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番茄DDB2蛋白的生物信息学分析、亚细胞定位及在E3复合体中的相互作用关系 被引量:5
1
作者 乔麦菊 唐晓凤 +2 位作者 刘继恺 余进德 刘永胜 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期46-54,共9页
紫外(UV)辐射诱导的DNA损伤可导致农作物减产。DDB2蛋白参与由紫外辐射造成的DNA损伤的修复过程已经在人类、水稻和拟南芥中得到证实。DDB2与DDB1、CUL4相互作用形成E3泛素连接酶复合体,该复合体对植物根茎生长、花期调控和光形态建成... 紫外(UV)辐射诱导的DNA损伤可导致农作物减产。DDB2蛋白参与由紫外辐射造成的DNA损伤的修复过程已经在人类、水稻和拟南芥中得到证实。DDB2与DDB1、CUL4相互作用形成E3泛素连接酶复合体,该复合体对植物根茎生长、花期调控和光形态建成等多种植物发育过程起调控作用。成功克隆了番茄DDB2基因,构建了DDB2-黄色荧光蛋白融合表达载体。通过对野生型番茄UV辐射后DDB2基因表达水平的半定量分析,证明番茄DDB2基因受UV诱导表达;运用生物信息学分析对DDB2蛋白序列与模式生物进行同源比对,发现2个WD-40重复和一个DWD盒保守结构域;通过对DDB2融合黄色荧光蛋白转基因番茄根尖的荧光显微观察,证实番茄DDB2定位于细胞核。利用酵母双杂交实验证明了番茄DDB2与DDB1和CUL4之间的相互作用关系,推测DDB1蛋白作为DDB2与CUL4蛋白的桥梁形成CUL4-DDB1-DDB2复合体。 展开更多
关键词 番茄 ddb2 亚细胞定位 酵母双杂交分析
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DDB2基因不同转录本在胃癌和正常胃组织中的表达差异及其对胃癌细胞增殖的影响 被引量:1
2
作者 郑博文 刘经纬 +1 位作者 孙丽萍 邢承忠 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期30-33,39,共5页
目的探讨DDB2基因不同转录本在胃癌和远端正常胃组织中的表达差异及其对胃癌细胞增殖的影响。方法提取22对胃癌和远端正常胃组织的总RNA,利用实时定量PCR(RT-qPCR)检测DDB2基因WT和D1转录本的表达。构建DDB2基因WT和D1过表达质粒以及空... 目的探讨DDB2基因不同转录本在胃癌和远端正常胃组织中的表达差异及其对胃癌细胞增殖的影响。方法提取22对胃癌和远端正常胃组织的总RNA,利用实时定量PCR(RT-qPCR)检测DDB2基因WT和D1转录本的表达。构建DDB2基因WT和D1过表达质粒以及空载体,分别将其转染入胃癌BGC823细胞中。采用Western blotting检测各组细胞中转染质粒的表达情况、细胞凋亡行为和上皮-间充质转化情况,采用CCK-8实验检测各组细胞的增殖情况。结果胃癌组织中DDB2基因D1转录本的表达水平显著高于远端正常胃组织(P<0.01),而WT转录本的表达无明显差异。体外实验中,WT转录本促进BGC823细胞增殖(P<0.05),而D1转录本抑制BGC823细胞增殖(P<0.01)。2种转录本对胃癌细胞的凋亡行为和上皮-间充质转化现象无明显影响。结论DDB2基因D1转录本在胃癌组织中表达增强,不同转录本对胃癌细胞的增殖行为产生相反作用。 展开更多
关键词 ddb2基因 WT转录本 D1转录本 胃癌
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人DDB2基因及蛋白质的生物信息学分析 被引量:1
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作者 王淮 杨健康 《楚雄师范学院学报》 2020年第3期74-80,共7页
分析DNA损伤特异结合蛋白2(DDB2)基因的启动子、CpG岛、转录因子结合位点、基因表达情况;分析DDB2蛋白的理化性质、同源性、亚细胞定位、信号肽和跨膜区域、蛋白质结构及相互作用网络。DDB2基因至少含有2个启动子。启动子区存在2个CpG岛... 分析DNA损伤特异结合蛋白2(DDB2)基因的启动子、CpG岛、转录因子结合位点、基因表达情况;分析DDB2蛋白的理化性质、同源性、亚细胞定位、信号肽和跨膜区域、蛋白质结构及相互作用网络。DDB2基因至少含有2个启动子。启动子区存在2个CpG岛,长度分别109 bp和267 bp,而且至少包含NF-1和Sp1两个转录因子结合位点。DDB2基因在人体正常组织中均有表达,在白血病早幼粒细胞HL-60、721B淋巴母细胞中表达最高。DDB2蛋白是由427个氨基酸组成的无信号肽、无跨膜区域的亲水蛋白。主要定位于细胞核,二级结构以随机卷曲为主。还发现蛋白DDB1、CUL4A、CUL4B、XPA、COPS2、COPS4、COPS8、COPS5、COPS7B、TP53可能与DDB2存在相互作用。生物信息学对于基因及蛋白质研究具有重要作用。本文通过生物信息学的方法对DDB2基因及蛋白质进行分析,为DDB2的实验研究提供理论基础和新的线索。 展开更多
关键词 ddb2 启动子区 蛋白 生物信息学
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水稻OsDDB2基因过量表达载体的构建及其转化 被引量:3
4
作者 魏炘 黄维藻 +4 位作者 余毅 罗晓莉 唐运来 牛向丽 刘永胜 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期1144-1148,共5页
利用农杆菌介导法将构建好的水稻OsDDB2过表达载体导入水稻,共获得植株4株,经PCR检测确定4株皆为转基因植株.田间性状分析发现转基因植株的结实率(平均6.05%)远远低于野生型植株的结实率(平均87.4%).相应地,花粉粒I_2-KI染色结果显示转... 利用农杆菌介导法将构建好的水稻OsDDB2过表达载体导入水稻,共获得植株4株,经PCR检测确定4株皆为转基因植株.田间性状分析发现转基因植株的结实率(平均6.05%)远远低于野生型植株的结实率(平均87.4%).相应地,花粉粒I_2-KI染色结果显示转基因植株的花粉数远少于野生型植株的花粉数.这些初步实验结果为进一步研究水稻DDB2基因的功能奠定了基础. 展开更多
关键词 水稻 ddb2基因 过量表达 农杆菌介导的转化 I2-KI染色
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DNA损伤结合蛋白2基因单核苷酸多态性相关的肺癌发病风险模型 被引量:2
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作者 吕美霞 杨晓波 +1 位作者 白云 邬堂春 《环境与职业医学》 CAS 北大核心 2008年第5期420-424,共5页
[目的]研究DNA损伤结合蛋白2基因(DDB2基因)单核苷酸多态性位点rs3781620等位基因(nt23314 C>G)多态与肺癌易感性的关系,并建立环境-遗传因素的肺癌发病风险模型。[方法]运用病例-对照研究,选择湖北省各地区医院经病理诊断确诊的原... [目的]研究DNA损伤结合蛋白2基因(DDB2基因)单核苷酸多态性位点rs3781620等位基因(nt23314 C>G)多态与肺癌易感性的关系,并建立环境-遗传因素的肺癌发病风险模型。[方法]运用病例-对照研究,选择湖北省各地区医院经病理诊断确诊的原发性肺癌患者216例为病例组.社区人群448人为对照组,以Taqman探针基因分型的方法进行基因分型,采用多因素非条件Logistic回归后退法筛选肺癌相关危险因素并计算人群归因危险度百分比,绘制受试者工作特征曲线(ROC)。[结果]社区对照人群中DDB2基因的C和G两种等位基因分布频率分别为66.6%和33.4%。多因素分析结果表明与携带DDB2基因单核苷酸多态性位点rs3781620等位基因的野生型纯合子CC基因型者相比.携带CG或GG基因型的研究对象患肺癌危险度为OR=1.634(95%CI:1.104~2.420);年长者(>60岁)发生肺癌的危险度为OR=1.641(95%Cl:1.110~2.426);一级亲属家族有肿瘤史的危险度为OR=2.972(95%Cl:1.452~6.084);轻度和重度吸烟者分别为OR=1.649(95%CI:0.962~2.826)、OR=6.351(95%CI:3.978~10.139);饮酒为OR=1.559(95%CI:1.034~2.349);体育锻炼为OR=0.568(95%CI:0.383~0.844)。以上各因素的人群归因危险度百分比分别为11.27%、13.34%、7.16%、9.67%、44.90%、8.71%和-11.67%。Logistic回归模型ROC曲线下面积为0.786(95%CI:0.748~0.823)。[结论]遗传和环境因素在肺癌发病中起作用:一级亲属肿瘤家族史、DDB2基因单核苷酸多态性位点rs3781620 CG或GG基因型与肺癌易感性有关;不良的生活方式(吸烟、饮酒和缺乏锻炼)可增加肺癌的危险性。该模型对肺癌发病风险的评估能力中等。 展开更多
关键词 肺癌 ddb2基因 单核苷酸多态性 发病风险模型
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下调Ku70促进DDB1/2在双链断裂DNA聚集
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作者 曾蓓蕾 杨得娟 +2 位作者 罗鑫荣 任国胜 程巧 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期148-154,共7页
目的探讨DNA损伤结合蛋白DDB1/2复合物在Ku70缺失的条件下与双链断裂DNA(double-strand breaks,DSB)亲和力的变化及下调DDB1对DSB修复的影响。方法针对人类Ku70构建编码shRNA序列的重组腺病毒并感染细胞,建立Ku70蛋白表达沉默的细胞株,... 目的探讨DNA损伤结合蛋白DDB1/2复合物在Ku70缺失的条件下与双链断裂DNA(double-strand breaks,DSB)亲和力的变化及下调DDB1对DSB修复的影响。方法针对人类Ku70构建编码shRNA序列的重组腺病毒并感染细胞,建立Ku70蛋白表达沉默的细胞株,以博来霉素(bleomycin,Bleo)或新制癌菌素(neocarzinostatin,Ncs)诱导DNA双链断裂,利用DNA损伤修复蛋白与损伤染色质的高亲和力,分段提取细胞蛋白组分,Western blot检测DDB1/2在各组分的分布变化。免疫荧光检测诱导DNA双链断裂前后DDB1与损伤染色质亲和力的变化。沉默DDB1,Western blot检测在不同条件下γ-H2AX的去磷酸化效率。结果人乳腺癌MDA-MB-231细胞Ku70蛋白水平在Ku70shRNA重组腺病毒感染后4d显著下调,6d达到最低。与Ku70正常细胞相比,在Ku70沉默后诱导DSB,Western blot检测结果显示DDB1/2主要分布在与染色质紧密结合的组分,免疫荧光同样表现出其与染色质亲和力增高。并且在Ku缺失的条件下,Western blot显示下调DDB1能显著降低γ-H2AX去磷酸化效率(P<0.01)。结论下调Ku70可促进DDB1/2在双链断裂DNA聚集,且下调DDB1影响DSB修复,说明DDB1/2可能参与了不依赖于Ku的双链断裂的修复途径。 展开更多
关键词 DDB1/2 染色质聚集 KU70 DNA损伤
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Gentiopicroside targets PAQR3 to activate the PI3K/AKT signaling pathway and ameliorate disordered glucose and lipid metabolism 被引量:12
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作者 Haiming Xiao Xiaohong Sun +6 位作者 Zeyuan Lin Yan Yang Meng Zhang Zhanchi Xu Peiqing Liu Zhongqiu Liu Heqing Huang 《Acta Pharmaceutica Sinica B》 SCIE CAS CSCD 2022年第6期2887-2904,共18页
The obstruction of post-insulin receptor signaling is the main mechanism of insulin-resistant diabetes.Progestin and adipoQ receptor 3(PAQR3),a key regulator of inflammation and metabolism,can negatively regulate the ... The obstruction of post-insulin receptor signaling is the main mechanism of insulin-resistant diabetes.Progestin and adipoQ receptor 3(PAQR3),a key regulator of inflammation and metabolism,can negatively regulate the PI3 K/AKT signaling pathway.Here,we report that gentiopicroside(GPS),the main bioactive secoiridoid glycoside of Gentiana manshurica Kitagawa,decreased lipid synthesis and increased glucose utilization in palmitic acid(PA) treated HepG2 cells.Additionally,GPS improved glycolipid metabolism in streptozotocin(STZ) treated high-fat diet(HFD)-induced diabetic mice.Our findings revealed that GPS promoted the activation of the PI3 K/AKT axis by facilitating DNA-binding protein 2(DDB2)-mediated PAQR3 ubiquitinated degradation.Moreover,results of surface plasmon resonance(SPR),microscale thermophoresis(MST) and thermal shift assay(TSA) indicated that GPS directly binds to PAQR3.Results of molecular docking and cellular thermal shift assay(CETSA) revealed that GPS directly bound to the amino acids of the PAQR3 NH2-terminus including Leu40,Asp42,Glu69,Tyr125 and Ser129,and spatially inhibited the interaction between PAQR3 and the PI3 K catalytic subunit(P110α) to restore the PI3 K/AKT signaling pathway.In summary,our study identified GPS,which inhibits PAQR3 expression and directly targets PAQR3 to restore insulin signaling pathway,as a potential drug candidate for the treatment of diabetes. 展开更多
关键词 GENTIOPICROSIDE Insulin resistance PAQR3 PI3K/AKT ddb2 UBIQUITYLATION Glucose metabolism disorder Lipid metabolism disorder
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