全基因组关联研究中NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值在DNA质检中的意义

目的探讨NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值对全基因组关联研究(GWAS)中DNA标本质检的意义。方法收集1 494例强直性脊柱炎(AS)患者的血液DNA样本,分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度。第一阶段,对24例NanoDrop和PicoGreen浓度>50ng/μL的DNA样本行Omni中华8芯片检测,比较16例芯片成功样本与8例失败样本的D_(260)/D_(280)值及D_(260)/D_(230)值。第二阶段,选取1 122例NanoDrop和PicoGreen检测浓度均大于50ng/μL DNA样本行管家基因GAPDH的PCR检测,并对PCR反应成功的样本行Omni中华8芯片检测。采用Mann-Whitney U检验比较PCR反应成功与失败DNA样本的D_(260)/D_(230)值,采用受试者工作特征(ROC)曲线评价D_(260)/D_(230)值对PCR结果的鉴别效率。结果第一阶段中,芯片成功与失败样本的D_(260)/D_(280)值差异无统计学意义(P=0.444),而D_(260)/D_(230)值差异有统计学意义(Z=-3.920,P<0.001);第二阶段中,PCR成功的DNA样本基因分型检测成功率为100%,PCR成功与失败组的D_(260)/D_(230)值比较差异有统计学意义(Z=-5.983,P<0.01)。D_(260)/D_(230)值预测PCR结果的曲线下面积(AUC)为0.727;最佳诊断点的D_(260)/D_(230)值为0.89;特异度为0.95时的D_(260)/D_(230)值为2.305。结论在进行GWAS时,浓度及D_(260)/D_(280)值均较好而D_(260)/D_(230)值较低的DNA样本可能含有较多杂质,需联用PCR检测以确保样本质量;D_(260)/D_(230)值≥2.305时,样本纯度满足GWAS芯片检测的要求,可省略PCR检测。