全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选,获得其中的1533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值,并用Datamonkey在线分析平台通过MEME,SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点,分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测,D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用,需要加以重视,并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。

2015~2018年柯萨奇病毒A组6型在黑龙江省的持续流行

手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一类常见的儿童传染病,自2009年以来,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)已经成为引起HFMD流行持续循环的重要病原之一,是其他肠道病毒(Enterovirus,EV)中的优势病原,而黑龙江省CV-A6相关研究报道尚欠缺。本研究为了解2015~2018年黑龙江省HFMD流行概况和病原学组成,并分析该地区CV-A6的基因特征,收集2015~2018年黑龙江省HFMD疫情资料进行流行病学分析,并采集HFMD病例临床标本进行EV核酸检测。对分离出的EV毒株进行CV-A6的特异性荧光定量PCR法检测,对所有CV-A6阳性毒株进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定,并与GenBank上下载的CV-A6分型代表株构建系统进化树,以了解CV-A6的基因特征。流行病学结果显示,2015~2018年黑龙江省HFMD疫情平稳且2017年有所下降,无死亡病例。黑龙江省每年7月~8月为HFMD流行高峰,患病人群平均年龄为(4.39±3.74)岁,男女患病比例为1.44∶1。全省13个地市均收集到标本,哈尔滨市标本数最多,占36.77%。2015~2018年在黑龙江省共分离到69株CV-A6,与CV-A6原型株的核苷酸相似性为81.8%~83.9%,氨基酸相似性为94.0%~96.3%,均属D3基因亚型的D3a进化分支。尽管肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和CV-A16为主要病原,但D3基因亚型的CV-A6也已成为引起黑龙江省HFMD流行的稳定型别之一,且有加强的趋势,因此应加强CV-A6疫情的监控和分析,为该地区HFMD防控及疫苗研制提供基础数据。