蜂蜜中嗜渗酵母菌TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立

【目的】建立蜂蜜中嗜渗酵母菌的快速检测方法,为保障蜂蜜品质提供理论基础。【方法】根据GenBank中嗜渗酵母菌26S rDNA D_(1)~D_(2)基因序列设计特异性引物,PCR扩增获得嗜渗酵母D_(1)~D_(2)基因片段,构建重组质粒pMD-18T-JM为阳性标准品,对荧光定量PCR反应条件进行优化,建立嗜渗酵母菌TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,并对160份蜂蜜样品进行验证。【结果】建立的蜂蜜中嗜渗酵母菌TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度达0.004 pg/μL。TaqMan实时荧光定量PCR检测阳性率达98.5%,比普通PCR检测(阳性率84.1%)高14.4百分点,检测敏感性达100%。【结论】嗜渗酵母菌TaqMan探针实时荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速、重复性好,适合于蜂蜜中嗜渗酵母菌的快速检测。

猪FoxP3、IL-10双重实时荧光定量PCR方法建立及应用

旨在建立双重实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法,对叉头框蛋白P3(FoxP3)、白细胞介素10(IL-10)的RNA转录进行定量检测。设计并合成FoxP3、IL-10的扩增引物和荧光探针,优化引物浓度、退火温度,建立RT-qPCR方法,检测猪圆环病毒2型(PCV2)感染外周血调节性T淋巴细胞(Treg)和免疫器官中FoxP3和IL-10的mRNA含量;根据Western blot检测蛋白表达验证方法的可靠性。结果:建立的RT-qPCR方法呈现“S”型扩增曲线,相关系数R^(2)≥0.99;转化生长因子-β(TGF-β)、干扰素-γ(IFN-γ)、白细胞介素2(IL-2)、白细胞介素4(IL-4)、白细胞介素6(IL-6)和白细胞介素17(IL-17)等基因的核酸模板和阴性对照均无扩增曲线,最低检测浓度10 copies/μL,批内、批间变异系数分别为0.87%、1.84%;PCV2攻毒组外周血Treg细胞中FoxP3和IL-10的mRNA含量均出现明显升高,FoxP3的mRNA含量在攻毒第14天到达峰值,IL-10的mRNA含量在攻毒第10天到达峰值,PCV2感染后导致胸腺、淋巴结和脾脏中FoxP3和IL-10转录水平升高;Western blot检测表明,FoxP3蛋白表达量在攻毒第14天、第28天,IL-10在攻毒第10天和第14天显著高于对照组,与RT-qPCR结果一致。综上,本研究建立的猪FoxP3、IL-10双重RT-qPCR方法具有特异、敏感、检测稳定可靠的特点,对于评价猪体的免疫应答水平和机体免疫稳态具有重要意义。

信阳市罗山县鸡滑液囊支原体PCR检测及VlhA基因序列分析

为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株与国内流行的K基因型MS参考株具有高度相似性;VlhA基因推导氨基酸序列分析表明,3个流行株与国内流行的MS具有高度同源性;氨基酸变异位点分析发现,H2 MS阳性样品在第43、45位出现突变与缺失。研究结果为罗山地区MS流行病学研究提供了一定的参考。

炭疽芽孢杆菌微滴式数字PCR定量检测方法的建立

目的建立炭疽芽孢杆菌的微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet digital PCR,ddPCR)方法对炭疽芽孢杆菌实验室活动污染的定量评估提供技术支持。方法以炭疽芽孢杆菌pXO1质粒编码保护性抗原pagA基因为靶序列,优化微滴数字PCR方法的反应条件,建立实验室微环境中炭疽芽孢杆菌核酸定量方法;对比微滴式数字PCR方法和平板计数法的定量评估效果,分析ddPCR的灵敏性、特异性和重复性。结果建立的ddPCR方法最佳引物和探针终浓度分别为900nmol·L^(-1)和250nmol·L^(-1),最佳退火温度为60℃,最佳升降温速度为1℃/s,本方法的最低检测下限为1.12copies·μL^(-1),未发现与常见疫病存在交叉反应,重复性试验的变异系数小于5%。结论本研究中建立的炭疽芽孢杆菌的微滴数字PCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,为疫情监测、流行病学调查和实验室污染微环境检测提供重要技术。

鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。

鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。

犬冠状病毒和犬细小病毒双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

旨在建立犬冠状病毒(CCoV)和犬细小病毒(CPV)双重TaqMan荧光定量PCR检测方法。针对CCoV的3′UTR与CPV的VP2设计引物与探针,通过对反应体系与条件进行优化,建立了CCoV与CPV的双重荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性、重复性验证与临床样品检验。结果:CCoV与CPV阳性参考质粒浓度在10^(2)~10^(7) copies/μL,CCoV与CPV的标准曲线R^(2)分别为0.999与0.996,线性关系良好,CCoV与CPV的最低检测限均为5 copies/μL,与其他病原无交叉反应,组内与组间的变异系数均小于1.38%,说明该方法灵敏度高、特异性强、重复性良好;对113份临床样本进行检测,与普通PCR比较,该方法对CCoV和CPV的检出率较高,分别为37.2%和40.7%。研究表明,本试验建立的CCoV和CPV双重荧光定量PCR方法检测效果良好,为相关疾病的临床诊断、流行病调查等提供了有力工具。

毛叶芋兰不同组织qRT-PCR内参基因选择与验证

毛叶芋兰(Nervilia plicata)是一种珍稀南药,目前对其有效成分及其分子调控机理鲜有报道。实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)在植物基因表达分析中得到了广泛应用,但在毛叶芋兰中缺少研究,限制了相关工作的开展。在前期工作基础上,本研究从毛叶芋兰转录组数据库中筛选出Actin、GAPDH、TUA、UBC、UBQ、EF-1α、EF-1β、CYP、RPL共9个常见管家基因,以毛叶芋兰叶片、叶柄和球茎3个组织部位为材料,开展qRT-PCR内参基因的筛选工作。经过9个基因在不同组织的表达水平、稳定性和综合分析,筛选出最适合的内参基因,并选择毛叶芋兰花青素合成途径关键基因NpDFR、Np3GT进行验证。结果发现:EF-1α和CYP的表达稳定性相近,整体稳定性最好。2个内参基因单独或共同使用时,NpDFR、Np3GT在不同组织的表达情况与转录组测序结果基本一致,表明其均可用作qRT-PCR的内参基因。本研究结果为进一步开展毛叶芋兰药效相关基因的分子作用机理研究提供依据。

牦牛源牛肠道病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为了快速、准确地检测牦牛源牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV),试验根据GenBank中牦牛源BEV-NH2株3D基因序列(登录号为PP746571)设计可用于检测青海牦牛源BEV的实时荧光定量PCR特异性引物,通过构建标准质粒和绘制标准曲线建立牦牛源BEV实时荧光定量PCR检测方法,对该方法进行特异性、敏感性和重复性试验,并分别应用该方法及普通RT-PCR方法对青海省海北地区6个牦牛繁育基地的286份腹泻牦牛粪便样品进行检测,计算两种方法的符合率。结果表明:建立的牦牛源BEV实时荧光定量PCR检测方法扩增产物的熔解曲线单一,Tm值在85.6~85.8℃之间,无引物二聚体和非特异性扩增;质粒浓度在3×10^(2)~3×10^(8)copies/μL范围内时标准曲线的线性关系良好,Ct值在10.88~29.63之间,回归方程为y=-3.16x+38.01,R^(2)=0.9964;仅可检测到牦牛源BEV-NH2株,检测不到牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)MY01株、牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)MY20株和牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BcoV)QL21株;对牦牛源BEV的最低检测限为3×10^(2)copies/μL;当模板浓度为3×10^(2)copies/μL、3×10^(3)copies/μL和3×10^(7)copies/μL时,Ct值的变异系数分别为1.28%、1.74%和0.15%,均在1.80%以下。286份牦牛粪便样品中,采用建立的实时荧光定量PCR检测方法检出BEV阳性样品182份,阳性率为63.64%;采用普通RT-PCR方法检出BEV阳性样品114份,阳性率为39.86%;两种方法的符合率为76.22%。说明本研究建立的牦牛源BEV实时荧光定量PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于牦牛腹泻临床样本的BEV检测。

鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为实现对鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)的快速检测,建立了针对Cap基因的PiCV荧光定量PCR检测方法,并应用该方法进行PiCV分子流行病学调查。本研究针对PiCV核衣壳蛋白Cap基因的保守序列设计一对特异性引物,并通过优化反应条件,成功建立了荧光定量PCR检测方法。此外,还对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行了全面评估。利用建立的荧光定量PCR方法对华北和西北部分地区147份临床样本进行检测,并对阳性代表样本的Cap全长序列进行遗传演化分析。结果表明,所建立的荧光定量PCR方法在1×10^(4)至1×10^(8)拷贝·μL^(-1)范围内显示出良好的线性关系,最低检测限达到1×10^(1)拷贝·μL^(-1),显著高于传统PCR方法。此方法具有良好的重复性,且不与其他常见鸽病病原产生交叉反应。采用本试验方法检测的147份华北和西北部分地区肉鸽和信鸽临床样本PiCV阳性率为85.0%,阳性样本的Cap全长序列分析及遗传演化分析结果显示,6株分离株相似性在89.8%~97.5%之间,与PiCV HeBeiTS2021株在同一个分支,亲缘关系较近。建立的PiCV荧光定量PCR方法具备灵敏、特异和稳定等优点,可用于PiCV的快速检测,同时流行病学调查结果表明,2022—2023年华北和西北部分地区PiCV感染率较高,为我国PiCV的防控研究提供数据支撑。

兔源支气管败血波氏杆菌荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立兔源支气管败血波氏杆菌(Bb)的快速检测方法,用于兔波氏杆菌病的诊断。【方法】以Bb的fimX基因为靶基因,设计特异性引物并构建质粒标准品。在此基础上建立检测兔源Bb的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评价,并将该方法初步应用于临床样品的检测。【结果】荧光定量PCR方法仅对兔源Bb的检测结果呈阳性,对其他常见兔源病原菌的检测结果均呈阴性;对质粒标准品的最低检测限为13.8拷贝·μL^(-1),敏感性是普通PCR方法的10倍;批内重复性试验的变异系数小于2%,批间重复性试验的变异系数小于3%;对68份临床样品进行检测,阳性检出率为39.71%,比普通PCR方法的高2.95%。【结论】建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,且对临床样品的阳性检出率比普通PCR方法高,为兔源Bb的快速检测和防控提供了技术支持。

发酵乳中活性益生菌三重数字PCR定量检测方法的建立

益生菌发酵乳是益生菌市场发展的重要赛道,精确定量产品中活性益生菌对保障其营养功能至关重要。文章以嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)和动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis)为研究对象,采用种特异性引物和探针,结合叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)染色,基于芯片式数字PCR技术建立了发酵乳中活性益生菌的三重定量检测方法。结果表明,3组引物和探针均能特异性扩增目标菌株,无交叉反应,且20μg/mL的PMA能够有效抑制嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌和动物双歧杆菌死菌DNA的扩增。该检测方法对嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌和动物双歧杆菌的灵敏度分别为1.65、2.20、2.16 copies/μL,重复性检测的相对标准偏差为1.52%~8.69%,成功实现了对发酵乳中3种常见益生菌的活菌定量检测。为益生菌发酵乳中活菌检测的标准化提供了技术支持和科学依据。

奶牛乳房炎5种致病菌多重PCR检测方法的建立与应用

为建立一种能快速检测奶牛乳房炎主要病原菌(大肠埃希氏菌、无乳链球菌、肺炎克雷伯氏菌、金黄色葡萄球菌和肠炎沙门氏菌)的多重PCR检测方法,根据大肠埃希氏菌phoA基因、无乳链球菌ef-tu基因、肺炎克雷伯氏菌Khe基因、金黄色葡萄球菌Nuc基因和肠炎沙门氏菌invA基因设计特异性引物,优化PCR反应体系与反应程序并进行特异性试验,同时分别构建含病原菌基因的pMD-19T重组质粒进行灵敏性试验。结果显示,多重PCR反应的最适引物工作浓度为0.8μmol/L,最适退火温度为59.6℃,最佳延伸时间为40 s,最合适的循环数为30次;优化后的多重PCR反应体系可扩增出5种目标病原菌的特异性条带;5种病原菌PCR检测灵敏度可达到5 copies/μL。进一步利用该多重PCR反应体系对采集的108份乳房炎乳样进行检测,检测结果显示,108份样本的阳性检出率为77.8%,大肠埃希氏菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌和肠炎沙门氏菌的检出率分别为23.1%、8.3%、34.3%、8.3%、5.6%。结果表明,建立了一种具有良好特异性和灵敏性的多重PCR检测方法,在临床生产实践中可用于快速鉴定奶牛乳房炎的致病菌,为奶牛乳房炎的诊断、防控与流行病学调查提供了方法基础。

三疣梭子蟹附肢再生过程中qRT-PCR内参基因的筛选与Wnt7b表达研究应用

为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)、转录延伸因子基因(EF1α)、核糖体蛋白L18基因(RPL18)、细胞色素C氧化酶基因(COX)和组蛋白基因(HIS)共7个候选内参基因在肌肉、眼柄、血淋巴、肝胰腺、鳃、心脏和再生附肢共7种组织中的表达水平进行检测,并利用△Ct、geNorm、NormFinder和BestKeeper程序对候选内参基因的稳定性进行评价,筛选出合适的内参,最后以最适内参基因作为参考,分析再生相关基因Wnt7b的表达水平。结果显示,在不同组织中综合稳定性最好的是RPL18,而在不同再生阶段的再生附肢中β-actin和RPL18基因做双内参基因更适合。以RPL18和β-actin作双内参基因研究Wnt7b的表达水平时发现,Wnt7b基因在三疣梭子蟹附肢再生过程中的表达呈先上升后下降再上升的趋势;Wnt7b基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,除再生附肢和血淋巴外其他组织中的表达量都较低。本研究结果为甲壳类再生发育相关研究内参基因的选择及分子调控机制研究提供了参考。

实验动物肺炎克雷伯杆菌实时荧光qPCR检测方法的建立和优化

该研究旨在建立和优化一种针对实验动物肺炎克雷伯杆菌(Klebsiella pneumoniae,KP)的TaqMan实时荧光定量PCR(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测方法,以提高检测的灵敏度、特异性和准确性。通过文献调研和序列比对,选取了KP的phoE基因作为目标序列,设计并合成一对特异性引物和探针,对qPCR反应体系和退火温度进行了系统优化,采用梯度稀释法测定了该方法的线性范围、灵敏度和检测限。通过分析不同浓度标准品的qPCR曲线,评估了该方法的特异性和方法再现性。最后将该方法用于各种临床样品检测。优化后的qPCR方法显示出良好的线性关系,线性范围为2.7×10^(4)~8.64 copies/μL,线性回归方程为y=–3.83x+42.865,相关系数(R^(2))为0.992。检测限达到8.64 copies/μL,表明该方法具有较高的灵敏度。特异性实验结果表明,该方法仅对KP产生特异性扩增,与其他常见病原体无交叉反应。统计不同操作人员对检测极限样品的10个平行Ct值,结果显示,Ct值的相对标准偏差均低于2%,说明方法具有良好的再现性。共检测26份临床样本,有3份临床样本为阳性,其他均为阴性。本研究成功建立了一种高灵敏度、高特异性的KP qPCR检测方法,为实验动物中的KP感染提供了一种快速、准确的分子诊断工具。

鸭坦布苏病毒、基因C型鸭甲肝病毒、鸭圆环病毒一步法多重PCR鉴别检测方法的建立及应用

旨在建立一种快速鉴别检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)、基因C型鸭甲肝病毒(DHAV-C)、鸭圆环病毒(DuCV)的多重PCR方法。参考GenBank中DTMUV E基因序列、DHAV-C VP1基因序列、DuCV Cap基因序列分别设计特异性检测引物,建立鉴别检测DTMUV、DHAV-C、DuCV的一步法多重PCR。该方法对DTMUV、DHAV-C、DuCV分别扩增出720、480和250 bp片段,对基因A型鸭甲肝病毒(DHAV-A)、新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感病毒(AIV-H9)、鸭瘟病毒(DEV)、鸭细小病毒(DPV)、鸭呼肠孤病毒(MDRV)均无扩增产物;对DTMUV、DHAV-C、DuCV最低检测限度分别为3.8×10^(-5)、5.4×10^(-5)和6.2×10^(-5)μg/μL;与DTMUV、DHAV-C、DuCV单项PCR方法的符合率均为100%;该方法检测290份临床病料样品,DTMUV阳性率为8.97%,DHAV-C阳性率为10.69%,DuCV阳性率为2.07%,DTMUV/DuCV混合感染阳性率为4.14%,DHAV-C/DuCV混合感染阳性率为3.10%,DTMUV/DHAV-C/DuCV混合感染阳性率为0.34%。结论:成功建立了一种能同时鉴别检测DTMUV、DHAV-C、DuCV的一步法多重PCR,可用于临床中3种病毒单独感染或混合感染的鉴别检测和流行病学调查。

利用四引物受阻突变体系PCR快速检测山羊MSTN基因5 bp插入缺失变异

本研究旨在对四引物扩增受阻突变体系PCR(T-ARMS PCR)方法进行拓展,将该方法应用于山羊肌肉生长抑制素(Myostain,MSTN)基因5 bp插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)变异的检测。结果显示,该方法可以明显的区分5 bp InDel变异的不同基因型,经Sanger测序验证,该方法检测的准确率为100%。利用该方法对577只安徽白山羊MSTN基因5 bp InDel位点进行检测和统计分析,结果显示该位点在安徽白山羊群体中有3种基因型,II(纯合插入型)、DD(野生型)和ID(杂合型),基因型频率分别为0.132、0.412和0.456。关联分析结果显示,该位点与羔羊的管围和育成羊的体重、体高及胸围显著相关。世界多个山羊品种该位点的频率分布情况显示,该位点在非洲山羊群体中变异频率较高,在亚洲山羊群体中变异程度较低。本研究利用T-ARMS PCR检测短片段InDel变异将为后续群体InDel位点的检测提供便利,同时也为山羊MSTN基因5 bp InDel的检测和标记辅助选择育种提供了基础。

荧光定量PCR(qPCR)检测“漂浮型”浒苔微观繁殖体

浒苔绿潮是我国南黄海海域最严重的生态灾害。浒苔微观繁殖体的时空分布、种群动态,是黄海浒苔绿潮业务化监测工作的重要内容,但传统的培养法实验周期长、检测效率低,无法满足快速监测预警的要求。本文利用297 bp的漂浮浒苔特异性DNA片段,研发了浒苔微观繁殖体的荧光定量PCR(qPCR)检测技术,并以人工释放的浒苔配子为研究对象,研究了浒苔配子细胞中目标基因片段的拷贝数(240 copies/cell)。利用qPCR法对2023年4月苏北浅滩海域水样进行检测,并与传统培养法进行比较。结果显示,黄海大规模浒苔绿潮暴发前期,苏北浅滩水体中浒苔微观繁殖体丰度为2.1×10^(7) copies/L(约87602 cells/L,qPCR)和6.5株/L(传统培养法),且呈现近岸(靠近筏架区)高、离岸低的趋势。两种方法对浒苔微观繁殖体的检出效率和揭示的分布规律基本一致。qPCR法灵敏、高效,可用于黄海浒苔绿潮业务化监测工作。

鹅星状病毒Ⅰ型与Ⅱ型双重荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测鹅星状病毒(Goose astrovirus,GAstV)Ⅰ型(GAstV-1)与Ⅱ型(GAstV-2)的SYBR GreenⅠ双重实时荧光定量PCR检测方法,试验根据GAstV-1的ORF1a特异保守序列与GAstV-2的ORF2特异保守序列分别设计1对引物,将PCR扩增的两个片段分别克隆至pMD18-T载体,构建重组质粒作为阳性质粒标准品,建立检测并鉴别GAstV-1与GAstV-2的SYBR GreenⅠ双重实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行评估,并运用该方法对28份疑似痛风雏鹅临床样品进行检测。结果显示:建立的SYBR GreenⅠ双重实时荧光定量PCR方法检测GAstV-1、GAstV-2的标准曲线相关系数均在0.99以上,批间、批内重复变异系数均小于0.7%,最低检测限度均为10 copies/μL;该方法对鸭肝炎病毒、禽流感病毒、鹅细小病毒均无特异性扩增,同时检测GAstV-1与GAstV-2未出现交叉反应;该方法检测28份临床样品的GAstV阳性率为92.8%,其中GAstV-1和GAstV-2均为阳性的有6份,仅GAstV-2阳性的有18份,仅GAstV-1阳性的有2份。研究表明,建立的荧光定量PCR检测方法可用于GAstV-1与GAstV-2的鉴别检测,并且当前引发GAstV感染的主要病原依然是GAstV-2,GAstV-1和GAstV-2混合感染情况也同时存在。

基于实时荧光PCR的鱼肉制品中帝王鲑、银鲑、粉鲑源成分的快速检测及定量研究

建立一种利用实时荧光PCR技术快速检测帝王鲑、银鲑和粉鲑源性成分的方法。根据帝王鲑和银鲑的线粒体cytb基因序列以及粉鲑的COI基因序列设计Taq Man引物和探针组合,通过优化扩增反应体系进行实时荧光PCR扩增,达到快速检测帝王鲑、银鲑和粉鲑源性成分的目的。该方法特异性良好,耗时短,反应只需1 h;帝王鲑的基因组DNA灵敏度可达到10-1 ng;在与罗非鱼粉混合的鱼肉制品中可检测,质量分数灵敏度达到0.1%,质量分数误差≤±5.0%;银鲑的基因组DNA灵敏度可达到1 ng;在与罗非鱼粉混合的鱼肉制品中可检测,质量分数灵敏度达到1%,质量分数误差≤±7.7%;粉鲑的基因组DNA灵敏度可达到1 ng;在与罗非鱼粉混合的鱼肉制品中可检测,质量分数灵敏度达到1%,质量分数误差≤±2.8%。该方法检测特异性强、所需时间短、灵敏度高、质量分数误差小,可满足帝王鲑、银鲑和粉鲑真伪鉴别和定量分析的要求。