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基于DNA变形能的核小体定位预测方法研究进展
被引量:
2
1
作者
刘国庆
《生物信息学》
2019年第2期67-75,共9页
真核细胞中,作为染色质基本结构单元的核小体参与调控基因的转录、DNA复制、重组以及RNA剪接等诸多生物学过程。阐明核小体定位机制并准确预测核小体在染色体上的位置对解读染色质结构与功能有重要生物学意义。在过去30多年时间里,研究...
真核细胞中,作为染色质基本结构单元的核小体参与调控基因的转录、DNA复制、重组以及RNA剪接等诸多生物学过程。阐明核小体定位机制并准确预测核小体在染色体上的位置对解读染色质结构与功能有重要生物学意义。在过去30多年时间里,研究人员发展了多种预测核小体位置的方法。最理想的方法应考虑DNA序列、组蛋白修饰和染色质重塑等影响核小体定位的诸多因素,然而现实中,捕捉主要因素的模型也往往具有很高的鲁棒性和实用价值。DNA序列偏好性是在全基因组尺度上影响核小体定位的最重要因素之一,因此基于DNA序列的核小体定位预测方法也最常见。这种方法可大致分为两类,即基于DNA序列信息的生物信息学模型和基于DNA变形能的生物物理学模型。本文重点介绍生物物理学模型近些年取得的主要进展。
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关键词
核小体定位
核小体占据率
旋转定位
dna变形能
力常数
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职称材料
题名
基于DNA变形能的核小体定位预测方法研究进展
被引量:
2
1
作者
刘国庆
机构
内蒙古科技大学生命科学与技术学院
出处
《生物信息学》
2019年第2期67-75,共9页
基金
国家自然科学基金(No.31660322,No.61102162)
内蒙古自然科学基金(No.2018LH03023)
内蒙古科技大学优秀青年基金(No.2016YQL06)
文摘
真核细胞中,作为染色质基本结构单元的核小体参与调控基因的转录、DNA复制、重组以及RNA剪接等诸多生物学过程。阐明核小体定位机制并准确预测核小体在染色体上的位置对解读染色质结构与功能有重要生物学意义。在过去30多年时间里,研究人员发展了多种预测核小体位置的方法。最理想的方法应考虑DNA序列、组蛋白修饰和染色质重塑等影响核小体定位的诸多因素,然而现实中,捕捉主要因素的模型也往往具有很高的鲁棒性和实用价值。DNA序列偏好性是在全基因组尺度上影响核小体定位的最重要因素之一,因此基于DNA序列的核小体定位预测方法也最常见。这种方法可大致分为两类,即基于DNA序列信息的生物信息学模型和基于DNA变形能的生物物理学模型。本文重点介绍生物物理学模型近些年取得的主要进展。
关键词
核小体定位
核小体占据率
旋转定位
dna变形能
力常数
Keywords
Nucleosome positioning
Nucleosome occupancy
Rotational positioning
dna
deformation energy
Force constant
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于DNA变形能的核小体定位预测方法研究进展
刘国庆
《生物信息学》
2019
2
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