基于TCGA数据库分析DDX27在肝细胞癌中的预后价值

目的 基于癌症基因图谱(TCGA)数据库,分析DEAD-BOX RNA解旋酶(DDX27)基因在肝细胞癌中的表达、临床意义以及分子信号通路。方法 通过TCGA数据库下载的肝细胞癌相关的表达数据和临床特征数据,运用R.4.0.3软件和Strawberry Perl 5.32.0.1提取肝癌组织和正常组织中DDX27的表达量数据,使用Mann-Whitney U检验比较两组间的表达差异。以DDX27表达量中位值为界将临床资料分为高表达组和低表达组,采用卡方检验分析表达量与临床特征之间的关系。分别进行单因素和多因素cox回归分析,使用Kaplan-Meier法进行生存分析并采用多种在线数据库验证,利用基因富集分析(GSEA)预测DDX27在肝细胞癌中参与的信号通路。结果 肝细胞癌组织中的DDX27表达量显著高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.05),单因素cox回归分析发现DDX27表达与Stage分期(P<0.05)和T分期(P<0.05)有关。多因素cox回归分析得到DDX27(HR=1.07,95%CI:1.02~1.13,P<0.05)可以作为肝细胞癌的独立预后因素。DDX27高表达组的总生存率显著低于低表达组,差异有统计学意义(P<0.05),与多个在线数据库验证结果一致。GSEA结果表明,高表达的DDX27主要参与RNA降解、细胞周期、嘌呤代谢、同源重组、核苷酸切除修复及胞质DNA传感通路等与癌症发生的分子信号通路。结论 DDX27在肝细胞癌患者中高表达,与肝细胞癌的预后相关,可以作为肝细胞癌预后的新型分子标志物。

斑马鱼ddx27基因对tp53基因的调控作用

为探究斑马鱼ddx27基因对tp53基因表达的影响,根据NCBI网站在线数据库中分析得到的ddx27基因编码序列(coding sequence,CDS),利用同源重组技术构建斑马鱼ddx27真核表达载体pCMV-3×Flagddx27。通过亚细胞定位试验和蛋白质免疫印迹技术验证ddx27基因的表达,并利用双荧光素酶试验验证ddx27基因的过表达对tp53基因转录活性的影响。结果显示,ddx27 CDS区及阳性克隆的电泳片段大小以及测序比对均与预期结果一致。蛋白质免疫印迹显示Ddx27重组质粒可正常表达,且蛋白大小与预测结果一致。亚细胞定位显示Ddx27蛋白表达于HEK293T细胞的细胞核中。而且,过表达pCMV-3×Flag-ddx27真核表达载体能够显著增强tp53启动子报告基因载体pGL3-tp53-Luc的活性,为对照组的1.8倍(P<0.05)。以上结果表明,斑马鱼pCMV-3×Flag-ddx27真核表达载体构建成功,能够在哺乳动物的细胞核中表达,且ddx27基因可以促进tp53基因的表达。