DNA芯片鉴定分枝杆菌的研究

目的评价DNA芯片技术鉴定分枝杆菌菌种的应用价值,为临床实际应用提供科学依据。方法收集以BACTECMGIT960从结核病患者分离到的分枝杆菌阳性培养物,以传统分枝杆菌菌种鉴定方法为对照,应用DNA芯片技术进行菌种鉴定。结果两种方法鉴定结果一致和基本一致共112株,吻合率为83.6%(112/134),包括胞内分枝杆菌50株,龟分枝杆菌14株,结核分枝杆菌14株,戈登分枝杆菌9株,鸟分枝杆菌7株,偶然分枝杆菌7株,堪、瘰、胃和猿分枝杆菌6株,土分枝杆菌和海分枝杆菌各1株;未分类NTM3株。应用DNA芯片未能分类的17株分枝杆菌中,传统方法分别鉴定为戈登分枝杆菌5株、胞内分枝杆菌3株、龟分枝杆菌2株、蟾分枝杆菌、耻垢分枝杆菌和浅黄分枝杆菌各1株,未分类NTM4株。结论用DNA芯片检测技术,可以简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,但有待进一步完善。

应用DNA微阵列技术快速鉴定分枝杆菌菌种

目的利用DNA微阵列的高通量、高效性,建立一种快速、简便的分枝杆菌分子菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据。方法以DNA直接测序法为对照,通过PCR-SSCP和DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株、9种非分枝杆菌和465株分枝杆菌临床分离株的菌种。结果应用DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株和9种非分枝杆菌菌株,特异性100％。465株分枝杆菌临床分离株中,经16S rRNA PCR-SSCP初步菌种鉴定,256株为结核分枝杆菌复合群,应用DNA微阵列分析,显示与分枝杆菌属探针M和结核分枝杆菌复合群探针a杂交阳性,两种鉴定方法结果一致;209株PCR-SSCP初步鉴定为非结核分枝杆菌的分离株,经芯片分析,68株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,46株为胞内分枝杆菌,34株为堪萨斯、瘰疬、胃和猿猴分枝杆菌复合群,31株为偶然分枝杆菌,16株为戈登分枝杆菌,3株为鸟分枝杆菌,2株为海和溃疡分枝杆菌复合群,1株为土分枝杆菌, 1株为迪氏分枝杆菌,1株为草分枝杆菌;另6株只与探针M杂交,经测序显示5株为胞内分枝杆菌,但其基因序列与标准菌株不完全相同,1株为新金色分枝杆菌,芯片上无鉴定该菌种的探针。结论用DNA微阵列可简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,提高分枝杆菌病的正确诊断率,指导临床合理治疗。

DNA单位点分析在法医学中的应用

用多聚酶链式反应技术检测了人血痕、唾液（斑）、混合斑、人体组织及毛发中ＡｐｏＢ，ＰＭＣＴ１１８，ＨｕｍＴＨ０１，ＨｕｍＴＨ位点的ＤＮＡ多态性，并探讨了不同保存时间对血痕中ＡｐｏＢ，ＰＭＣＴ１１８，ＨｕｍＴＨ０１，ＨｕｍＴＨ位点检测结果的影响，将上述位点应用于亲子鉴定案例，其中２例排除了错误被控父亲．

基于单核苷酸多态性位点的多重实时荧光定量聚合酶链式反应法鉴别当雄高山牦牛肉

通过比对5个不同地区牦牛线粒体基因的差异,筛选出用于鉴定当雄高山牦牛的11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点,将这些SNP位点作为引物3′端,同时引入引物碱基错配理念,设计出8对特异性引物,构建出2个三重和1个二重实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)体系,建立一种基于SNP位点和多重RT-PCR技术鉴别当雄高山牦牛肉的方法。结果表明:该方法特异性较好、简便快捷、结果直观可靠,能够有效鉴别当雄高山牦牛肉;方法中3个RT-PCR反应体系扩增产物对应的熔解温度(melting temperature,Tm)范围分别为反应体系A:73.1~75.2、76.0~77.3、79.0~80.0℃,反应体系B:69.5~72.8、75.0~77.9、78.5~80.0℃,反应体系C:76.1~78.1、79.5~80.7℃;根据3个反应体系中熔解曲线峰的有无以及Tm是否符合取值范围来判定样品是否为当雄高山牦牛肉;市售样品测定结果表明,该方法可用于实际样品中当雄高山牦牛肉的快速鉴别。

pMCT118位点扩增片段长度多态性及其应用

本文报道了对98例中国人 pMCT118位点扩增片段长度多态性的等位基因频率调查及有关法医生物物证检验问题的研究。用多聚酶链反应、小型聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染方法,在12h 内检测低至1ngDNA 的 pMCT118位点扩增片段长度多态性。已发现22个等位基因,大小分布在340～780bp 之间,基因频率为0.005～0.3,杂合度为79%。对6个家系22名相关个体的分析符合孟德尔定律。探讨了微量检材样品制备和对混合斑、单根毛囊、唾液等生物检材的法医应用。对20个实际案例进行了检验。

河北汉族人群D1S8位点DNA结构多态性

目的 研究小卫星变异重复序列 (minisatellite variant repeat,MVR)位点 D1S8的结构多态性 ,为 DNA指纹数据库的构建及法医学应用提供基础资料。方法 应用 MVR-聚合酶链反应和聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳银染法 ,检测 2 40名河北汉族无关个体 D1S8位点重复序列的变异并进行数字编码。结果每一个体得到约 30个数字编码 ,未发现任何两个无关个体编码相同 ,30个编码完全相同的概率为 3.5 5×10 - 1 1 。 3种重复单位 a-型、t-型和 o-型出现的比例分别为 5 4.77%、42 .5 4%和 2 .6 9%。该位点杂合度为0 .9837,非父排除率为 0 .96 6 9,多态性信息含量为 0 .9833。结论 D1S8位点多态性程度高 。