52份枇杷种质资源遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建

【目的】丰富枇杷种质资源鉴定方法,为枇杷种质资源发掘和利用提供理论依据。【方法】利用277对EST⁃SSR标记和1对果肉颜色相关InDel标记,对52份国内外枇杷种质资源和国家西南特色园艺作物种质资源圃(成都)枇杷育种与栽培创新团队创制的杂交后代进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。【结果】筛选出扩增带型清晰、稳定性和重复性好的9对引物,每对引物扩增条带为2~5条,平均85条;多态性条带比率为40.00%~100.00%,平均71.55%;多态性信息含量(PIC)为0.250~0.999,平均0.685。遗传多样性分析显示,52份枇杷种质资源和创制的杂交后代的平均相似系数为0.791;果肉颜色一致或地理分布相近的枇杷种质资源被聚类到相近的分类单元,并且可以准确地将西班牙、日本枇杷种质资源与其他种质资源进行区分。此外,本研究还构建了52份枇杷种质资源的DNA指纹图谱和色块矩阵。【结论】丰富了枇杷种质资源鉴定的分子标记,为今后发掘分子标记紧密连锁的功能基因或片段提供了理论依据。

基于SCoT分子标记的61份加工型黄瓜种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

为探明加工型黄瓜种质资源的亲缘关系及遗传多样性,为新品种选育提供理论依据,采用目标起始密码子多态性标记(SCoT)技术,以61份加工型黄瓜种质资源为试验材料,进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。结果表明,从100条SCoT引物中筛选出8条扩增条带清晰、多态性高且重复性好的引物;利用筛选出的引物对61份黄瓜种质基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出238个位点信息,其中多态性位点227个,平均多态性位点百分比为95.38%;采用NTSYS-pc 2.1软件计算得出供试的61份材料间的遗传相似系数分布在0.588~0.920之间,遗传相似系数最小的材料分别是34号与55号,二者在瓜色、叶片形状及果实形状方面存在较大差异,说明两者亲缘关系最远。基于遗传相似系数对其进行UPGMA聚类分析和树状图绘制,在相似系数0.735处,可将其划分为7个类群,说明61份黄瓜种质材料背景存在差异,但多数地域来源相近、生境相似地区的种质被聚在同一类群。利用2对特异性较大的引物SCoT12和SCoT83构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出61份黄瓜种质资源,该图谱可为黄瓜分类与鉴定提供科学依据。

基于SCoT分子标记分析白术种质资源遗传多样性及DNA指纹图谱构建

【目的】采用SCoT分子标记技术对17份白术种质资源进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建,为白术种质的鉴定、保存和新品种选育提供一定的理论依据。【方法】从92条SCoT引物中筛选得到13条核心引物用于白术分子标记,利用Popgene1.32软件和NTSYS-pc 2.10e软件进行白术种质资源多样性分析和聚类分析,以核心引物SCoT-9、SCoT-12和SCoT-41组合构建白术DNA分子指纹图谱。【结果】13条SCoT核心引物扩增17份白术样品共得到192条条带,其中,多态性条带165条,平均百分率85.94%;遗传相似系数(GS)和遗传距离(GD)分别介于0.5781-0.8750和0.1335-0.5480,白术种质的观测等位基因数(Na)为1.8594,有效等位基因数(Ne)为1.4180,Nei's遗传多样性指数(He)为0.2563,Shannon信息指数(I)为0.3968,聚类分析得到白术栽培品一类,而大围山野生品被单独聚为一类;所构建的17份白术种质资源DNA指纹图谱,可以将样品区分并准确鉴定。【结论】白术种质资源具有较为丰富的遗传多样性,但不同产地白术栽培品之间遗传差异低,表明地理位置并不是判断白术亲缘关系远近的决定性因素。

利用DNA分子指纹图谱技术检测小麦粉中害虫的研究

为开发快速检测我国成品粮中害虫的技术,研究了DNA分子指纹图谱技术检测小麦粉中主要害虫的碎片和虫卵的含量。结果表明,通过对害虫的延长因子EF1基因片段引物的筛选和PCR条件的选择,确定了有效地检测出来小麦粉中的赤拟谷盗、杂拟谷盗和锯谷盗的成虫碎片、幼虫和卵通用引物和PCR扩增条件。通过改良的PCR技术可在4 h内快速检测杂拟谷盗、锯谷盗的卵、幼虫和成虫碎片。最低检出限为可检测出小麦粉中0. 05%(m/m)卵和幼虫、1%成虫的碎片,灵敏度超过了国际标准。DNA指纹图谱中电泳条带亮度(Y)与被检测的不同害虫碎片含量(X)成正相关,回归方程为Y=858. 36X+74. 540相关系数R为0.961 9。利用该技术检测随机取样的小麦粉中成虫的碎片,检测的准确率最高可达80. 56%。结果说明了利用DNA分子指纹图谱技术可快速检测出小麦粉中害虫的碎片、幼虫和卵含量,并可预测小麦粉中害虫的感染程度。本研究为开发快速小麦粉中害虫的快速检测技术具有重要的参考意义。

稻瘟病菌株的DNA指纹及其与小种致病性相互关系的研究

稻瘟病菌生理小种的鉴别对培育抗稻瘟病水稻品种具有重要意义.传统方法利用一套鉴别品种区分小种既复杂又易受各种因素的影响.我们在日本稳定菌株北1的基因组文库中筛选出了一套含重复顺序的克隆,2个克隆被证实具有高度的多态性.用其中的POR6对17个稻瘟病菌株进行Southern分析,获得了可分辨和重复的基因组特异的指纹图谱.本文提供了8个稳定的稻瘟病菌株的致病性与其DNA指纹图谱之间关系,结果表明各小种组合间的百分相似率Sxy值与该小种组合间共同侵染的鉴别品种数目有正相关性.

东北地区水稻区试新品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究从500对SSR引物中筛选出10对核心引物,用于构建东北地区近两年区域试验品种的DNA指纹图谱。遗传多样性分析结果显示,在100对多态性位点上只检测到300个等位基因,平均每个位点的等位基因数是仅为3个,平均PIC值为0.375 3,平均Shannon-Weiner多样性指数为0.644 5,明显低于国内其它稻区水平。因此,认为东北地区当前的种质资源遗传多样性相对狭窄。

兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建

为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性;MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60,384个位点中88%的位点MAF值高于0.30,98%的位点PIC值高于0.30,98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种进行遗传相似系数两两比较,GD(1−Nei遗传距离)的变异范围为0.60~0.99,GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50~0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合,12个位点组合时品种识别率为0.99,20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑。

天麻DNA分子的克隆与鉴定及其生物信息学分析

运用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术测定天麻DNA指纹图谱,从中选择需要的特异DNA片段.经过DNA回收、克隆与鉴定,获得目的DNA阳性克隆,通过DNA测序和生物信息学分析确定目的DNA的新颖性及其所含的生物信息.应用PCR技术研究了该DNA序列在天麻种群中的分布.结果表明,该DNA序列是新发现的,而且含有丰富的生物学信息,值得进一步研究.本研究成果为天麻基因组DNA的开发与利用提供了科学依据,可应用于天麻种群的遗传分类,对其他经济植物包括药用植物的相关研究具有借鉴意义.

江西省2009年水稻区试品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究利用12对水稻SSR引物,构建江西省2009年度区域试验品种的DNA指纹图谱。通过聚类分析发现本研究中的水稻品种种质资源遗传多样性相对狭窄。

犬Ⅰ型腺病毒DNA的酶切分析及分子克隆

犬Ⅰ型腺病毒(CAV-1)弱毒用限制性内切酶EcoR Ⅰ,BamH Ⅰ,Pst Ⅰ,Sph Ⅰ和Hind Ⅲ消化分析后其图谱与强毒株相比没有差异。将弱毒DNA用Pst Ⅰ完全消化后以鸟枪法克隆到载体质粒pBluescrip'SK中,经用光生物素标记的CAV-1 DNA杂交筛选以及Pst Ⅰ分析重组质粒证明已将分子量为5.5,3.5,2.85,1.2,0.32和0.28Kb的CAV-1DNA片段克隆到质粒中。克隆到的这些片段将可考虑进一步研究作为探针检测犬及狐狸等野生动物的腺病毒感染。

DNA指纹图谱技术及其在甘蔗育种上的应用

随着分子标记的不断开发和利用,DNA指纹图谱技术得到了快速发展。本文简要阐述了几种常见的构建DNA指纹图谱分子标记方法的基本原理、优缺点及其在构建不同植物DNA指纹图谱中的应用,总结了构建指纹图谱的指纹代码的5种方法和在甘蔗育种中应用,并对DNA指纹图谱在甘蔗育种应用中存在问题与展望进行了简单的讨论。

半糯粳稻品种核心标记的筛选及DNA指纹图谱的构建

【目的】构建一套基于水稻重要性状基因标记的品种DNA指纹鉴定体系,为加强主栽优良食味半糯粳稻品种的种质管理与品种保护奠定基础。【方法】以34个江浙沪主栽优良食味半糯粳稻品种为供试材料,通过已知标记多态性鉴定、公共数据库基因序列比对、基因组重测序等多种方法对水稻重要性状调控基因的关键差异位点进行筛选,开发核心SNP或InDel标记;利用As-PCR技术将SNP标记发展为依据电泳条带鉴别的简单PCR标记,通过电泳条带特征化和类型分析获得基因型信息,构建半糯粳稻品种的DNA指纹图谱库。【结果】筛选出来源于40个水稻重要性状调控基因的54个核心标记,包括18个SNP标记和36个InDel标记;54个标记在20个品种中共检测到155个有效特征化条带,转化为155个0/1数据位点,建立各品种的DNA指纹数据库,可区分全部供试品种。遗传多样性分析表明,品种间遗传相似性变异范围为0.47—0.90,其中,南粳7718与苏香粳100的相似性系数最小,而南粳9308与南粳9036的相似性系数最大,二者存在8个数据位点差异。亲缘关系分析可将供试品种划分为6个分支,其中,南粳7718为独立分支,表明其与其他品种间的亲缘关系较远。核心标记鉴定效果的进一步验证表明,该套标记可以对14个半糯粳稻新品种进行有效区分,聚类图显示其分布于Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ3个类群,证实各品种间基因型信息的差异性;并利用该套标记鉴定了一个未知半糯水稻的品种真实性,根据基因型和聚类分析,将其判定为南粳9108。【结论】经优化筛选,获得可准确区分当前主推半糯粳稻品种的54个核心标记,并发展为可电泳检测的简单PCR标记,利用该套标记组合构建了34个江浙沪地区主栽优良食味半糯粳稻品种的DNA指纹图谱。

外生菌根蘑菇分离菌株的DNA鉴定方法

外生菌根真菌中存在一些食用蘑菇 ,由于其食药用价值极高而自然资源稀少 ,人们正努力探索驯化栽培的可能途径 ,作为供试菌种的各种分离培养物的真伪鉴定就成了研究者关注的焦点。评述了国内外近年来发展的几种外生菌根蘑菇分离菌株的DNA鉴定方法 ,并对它们进行了分析讨论。

黄瓜线粒体DNA指纹图谱的构建及其在杂交品种纯度鉴定中的应用

为实现黄瓜杂交种子纯度的快速鉴定,利用分子标记技术构建‘长春密刺’等21份黄瓜品种的线粒体DNA指纹图谱。结果表明:从69对线粒体引物中,共筛选出13对在21份黄瓜品种中呈现出多态性的引物。同时,基于亲本材料的指纹图谱,利用引物mtSSR 4对‘南水3号’商品种子进行检测,分子标记鉴定纯度为95.7%,且真、假杂种编号与田间形态鉴定结果一致。黄瓜线粒体DNA指纹图谱的构建,不仅能为‘南水3号’等杂交种的纯度检测工作提供新的技术指导,还可为黄瓜品种的鉴定、遗传亲缘关系分析等提供一种新的方法。

基于SSR分子标记构建19个杧果品种(系)的DNA指纹图谱

杧果(Mangifera indica Linn.)是一种热带亚热带常绿乔木果树,果实香甜、营养丰富、肉质细滑多汁,富有“热带果王”之美誉。为了加速杧果品种(系)的分子鉴定,本研究根据19份试验材料的表型特征,选择其差异较大的5份杧果材料(红象牙杧、金煌杧、红杧6号、红玉杧、南逗迈4号杧)为模板,进行SSR标记引物筛选,PAGE电泳检测筛选得到多态性较好的引物;将得到的引物再采用HEX、FAM两个荧光标记进行5’端修饰,再通过毛细管电泳技术检测,其扩增片段大小通过数字和字母对每对引物的多态性位点进行编码,构建杧果的DNA指纹图谱和DNA分子身份证。结果表明:经PCR扩增以及PAGE电泳检测,从已开发得到115对SSR标记引物中筛选得到9对稳定性较好、多态性好的引物,引物名称分别为M9、M15、M35、M40、M53、M59、M101、M102、M103。经毛细管电泳检测,结合“数字+字母”处理获得19个杧果品种(系)的指纹图谱代码,如金煌杧的指纹图谱代码为9EE9F8933,黔山杧2号的指纹图谱代码为H6F7564IC,黔山杧4号的指纹图谱代码为3DGE47279。以19份材料的指纹图谱代码和基本信息为载体,通过在线条形码生成程序、二维码生成程序生成其条形码DNA分子身份证、二维码DNA分子身份证。该研究结果为标准化构建杧果DNA分子身份证库奠定基础,为杧果遗传育种、优异基因挖掘提供数据参考。

基于PCR技术的中药DNA分子标记鉴别

综述基于 PCR技术的中药 DNA分子鉴别研究 ,重点论述了 RAPD法和 DNA直接测序法的应用 ,提出了DNA分子鉴别研究的思路与实验设计。

基于DNA特征的蓝藻分类方法研究进展

传统的形态学分类标准较模糊以及蓝藻的形态易变等问题造成了传统形态分类方法难以准确地对蓝藻进行分类。新的分子生物学的方法已经被用于解读遗传信息和完善蓝藻的分类系统。当今,蓝藻的系统分类研究及其基因型研究主要依靠基于DNA特征的分子分类方法,并且获得了很好的结果。本文归纳总结了多种基因DNA特征的分子分类方法及特征性标记基因在蓝藻分类中的应用,并且对蓝藻的分类研究进行了展望。

DNA指纹图谱技术在奶酪发酵菌群中的应用研究

DNA指纹图谱技术是近年来较为常用的分子生物学技术,由于发酵菌群的DNA指纹图谱直接反映DNA水平上的差异,因而作为微生物指纹图谱的一个组成部分,DNA指纹图谱这一现代分子生物学技术在微生物研究中有其独特的作用,这种技术在发酵菌群的鉴定、遗传育种及多样性等研究领域有广阔的应用前景。常用于发酵菌群研究的DNA指纹图谱技术有RFLP、T-RFLP、SSCP、RAPD、DGGE、AFLP等。本论文在综合介绍DNA指纹图谱的一般常用技术的基础上,结合近年来国内外奶酪发酵菌群中DNA指纹图谱技术研究现状,在探讨其在奶酪发酵菌群相关领域应用的基础上,逐一介绍了各种技术的原理、优缺点及研究现状,对我国传统奶酪发酵菌群的研究具有重要的实际意义与理论价值。

分子标记技术构建DNA指纹图谱在个体识别中的应用

20世纪80年代出现的DNA指纹技术为个体的身份鉴定提供了一个精确的方法,已在法医学、亲子鉴定等方面得到了广泛的应用。而DNA分子标记技术自建立以来,相继被广泛地应用于评估遗传多样性以及个体识别、亲子鉴定等方面。本文综述了利用DNA分子标记技术构建DNA指纹图谱,进行人类或动物个体识别的原理、概念、分析方法、研究进展与存在的问题及其应用前景。

DNA分子标记技术在四大怀药研究中的应用概况

DNA分子标记技术是比形态标记、细胞标记和生化标记理想的遗传标记技术,已经广泛应用于动植物和微生物的诸多研究中。但是它在四大怀药中的应用相对较少。因此,对几种DNA分子标记技术在四大怀药的遗传多样性、指纹图谱、居群遗传结构、品种鉴定和真伪品鉴别等方面的研究成果和新进展进行了综述,以期为四大怀药的深入研究提供参考。