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基于PCR-DGGE技术的红树林区微生物群落结构 被引量:45
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作者 刘慧杰 杨彩云 +2 位作者 田蕴 林光辉 郑天凌 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期923-930,共8页
【目的】为了解红树林沉积物中细菌的群落结构特征。【方法】应用PCR-DGGE技术对福建浮宫红树林的16个采样站位样品细菌的群落结构进行了研究。根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。【结果】各站位样品细菌多样性指数(H)、... 【目的】为了解红树林沉积物中细菌的群落结构特征。【方法】应用PCR-DGGE技术对福建浮宫红树林的16个采样站位样品细菌的群落结构进行了研究。根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。【结果】各站位样品细菌多样性指数(H)、丰度(S)和均匀度(EH)均有所不同,这些差异与它们所处站位的不同有关,红树林区细菌多样性高于非红树林区细菌多样性。对不同站位细菌群落相似性分析,它们的相似性系数也存在一定的规律,同一断面的细菌群落结构相近性较高。对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门(Proteobacteria)、酸菌门(Acidobacteria)和绿菌门(Chlorobi),它们均为未培养微生物,分别来自于河口海岸沉积物。【结论】应用PCR-DGGE技术更能客观地反映红树林沉积物中真实的细菌群落结构信息。另外,研究也表明红树林区微生物多样性丰富,在红树林区研究开发未知微生物资源具有巨大的潜力。 展开更多
关键词 PCR-dgge 红树林 微生物群落结构 细菌多样性
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Biolog和PCR-DGGE技术解析椒江口沉积物微生物多样性 被引量:29
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作者 杜萍 刘晶晶 +5 位作者 沈李东 胡宝兰 曾江宁 陈全震 寿鹿 廖一波 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1436-1444,共9页
采用Biolog和PCR-DGGE技术对椒江口6个站位表层沉积物群落水平的微生物代谢功能和以16S rRNA基因标记的细菌遗传多样性进行分析,并对其代谢功能和群落结构与沉积物污染物等参数进行冗余梯度分析(Redundancy gradient analysis,RDA)和典... 采用Biolog和PCR-DGGE技术对椒江口6个站位表层沉积物群落水平的微生物代谢功能和以16S rRNA基因标记的细菌遗传多样性进行分析,并对其代谢功能和群落结构与沉积物污染物等参数进行冗余梯度分析(Redundancy gradient analysis,RDA)和典范对应分析(Canonicalcorrespondence analysis,CCA).Biolog分析结果表明,微生物群落整体代谢活性由高到低的顺序为:潮间带(B1、B2)、入海口处(A3)>入海口内(A1、A2)>入海口外(A4);碳源代谢的Shannon-Wiener多样性指数范围为2.09~3.25,由高到低的顺序为:潮间带(B1、B2)、入海口处(A3)>河道内(A1)>近入海口处(A2)>入海口外(A4);潮间带、入海口处及河道内的微生物对各类碳源的相对利用率较平均,而近入海口处和入海口外的微生物群落对聚合物的相对利用率较高,对氨基酸类和胺类的相对利用率较低.DGGE图谱分析表明,细菌群落结构沿河口盐度梯度存在空间异质性,但两潮间带站位的相似度高(82.27%);遗传基因的Shannon-Wiener多样性指数范围为1.68~2.87,由高到低的顺序为:潮间带>入海口处>入海口外>近入海口处>河道内.群落代谢功能与理化因子的RDA显示,有机质和硝基苯的分布能较好地解释微生物群落代谢功能的变化;群落遗传结构与理化因子的CCA显示,硝基苯和多环芳烃的分布能较好地解释细菌群落遗传结构的变化.综上结果认为,椒江口沉积物的微生物代谢及遗传多样性符合典型的河口特征,但入海口内微生物沉积环境已表现出对某些化工污染物的响应. 展开更多
关键词 BIOLOG PCR-dgge 椒江口沉积物 微生物代谢功能 细菌群落结构 多样性
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Dynamic changes in microbial activity and community structure during biodegradation of petroleum compounds:A laboratory experiment 被引量:11
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作者 LI Hui ZHANG Ying +2 位作者 KRAVCHENKO Irina XU Hui ZHANG Cheng-gang 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2007年第8期1003-1013,共11页
With 110-d incubation experiment in laboratory, the responses of microbial quantity, soil enzymatic activity, and bacterial community structure to different amounts of diesel fuel amendments were studied to reveal whe... With 110-d incubation experiment in laboratory, the responses of microbial quantity, soil enzymatic activity, and bacterial community structure to different amounts of diesel fuel amendments were studied to reveal whether certain biological and biochemical characteristics could serve as reliable indicators of petroleum hydrocarbon contamination in meadow-brown soil, and use these indicators to evaluate the actual ecological impacts of 50-year petroleum-refining wastewater irrigation on soil function in Shenfu irrigation area. Results showed that amendments of ~ 1000 mg/kg diesel fuel stimulated the growth of aerobic heterotrophic bacteria, and increased the activity of soil dehydrogenase, hydrogenperoxidase, polyphenol oxidase and substrate-induced respiration. Soil bacterial diversity decreased slightly during the first 15 d of incubation and recovered to the control level on day 30. The significant decrease of the colony forming units of soil actinomyces and filamentous fungi can be taken as the sensitive biological indicators of petroleum contamination when soil was amended with 〉15000 mg/kg diesel fuel. The sharp decrease in urease activity was recommended as the most sensitive biochemical indicator of heavy diesel fuel contamination. The shifts in community structure to a community documented by Sphingomonadaceae within a-subgroup of Proteobacteria could be served as a sensitive and precise indicator of diesel fuel contamination. Based on the results described in this paper, the soil function in Shenfu irrigation area was disturbed to some extent. 展开更多
关键词 petroleum hydrocarbons enzymatic activity bacterial diversity microbial community structure dgge
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云南腾冲热海两热泉菌藻席细菌多样性的研究 被引量:9
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作者 李沁元 崔晓龙 +5 位作者 张东华 彭谦 徐丽华 王涛 柴丽红 姜成林 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期431-435,共5页
应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析 ,结合形态观察 ... 应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析 ,结合形态观察 ,结果显示 ,热泉菌藻席中存在丰富的细菌多样性 。 展开更多
关键词 云南 菌藻席 细菌 多样性 变性梯度凝胶电泳 dgge
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菌肥对青稞根际土壤理化性质以及微生物群落的影响 被引量:49
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作者 朱丹 张磊 +8 位作者 韦泽秀 刘晓燕 周志峰 代先祝 王晓锋 夏志强 吴先勤 蔚建军 付莉 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期627-637,共11页
应用化学分析、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术和DNA测序技术,研究了西藏棕色砂壤土中微生物肥料不同施用量和施用期对青稞根际土壤理化性质和细菌群落多样性的影响。结果表明,施用谷特菌肥能显著提高土壤全氮、全磷、全... 应用化学分析、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术和DNA测序技术,研究了西藏棕色砂壤土中微生物肥料不同施用量和施用期对青稞根际土壤理化性质和细菌群落多样性的影响。结果表明,施用谷特菌肥能显著提高土壤全氮、全磷、全钾、有机质、碱解氮、有效磷和速效钾的水平,如播前施用菌肥浓度750 ml hm-2的处理较不施用菌肥的处理上述指标分别提高13.32%、28.42%、16.20%、9.81%、21.36%、39.35%和30.48%,拔节期施用菌肥浓度2 250 ml hm-2的处理较不施用菌肥的处理分别提高7.25%、29.35%、18.04%、12.86%、15.90%、43.27%和53.99%。DGGE分析表明,相同施用方式中不同施用量土样中微生物的DGGE图谱相似。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析将DGGE图谱分为2大类群。Shannon-Wiener指数表明,施用菌肥的土壤细菌多样性先增加后逐渐降低,播前以喷施谷特菌浓度750 ml hm-2时的细菌多样性最高;拔节期则以喷施谷特菌浓度2 250 ml hm-2处理的细菌多样性最高,且两种施用方式土壤养分的释放与Shannon指数的变化规律均为播前﹥拔节期。测序结果表明,不同施肥浓度土样微生物种群分布较为广泛,其中Actinobacteria纲细菌种类略多,少数菌种为未经培养菌种(Uncultured bacterium)。典型对应分析(CCA)表明,DGGE图谱条带分布与土壤理化性质密切相关,碱解氮、全磷和全氮是影响微生物群落的主要环境因子。研究结果表明,施用谷特菌肥可明显改善青稞根际土壤理化性状,提高土壤细菌多样性。 展开更多
关键词 菌肥 根际土壤 理化指标 PCR—dgge 微生物多样性
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豆酱不同发酵阶段细菌群落多样性及动态变化分析 被引量:25
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作者 张颖 乌日娜 +3 位作者 孙慧君 武俊瑞 陶冬冰 王洪玉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第14期30-35,共6页
以东北传统自然发酵豆酱为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reactiondenaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合高通量测序方法分析豆酱发酵过程中细菌的多样性及动态变化。结果显示,... 以东北传统自然发酵豆酱为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reactiondenaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合高通量测序方法分析豆酱发酵过程中细菌的多样性及动态变化。结果显示,细菌的可操作分类单元数值在发酵过程中上下波动,并在后发酵第21天时达到最大值,此时细菌数目最多;整理分析PCR-DGGE图谱鉴定结果以及细菌在属水平上的分布得出,明串珠菌属、肠球菌属、四联球菌属和乳杆菌属为豆酱样品不同发酵阶段的优势细菌菌属,其中四联球菌属波动性较大,易受内外环境的影响;屎肠球菌、明串珠菌属、绿色魏斯菌随着发酵时间的延长在减少,说明这些细菌主要参与豆酱发酵初期产酶分解物质过程,并在整个发酵过程中起到调整发酵内环境等作用。 展开更多
关键词 东北传统发酵豆酱 PCR-dgge 微生物多样性测序 优势细菌菌属 可操作分类单元
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红砂植被盖度对土壤不同形态碳、氮及细菌多样性的影响 被引量:13
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作者 刘秉儒 《干旱地区农业研究》 CSCD 北大核心 2009年第4期155-162,共8页
以自然恢复的红砂群落为研究对象,探讨黄土高原红砂植被不同盖度对土壤不同形态碳、氮及细菌多样性的影响,为该地区的人工生态恢复措施提供理论支撑。在兰州市南北两山植被恢复技术研究与示范基地,按照5级盖度分类法设置红砂植被盖度梯... 以自然恢复的红砂群落为研究对象,探讨黄土高原红砂植被不同盖度对土壤不同形态碳、氮及细菌多样性的影响,为该地区的人工生态恢复措施提供理论支撑。在兰州市南北两山植被恢复技术研究与示范基地,按照5级盖度分类法设置红砂植被盖度梯度,重点对土壤养分碳氮、微生物量碳氮和细菌多样性开展研究。结果表明:随着植被恢复,土壤有机碳(SOC)和全氮(TN)、土壤微生物碳(MBC)和微生物氮(MBN)逐渐提高,并且增加比较快,但是当总盖度达到48.73%之后,增加比较缓慢,而且增加的差异不显著。相同的植被盖度对土壤有机碳、全氮和土壤微生物碳、氮的影响趋于一致。土壤细菌多样性随植被盖度有所增加,在植被盖度达到48.73%后多样性维持在彼此接近的水平,尽管微生物多样性群落结构有差异。在植被稀疏、物种多样性较低的干旱坡地,红砂植被盖度增加明显改善了土壤生态功能,但是片面追求植被盖度的增加,对土壤特性改善有限。 展开更多
关键词 红砂 植被盖度 土壤微生物量 细菌多样性 PCR-dgge
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长期不同施肥制度对潮棕壤微生物生物量碳、氮及细菌群落结构的影响 被引量:59
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作者 徐永刚 宇万太 +1 位作者 马强 周桦 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期2078-2085,共8页
以沈阳生态站长期定位试验为研究平台,采用传统氯仿熏蒸方法和现代PCR-DGGE技术探讨了长期不同施肥制度对土壤微生物生物量碳和氮及细菌群落结构的影响.结果表明:在整个试验期,土壤微生物生物量碳和氮的动态变化趋势基本相同;长期施用... 以沈阳生态站长期定位试验为研究平台,采用传统氯仿熏蒸方法和现代PCR-DGGE技术探讨了长期不同施肥制度对土壤微生物生物量碳和氮及细菌群落结构的影响.结果表明:在整个试验期,土壤微生物生物量碳和氮的动态变化趋势基本相同;长期施用有机肥可显著提高土壤有机碳和土壤微生物生物量碳和氮含量,而长期施用化肥明显降低土壤pH,土壤微生物生物量碳和氮含量也显著降低.DGGE图谱表明:不同施肥处理的细菌16S rDNA多数条带分布相同,28条带中有18条为共有条带,说明潮棕壤中细菌类群较稳定,但其数量受到施肥的影响;长期施用有机肥促进潮棕壤细菌群落结构的多样性,而施用化肥处理则降低了其多样性. 展开更多
关键词 微生物生物量碳、氮 细菌群落结构 多样性 dgge
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复合菌系BYND-8的种群组成及其对沼气产量的影响 被引量:11
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作者 王伟东 宋亚彬 +3 位作者 王彦杰 高亚梅 荆瑞勇 崔宗均 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第1期253-258,共6页
为了明确1组在中温下(30℃)高效分解木质纤维素的复合菌系的菌群组成,研究复合菌系预处理秸秆对沼气发酵的影响,利用平板分离法和变性梯度凝胶电泳(DGGE)法研究了中温木质纤维素降解复合菌系BYND-8的菌种组成多样性,通过添加该复合系菌... 为了明确1组在中温下(30℃)高效分解木质纤维素的复合菌系的菌群组成,研究复合菌系预处理秸秆对沼气发酵的影响,利用平板分离法和变性梯度凝胶电泳(DGGE)法研究了中温木质纤维素降解复合菌系BYND-8的菌种组成多样性,通过添加该复合系菌液到以牛粪为原料的沼气发酵体系,研究了添加秸秆降解液对沼气产量的影响.利用平板法分离得到了6株细菌,它们与Serratia sp.PSGB 13、Serratia marcescens strain UFLA-25LS、Serratia marcescens strain DAP33、Alcaligenes sp.YcX-20、Stenotrophomonas maltophilia strain C6和Bacillus cereus isolate BRL02-71的相似率分别达到了99%、100%、96%、100%、100%和99%.同时利用DGGE方法还检测到了1株利用平板分离法没有获得到的细菌,它的16S rDNA V3区的序列与Uncultured bacterium clone ATB-KS-1446具有100%的同源性.稻秆经复合菌系BYND-8预处理后应用于沼气发酵中,在发酵的前15d内,累积产气量达到13 167 mL,甲烷产量达到7 248 mL,比对照分别提高了44.5%和95.3%.复合菌系具有较高的菌种组成多样性,将复合菌系应用于沼气发酵的原料预处理过程中,可以将产气时间提前,并提高产气量. 展开更多
关键词 木质纤维素降解 中温复合菌系 菌种组成多样性 变性梯度胶凝胶电泳 沼气发酵
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