基于左归丸作用于高糖负荷小鼠胚胎细胞RNA-seq数据的3种差异基因分析方法的比较与分析

目的以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法。方法以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异表达基因分析常用的cuffdiff、DESeq-2、edgeR 3种数据处理方法对数据进行了处理。结果不同的数据处理方法得到的差异基因数及后续的分析结果均出现了明显的不同。纵使基于共同的计算理念,参数选择的不同除了导致差异基因数的不同之外,差异基因在组间的差异程度上也会受到很大影响。这种差异会导致对相应研究目的的阐释出现偏差。结论在运用生物信息学恰当地处理和分析RNA测序技术带来的海量数据时,根据研究内容选择恰当的基因表达差异分析方法至关重要。

不同分析软件对长白猪背膘厚差异表达基因鉴定结果的比较

为了选择出更加合适的基因差异表达分析工具,本研究以长白母猪肝脏组织的转录组数据为依据,对EdgeR、Limma、DESeq23种基因差异表达分析常用工具进行差异基因筛选能力分析,并结合KEGG通路分析结果对其性能进行综合评价。结果表明EdgeR筛选到差异表达基因数目最多,DESeq2最少,3种工具KEGG通路富集结果相似。最终得出结论为:3种分析工具都有筛选到研究所需目的基因的能力,EdgeR寻找到差异基因数目最多,但假阳性也多;DESeq2对差异基因筛选比较保守,因此筛选到的差异基因数目最少。在后续转录组数据分析中应该根据研究内容及目的等因素选择合适的差异表达基因分析工具。