全外显子测序在筛选宫颈癌相关突变基因中的应用

【目的】应用高通量测序技术对3例宫颈癌组织及癌旁组织标本进行全外显子测序，筛选与宫颈癌发生相关的突变基因。【方法】选取3例癌组织及癌旁组织标本三对6个进行全外显子高通量测序，测序结果与UCSC的数据库、dbSNP数据库、千人基因组计划数据库、外显子纽测序计划数据库以及AVSIFT数据库等进行比对，筛选出与宫颈癌相关的突变基因。【结果】3例宫颈癌组织及癌旁组织的全外显予测序中，发现120个非同义突变，4个无义突变，75个同义突变，7个未知变异，共涉及包括IL—10在内的31条信号通路。与COSMIC数据库中所记录的突变基因相比，发现泛素特异性蛋白酶10（USP10）（COSM3787244）、抽搐相关类似基因6（SEZ6L）（COSM76394）和去整合素和金属蛋白酶家族29（ADAM29）（COSM5656204）三个位点在2个宫颈癌标本中存在。【结论】USP10（COSM3787244）、SEZ6L（COSM76394）和ADAM29（COSM5656204）三个位点在宫颈癌组织中存在，其可能与宫颈癌的发生相关。

人乳头瘤病毒相关宫颈癌的精准筛查和治疗

宫颈癌是自身和环境共同作用下的复杂疾病。在宿主遗传易感性的基础上,高危型人乳头瘤病毒(HPV)持续感染并整合入宿主、宿主基因组的甲基化及体细胞突变等基因组及表观基因组特征变化在宫颈癌的发生和发展中具备分子分型、早期预警及指示预后的关键作用。因此,基于第二代测序技术的HPV等分子检测及动态机器学习模型将更精准地预测真正可能致癌的患者,减轻反复筛查负担;与此同时,基因编辑技术的靶向定点切割将使HPV感染相关宫颈病变的治疗成为可能。本文回顾了HPV相关宫颈癌分子生物学研究进展,提出未来我国宫颈癌精准防治的方向。

2型眼皮肤白化病1例基因诊断研究

目的对1例临床诊断疑似2型眼皮肤白化病(OCA2)的患者进行基因诊断以明确致病原因和遗传咨询。方法 2017年6月河南省人民医院生殖医学中心收治疑似OCA2患者1例,从患者外周血中提取基因组DNA,将DNA打断并制备文库,然后通过核酸探针对目标基因编码区及临近剪切区的DNA进行捕获和富集,最后使用高通量测序平台Illumina Hi Seq2500进行变异检测,同时,对患者及父母进行Sanger测序验证及蛋白质预测。结果患者基因测序结果显示,OCA2基因存在c.1259G> T(p. Gly420Val)纯合突变,分别遗传自其父亲和母亲,生物信息分析软件SIFT、Poly Phen2和Mutation Taster均预测有害,因此,可能具有致病性。结论患者为基因OCA2纯合突变c. 1259G> T(p. Gly420Val)引起的OCA2,该位点突变尚未见相关文献报道,该研究结果扩展了OCA2基因突变谱。

ABCA1基因编码区稀有变异与原发性开角型青光眼关联分析

目的对原发性开角型青光眼(POAG)患者ABCA1基因编码区变异进行分析,探讨ABCA1基因稀有非同义变异在POAG患者中的分布情况。方法采用前瞻性队列研究方法,自2017年3月至2018年3月共招募复旦大学附属眼耳鼻喉科医院就诊的POAG患者398例,并招募同期就诊的年龄和性别匹配的健康对照者198人。采集受检者外周静脉血2~5ml,提取基因组DNA,利用全外显子测序(WES)技术对受检者ABCA1基因50个外显子区的稀有非同义变异进行测序和分析。结果POAG患者ABCA1基因稀有非同义变异检出率为6.8%(27/398),发现21个稀有非同义变异位点,其中有4个新变异,包括c.4310C>A(p.Thr1437Asn)、c.3772G>T(p.Asp1258Tyr)、c.775A>G(p.Lys259Glu)和c.1507_1508insGAGGT(p.Glu503GlyfsX7)。健康对照者ABCA1稀有变异检出率为2.5%(5/198),PGAG患者ABCA1稀有变异检出率明显高于健康对照者,差异有统计学意义(χ^2=4.72,P=0.03,OR=2.81)。结论ABCA1的稀有非同义变异与POAG发病有一定关联,丰富了ABCA1基因的稀有变异谱。