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山羊DCT基因启动子活性区及其转录因子调控探究 被引量:5
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作者 刘春杨 张乐超 +3 位作者 王麒 周荣艳 李兰会 李祥龙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期55-64,共10页
旨在探究山羊DCT基因启动子活性区及相关转录因子对该基因的调控作用,为山羊DCT基因的表达调控提供理论依据。通过对山羊DCT基因5′侧翼区序列及第一外显子区序列进行生物信息学分析,并与人和小鼠DCT基因启动子序列进行比对,同时结合在... 旨在探究山羊DCT基因启动子活性区及相关转录因子对该基因的调控作用,为山羊DCT基因的表达调控提供理论依据。通过对山羊DCT基因5′侧翼区序列及第一外显子区序列进行生物信息学分析,并与人和小鼠DCT基因启动子序列进行比对,同时结合在线启动子预测结果,采用快速克隆的方法构建5个5′系列缺失序列的启动子报告基因载体,以此为基础构建3′缺失序列的6个报告基因载体,并构建SOX10、MITF和OTX2转录因子结合位点点突变的6个报告基因载体,以瞬时转染的方法转染A375细胞,双荧光素酶检测试剂盒检测缺失片段和点突变片段的启动子活性。结果表明,成功构建了山羊DCT基因11个不同长度的启动子报告基因载体,-990^+232bp的P3片段荧光素酶活性极显著高于其他片段(P<0.01),基于P3构建的3′系列缺失片段中-881^-154bp的P8片段荧光素酶活性极显著高于其他片段(P<0.01)。转录因子SOX10结合位点突变的载体荧光素酶活性极显著降低(P<0.01),MITF和OTX2结合位点突变的载体荧光素酶活性极显著增强(P<0.01)。山羊DCT基因启动子核心调控区位于-881^-154bp区域,转录因子SOX10对山羊DCT基因发挥正调控作用,而转录因子MITF和OTX2对山羊DCT基因的调控作用尚需深入研究。 展开更多
关键词 山羊 dct基因 启动子 SOX10 MITF OTX2
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山羊DCT基因启动子区甲基化水平、SNP与毛色特征关系研究 被引量:5
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作者 杜小龙 王麒 +5 位作者 张乐超 葛琳涵 刘小辉 王涵 李兰会 李祥龙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期271-279,共9页
旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测... 旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045~-318)。在g.-348~-150区域和g.+222~+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P<0.05和P<0.01),并且g.+222~+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P<0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T> G、g.-705C> T和g.-679G> A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T> G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P<0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222~+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804T> G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。 展开更多
关键词 山羊毛色 dct基因 启动子区 甲基化 SNP
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赤狐DCT基因生物信息学分析 被引量:1
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作者 王瑞宁 赵子雅 +6 位作者 冯硕 周瑞红 胡露露 彭永东 巩元芳 刘铮铸 李祥龙 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第23期127-130,173,共5页
为了探讨赤狐DCT基因及其所编码蛋白的性质和功能,进而为挖掘赤狐毛色基因调控机理提供理论基础,试验利用生物信息学分析方法对NCBI中公布的赤狐DCT基因序列(登录号为XM_026003622.1)的编码序列(CDS区)及其编码蛋白的理化性质、跨膜结... 为了探讨赤狐DCT基因及其所编码蛋白的性质和功能,进而为挖掘赤狐毛色基因调控机理提供理论基础,试验利用生物信息学分析方法对NCBI中公布的赤狐DCT基因序列(登录号为XM_026003622.1)的编码序列(CDS区)及其编码蛋白的理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、信号肽、高级结构进行了分析。结果表明:赤狐DCT基因CDS区全长1650 bp,共编码549个氨基酸;编码蛋白等电点为6.07,含有20种氨基酸,其中亮氨酸(Leu)含量最高;编码蛋白为不稳定亲水性蛋白;该蛋白主要定位于细胞质、分泌小泡、线粒体等细胞器中,为跨膜蛋白;该蛋白存在43个磷酸化位点,且不存在信号肽;DCT蛋白主要为无规则卷曲结构;该基因保守性较好,且与其遗传关系最近的为家犬。 展开更多
关键词 赤狐 dct基因 基因序列 蛋白质 生物信息学分析
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半滑舌鳎酪氨酸酶基因(TYR)和多巴色素异构酶基因(DCT)的克隆表达与分析 被引量:4
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作者 吴垚磊 李仰真 +3 位作者 王娜 马腾 赵玉柱 陈松林 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第6期42-52,共11页
作为我国鲆鳎鱼类中的一种主要养殖品种,半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)有时会发生无眼侧黑化(Melanism)、有眼侧白化(Albinism)的体色异常现象。本研究克隆了半滑舌鳎体色相关的酪氨酸酶基因(TYR)和多巴色素异构酶基因(DCT)的cDNA序... 作为我国鲆鳎鱼类中的一种主要养殖品种,半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)有时会发生无眼侧黑化(Melanism)、有眼侧白化(Albinism)的体色异常现象。本研究克隆了半滑舌鳎体色相关的酪氨酸酶基因(TYR)和多巴色素异构酶基因(DCT)的cDNA序列,并对这2个基因进行系统发育分析和时空表达分析。实验获得了TYR基因编码区cDNA序列长度为1620 bp,编码539个氨基酸;DCT基因编码区cDNA序列长度为1551 bp,编码516个氨基酸。结果显示,TYR和DCT在20日龄前的鱼苗体内表达量较高,尤其是在变态关键时期(15~20日龄)表达量最高,30日龄时的表达量锐减到很低水平;在其他时期的皮肤组织中,这2个基因在有眼侧正常皮肤和无眼侧黑化皮肤的表达量最高,在有眼侧白化皮肤和无眼侧正常皮肤中表达量极低;在其他时期的其他组织中,在眼睛中的表达量最高,其次是肝脏,在脾脏和肌肉中表达量极低。研究表明,TYR和DCT基因是半滑舌鳎无眼侧黑化发生和有眼侧体色维持的关键基因。本研究为查明半滑舌鳎体色异常机制提供了重要依据和参考。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 体色 酪氨酸酶基因(TYR) 多巴色素异构酶基因(dct)
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动物毛色候选基因DCT的研究进展 被引量:4
5
作者 王亚琪 胡露露 +4 位作者 王瑞宁 刘铮铸 巩元芳 李祥龙 彭永东 《河北科技师范学院学报》 CAS 2019年第1期54-57,共4页
就DCT基因编码蛋白的结构、基因的功能、与动物毛色的关系及有关生物信息学研究进展进行了概述,并对今后DCT基因在动物毛色方面的研究进行了展望。
关键词 动物毛色 候选基因 dct 研究进展
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水貂DCT基因启动子的克隆及转录调控元件分析
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作者 王亚琪 胡露露 +4 位作者 王瑞宁 刘铮铸 巩元芳 李祥龙 彭永东 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期146-150,183,共6页
为了找到水貂多巴色素异构酶(DCT)基因启动子活性区域及转录因子结合位点,试验采用PCR扩增与克隆,构建双荧光素酶报告基因重组质粒,分别转染到293T细胞和A375细胞,测定其活性,并利用在线软件对序列进行生物信息学分析,预测水貂DCT基因... 为了找到水貂多巴色素异构酶(DCT)基因启动子活性区域及转录因子结合位点,试验采用PCR扩增与克隆,构建双荧光素酶报告基因重组质粒,分别转染到293T细胞和A375细胞,测定其活性,并利用在线软件对序列进行生物信息学分析,预测水貂DCT基因核心启动子区域的转录因子结合位点。结果表明:得到的6个不同长度的启动子片段均具有明显的启动子活性,且-1 292~+113 bp区域活性最高,提示其为水貂DCT基因核心启动子区域;成功筛选出337 bp水貂DCT基因活性较高的启动子片段,发现转录因子特异性蛋白1(Sp1)可能是调控启动子活性的重要转录因子。 展开更多
关键词 水貂 启动子 dct基因 克隆 活性
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中华鳖dct基因克隆及表达分析
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作者 刘文婷 许鹏 +2 位作者 张娜 管越强 张耀红 《河北大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2019年第6期619-628,共10页
为了阐明中华鳖酪氨酸酶家族成员dct基因的结构与表达特征,根据Ensembl数据库的中华 鳖dct基因序列设计引物,运用RT-PCR技术进行开放阅读框(openingreadingframe,ORF)克隆,并进行 生物信息学分析,进而采用实时荧光定量PCR(quantitativer... 为了阐明中华鳖酪氨酸酶家族成员dct基因的结构与表达特征,根据Ensembl数据库的中华 鳖dct基因序列设计引物,运用RT-PCR技术进行开放阅读框(openingreadingframe,ORF)克隆,并进行 生物信息学分析,进而采用实时荧光定量PCR(quantitativereal-timePCR,q-PCR)技术检测正常体色和黄 色中华鳖肺、肾脏、裙边和肌肉组织的mRNA表达水平.结果显示中华鳖dct基因ORF区全长1578bp,编 码525个氨基酸,2种体色鳖dct基因序列完全一致;氨基酸序列分析得C末端无L-亮氨酸基序;N末端含 有1个信号肽结构域;预测蛋白(成熟肽)分子质量为56.449ku,理论等电点为6.67,不稳定指数为38.71,表 明DCT蛋白是酸性稳定蛋白;预测DCT蛋白为亲水性蛋白;含有跨膜结构域、类表皮生长因子结构域、层 粘连蛋白型类表皮生长因子结构域和2个铜离子结合结构域.系统发育树分析显示,在dct基因进化过程 中,中华鳖与绿海龟和锦龟的亲缘关系较近.q-PCR结果表明:dct基因在同一个体各组织中均有表达,肺组 织中相对表达量最高,且极显著高于其他3种组织;黄色中华鳖肺、肾脏和裙边组织dct表达水平与正常体 色鳖的相应组织均存在显著性差异.结果表明,中华鳖体色变异与dct基因突变无关,但dct基因表达改变 可能对体色变异起了一定的作用. 展开更多
关键词 中华鳖 dct基因 克隆 生物信息学 Q-PCR
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miR-2366靶向DCT基因调控香猪黑色素细胞黑色素生成的分子机制研究
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作者 毕欢 袁巍 +1 位作者 张雨丹 陈伟 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3674-3682,共9页
【目的】明确miR-2366通过靶向作用多巴色素异构酶基因(DCT)对黑色素细胞中黑色素生成的影响,为解析剑白香猪“两头乌”毛色的形成机制打下理论基础。【方法】以剑白香猪为研究对象,通过酶解法测定不同毛色皮肤组织总黑色素提取率,利用... 【目的】明确miR-2366通过靶向作用多巴色素异构酶基因(DCT)对黑色素细胞中黑色素生成的影响,为解析剑白香猪“两头乌”毛色的形成机制打下理论基础。【方法】以剑白香猪为研究对象,通过酶解法测定不同毛色皮肤组织总黑色素提取率,利用碱溶法测定不同颜色毛发中不同种类黑色素的含量,以实时荧光定量PCR检测miR-2366和DCT、TYR和TYRP1基因在不同毛色皮肤组织中的表达情况;根据miR-2366与DCT基因的靶向关系,人工合成双荧光素酶报告载体(pmirGL0-DCT-3’-UTR-wt和pmirGL0-DCT-3’-UTR-mut)及miRNA-2366过表达载体mimic、抑制载体inhibitor和阴性对照NC,分别转染剑白香猪黑素细胞后,通过实时荧光定量PCR和Westernblotting检测DCT、TYR和TYRP1基因的相对表达量及其蛋白表达水平,并以碱溶法检测转染黑色素细胞中的总黑色素含量。【结果】在剑白香猪黑色皮肤组织中,总黑色素提取率极显著高于白色皮肤组织(P<0.01,下同);在黑色毛发中,总黑色素、棕黑色素和真黑色素含量也极显著高于白色毛发;在黑色皮肤组织中,miR-2366的相对表达量极显著低于白色皮肤组织,而DCT、TYR和TYRP1基因的相对表达量极显著高于白色皮肤组织。在转染试验中,miR-2366mimic能极显著下调DCT、TYR和TYRP1基因表达,显著降低DCT、TYR和TYRP1蛋白表达(P<0.05);导致黑色素细胞中黑色素含量极显著降低36.0%;而miR-2366 inhibitor极显著上调DCT、TYR和TYRP1基因及其蛋白的表达,促使黑色素细胞中黑色素含量极显著升高20.0%。【结论】miR-2366通过靶向负调控DCT基因表达而调节黑色素细胞中的黑色素含量,进而调控剑白香猪毛色的形成,提示miR-2366对黑色素的生成具有调控作用。 展开更多
关键词 剑白香猪 miR-2366 多巴色素异构酶基因(dct) 黑色素
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结肠癌基因表达谱降噪算法研究
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作者 卢海红 卢小杰 《医学理论与实践》 2015年第14期1832-1834,共3页
目的:对肿瘤基因表达谱的分类和提取过程中大量的数据噪声进行研究。方法:在总结前人研究的基础上,本文研究了离散余弦变换和小波变换两种变换算法,且着重介绍了小波变换。结果:对结肠癌基因表达谱进行实验验证,实验结果表明降噪效果良... 目的:对肿瘤基因表达谱的分类和提取过程中大量的数据噪声进行研究。方法:在总结前人研究的基础上,本文研究了离散余弦变换和小波变换两种变换算法,且着重介绍了小波变换。结果:对结肠癌基因表达谱进行实验验证,实验结果表明降噪效果良好,并且有效的保留了主要分量。结论:生物医学信息方法结合数学算法能够很好的对肿瘤基因表达谱进行分析和处理。 展开更多
关键词 基因表达数据 噪声 dct 小波变换
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Transmembrane structure and function of dctPQM encoding C4-dicarboxylate transport proteins from nitrogen-fixing P.stutzeri A1501 被引量:1
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作者 YAN Chunling LIN Min +5 位作者 WAN Yusong HOU Shengqiang PING Shuzhen CHEN Ming ZHANG Baoming C. Elmerich 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2003年第17期1811-1815,共5页
C4-dicarboxylate transport proteins of di-azotroph Pseudomonas stutzeri were encoded by dctPQM genes. Nucleotide sequence analysis indicated that dctP, dctQ, and dctM grouped together. Its nucleotide and amino acid se... C4-dicarboxylate transport proteins of di-azotroph Pseudomonas stutzeri were encoded by dctPQM genes. Nucleotide sequence analysis indicated that dctP, dctQ, and dctM grouped together. Its nucleotide and amino acid sequence shared high homology with that of dctP gene en-coding periplasmic C4-dicarboxylate-binding protein and dctQM genes encoding C4-dicarboxylate transport proteins from the free-living nitrogen-fixing Aotobacter vinelandii. Structural analysis showed that DctP of P. stutzeri did not include membrane-spanning regions, and DctQ and DctM contained 5 and 12 transmembrane segments, respectively. The fragment containing the complete dctPQM genes was cloned into the Tn5 transposon region of suicide mobiliza-tion plasmid pSZ21. The resultant plasmid was named pSZY6. By triparental mating, Tn5 transposon carrying the dctPQM genes inserted into the genome of the wild type strain A1501, randomly. The recombinant strain A-142 which harboured an extra copy of dctPQM genes was con-structed and identified by PCR amplification of npt II gene. When A-142 was grown in minimal medium with different concentrations (20, 10 and 5 mmol/L) of C4-dicarboxylates succinate, malate, or fumarate as the sole carbon source, the rate of nitrogen fixation assayed by acetylene reduction was significantly higher than that of the wild-type strain A1501. This result was established that an extra copy of dctPQM genes could increase the activity of nitrogen fixation of P. stutzeri strain A1501. 展开更多
关键词 固氮生物 假单胞菌 C4-二羧酸 转运蛋白 dctPQM基因 核苷酸序列分析 横跨膜结构 基因编码
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UVA诱导抗Ro/SSA血清注射多巴色素异构酶基因敲除小鼠表皮细胞凋亡
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作者 王首帆 戴杏 +1 位作者 雷铁池 徐世正 《中华皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期25-27,共3页
目的探讨人抗Ro/SSA血清腹腔注射多巴色素异构酶基因敲除小鼠(Dct^-/-)与野生型C57BL/6J小鼠对慢性UVA照射诱导表皮细胞凋亡的易感性。方法将高滴度人抗Ro/SSA血清间断腹腔注射于Dct^-/-小鼠与野生型C57小鼠,随后给予小鼠慢性UVA... 目的探讨人抗Ro/SSA血清腹腔注射多巴色素异构酶基因敲除小鼠(Dct^-/-)与野生型C57BL/6J小鼠对慢性UVA照射诱导表皮细胞凋亡的易感性。方法将高滴度人抗Ro/SSA血清间断腹腔注射于Dct^-/-小鼠与野生型C57小鼠,随后给予小鼠慢性UVA照射。每次照射剂量为10J/cm^2,共6次,累计剂量为60J/cm^2。取尾部照射区域皮肤,行石蜡包埋组织切片,经HE染色和TUNEL标记在光镜下分别计数每个视野100个表皮细胞中日晒伤细胞(SBC)数和凋亡细胞数。结果经慢性UVA照射后,抗Ro/SSA血清注射Dct^-/-小鼠SBC数为(14±1.0)/100个表皮细胞,凋亡细胞数为(62±2.7)/100个表皮细胞。血清注射C57野生型小鼠SBC数为(7±0.6)/100个表皮细胞,凋亡细胞数为(30±1.6)/100个表皮细胞,两者比较差异均有统计学意义(P〈0.05)。而未注射血清的Dct^-/-小鼠SBC数为(6±0.9)/100个表皮细胞,凋亡细胞数为(42±2.5)/100个表皮细胞,与注射血清的Dct^-/-小鼠相比差异有统计学意义(P〈0.05)。结论当一定浓度的抗Ro/SSA抗体存在时,表皮黑素细胞Dct基因缺陷能增强慢性UVA诱导的表皮细胞凋亡,可能关系到红斑狼疮患者抗Ro/SSA抗体介导皮肤光敏感性发生。 展开更多
关键词 抗Ro/SSA抗体 细胞凋亡 畏光 基因 dct
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温度诱导Targetron系统用于大肠杆菌高效基因失活 被引量:2
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作者 赵行行 程玉梅 +6 位作者 吴昌学 任玮 饶凤琴 周倩 崔古贞 齐晓岚 洪伟 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1659-1671,共13页
构建基于Te I3c/4c嗜热二型内含子的温度诱导Targetron基因失活系统(Thermotargetron),并应用于中温微生物基因编辑。在大肠杆菌HMS174(DE3)基因组中,选择Subunitofflagellum基因(fliC)和C4dicarboxylate orotate:H+symporter基因(dctA... 构建基于Te I3c/4c嗜热二型内含子的温度诱导Targetron基因失活系统(Thermotargetron),并应用于中温微生物基因编辑。在大肠杆菌HMS174(DE3)基因组中,选择Subunitofflagellum基因(fliC)和C4dicarboxylate orotate:H+symporter基因(dctA)为靶基因。根据Te I3c/4c DNA识别规则,在fliC和dctA基因中选择fliC489a、fliC828s、fliC1038s和dctA2a位点为基因打靶位点。使用重叠延伸PCR方法,基于pHK-TT1A质粒构建打靶载体。打靶载体转化HMS174菌株,对数期转化子培养液48℃热激1h后涂布于氯霉素抗性LB平板上。使用菌落PCR和DNA测序检测突变株并计算基因失活效率。获得突变株后,通过琼脂穿刺和碳源代谢实验,鉴定ΔfliC、ΔdctA突变株表型变化。菌落PCR测序结果表明,Te I3c/4c插入到fliC和dctA基因设计位点,且打靶效率高达100%。突变株表型验证实验表明,ΔfliC突变株运动能力显著下降,ΔdctA突变株苹果酸代谢能力缺失。综上所述,文中建立了一套适用于嗜中温微生物的温度诱导型、高效基因失活系统,该系统可通过控制宿主菌在48℃保温时间实现高效、靶向、精准基因失活。 展开更多
关键词 嗜热targetron Ⅱ型内含子 温度诱导 基因失活 大肠杆菌 FLIC dctA
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