ－亚硝基化合物的结构与致癌活性的关系，考察了网络结构和探针原子对结果的影响．结果表明，立体效应和静电作用场是描述其致癌活性和进行结构性能关系研究的最重要的结构参数。

三维定量构效关系最新研究进展

在简要回顾了经典的Ｈａｎｓｃｈ方法的基础上，重点讨论了４种典型的３Ｄ－ＱＳＡＲ方法，即分子形状分析（ＭＳＡ）、距离几何学方法（ＤＧ）、比较分子力场分析（ＣＯＭＦＡ）和假想活性位点阵（ＨＡＳＬ）的基本原理。

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(ΧⅢ)──用比较分子力场方法研究4-肟醚基喹唑啉类化合物的结构与抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系

应用比较分子力场分析 (Co MFA)方法研究 4 -肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 (3 D-QSAR) ,引入分子的摩尔折射率 (MR)和偶极矩 (DIPOLE)分别作为 Co MFA的第三和第四个场 .在此基础上进行偏最小二乘 (PLS)分析 :交叉验证 (leave-one-out)结果为 r2cv=0 .4 43 ,非交叉验证 (novalidation)结果为 r2 =0 .93 2 ,说明所建立的模型有较好的可靠性 ,并且在三维等值线图的基础上得到了一个此类化合物的模拟作用模型 。

基于遗传算法的RR抑制剂的二维定量构效关系研究

利用遗传算法,结合多元线性回归和交叉验证方法,对一系列Schiff碱类核糖核苷酸还原酶抑制剂作了二维定量构效关系的研究.计算得到了一组效果较好的定量构效关系模型(R2、Rcv2最高分别可达0.909和0.883).模型不仅具有良好的回归能力,而且还具有良好的预测能力.同时,通过分析在遗传优化过程中分子参数出现的频度,还得到了可能对活性影响较大的几个重要分子参数,它们分别是水/辛醇分配系数(ALogP98)、指示因子(I)以及电性拓扑态指数(S_sOH).对该类抑制剂的设计和改造提供了指导.

新型肟醚拟除虫菊酯化合物杀粘虫活性3D-QSAR研究

用比较分子力场分析(CoMFA)方法对50个自主设计并合成的新型芳基烷基肟醚化合物杀粘虫活性的定量构效关系进行了研究。所得模型交叉验证参数q2为0.598,非交叉验证相关系数r2为0.949,标准偏差SE=0.136,F=92.419,影响药效的立体场与静电场的贡献分别50.6%和49.4%。CoMFA等值线图表明化合物肟苯环对位取代基是影响其杀粘虫活性的主要因素,体积和电性增加有利于提高化合物的杀粘虫活性。该模型三维等值线图为该类化合物的结构改造提供了理论依据。