赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析

研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和FST值,D-loop和Cyt b都一致表明:长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出"小则越小,大则越大"的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。

兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A+T为61.3%,G+C为38.7%,G+C含量明显低于A+T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度(Nucleotide diversity)Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A+T为60.9%,G+C为39.1%,G+C含量明显低于A+T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型(Haplotype),其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。

基于D-loop和Cyt b序列的大海马遗传变异分析

[目的]对大海马D-loop和Cyt b序列进行遗传变异分析。[方法]基于D-loop和Cyt b部分序列对东山岛(20尾)和泉州市(20尾)养殖场大海马进行遗传变异分析。[结果]获得的D-loop和Cyt b序列分别为707~709 bp和404 bp,且2种序列在2个大海马群体之间极其保守。D-loop和Cyt b序列G+C含量明显低于A+T含量,C含量也低于G含量,Cyt b序列第3位密码子G含量最少。东山岛和泉州市的大海马(各20条)D-loop序列的平均核苷酸差异数分别为0.489和0.958,且分别定义了3种和6种单倍型,东山岛和泉州市的大海马(各20条)Cyt b序列在2个群体之间相似度为100%,只定义了1种单倍型。[结论]研究表明D-loop和Cyt b序列在2个大海马群体中变异较小。

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cyt b基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性。经PCR扩增和测序,获得了783~785bp D-loop和818bp Cyt b的同源序列。两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15(D-loop)和11(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(H_d)分别为0.8966(D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0246(D-loop)和0.0498(Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cyt b)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cyt b)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cyt b)来自群体内。单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主。拉氏的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显。该结果可为拉氏的种质资源保护提供参考。

红水河鳙线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析

研究了红水河野生鳙Aristichthys nobilis上游、中游和下游3个群体29个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为823bp和1090 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了15个单倍型,存在17个多态位点,发生转换4次,插入/缺失13次。Cyt b序列共定义了5个单倍型,存在7个多态性位点,发生转换2次,插入/缺失5次。两序列分析结果表明,群体间和群体内遗传距离较小,遗传变异的分子变异等级不显著。上、中、下游均有共享单倍型,3个群体间遗传分化不大。

红水河草鱼线粒体D-Loop和Cyt b基因序列的对比分析

研究了红水河野生草鱼Ctenopharyngodon idellus上游、中游和下游3个群体29个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b (Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为846 bp和1083 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了9个单倍型,存在10个多态位点,发生转换4次,插入/缺失6次。Cyt b序列共定义了9个单倍型,存在9个多态性位点,发生转换1次,插入/缺失8次。两序列分析结果表明,群体间和群体内遗传距离较小,遗传变异的分子变异等级不显著。上、中、下游均有共享单倍型,3个群体间遗传分化不大。

红水河鲢线粒体D-Loop和Cyt b基因序列分析

研究了红水河野生鲢Hypophthalmichthys molitrix上游、中游和下游3个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b (Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为820 bp和1117 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了20个单倍型,存在74个多态位点,发生转换19次、颠换3次、插入/缺失52次。Cyt b序列共定义了9个单倍型,存在48个多态性位点,发生转换13次、颠换1次、插入/缺失34次。两序列分析结果表明,群体间和群体内遗传距离较小,遗传变异的分子变异等级不显著。上、中、下游均有共享单倍型,3个群体间遗传分化不大。

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构

本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。

太湖新银鱼线粒体D-loop和Cyt b片段序列结构与进化速率比较

共获得49个太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)全序列和控制区(D-loop)部分序列。所测线粒体D-loop部分序列长度变化范围为648～680bp,识别到位于前端的一个串联重复序列、一个终止相关序列(ETAS),3个中央保守区保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D)及一个保守序列区保守序列(CSB-1),结构与其他鱼类的研究结果类似。太湖新银鱼线粒体Cyt b和D-loop片段的相对进化速率的比较研究结果表明,太湖新银鱼D-loop总的序列多态性位点的比例为0.83%,低于线粒体Cyt b部分总的序列多态性位点的比例(1.31%)。假设太湖新银鱼Cyt b基因平均进化速率相对值为1,贝叶斯(Bayes)MCMC模拟给出Cyt b基因的相对速率区间估计为1.000±0.131,而D-loop基因的相对速率为0.859±0.261,表明太湖新银鱼D-loop基因的进化速率低于Cyt b基因,同时,后验概率分布的变异方差也比较大。说明Cyt b基因比D-loop基因具有相对较高的进化速率,也相对更接近分子钟假设。因此,可以认为Cyt b基因比D-loop基因更适于太湖新银鱼种内及近缘种间相关分子生态及系统地理格局的研究。

不同鲚属鱼类Cyt b和D-loop序列的比较及其判别早期生活史个体的潜力分析

使用mtDNA作为分子标记,基于1022 bp和1322 bp左右的部分序列分析刀鲚(Coilia nasus)、湖鲚(C.nasus taihuensis)、七丝鲚(C.grayii)及凤鲚(C.mystus)成鱼之间的遗传关系。结果显示,刀鲚和湖鲚间的遗传距离分别为0.0036±0.0008和0.0038±0.0008,凤鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.1215±0.0111、0.1228±0.0111(Cyt b)和0.1075±0.0108、0.1067±0.0107(D-loop),七丝鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.0342±0.0056、0.0351±0.0057(Cyt b)和0.0527±0.0069、0.0529±0.0070(D-loop),七丝鲚和凤鲚间的遗传距离分别为0.1158±0.0111和0.1123±0.0111。用Kimura双参数模型构建的2种序列的NJ分子系统树均显示,湖鲚和刀鲚不能形成独立的分支,而是混合聚在一起形成1个分支;七丝鲚和凤鲚则形成另外2个分支。首先根据采样点不同可初步断定未知仔幼鱼为刀鲚,稚鱼为湖鲚,而后对未知种仔幼鱼、稚鱼和刀、凤鲚鱼卵的2种序列的分析发现,不同采集点内部的这些早期生活个体间的遗传距离分别为0.0024~0.0032和0.0025~0.0082。在Kimura双参数模型构建的NJ分子系统树中,未知种仔幼鱼、稚鱼、刀鲚鱼卵与刀鲚、湖鲚聚为一类,凤鲚鱼卵与凤鲚聚为一支。由此可见,Cyt b基因序列和D-loop序列作为分子标记,虽然可以区分刀鲚、凤鲚以及七丝鲚的仔幼、稚鱼及鱼卵,但不能有效区分湖鲚和刀鲚的早期生活个体。

都柳江粗唇种群线粒体DNA Cyt b基因和D-loop序列组成及遗传多样性

以采自都柳江40尾粗唇（Leiocassis crassilabris）个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776～778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A＋T的含量高于G＋C的含量,但Cyt b基因碱基变异率（0.27%）显著低于D-loop的碱基变异率（3.34%～3.35%）。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚(Neophocaena phocaenoides)mtDNA的Cytb(377bp)和D-loop(343bp)片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T:29.0%,C:28.8%,A:27.2%,G:15.0%;D-loop片段的碱基组成平均为T:35.9%,C:21.8%,A:32.4%,G:9.9%。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28.9%,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换/颠换为13.3;D-loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31.8%,转换/颠换为2.4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P.sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。

基于线粒体D-loop区和Cyt b基因序列的四川裂腹鱼养殖群体遗传多样性

【目的】研究贵州毕节地区四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)养殖群体的遗传多样性,为其选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】PCR扩增、DNA测序获取四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列,采用相关软件分析序列变异和群体遗传多样性。【结果】四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列分别检测到9、34个核苷酸多态位点(S),对应定义7和8种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.765、0.842和0.00519、0.00826;中性检测和核苷酸错配分析显示四川裂腹鱼养殖群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。【结论】毕节地区四川裂腹鱼养殖群体具有较为丰富的遗传多样性,四川裂腹鱼养殖群体选择压力主要受到负向选择的影响,当前的人工选择对其Cyt b基因进化的影响有限。

新疆塔什库尔干牦牛mtDNA Cytb基因和D-Loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为27.72%、33.21%、12.92%、26.15%;在10个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,全部为转换,单倍型的多样性(Hd)为0.378,核苷酸的多样性(Pi)为0.00 205;D-loop区序列全长在890～910bp之间,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为26.12%、34.22%、25.27%、14.39%,共统计出36个SNP位点,其中转换11个,颠换21个,缺失3个,其单倍型多样性(Hd)为0.778,核苷酸多样性(Pi)为0.00 839。在基于Cytb基因的系统进化树中,塔什库尔干牦牛首先与巴州牦牛、青海牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类;在D-loop区的系统进化分析中,塔什库尔干牦牛则先与麦洼牦牛、大通牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。

苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列的遗传多样性

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因的全序列及D-loop的671bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNACyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNACyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。

基于Cytb与D-loop的罗非鱼选育群体遗传结构对比分析

对罗非鱼选育群体线粒体Cytb与D-loop序列遗传变异开展对比研究,得到5个选育世代群体内遗传距离比率范围0.754 67~0.872 81,平均值0.795 15,D-loop标记所得群体间遗传距离是Cytb方法所得相应遗传距离的约1.25倍。根据2种方法得到的群体间遗传分化指数比率范围为1.051 40~2.914 65,平均值为1.506 55。该研究结果可为其他类似研究提供参考。

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴（Zootoca vivipara）种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群（黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津）共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明：胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性

旨在研究鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性,并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列,对宽甸(KD)和丹东江域(DD)2个野生细鳞鱼群体和1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明:Cytb基因1141 bp,A+T含量53.55%,G+C含量46.45%,D-loop区序列988 bp,A+T含量62.75%,G+C含量37.25%;基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和56个多态性位点,定义了21和26种单倍型,其中KD、DD和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为14、10和7,KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10;遗传多样性分析Cytb基因表现出高单倍型多样性(0.986)和低核苷酸多样性(0.00466),而D-loop区表现出高单倍型多样性(0.981)和高水平的核苷酸多样性(0.01982),基于Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型,说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小,而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度;分子方差分析(AMOVA)发现群体内部的遗传变异(Cytb:73.38%;D-loop:85.91%)占比明显高于群体间的遗传变异(Cytb:26.62%;D-loop:14.09%),表明鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内,不同地理群体间的遗传变异不大;群体单倍型系统发育树表明,KD、DD和YZ群体间互有交叉,均未表现出明显的地理聚集,3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构,结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性,推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件,随后处于相对平衡稳定状态。

基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。

北江大刺鳅(Mastacembelus armatus)的核型分析及线粒体Cyt b基因和D-loop的遗传多样性

采用胸腔注射植物凝集素(PHA)、秋水仙素,以大刺鳅(Mastacembelus armatus)头肾组织为材料,低渗处理,空气干燥法进行染色体标本制备,分析其染色体核型。结果显示:大刺鳅的二倍体染色体数目为2n=48,其核型公式为2n=14m+34t, NF=62。对24尾大刺鳅线粒体Cyt b基因和D-loop序列进行测序分析,结果表明:(1)大刺鳅Cytb基因、D-loop序列长度分别为1438bp、895bp,两个基因的单倍型多样性分别为0.656和0.541,核苷酸多样性分别为0.00539和0.00817,平均核苷酸差异数分别为5.938和6.805,说明该种群的遗传多样性丰富。(2)两个基因的每个个体的遗传距离分别为0.000—0.018和0.000—0.026,说明该种群个体间的遗传距离小。(3)中性检验的Tajima’sD检验及Fu's Fs检验的结果说明该种群没有发生过扩张。结果说明北江大刺鳅的遗传多样性水平较高,可用于人工繁育。