山东省不同蚊种28S rDNA D3区序列特征分析

目的分析山东地区常见9种蚊虫核糖体DNA 28S第3结构域(28S rDNA D3)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定提供依据。方法在山东济宁北湖地区采集蚊虫并形态学鉴定,提取不同蚊种基因组DNA,PCR扩增其28S rDNA D3基因片段并进行测序分析,基因序列在GenBank中进行同源性比对,ClustalX 1.81、DNAMAN、DNASTAR和Mega6软件分析序列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果成功获得淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊及黄色轲蚊的28S rDNA D3基因,其长度为361~422 bp,GC含量为52.9%~57.4%,包含保守位点297个,96个位点为变异位点,平均发生碱基转换15个,颠换17个,转换与颠换之比为0.90,平均遗传距离为0.073,所有蚊虫的28S rDNA D3基因分子鉴定与形态学鉴定基本吻合。构建系统发育树显示,昆虫纲不同目物种分别为不同的分支,库蚊属和伊蚊属各为一支,常型曼蚊和黄色轲蚊聚为一支,中华按蚊为独立的分支。结论28S rDNA D3基因在蚊科的属和种的分类阶元鉴定中具有一定的意义。

基于特征聚类和时间序列分析的协同过滤推荐方法

分布式系统各节点间的故障特征具有相似性,推荐方法根据故障特征的相似性给出推荐结果,能够提升维护效率。推荐方法采用相似度全局比对,计算效率较低。维护方案的有效性随时间降低,存在时效性差的问题。提出了一种基于特征聚类和时间序列分析的协同过滤推荐方法,利用K-means算法对故障特征进行聚类,以提升相似度比对的计算效率。根据多模态故障特征融合匹配维护方案,对推荐结果进行时间序列分析,调整维护方案权重,保证推荐结果的准确性和时效性。此外,利用均值策略实现了评分融合,建立多故障特征下的组推荐模型。实验表明,与UBCF和IBCF两种方法相比,该文方法的准确率分别提升了1.27%和4.46%,召回率分别提升了2.77%和0.61%。

基于Hsp70基因的绵羊肺炎支原体TaqMan检测方法的建立及其遗传演化分析

热休克蛋白70 (heat shock protein 70,Hsp70)是绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae, Movi)的重要膜蛋白,是机体内高度保守的生物分子,但在种间差异大,可作为分子生物学检测的候选靶区。为建立基于Hsp70基因的Movi通用型TaqMan实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,并进一步了解其遗传变异情况,本研究基于GenBank中Movi的Hsp70基因特征,设计特异性的引物及探针,建立了基于Hsp70基因的绵羊肺炎支原体qPCR检测方法。应用建立的检测方法对88份山羊鼻拭子样品及43份疑似羊支原体性肺炎(Mycoplasmal pneumonia of sheep and goats, MPSG)病料进行检测。将检测结果为Movi阳性的肺组织样品进行分离鉴定,并对分离株Hsp70基因进行序列分析。结果显示,建立的qPCR检测方法其相关系数为1.00,扩增效率为96.0%,斜率为-3.411,Y轴截距为37.29。特异性强,与丝状支原体山羊亚种(Mycoplasma mycoides subsp.capri, Mmc)、山羊支原体山羊肺炎亚种(Mycoplasma capricolum subsp.capripneumoniae, Mccp)、莱氏无胆甾原体(Acholeplasmalaidlawii, AL)、无乳支原体(Mycoplasma agalactiae, Maga)、伪结核棒状杆菌(Corynebacterium pseudotuberculosis, CP)、羊口疮病毒(orf virus, ORFV)、牛支原体(Mycoplasma bovis, Mb)等牛羊常见病原均无交叉反应;敏感性高,最低检测限为5.72 copies·μL^(-1);重复性优,组内变异系数和组间变异系数均小于1.00%。6株Movi分离株Hsp70基因全长均为1 818 bp,与其它Movi参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%~99.4%和98.0%~100.0%;进一步分析发现,山羊源Movi均比绵羊源多1个N-糖基化位点。遗传演化分析表明,其均处于ClusterⅠA亚分支(均为山羊源)。综上,本研究建立了特异性强、敏感性高、重复性优的基于Hsp70基因的Movi的qPCR检测方法。序列分析发现,不同来源Movi的Hsp70基因核苷酸同源性高;遗传演化分析证实,Movi福建株与山羊源分离株遗传关系较近。本研究不仅为Movi临床诊断提供了技术支持,更为进一步了解Movi遗传演化规律提供参考。

从线性校验子分析方法浅析曾肯成先生的密码分析思想

曾肯成先生于1986年洞察到了密码体制中的熵漏现象,后来在此基础上提出著名的线性校验子分析方法.本文全面剖析了线性校验子分析方法的发展历程,由此深刻揭示了曾先生的密码分析思想的精髓.首先,介绍曾先生通过观察Geffe序列生成器的熵漏现象,提出线性校验子分析方法的朴素思想的过程及其蕴含的思想方法;其次,介绍曾先生通过在Geffe序列生成器基础上凝练出的一般问题,提出解决这一问题的一般方法—线性校验子分析方法的过程及其蕴含的思想方法;再次,介绍曾先生通过分析线性校验子分析方法存在的缺陷,进一步完善和改进线性校验子分析方法的过程及其蕴含的思想方法;最后,通过分析从相关分析方法到线性校验子分析方法的进阶之路,阐述了线性校验子分析方法这把利剑的威力.

DNA序列分析技术鉴定鸡内金的方法学研究

利用陈旧皮张的DNA提取技术从鸡内金、鸭内金中提取DNA,通过特异扩增DNA片段的聚合酶链式反应(PCR),以线粒体DNA细胞色素b(cyt-b)通用引物中的L14841和H15149为引物扩增DNA片段,将扩增后的DNA 用双脱氧链终止法测定其序列,所测序列分别与文献报道的鸡、鸭序列一致。所得结果证明鸡内金的DNA序列与鸭内金的DNA序列有明显差异,以此能准确区分鸡内金和鸭内金。开创了将分子遗传学技术引入动物药材鉴定的先例,增加了动物药材的鉴定技术,使其鉴定手段提高到分子水平,以增加鉴定结果准确性。并探讨了将此技术引入以动物组织、器官入药的动物药材鉴定中的可行性。

基于非线性方法的DNA序列分析

以人类DNA序列为原始数据,对其进行数字编码。在利用功率谱分析编码DNA序列的基础上,利用Hurst指数进一步分析序列的自相似性。从分析结果看出,DNA序列中的确存在长程相关现象,而且这种长程相关现象与DNA的组成结构有关,表现为它的结构基团的Hurst指数大于其功能基团的Hurst指数。同时,从内含子含量的角度分析序列的长程相关程度,结果表明,同一序列中,内含子含量与不同的化学基团具有不同的关系。这表明不同的化学结构对DNA序列特征具有不同的贡献。这些结论从非线性方法的角度对DNA序列的分析提供了新的思路。

DNA序列比对分析中的统计特征方法

提出了一种新的基于统计的序列特征定义,并以此对进化树进行构建.同时对这一方法进行了分类测试和进化树构建测试,发现所得测试结果与同样是用进化树进行构建的基于两序列比对的传统算法比较,其性能和适用性都有明显改善.

非同位素法分析序列特异性DNA结合蛋白的三种方法

目的为在转录调控水平研究蛋白质异常表达机制,利用核转录因子与相应DNA调控序列特异结合的原理,非同位素法分析细胞内序列特异性DNA结合蛋白。方法凝胶滞留实验(EMSA)采用Dig-ddUTP末端标记DNA,核蛋白粗提或纯化产物与之液相结合后,PAGE分离核蛋白并转印至尼龙膜,化学发光法检测结果,Southwestern分析方法首先采用SDS-PAGE分离核蛋白粗提或纯化产物,蛋白转印至膜上后与Dig-dUTP末端标记的DNA杂交,酶免疫学检测结果,磁性DNA结合蛋白纯化法则将靶DNA与商品化磁性DNA粒子相连,用不同的连接、洗脱条件得到序列特异性靶DNA结合蛋白,银染显示核蛋白纯化结果。结果 EMSA中由于游离DNA与DNA-蛋白复合物有不同电泳迁移率,出现滞后DNA条带提示有识别该特定DNA序列的核蛋白存在,Southwestern分析除能提示核抽提物中有无可与DNA结合的核蛋白外,还提示其中核蛋白分子质量,核蛋白粗提物经磁性DNA亲和层析后DNA结合蛋白在银染时出现较纯的特异识别该DNA序列的核蛋白条带。结论 EMSA,Southwestern分析及磁性DNA层析是3种实用的研究DNA结合蛋白的方法,配伍应用具有简便、重复性好、敏感性和特异性高、无同位素污染等优点,是转录调控水平研究疾病相关基因异常表达的有效方法。

一种新的DNA序列3D表示方法及相似分析

提出了一种新的DNA序列的3D图形表示方法,该方法能体现较多的DNA序列的特征,而且避免了信息的丢失。为了进行DNA序列之间的相似性分析,在此方法的基础上对图形进行特征提取并利用高维数据降维算法对提取后的高维数据进行降维,并降到3维,降维后的数据不但保持了原有高维数据的特征而且能很方便地观察它们之间的关系。通过对10个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似性分析,得到了较好的结果。

高重复序列DNA的分离与分析方法

本文介绍了一种简便快速分离动物高重复序列ＤＮＡ的技术，以及与之相关的Ｃｏｔ值的测定方法。

板桥党参基因组DNA提取方法的改进及其18S rRNA基因序列分析

目的:为研究道地药材板桥党参Codonopsis tangshen Oliv.的遗传多样性、种类鉴定等,提取高质量的基因组DNA;探讨板桥党参18S rRNA基因的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供分子依据。方法:以板桥党参鲜嫩叶片为材料,采用自行改进的CTAB法提取出基因组DNA;采用PCR直接测序技术测定板桥党参的18S rRNA基因序列,并分析其序列组成。结果:使用改进的CTAB法从鲜叶中提取板桥党参的基因组DNA浓度较高;以其基因组DNA为模板对18S rRNA基因进行PCR克隆并测序,获得了板桥党参18S rRNA基因序列特征。结论:改进的CTAB法提取板桥党参基因组DNA效果较好;DNA测序技术可作为板桥党参基原鉴定准确而有效的分子鉴定方法。

基于4D表示的DNA序列分析方法

基于DNA序列4种核苷酸的物理化学性质,考虑相邻两个碱基组合形式,提出一种新的DNA序列4D表示。基于这种表示,可以把DNA序列简化成4D空间的一系列点,根据点坐标抽取序列数值特征,再根据数值特征给出方法对DNA序列进行相似性分析。以10个不同物种的β-球蛋白基因的第一个外显子碱基序列的为例子,说明基于4D表示的DNA序列分析方法是有效的。

OBE理念在时间序列分析课程教学中的应用

时间序列分析是经济、金融、统计学类专业的核心课程。文章基于OBE理念,从教学目标、教学方法、课程考核评估等方面对时间序列分析课程进行教学改革,并在本校应用统计学专业中进行了教学实践。研究表明,基于OBE理念的时间序列分析课程教学模式能有效激发学生的主动学习意愿,提高学习兴趣和学习效果,同时也有助于提升学生的应用能力和团队协作能力,以更好地培养出符合社会需求的应用型本科人才。

一种简便经济制备银染序列分析模板质粒DNA的方法

用改良碱裂解法提取的质粒DNA,经RNA酶消化后做银染列分析的模板,所得测序结果清晰、准确,从而使银染法模板的制备更加经济简便。

基于植物DNA条形码rbcLa序列的日本条螽食谱分析

日本条螽Ducetia japonica广泛分布于我国绝大部分区域,并在城区绿地大量发生。据此假设其食物谱可能具有较高的物种多样性,但目前对其在自然环境下取食的植物种类仍缺乏了解。本研究对来自河北保定城区绿地和城郊荒地两种生境共计75头日本条螽肠道内容物进行DNA提取、rbcLa基因片段扩增及测序,并利用BOLD和NCBI数据库进行分类鉴定。结果显示:日本条螽在野外至少取食10科、13种植物。在城区绿地和城郊荒地两种生境中,取食频率最高的植物分别是卫矛科冬青卫矛Euonymus japonicus(47.37%)和大麻科葎草Humulus scandens(81.08%)。只有1条rbcLa基因序列未鉴定至种级水平,表明利用植物DNA条形码rbcLa基因序列可对植食性昆虫取食的植物种类进行快速鉴定。同时,研究结果也初步证实日本条螽的食物谱包含较高的物种多样性,为城市绿地螽斯类鸣虫保护和繁育提供依据。

河北省石家庄市番茄黄化曲叶病毒及其伴随DNAβ的分子鉴定及序列分析

在河北石家庄市的番茄上分离得到番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)及其伴随卫星DNA(Betasatellite DNA,又称DNAβ),对其进行分子鉴定及序列分析,明确TYLCV石家庄分离物及其伴随DNAβ分子结构特征及其进化起源。根据已报道的TYLCV及其伴随DNAβ序列设计引物,分别扩增TYLCV石家庄分离物及其伴随DNAβ的全长序列并测序。在NCBI上选取国内外有代表性的TYLCV序列和DNAβ序列,使用MEGA 6.0软件和DNAMAN软件对石家庄TYLCV分离物及其伴随DNAβ进行遗传变异分析。结果表明:TYLCV石家庄分离物全长为2781 bp,共有6个ORFs,将该分离物定名为TYLCV-SJZ2021。基因组序列比对发现,TYLCV-SJZ2021与山东省的分离物同源性最高(99%);与2015年本实验室报道的TYLCV石家庄分离物相似度为98.67%,存在37处碱基差异,均属于TYLCV以色列株系。TYLCV-SJZ2021的伴随DNAβ全长1343 bp,其上有病毒在细胞间移动相关蛋白的BC1编码区,序列比对发现该DNAβ与河南TYLCV伴随DNAβ分子最为相似(98%)。从分子水平上鉴定了TYLCV-SJZ2021及其伴随DNAβ的分类地位,为防治该病毒病害及其抗病育种奠定了基础。

统计方法在经济增长分析中的应用探索

本文着重探讨了统计方法在经济增长分析中的应用,并分析了经济增长分析的定义、测量方式以及对国家和社会的影响。介绍了统计方法及其基本概念,包括定义、类别以及常用的经济统计分析方法。接着详细论述了统计方法在经济增长分析中的应用,包括描述统计、统计推断和时间序列分析。随后通过实证研究,对国内和国际经济增长进行了统计分析。本文旨在为经济增长分析提供一种基于统计方法的研究框架,并为未来研究提供启示。

《大数据分析方法项自实战》

本书对数据分析的作用、意义做了简要概述,使用不同技术详细地向用户解释了初始数据分析、建立和管理数据文件、绘制统计图表、基本统计分析、平均数差异分析、非参数检验、方差分析、相关分析、回归分析、信度分析、聚类分析和判别分析、对数线性分析、时间序列分析、多重响应分析、生存分析、因子和对应分析等内容。

基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩新方法

将DNA序列分成64个碱基一组的短序列。根据每个小段落不同的碱基排列特点,通过对每段中重复频率最高的三碱基组合片段采用特定码书编码,提出了基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩方法,以达到对DNA数据压缩的目的。实验表明,本算法在大部分常用基准测试序列中达到了比较好的压缩性能。

绵羊线粒体DNA控制区5’端序列PCR-SSCP与序列分析

通过绵羊线粒体ＤＮＡ控制区左功能域（５’端序列）ＰＣＲ－ＳＳＣＰ和序列分析，发现小尾寒 羊、乌珠穆沁羊、湖羊、萨福克羊和夏洛来羊以及多赛特公羊与小尾寒羊杂交家系共２０２只绵羊 可归纳为两种类型：突变型和野生型，提示现代绵羊品种在起源上存在两种主要的进化途径。