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基于D-LOOP基因的中国沿海鳓鱼(Ilisha elongata)种群遗传结构研究 被引量:17
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作者 吴常文 许逸天 +1 位作者 吕振明 张建设 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期330-337,共8页
采用线粒体控制区基因序列测定技术,分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明,我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性,在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型,单倍型多样性指数(H)高达0... 采用线粒体控制区基因序列测定技术,分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明,我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性,在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型,单倍型多样性指数(H)高达0.964—1.000,平均核苷酸多样性指数(Pi)高达0.0100—0.0152,鳓鱼种群的多样性还表现在线粒体控制区的序列长短上,研究表明,鳓鱼线粒体控制区存在一个40bp长度的重复序列,依据重复次数的多寡而造成鳓鱼个体间的显著差异;对鳓鱼群体的遗传结构进行检测发现,我国鳓鱼群体内部存在明显的遗传分化,青岛群体与广州、厦门、舟山3个群体之间分化系数Fst达0.5284(P<0.01),群体间基因流则仅有0.4463,而3个群体内部则基因流明显;AMOVA检测和聚类分析也证实了上述观点,遗传距离分析表明青岛群体和其它3个群体净遗传距离达到0.034,仍属于种内群体之间的分化水平,依据分子钟理论推断两群体间的分化时间为更新世晚期,可能由更新世晚期海平面的反复升降导致了这两个类群的隔离与分化,并依靠鳓鱼本身的生物学特性维持至今。 展开更多
关键词 鳓鱼 d—loop基因 遗传变异
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内蒙古达里湖及岗更湖东北雅罗鱼D-loop基因序列及多样性研究 被引量:2
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作者 罗旭光 齐景伟 +3 位作者 安晓萍 乌兰 姚珺 李蓓 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期92-96,共5页
文章对内蒙古达里湖和岗更湖东北雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了896 bp的同源基因序列,得到的同源基因片段中A、T、C和G碱基的平均含量,达里湖群体为32.0%、32.2%、21.3%和14.5%;岗更湖群体为32... 文章对内蒙古达里湖和岗更湖东北雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了896 bp的同源基因序列,得到的同源基因片段中A、T、C和G碱基的平均含量,达里湖群体为32.0%、32.2%、21.3%和14.5%;岗更湖群体为32.0%、32.2%、21.4%和14.5%;达里湖和岗更湖鱼群D-loop基因CG含量相当,未见明显差异。2个群体内和群体间都存在丰富的序列多态性,两湖群体的D-loop基因896个位点中存在可变位点33个,其余位点较为保守;达里湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变位点21个,11个单倍型;岗更湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变体位点31个,17个单倍型;岗更湖鱼群D-loop基因多样性高于达里湖。遗传距离计算显示,岗更湖和达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 0;达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.003 6;岗更湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 4。岗更湖鱼群D-loop基因的平均遗传距离大于达里湖鱼,前者群体D-loop基因进化速度大于后者。 展开更多
关键词 东北雅罗鱼 内蒙古 d—loop基因 多样性 遗传距离
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基于线粒体D-loop基因探讨花鳗鲡的群体遗传多样性及其种群进化历史 被引量:3
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作者 丁旭 齐鑫 尹绍武 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期117-123,共7页
通过测定花鳗鲡(Anguillia marmorata)海南群体(HN)和菲律宾群体(PH)共19尾个体的线粒体D-loop基因的核苷酸序列(约1017 bp),分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明:A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为39.8%、28.3%、12.4%、19.4%,A+... 通过测定花鳗鲡(Anguillia marmorata)海南群体(HN)和菲律宾群体(PH)共19尾个体的线粒体D-loop基因的核苷酸序列(约1017 bp),分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明:A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为39.8%、28.3%、12.4%、19.4%,A+T含量(68.1%)明显高于G+C含量(31.8%)。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度(Hd)、核苷酸多态性(Pi)、平均核苷酸差异数(k)分别为0.982、0.21577和219.655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1.000、0.26728和271.821,两个群体之间平均遗传距离(P)为0.3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D(海南群体D=1.35345,P>0.01;菲律宾群体D=0.79220,P>0.01)和Fs(海南群体Fs=3.759;菲律宾群体Fs=2.231)探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。 展开更多
关键词 花鳗鲡(Anguillia marmorata) 海南和菲律宾群体 线粒体d—loop基因 遗传多样性 种群进化历史
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线粒体基因组D-Loop区基因多态性与2型糖尿病的相关性 被引量:5
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作者 陈芳建 俞红 +1 位作者 樊璠 吕建新 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期265-272,共8页
随机选取199例浙江地区2型糖尿病患者与102例正常对照,采用聚合酶链反应(Polymerase chain re-action,PCR)、基因片段直接测序来检测线粒体基因组D-Loop区域基因变异情况,同时分析其与主要临床指标的关系。结果显示:线粒体基因组D-Loop... 随机选取199例浙江地区2型糖尿病患者与102例正常对照,采用聚合酶链反应(Polymerase chain re-action,PCR)、基因片段直接测序来检测线粒体基因组D-Loop区域基因变异情况,同时分析其与主要临床指标的关系。结果显示:线粒体基因组D-Loop区域为一高变异区,np73A-G、np263A-G、np16223C-T、np16519T-C为4个高变异位点;发现29个未见报道的新变异位点;np193A-G、np234A-G、np16108C-T等变异与糖尿病家族史有关。这表明浙江籍汉族人线粒体基因组D-Loop区存在大量基因多态性现象,此区域的某些变异可能与糖尿病的发生发展等具有一定相关性。 展开更多
关键词 线粒体基因 d—loop基因 2型糖尿病 变异
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线粒体基因D-Loop区单核苷酸变异与多囊卵巢综合征的相关性研究 被引量:1
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作者 胡志萍 张秋芳 +4 位作者 郝婷 王静 乔杰 张小为 王颖 《中国妇产科临床杂志》 2009年第5期370-373,共4页
目的探讨线粒体基因D-Loop区变异与多囊卵巢综合征(PCOS)发病及临床症状的相关性。方法收集北京大学第三医院生殖中心就诊的PCOS患者77例,男性因素或输卵管因素的不孕症患者45例,进行血DNA抽提和线粒体片段的扩增,测序分析PCOS与非PCOS... 目的探讨线粒体基因D-Loop区变异与多囊卵巢综合征(PCOS)发病及临床症状的相关性。方法收集北京大学第三医院生殖中心就诊的PCOS患者77例,男性因素或输卵管因素的不孕症患者45例,进行血DNA抽提和线粒体片段的扩增,测序分析PCOS与非PCOS组基因变异的差异及与临床症状的相关性。结果PCOS组与对照组D-Loop区均发现数个单核苷酸变异,其中195C/T、410A/T、491T/C、16094T/C、16173C/T、16185C/A、16225T/C、16313T/C、16321G/A、146T/C、150T/C、16190C/T、16322T/C、16364T/C是NC-001807.4线粒体数据库中报道过的多态性位点(SNPs);此外,还出现152T/C、248A/-、16184C/-、16195C/-、16300T/C和16306T/C6个SNPs。16184C/-位点在PCOS组与对照组比较,差异有统计学意义(P=0.034),而且在月经紊乱组与非紊乱组差异有统计学意义(P=0.043)。结论线粒体高变区单核苷酸变异位点中,除已报道的SNPs外,其余可能是中国汉族人特有的线粒体多态性位点。其中,16184C/-可能与PCOS的发病和月经周期的紊乱有关。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 线粒体基因 线粒体基因d—loop 单核苷酸多态性 月经紊乱
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Mutation in D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer and its significance 被引量:5
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作者 Yi-BingZhao Hong-YuYang Xi-WeiZhang Guo-YuChen 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2005年第21期3304-3306,共3页
AIM:To investigate the mutation in D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer and its influence on the changes of reactive oxygen species (ROS) and cell cycle. METHODS: The D-loop region was amplified by PCR... AIM:To investigate the mutation in D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer and its influence on the changes of reactive oxygen species (ROS) and cell cycle. METHODS: The D-loop region was amplified by PCR and sequenced.Reactive oxygen species and cell cycle were detected by flow cytometry in 20 specimens from gastric cancer and adjacent normal tissues.According to the sequence results,gastric cancer tissue was divided into mutation group and control group.Reactive oxygen species,apoptosis and proliferation in the two groups were compared. RESULTS:Among the 20 gastric cancer specimens, 18 mutations were identified in 7 patients,the mutation rate being 35%.There were four microsatellite instabilities in the mutations. No mutation was found in the adjacent tissues. Reactive oxygen species,apoptosis,and proliferation in the mutation group were all significantly higher than those in control group. CONCLUSION: Mutation in D-loop region plays a role in the genesis and development of gastric cancer. 展开更多
关键词 MITOCHONdRIA dNA d-loop MUTATION Reactive oxygen species
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Limited gene flow and partial isolation phylogeography of Himalayan snowcock Tetraogallus himalayensis based on part mitochondrial D-loop sequences 被引量:5
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作者 Xiaoli WANG Jiangyong QU +2 位作者 Naifa LIU Xinkang BAO Sen SONG 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第6期758-767,共10页
Himalayan snowcock Tetraogallus himalayensis are distributed in alpine and subalpine areas in China. We used mi- tochondrial DNA control-region data to investigate the origin and past demographic change in sixty-seven... Himalayan snowcock Tetraogallus himalayensis are distributed in alpine and subalpine areas in China. We used mi- tochondrial DNA control-region data to investigate the origin and past demographic change in sixty-seven Himalayan snowcock T. himalayensis. The fragments of 1155 nucleotides from the control region of mitochondrial DNA were sequenced, and 57 poly- morphic positions defined 37 haplotypes. A high level of genetic diversity was detected in all populations sampled and may be associated isolation of the mountains and habitat fragmentation and deterioration from Quaternary glaciations. In the phylogenetic tree, all haplotypes grouped into four groups: clade A (Kunlun Mountains clade), clade B (Northern Qinghai-Tibetan Plateau clade), clade C (Tianshan Mountains clade) and clade D (Kalakunlun Mountains clade). We found a low level of gene flow and significant genetic differentiation among all populations. Based on divergence time we suggest that the divergence of Himalayan snowcock occurred in the middle Pleistocene inter-glaciation, and expansion occurred in the glaciation. Analysis of mtDNA D-loop sequences confirmed demographic population expansion, as did our non-significant mismatch distribution analysis. In conclusion, limited gene flow and a pattern of partial isolation phylogeographic was found in geographic populations of T. hima- layansis based on the analysis on mtDNA D-loop sequences [Current Zoology 57 (6): 758-767, 2011]. 展开更多
关键词 Tetraogallus himalayensis Mitochondrial dNA control-region PHYLOGEOGRAPHY
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