酿酒酵母26S rDNA D1/D2区域序列分析及其系统发育研究

利用26SrDNAD1/D2区序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)保藏的22株酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)和1株威尔酵母(S.willianus)进行了复核鉴定,通过序列比对及构建系统发育树分析后,结果显示:21株菌株与原名称一致,与酿酒酵母CBS1171T序列相似性在99.0%以上;CICC1313原定名为威尔酵母,此次鉴定结果为酿酒酵母,与酿酒酵母CBS1171T序列相似性为99.8%;CICC1859与异常毕赤酵母(Pichiaanomala)CBS5759T相似性为100%,鉴定为异常毕赤酵母。进一步对酿酒酵母与酵母属内其他种之间的发育关系进行了分析,通过构建酵母属内各菌种模式株的26SrDNAD1/D2区系统发育树,发现酿酒酵母与属内其他菌种间差异均大于1%,表明26SrDNAD1/D2区域序列分析方法能够应用于酿酒酵母的分子生物学鉴定。

西南菌种站20株酵母菌种基于26S rDNA D_1/D_2区序列分析研究

利用26SrDNA基因D1/D2区序列分析法对西南菌种站保藏的20株酵母进行复核鉴定,通过序列比对分析及构建系统发育树,结果显示20株菌株与相关标准菌株的序列相似性在99%以上,表明26SrDNA基因D1/D2区序列分析方法能够应用于酿酒酵母、东方伊萨酵母、拜尔结合酵母、杰丁毕赤酵母以及胶红酵母等菌种分子生物学鉴定。

猪乙脑病毒分离株CSF.XZ2D在BHK21细胞上的传代培养及E基因序列分析

为了解河南省规模化猪场日本乙型脑炎病毒(JEV)流行株的特征及其遗传基因的稳定性,将猪乙脑病毒分离株CSF.XZ-2D在BHK-21细胞上进行连续传代培养,并对其E基因的遗传稳定性进行了研究。结果表明,经连续传代25次后病毒E基因趋于稳定,氨基酸位点E271(E→V)和E278(V→L)传代后发生稳定点突变。与JEV毒力相关的部分位点如E107、E138、E176、E177和E315遗传稳定性较高,经连续传代后均未发生突变,与SA14-14-2相应位点完全一致。但是,另外一些位点的遗传稳定性较差,如E279和E312分别出现K→M→K和K→R→K→R的反复突变。这些突变是否与JEV的宿主细胞适应性及毒力变化相关有待进一步研究。

甘肃小麦禾谷孢囊线虫rDNA-ITS和28SrDNA-D2/D3区序列特征及ITS-RFLP分析

禾谷孢囊线虫是危害禾谷类作物的重要病原,严重威胁我国小麦主产区的小麦产量和品质。利用通用引物对甘肃、河南、安徽禾谷孢囊线虫群体28SrDNA-D2/D3区和rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列测定,利用UPG-MA方法分析了甘肃省7个种群、河南1个种群、安徽1个种群的禾谷孢囊线虫群体D2/D3区和ITS区的系统发育关系;用9种限制性内切酶对7个甘肃禾谷孢囊线虫群体的rDNA-ITS区进行了RFLP分析。结果表明:中国甘肃的禾谷孢囊线虫rDNA-D2/D3区片段长度约为780bp,rDNA-ITS片段长度约为1040bp。7个甘肃禾谷孢囊线虫群体、1个河南安阳群体、1个安徽蚌埠群体的D2/D3区和新西兰的H.aucklandica群体亲缘关系很近;其ITS区同澳大利亚的H.australis、北京通州的H.avenae(AY148382)的亲缘关系很接近。RFLP分析表明,9种限制性内切酶酶切禾谷孢囊线虫群体的rDNA-ITS共产生了22个酶切片段,不同酶切的RFLP分布型在7个种群间没有差异。甘肃省禾谷孢囊线虫群体的rDNA-ITS区具有高度的保守性,与中国的C型群体相近,但不同于欧洲的A型群体和印度的B型群体。这是首次报道甘肃CCN种群分子特征。

大叶醉鱼草内生真菌LL3026菌株杀虫活性及ITS-5.8S rDNA序列分析

从大叶醉鱼草的叶子中分离得到一株内生真菌LL3026,以卤虫模型测稀释后发酵液的杀虫活性,结果表明LL3026发酵液杀虫活性较强,且温度、光照及紫外照射对LL3026发酵液杀虫活性影响不显著;采用分子生物学方法对LL3026菌株rDNA的ITS基因(ITS-5.8S rDNA)进行PCR扩增、测序,构建系统发育树。ITS基因显示其属于刺盘孢属真菌。

人重组磷脂酶D_2变构体cDNA和蛋白质序列分析

采用VectorNTI、DNATools等计算机分析软件及信息库 ,研究人重组磷脂酶D2 (rhPLD2 )变构体的生物学特征。rhPLD2具有多种基因结构和功能调控元件 ,其编码的蛋白质具有发挥功能所必需的活性保守基序和一定的空间结构 ,表明rhPLD2应是一种具有一定生物学功能的异质性蛋白质。

中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系。本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究。结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点,其中4个位点Ho、He和PIC值较低属于中低度多态,8个位点属于高度多态。卡方适合性检验表明,10个位点处于HarDY-Weinberg平衡状态(P>0.05)。各位点遗传变异与屠宰性状进行关联分析显示,位点1不同基因型个体在肉色性状方面差异显著(P<0.05),位点2不同基因型个体在大腿肉厚方面差异显著(P<0.05),位点3不同基因型个体在胴体重、屠宰率、眼肌面积和大腿肉厚几个重要屠宰性状差异显著(P<0.05),在肉色性状达到了差异极显著(P<0.01)。位点3杂合子AB基因型为优势基因型,其他位点AA为优势基因型。本研究表明,CACNA2D1基因可以作为中国西门塔尔牛部分屠宰性状候选基因,尤其是位点3可以作为中国西门塔尔牛屠宰性状的重要潜在分子标记,从而为中国西门塔尔牛现代育种提供一定参考。

广东汉族人群D22S1045、D1S1656、D2S441和D10S1248基因座的遗传多态性分析

目的调查广东汉族人群D22S1045、D1S1656、D2S441和D10S1248等4个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性。方法采用德国Qiagen公司的Hexaplex ESS试剂盒复合扩增169个广东汉族个体的4个STR基因座。扩增产物经美国ABI公司的3100遗传分析仪电泳分析其基因型,在各基因座均符合Hardy-Weinberg平衡的基础上计算其遗传学参数:基因频率、杂合度(H)、多态信息含量(P1C)、个体识别能力(PD)和非父排除率(PE)。结果169名无关个体4个STR基因座中共检出40个等位基因,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P】0.05),

IBVD41株主要结构基因及3′端非编码区序列分析

采用反转录及聚合酶链式反应 ( RT-PCR) ,成功地扩增出鸡传染性支气管炎病毒 ( IBV)人工致弱毒D41株 S1基因、M基因、N基因和基因组 3′端非编码区 ( U TR)的 c DNA。序列测定结果表明 :D41株的 S1基因全长 1611bp(从 ATG到 S前体蛋白裂解位点 ) ,编码一条由 53 7个氨基酸组成的多肽 ;M基因全长 678bp,编码一条由 2 2 6个氨基酸组成的多肽 ;N基因全长 12 3 0 bp,编码一条由 410个氨基酸残基组成的多肽 ,3′端 UTR长度为52 5bp,其中高变区 ( HVR)长度为 2 2 5bp。与国内外已报道的一些 IBV标准毒株的相应基因序列进行核苷酸序列同源性分析后发现 :D41株与麻省血清型的毒株同源性最高 ,尤其与国际常用的标准疫苗株 H52和 H12 0的亲缘关系最接近。但它与国内“腺胃型”毒株

腺胃病变型鸡传染性支气管炎病毒D971毒株S1基因的序列测定与分析

采用RT PCR方法扩增了鸡传染性支气管炎病毒D971毒株预期的 163 6bp的S1全基因DNA片段 ;以Sanger’s双脱氧末端终止法测定出其核苷酸序列 ,推导出了氨基酸序列 ,并用有关软件构建了S1基因进化树。结果表明 ,IBV D971毒株与国内外AF14 0 3 5 2 (山东农业大学 )、AF15 4841(山东农业大学 )、AF193 43 2 (青岛动物检疫所 )、AY0 43 3 12 (中国农业大学 )、AF3 975 2 8(四川农业大学 )、AY0 43 2 2 1(浙江农业大学 )、AF3 5 2 3 12 (浙江农业大学 )、U2 95 2 2 (澳大利亚 )和M2 1883 (英国 )毒株的核苷酸同源性分别为 99%、99%、95 %、94%、87%、86%、88%、82 %和 80 % ,氨基酸序列同源性依次分别为 93 %、93 %、87%、86%、83 %、83 %、82 %和 80 %。

松辽盆地北部徐家围子地区K_1sh+yc～K_1d_2成藏系统特征及主控因素分析

在分析徐家围子地区K1 sh +yc～K1 d2 成藏系统成藏条件的基础上 ,指出该系统具高温、高压、高矿化度的特征。分析了该区天然气成藏主要控制因素为盖源匹配关系、盖层分布、不整合和古隆起。盖源匹配关系控制天然气分布及聚集数量。盖层分布控制天然气聚集的场所。不整合控制着天然气的运移和聚集。

桑树磷脂酶MaPLA1-2D亚型4个基因的克隆与胁迫应答分析

磷脂酶(phospholipase)是一类在植物生长发育和胁迫应答中起重要调控作用的磷脂水解酶,也是一类重要的信号转导酶。而磷脂酶A1(PLA1)在植物应答生物胁迫和非生物胁迫中的功能研究鲜见报道。研究从桑树(Morus alba L.)中克隆了磷脂酶PLA1的1个亚型MaPLA1-2D基因,对其进行了序列分析、组织表达、胁迫诱导表达和蛋白亚细胞定位分析。结果表明,桑树PLA1-2D亚型基因包括4个成员,命名为MaPLA1-2D.1~MaPLA1-2D.4。4个基因在桑树根和叶中高水平表达,蛋白亚细胞定位在叶绿体。序列和进化分析表明MaPLA1-2D基因4个成员与拟南芥AtDAD1基因的保守结构域序列具有较高相似度且进化关系紧密。MaPLA1-2D基因4个成员的启动子含有多种胁迫应答顺式元件和激素响应元件;胁迫诱导表达模式分析表明MaPLA1-2D基因表达受干旱和脱落酸处理显著诱导。以上结果说明,MaPLA1-2D基因与拟南芥DAD同源,可能在桑树非生物胁迫应答中发挥重要功能。

焦磷酸测序技术检测细胞色素2D6* 10基因多态性方法的建立

目的利用焦磷酸测序技术建立高通量细胞色素2D6*1 0突变检测方法。方法应用带有生物素标记的扩增引物,经聚合酶链式反应扩增及Beads分离,制备该突变位点焦磷酸测序单链模板,并在PyroMarkID焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以经典ABI测序法测序结果作为标准对照,观察批量检测96例高血压患者DNA标本细胞色素2D6* 10突变的可靠性。结果建立了基于焦磷酸测序技术的一次性96例细胞色素2D6* 10突变位点的批量检测平台,经重复性检测和标准的ABI测序可靠性检测,焦磷酸测序法对细胞色素2D6* 10突变位点的突变检出率及重复率均达100%。结论本方法可准确、快速、高通量检测细胞色素2D6*10突变,可应用于该单核苷酸多态性位点批量检测需要。

动物CACNA2D1基因进化遗传研究

[目的]评估该基因在进化遗传中所受到的选择作用,揭示该基因的结构特征和保守性,为进一步研究该基因的功能奠定基础。[方法]参照NCBI数据库上发表的6种动物CACNA2D1基因编码序列,利用常规生物学软件,对动物CACNA2D1基因进行进化遗传分析。[结果]这6个动物的CACNA2D1基因序列核苷酸组成基本相同,其平均GC含量为42%,偏倚不严重,这6条同源序列的ENC值在50.319-53.624,CACNA2D1基因在密码子的使用上存在轻度偏倚,该基因各同源基因间的同义和非同义替换率之比不同,且变化范围较大,该基因在进化过程中极为保守且经历了净化选择。[结论]CACNA2D1基因可能是影响动物生长发育的重要候选基因,具有较高的研究价值。

rhPLD2与GPI-PLD的比较生物学信息分析

采用Vector NTI、DNATools等计算机分析软件及信息库对人重组磷脂酶D2(rhPLD2)与糖基化磷脂酰肌醇特异性磷脂酶D(GPI-PLD)进行比较生物学信息分析。rhPLD2不仅保留有PLD2的重要生物学活性和功能,而且可能可作为分泌型GPI-PLD蛋白的活性竞争分子,从而在炎症反应性疾病中发挥重要作用。

VASH-1、25(OH)VD、VEGF联合检测对2型糖尿病肾病患者早期诊断的观察与研究

目的:探讨2型糖尿病肾病患者血清血管生成抑制蛋白1(Vasohibin-1,VASH-1)、25-羟基维生素D(25-OH-VD)、血管内皮生长因子(Vascular Endothelial.Growth Factor,VEGF)、胱抑素C(Cystatin C,Cys C)、空腹血糖(Fasting Blood Glucose,FBG)联合检测对2型糖尿病肾病患者早期诊断的临床应用价值。方法:选择确诊为2型糖尿病肾病的患者166例,同时选择60例健康正常人为对照组,分析2型糖尿病肾病与VASH-1、25(OH)VD、VEGF、Cys C的相关性。结果:2型糖尿病肾病患者的VASH-1、VEGF、Cys C在血清中的水平显著升高,较正常对照组有显著性差异(P<0.05),且与病情的进展呈正相关;而25-OH-VD浓度明显降低,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05)。随病情进展25-OH-VD缺乏加重,糖尿病肾病患者血浆中25-OH-VD水平与UACR及FPG呈负相关。结论:VEGF是血管、淋巴内皮细胞的生长、分化及正常和异常血管新生的重要的调节因子,在生理和病理性血管新生中起重要作用。2型糖尿病患者随着DN微血管病变的进展,通过负反馈作用使得血清VASH-1浓度明显升高,对VEGF诱导的以出芽方式血管生成起到抑制作用,从而达到对肾脏的保护作用。糖尿病肾病患者血清中25-OH-VD水平低于健康人群,25-OH-VD缺乏与糖尿病肾病严重程度相关。

基于Ion Torrent PGM^(TM)测序平台的CSF1PO和D18S51基因座分析

目的应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对CSF1PO和D18S51基因座进行分析检测,研究CSF1PO和D18S51基因座的序列多态性。方法采集165例中国汉族无关个体外周血样,应用QIAamp DNA Mini试剂盒提取样本DNA,Ion Plus Fragment Library试剂盒构建文库,在Ion Torrent PGMTM测序平台上进行DNA序列测定,针对新发现的等位基因进行Sanger测序验证。应用Torrent SuiteTMv5.0.2和Integrative Genomics Viewer软件分析数据,进行基因型鉴定和频率统计,运用PowerState v12软件对数据进行统计学处理。结果应用NGS技术同时获得了CSF1PO和D18S51基因座长度多态性和序列多态性,在CSF1PO基因座中,发现了1个新的基因型,在D18S51基因座中,发现2个新的基因型。采用Sanger测序法对NGS技术检测新发现的等位基因进行验证,验证结果一致。结论应用二代测序技术可检测CSF1PO和D18S51基因座核心重复序列的结构,提高基因座的识别效能。

我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革２型病毒Ｄ２－４３株、Ｄ２－０４株的基因组进 行 了全序列测定，在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序 列进行了比较分析，结果表明Ｄ２－４３株与Ｄ２－０４株基因组全长约为１０ ７２３ｎｔ，核苷酸序列的同源性为９５．１％，氨基酸序列的同源性为９７．６％， 不存在特别的高变区。这两株序列中共有８３个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化，其中２１个 差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化，位于登革病毒粒子表面的Ｅ糖蛋白第１２６位氨 基酸由Ｇｌｕ （Ｄ２－０４株）→Ｌｙｓ（Ｄ２－４３株）的变化对其抗原性有影响，可能引起了病毒对鼠神 经 毒力的改变。对结构糖蛋白Ｅ基因的聚类分析表明Ｄ２－４３株与新几内亚株、台湾８７株及菲律 宾 ８３株亲缘关系较近，Ｄ２－０４株与牙买加株及巴西９０年分离株的亲缘关系较近，表明我国存 在不同起源的登革２型病毒感染。

基因芯片法测定中国人群细胞色素P450 2D6的基因多态性

目的:根据细胞色素P4502D6基因序列的多态性分布特点,针对在中国人群药物代谢中具有潜在作用的突变位点C188T和G4268C,设计寡核苷酸探针,制备寡核苷酸芯片,探讨基因芯片技术应用于CYP2D6基因分型的可行性,观察中国人群细胞色素P4502D6的基因多态性。方法:实验于2005-02/08进行。以克隆并已测序的细胞色素P4502D6基因重组质粒作为标准样品,扩增产物与芯片进行杂交,制备基因芯片,测定312名中国健康志愿者(已签署知情同意书)细胞色素P4502D6基因分型,并使用直接测序法对结果进行验证。结果:312名全部进入结果分析。①312名中国健康志愿者中CYP2D62和CYP2D610的变异频率分别为CYP2D62W10W8.3%,2H10W13.5%,2M10W10.6%,2M10H17.0%,2M10M34.6%,2H10H9.6%,2H10M6.4%。②对部分样本采用直接测序的方法进行进一步确证,结果完全吻合。结论:①CYP2D62和CYP2D610突变型等位基因在中国人群中出现的频率较高。②基因芯片法简便、快捷,适用于中国人群细胞色素P4502D6基因分型研究。

关于GB 18267—2013《山羊绒》中山羊绒手排长度检测指标的分析

2014年5月9日开始实施新标准GB 18267—2013《山羊绒》。其中手排长度试验中增加了一个考核指标即长度变异系数及其计算方法。本文通过100批次分梳山羊绒手排长度试验及试验数据的统计,对分梳山羊绒手排长度品质检测各项技术指标进行了分析。意义在于加强新标准的宣贯和执行,特别强调在生产、收购、流通领域的毛绒企业要严格执行GB 18267—2013《山羊绒》。