不同提取缓冲液对红树林土壤DNA提取品质的影响

针对1种典型的酸性、高有机质含量类型土壤——红树林土壤,从DNA产量、DNA纯度、土壤腐殖酸类物质的提取量以及DNA提取物PCR(polymerase chain reaction)扩增反应的敏感度等方面比较了不同提取缓冲液对土壤DNA品质的影响。结果表明,酸性SDS(sodium dodecyl sulfate)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量及纯度均较低;PVP(polyvinylpyrrolidone)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较高,但土壤腐殖酸类物质的提取量亦远高于其他提取缓冲液;酸性SDS提取缓冲液及PVP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物即使稀释到10?3量级亦不能获得目的基因PCR扩增条带。PVPP(polyvinylpolypyrrolidone)提取缓冲液及CTAB(cetyltrimethylammonium bromide)+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较PVP提取缓冲液低,但其纯度较高,并且其纯度随提取缓冲液中PVPP浓度的升高而提高;当2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物分别稀释到10?2及10?1量级时,均能获得PCR扩增条带。综上所述,酸性提取缓冲液及PVP提取缓冲液不适用于酸性、高有机质含量类型土壤DNA的提取,而2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液均能提高此类土壤DNA的提取品质。

检材采集与保存方式对DNA提取效率的影响

目的研究检材采集与保存方式对DNA提取效率的影响。方法使用生物检材采集与保存套管棉签、尖头棉签和普通医用棉签采集血样,分别放置于生物检材采集与保存套管或纸质物证袋中保存1周。剪取全部血样于96孔板中,用磁珠法结合自动化工作站提取DNA,以ABI7500型荧光定量PCR仪定量。结果生物检材采集与保存套管采集保存的血样所提取的DNA浓度平均为(2.54±0.63)ng/μL,而尖头棉签、普通医用棉签采集并分别用纸袋保存的血样提取的DNA浓度平均为(2.06±0.44)ng/μL和(0.93±0.59)ng/μL。结论生物检材采集与保存套管较之于尖头棉签或普通医用棉签采集、纸袋保存方式,其获得的DNA浓度显著提高,DNA提取率高。

土壤微生物总DNA提取方法的优化

【目的】土壤中未培养微生物约占总量的99%,这就意味着绝大多数微生物资源还未得到开发和利用。本研究通过优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,为后期研究土壤微生物的多样性及构建大插入片段的宏基因组文库奠定基础。【方法】通过综合比较已报道的微生物DNA提取方法的优缺点,我们设计出一种新的提取方案。对提取过程中的几个关键步骤进行了优化,包括联合使用SDS-CTAB和溶菌酶一起来破细胞,利用氯仿除蛋白,使用PVPP柱纯化DNA等。比较分析了优化后的方法和3种已报道方法所获得的土壤总DNA的产量、纯度及片段大小。【结果】优化后的方法所获得的土壤DNA质量明显有所提高:每克土壤最高能提取95μg DNA,A260/A280和A260/A230比值更接近理想水平,PCR扩增能够得到明显的目标条带,DNA片段最大能达到100 kb左右。【结论】通过比较分析,最终确立了一种较理想的土壤微生物总DNA提取方法,为更好地开发利用土壤未培养微生物资源提供了有力工具。