DNA修复基因的拷贝数变异与年龄相关性白内障的关系

目的探讨中国汉族人群中DNA修复基因的拷贝数多态性(copy number variations,CNV)与年龄相关性白内障(age-related cataract,ARC)易感性的关系。方法研究对象来自"江苏眼病研究"流行病学人群,包括ARC组780例和对照组525人。采集受试者外周静脉血,提取全血基因组DNA。通过实时荧光定量PCR方法检测四种DNA修复基因的拷贝数(copy number,CN),分析ARC组和对照组基因CN的差异以及相对危险度(odds ratio,OR)。结果在WRN基因中发现了新的CNV。WRN基因高拷贝(CN=3+)与ARC的易感性有关(OR=1.88,P=0.02);HSF4基因低拷贝(CN=1)的人群对ARC易感(OR=4.09,P=0.004)。WRN基因高拷贝与核性以及后囊下性ARC的易感性有关(OR=2.06、3.72,均为P=0.02)。HSF4基因低拷贝与核性以及后囊下性ARC的易感性有关(OR=5.73,P=0.001;OR=6.80,P=0.01)。WRN和HSF4基因的联合作用显著增加了ARC的易感性。经过多重校正以后,仅有HSF4的CNV与ARC的易感性有关,尤其与核性和后囊下性ARC的易感性有关。结论 HSF4基因与WRN基因的CNV可能与中国汉族人群ARC的易感性有关。DNA修复基因对ARC易感性有一定的作用,并且对不同亚型ARC产生不同的影响。

22q11.2区DNA拷贝数变异与腭心面综合征临床表型关系的研究

目的:分析不同临床表型腭心面综合征患者在22q11.2区的DNA拷贝数变异类型,探讨二者的关系。方法:55例临床诊断为腭心面综合征患者的DNA,经过多重连接依赖探针扩增技术检测,记录临床表型。结果 :44例(80.0%)患者在22q11.2区有DNA拷贝数变异,其中43例(78.2%)出现22q11.2杂合性缺失,1例(1.8%)为22q11.2复制。在43例22q11.2缺失患者中,40例(93.0%)为3Mb典型缺失,3例(7.0%)为1.5Mb的近端缺失。另外,这43例患者均表现为典型面容和腭咽部畸形,37例(86.0%)表现出认知和行为障碍,23例(53.5%)有自身免疫功能缺陷,10例(23.3%)表现先天性心脏病。所有表现典型面容的患者均出现了22q11.2缺失,但3Mb缺失和1.5Mb缺失患者的临床表型没有明显不同。结论:典型面容可被认为是临床直接诊断腭心面综合征22q11.2缺失的重要依据。

线粒体DNA拷贝数变异机制及疾病预测价值分析

线粒体通过氧化呼吸链产生高达90%的细胞能量,是重要的细胞器。线粒体除有氧氧化供能外,还参与其他关键的细胞内过程,如维持钙稳态,触发凋亡性细胞死亡以及调节活性氧(reactive oxygen species,ROS)的代谢。上述线粒体功能的正常运作依赖于正常的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA),人类的mtDNA是个双链DNA分子,两条链分别称为重链(H)和轻链(L),结构为闭合的环状。MtDNA相对独立于核基因组,参与编码4种呼吸酶复合物。

无创产前筛查技术在罕见常染色体三体及染色体拷贝数变异的临床效果分析

目的:探讨分析无创产前筛查(noninvasive prenatal screening,NIPS)技术在罕见常染色体三体(rare autosomal trisomies,RAT)及染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)筛查中的临床意义。方法:回顾性分析于2017年3月—2023年7月因NIPS提示RAT和(或)CNV高风险在泉州市妇幼保健院·儿童医院产前诊断中心行羊水染色体核型分析及单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNParray)检测的108例患者情况。结果:83例NIPS提示RAT高风险者中产前诊断结果异常共15例,阳性预测值为18.07%,分别为1例致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variants,pCNV)、9例临床意义不明确(variants of uncertain significance,VOUS)、4例杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)及1例VOUS+LOH。25例NIPS提示CNV高风险者中产前诊断结果异常共16例,阳性预测值为64.00%,分别为11例pCNV、1例可能致病性拷贝数变异(likely pathogenic copy number variants,lpCNV)及4例VOUS。结论:NIPS技术对于RAT高风险阳性预测值不高,但提示不良妊娠结局风险增加;对于CNV高风险筛查有一定的应用价值。当NIPS提示RAT和染色体CNV高风险,应结合产前诊断结果及超声随访对胎儿预后进行评估,并加强妊娠期监测和管理。

宏基因组二代测序拷贝数变异分析与ctDNA联合应用诊断脑转移瘤1例

报告1例68岁男性,以头晕、走路不稳起病,起初考虑脑囊虫病,送检脑脊液宏基因组二代测序技术(metagenome next-generation sequencing,mNGS)未检测到脑囊虫,但检测到染色体发生重复改变,表明存在恶性肿瘤DNA,进一步利用循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)协助诊断为表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)阳性非小细胞肺癌脑转移瘤。我们联合应用mNGS双组学检测及ctDNA检测,结合全身PET-CT检查,成功诊断了1例脑转移瘤,并指导临床行肿瘤靶向治疗,患者症状明显好转,脑转移瘤数量明显减少。此技术为患者提供了一种新的非侵入性的肿瘤诊断方法,本病例为探索脑脊液mNGS双组学检测提供了参考案例。

无创DNA检测对高龄孕妇胎儿染色体非整倍体疾病及染色体拷贝数变异筛查中的临床价值

目的探讨无创DNA产前检测(NIPT)对高龄孕妇胎儿染色体非整倍体疾病及染色体拷贝数变异(CNV)筛查的临床价值。方法纳入无禁忌证的自愿来空军军医大学唐都医院进行NIPT检测的单胎孕妇作为研究对象。对NIPT高风险孕妇建议行羊水穿刺,采用染色体核型分析和羊水细胞染色体高通量测序技术进行产前诊断,计算高龄组与低龄组各染色体异常的阳性预测值(PPV)、灵敏度和特异度,对比高龄组与低龄组各染色体异常的PPV有无统计学差异。对NIPT低风险的孕妇随访至妊娠结束。结果NIPT检测高风险孕妇177例(1.40%)。低龄组和高龄组无创DNA检测21三体的PPV分别是57.89%,83.33%;低龄组和高龄组18三体的PPV分别是40%,50%;低龄组和高龄组13三体的PPV分别是50%,0;低龄组和高龄组性染色体非整倍体异常的PPV分别是28.57%,37.5%;低龄组和高龄组CNV的PPV分别是41.18%,25%,且各染色体异常的PPV在高龄组和低龄组之间无统计学差异,且灵敏度、特异度较高。结论NIPT作为产前筛查手段,可用于高龄孕妇胎儿染色体非整倍体疾病及CNV的筛查,但对于高风险孕妇一定要建议通过羊水穿刺进一步确诊。

DNA序列拷贝数变化决定黄瓜性别

中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组学创新团队,与国内外同行合作发现了一个大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜的性别,并揭示了该序列结构变异产生的主要机制。研究成果对于进一步揭示黄瓜性别决定机理具有重要的指导意义,并对培育高产黄瓜品种具有潜在的重要应用价值。

中国卵巢早衰妇女全基因组染色体拷贝数变异分析

目的：探讨卵巢早衰（premature ovarian failure， POF）患者染色体拷贝数的变异。方法：采用病例-对照研究方法对全基因组染色体拷贝数变异进行分析，用Affymetrix SNP6.0 芯片对30例POF患者和30例对照者进行对比研究。用定量PCR对芯片结果进行了验证，并在另外40例 POF 患者中进一步确证。结果：芯片共发现101个片段大小在0.1~5.6 MB的微缺失和扩增，包括8个新扩增和12个新的微缺失。实时定量PCR证实了位于染色体10q26.12，10q26.3，2p16.3和6p26的4个微缺失和位于染色体20p12.3和7p22.2的2个扩增。结论：本研究揭示了中国妇女POF 患者基因组拷贝数变异（copy number variants，CNV）的变化，在这些编码区发现有5个基因SYCE1,CYP2E1,NRXN1,PARK2和CARD11可能与POF有关。

荧光定量聚合酶链反应联合拷贝数变异测序技术在产前诊断中的应用研究

目的:回顾性分析采用荧光定量聚合酶链反应(QF-PCR)联合全基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术对270例胎儿常见染色体非整倍体进行快速产前诊断并检测>100 kb的全基因组拷贝数变异的检测结果。方法:对270例早中孕期因产前血清学筛查异常或母亲血胎儿游离DNA(无创DNA)行产前筛查结果提示高风险孕妇人群进行产前诊断的羊水样本,通过短串联重复序列(STR)位点比对后行13、18、21、X、Y染色体非整倍体的快速诊断并联合高通量DNA测序法CNV-Seq技术对染色体全基因组拷贝数变异进行检测;同时与染色体核型结果进行比较和分析。结果:QF-PCR结果中胎儿5种常见染色体(13、18、21、X、Y染色体)非整倍体共计19例,阳性率7.03%(19/270),其中21三体12例,18三体3例,XXY综合征2例,XYY综合征2例。染色体核型提示非整倍体结果与此一致。二者染色体非整倍体检出率和准确性一致。染色体核型结果中尚有11例染色体多态性。CNV-Seq异常总数43例,阳性率15.9%(43/270);其中19例为染色体非整倍体,24例微缺失微重复(明确致病CNV-Seq 9例,致病性未知CNV-Seq 5例,良性可能CNV-Seq 10例)。QF-PCR联合CNV-Seq技术检测周期平均1~2周左右,而染色体核型检测周期5周左右且有1例培养失败(后重新羊膜腔穿刺采集羊水标本)。结论:QF-PCR联合CNV-Seq技术在临床上可快速准确筛查产前高风险孕妇人群,有利于二级预防实施和减少出生缺陷,提高优生优育。

224例单核苷酸多态微阵列芯片检出拷贝数变异胎儿的产前诊断结果

目的探讨单核苷酸多态微阵列芯片(single nucleotide polymophis microarray,SNP-array)技术在产前诊断中的应用。方法回顾性选择2015年1月至2017年12月在广东省妇幼保健院就诊的224例核型分析未见异常但SNP-array检出拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的单胎妊娠孕妇,随访妊娠结局。分析产前诊断指征、超声异常与CNVs的关系。结果224例孕妇中,最多见的超声异常是胎儿侧脑室增宽和颈项透明层增厚,分别占14.7%(33/224)和12.1%(27/224)。224例CNVs中,意义不明确的CNVs占34.8%(78/224),致病性CNVs占33.0%(74/224),杂合性缺失占17.0%(38/224),可能致病CNVs占12.9%(29/224),良性CNVs占2.2%(5/224)。杂合性缺失病例中致病性杂合性缺失有3例,占7.9%(3/38)。74例致病性CNVs中,以17号、X、16号染色体受累最多,分别占18.9%(14/74)、17.6%(13/74)和14.9%(11/74),其中有5例涉及2条染色体异常,占6.8%(5/74);产前诊断指征以肾脏异常、侧脑室增宽和颈项透明层增厚为主,分别占18.9%(14/74)、18.9%(14/74)和16.2%(12/74)。224例孕妇中79例终止妊娠,其中3例于脐带血或羊膜腔穿刺术后胎死宫内终止妊娠;51例失访;94例活产分娩,但其中5例新生儿异常(膈疝3例,耳聋和淋巴管瘤各1例)。结论SNP-array技术能检出核型分析检测不出的亚显微结构异常,结合传统的细胞遗传学检测,能更好地避免异常患儿的出生。

克罗恩病CNTNAP3基因拷贝数变异及其意义

背景:DNA拷贝数变异是人类疾病的重要致病因素,可能参与了炎症性肠病(IBD)的发病机制和病理过程。目的:探讨CNTNAP3基因在克罗恩病(CD)中的拷贝数变异情况及其意义。方法:纳入2009年7月—2010年12月上海交通大学医学院附属仁济医院收治的活动期CD患者101例,同期80例健康体检者作为正常对照。采集CD患者外周血或肠黏膜标本,以比较基因组杂交芯片(a CGH,n=8)和荧光定量PCR(n=93)筛选、验证CNTNAP3基因拷贝数变异,ELISA法(n=55)检测CNTNAP3编码蛋白表达。结果:a CGH检测显示初发CD患者染色体9p13区域(含CNTNAP3基因)存在大片段拷贝数扩增;荧光定量PCR验证并确认CD组外周血CNTNAP3基因拷贝数显著高于正常对照组,非激素治疗组差异更为明显(208 616.4±126 984.7和233 453.3±113 520.8对161 750.2±53 940.3,P<0.05和P<0.01)。在各项CD临床参数中,仅吸烟史与CNTNAP3基因拷贝数扩增显著相关(P<0.05),但拷贝数明显扩增者的血浆CNTNAP3水平与正常对照组无明显差异(P>0.05),与简化CD内镜评分无相关性(P>0.05)。结论:CNTNAP3基因拷贝数扩增可能参与了中国CD人群的发病,激素治疗和吸烟可能是影响该基因拷贝数变异的因素;血浆CNTNAP3水平不能用于区分CD患者与健康人。本研究结论有待进一步验证。

基因组拷贝数变异与原发性高血压

基因组拷贝数变异(CNVs)是基因组结构变异的重要组成部分,根据其发生的频率可分为常见型CNVs和罕见型CNVs。研究发现CNVs参与许多疾病的发生发展,如先天性心脏病、肿瘤、神经精神疾病等。近年来的研究数据表明CNVs亦参与原发性高血压发病过程。该文阐述CNVs的由来、与原发性高血压发病的关系及目前研究的局限性,有助于深入认识原发性高血压发病的遗传本质和机制。

染色体8q拷贝数变异与肝细胞癌患者术后总生存期的相关性及其靶基因筛选

目的探讨染色体8q拷贝数变异(CNA)与肝细胞癌(HCC)患者术后总生存期(OS)的关系,并筛选生存相关CNA内的潜在靶基因。方法收集2007—2008年于第二军医大学附属东方肝胆外科医院手术住院的HCC患者187例为研究对象。收集患者一般资料,检测其染色体8q CNA、染色体8q24.13-24.3片段内50个已知基因mRNA表达水平;术后对患者进行随访,最终共66例患者完成随访。一般资料、染色体8q内各高频CNA(增益发生率>20%)片段与OS的相关性分析采用Log-rank检验;采用Cox比例风险回归模型分析OS的影响因素;生存曲线比较采用Log-rank检验;染色体8q24.13-24.3增益HCC患者和8q24.13-24.3无增益HCC患者基因mRNA表达水平比较采用Mann-Whitney U检验。结果 HCC患者糖尿病史、有无完整肿瘤包膜、TNM分期与OS有相关性(P<0.05)。单因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益与OS有相关性(P<0.05);多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益、有无糖尿病史、有无完整肿瘤包膜、TNM分期是OS的影响因素(P<0.05)。生存分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益HCC患者生存率低于染色体8q24.13-24.3无增益HCC患者(P<0.05)。染色体8q24.13-24.3增益HCC患者C8orf76、ATAD2、WDYHV1、FBXO32、TMEM65、TATDN1、ZNF572、SQLE、KIAA0196、NSMCE2、PVT1、FAM49B、ASAP1、NDRG1、ZFAT、KHDRBS3、EIF2C2 mRNA表达水平高于染色体8q24.13-24.3无增益HCC患者(P<0.000 1)。结论染色体8q24.13-24.3增益与HCC患者OS有关,可作为HCC的一个预后预测因子。ATAD2、PVT1、NDRG1拷贝数依赖性表达上调可能参与了HCC不良预后的演进过程。

FCGR3A和FCGR3B基因拷贝数变异对HBV感染转归的影响

目的探讨FCGR3A和FCGR3B基因拷贝数变异与HBV感染后不同转归和疾病进展的相关性。方法收集2014年1月—2018年12月安徽医科大学第一附属医院和第二附属医院感染病科住院和门诊841例慢性HBV感染者和296例自限性HBV感染者外周血标本,并将慢性HBV感染者根据病情进展程度进一步分为慢性乙型肝炎(CHB)组、肝硬化(LC)组、肝细胞癌(HCC)组。采用AccuCopy技术定量分析两组患者外周血FCGR3A和FCGR3B基因拷贝数变异。计量资料两组间比较采用独立样本t检验,多组间比较采用单因素方差分析和Kruskal-Wallis H检验;计数资料组间比较采用χ^(2)检验。同时采用χ^(2)检验分析FCGR3基因CNV在不同组间的分布差异。应用年龄和性别校正的logistic回归模型综合分析CNV对HBV感染慢性化的影响。结果慢性HBV感染组与自限性HBV感染组的FCGR3A、FCGR3B拷贝数变异频率分布差异均有统计学意义(χ^(2)值分别为11.406、19.143,P值均<0.05)。在慢性HBV感染后疾病进展方面,CHB组、LC组、HCC组间比较FCGR3A、FCGR3B基因拷贝数变异差异无统计学意义(FCGR3A:χ^(2)=3.125,P=0.537,FCGR3B:χ^(2)=5.274,P=0.260)。而且FCGR3A、FCGR3B基因拷贝数变异在HBeAg阳性组和阴性组之间无统计学差异(FCGR3A:χ^(2)=1.025,P=0.599,FCGR3B:χ^(2)=0.712,P=0.701)。FCGR3A基因和FCGR3B基因拷贝数减少或缺失是HBV感染慢性化的危险因素[FCGR3A:OR=0.621,95%CI:0.513~0.752,P<0.001;FCGR3B:OR=0.594,95%CI:0.491~0.719,P<0.001]。结论FCGR3A基因和FCGR3B基因拷贝数减少或缺失可能是HBV感染慢性化的遗传易感因素之一,但与疾病进展无关。

线粒体DNA变异检测在卵巢癌临床诊治中的研究进展

卵巢癌发病率呈逐年上升趋势,死亡率位于女性生殖道恶性肿瘤之首.早期诊断是改善预后,提高长期生存率和生活质量的重要途径.但是,目前用于卵巢癌早期诊断及治疗监测的方法仍不能获得满意的效果.线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)具有基因组小、突变率高、拷贝数高等特点,且与肿瘤的发生发展关系密切,故检测mtDNA变异有望在卵巢癌中发挥重要作用.本文综述了近年来卵巢癌中mtDNA变异检测的进展,以及mtDNA作为生物标志物在卵巢癌早期诊断、鉴别诊断、肿瘤进展监测以及化疗药物耐药性分析等方面的作用.

尘肺病患者外周血核糖体DNA拷贝数变化及影响因素研究

目的 了解尘肺病患者外周血核糖体DNA (rDNA)拷贝数变化及其影响因素,为尘肺病早期诊断与治疗提供依据。方法 选择某定点医院就诊的尘肺病患者88例,无尘肺病史和粉尘暴露史的社区居民71人作为对照。通过问卷调查收集年龄、吸烟、饮酒和累计接触粉尘时间等资料;采用实时荧光定量PCR法检测外周血45S rDNA和5S rDNA拷贝数,比较两组间差异;采用多重线性回归模型分析45S rDNA和5S rDNA拷贝数的影响因素。结果 尘肺病组年龄M(QR)为56.00 (15.25)岁,吸烟占56.82%,饮酒占62.50%,累计接触粉尘时间为(12.40±8.08)年;对照组年龄M(QR)为64.00 (37.00)岁,吸烟占32.39%,饮酒占26.76%。尘肺病组45S r DNA拷贝数M (QR)为1.29 (0.59),低于对照组的2.10 (1.88);尘肺病组5S rDNA拷贝数为5.33 (0.85),高于对照组的4.66 (1.34)(均P<0.05)。多重线性回归分析结果显示,年龄(β=-0.034)、患尘肺病(β=-1.595)是45S rDNA拷贝数的影响因素;年龄(β=-0.013)是5S rDNA拷贝数的影响因素;年龄(β=0.018)是尘肺病组5S rDNA拷贝数的影响因素(均P<0.05)。结论 与无尘肺病史且无粉尘暴露史的人群比较,尘肺病患者外周血45S rDNA拷贝数降低,5S r DNA拷贝数升高。

无创产前DNA检测次要结果中基因组拷贝数变异的临床意义

目的探讨无创产前DNA检测（non-invasive prenatal testing,NIPT）除了常规检测目标外，其次要结果基因组拷贝数变异（chromosomal copy number variation ,CNV）在预防和降低染色体微缺失／微重复综合征患儿出生率方面的临床意义。方法选取自愿参与NIPT检测的孕妇14235例，对NIPT检测结果显示存在基因组CNV并愿意进行产前诊断的15例孕妇行羊水穿刺，应用染色体G显带核型分析及染色体微阵列分析（chromosomal microarray analysis,CMA）技术对NIPT检测结果进行验证，并对所有进行NIPT产前诊断病例进行常规随访。结果在14235份NIPT样本中，检测到唐氏综合征18例、18三体4例、13三体2例，还检出CNV24例，其中15例（微缺失11例、微重复4例）行进一步产前诊断，13例与CMA验证结果吻合，阳性符合率为86．7％，假阳性率为13．3％，这13例中7例染色体核型分析阳性，染色体核型分析的漏诊率为46．2％，另有1例染色体核型分析还发现9号染色体存在部分倒位。结论NIPT作为一种筛查手段，对CNV筛查的阳性结果准确性较高，但因技术尚未完善，更多是一种提示的作用，目前尚未达到产前诊断的要求。

556例产前无创DNA检测结果呈假阳的孕产妇受检指征及部分病例胎盘组织和母血染色体分析

目的对556例产前无创DNA检测结果呈假阳的孕产妇的临床检测指征及部分病例的胎盘组织和母血进行染色体核型分析,以总结更优的检测指征,明确假阳性原因。方法NIPT结果假阳性孕产妇556例,均进行产前胎儿染色体核型分析确诊,其中34例孕产妇留取胎盘组织和母血进行假阳性原因验证。回顾性分析NIPT结果假阳性的孕产妇人群受检指征及结果异常原因。结果NIPT结果假阳性人群中,高龄、唐筛高风险、唐筛临界风险、NT增厚、超声软指征异常、超声结构异常、双胎/IVF-ET妊娠、错过血清学筛查时机、自愿要求、介入手术禁忌以及除外上述指征的其他分别为235、16、105、3、2、3、17、1、157、0、17例,构成比分别为42.27%、2.88%、18.88%、0.54%、0.36%、0.54%、3.06%、0.18%、28.24%、0.00、3.06%。生后假阳性原因验证结果:母体染色体嵌合17例(50.00%),母体染色体拷贝数异常10例(29.41%),限制性胎盘嵌合(指染色体异常仅发生在形成胎盘的细胞系中而未发生在形成胎儿的细胞系中)7例(20.59%)。其中NIPT检测结果性染色体异常的假阳性原因主要是母体染色体嵌合[87.5%(14/16)],常染色体异常的假阳性原因是母体染色体拷贝数异常[44.44%(8/18)]。结论NIPT筛查假阳性的人群以高龄孕妇为主,NIPT结果假阳性的主要原因是母体染色体异常和限制性胎盘嵌合。

超声心动图评估胎儿先天性心脏病拷贝数变异的作用

目的探讨超声心动图对先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)胎儿拷贝数变异(copy number variation,CNV)的应用价值。方法回顾性选取2019年1月至2022年8月在泉州市妇幼保健院儿童医院行超声心动图提示胎儿CHD并接受介入性产前诊断的447例单胎孕妇作为研究对象,这些孕妇均行染色体核型分析及染色体微阵列分析(chormosome microarray analysis,CMA)检测。分析CMA和核型分析2种方法的染色体异常检出差异,以及不同心脏表型(是否合并心外结构畸形、心脏结构畸形的类型和数量)的CHD之间的致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variation,pCNV)检出率差异。采用χ^(2)检验进行统计学分析。结果CMA较染色体核型分析有更高的胎儿染色体异常检出率[10.5%(47/447)与20.6%(92/447),χ^(2)=161.56,Ρ<0.001]。不同心脏表型中,CHD伴心外结构畸形组pCNV检出率高于单纯CHD组[11.4%(45/394)与32.1%(17/53),χ^(2)=16.68,Ρ<0.001]。对于不同心脏结构畸形,间隔缺损畸形、圆锥动脉干畸形、左心系统畸形pCNV检出率均分别高于其他心脏畸形[18.4%(29/158)、25.9%(7/27)、25.0%(7/28)与7.6%(16/210),χ^(2)值分别为9.15、9.68和8.55,P值均<0.05]。CMA检出与CHD相关的pCNV包括22q11.2缺失/重复8例、4p16.3缺失2例、11q23.3微重复2例、1q21.1微缺失/微重复2例、4q28.3微重复1例、10p15.3微缺失1例等。结论CMA技术能够提高CHD胎儿pCNV的检出率,超声心动图可以指导有针对性的CMA筛查,有助于产前CHD的遗传学评估。

产前诊断中采用拷贝数变异测序技术检测胎儿DMD基因缺失或重复的效能

目的评估产前诊断中采用低深度高通量全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术对胎儿DMD基因缺失或重复的诊断效能。方法对2018年1月至2023年7月于云南省第一人民医院行产前诊断的34544例胎儿的CNV-seq检测结果进行回顾性分析,共纳入156例胎儿,包括:有假性肥大型进行性肌营养不良[DMD;包括表型较轻的贝氏肌营养不良(BMD)]生育史或家族史的胎儿125例;无DMD/BMD生育史或家族史但因其他指征行产前诊断检出DMD基因缺失或重复的胎儿31例。采用多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术对胎儿样本进行检测验证,对CNV-seq和MLPA结果进行一致性检验,获得CNV-seq对胎儿DMD基因缺失或重复的检测效能。结果与MLPA相比,CNV-seq对胎儿DMD基因缺失或重复的检出总符合率为92.3%(144/156),敏感度和阳性预测值均为88.2%,特异度和阴性预测值均为94.3%,漏检率为3.8%,Kappa系数为0.839。有DMD/BMD生育史或家族史的胎儿中,MLPA共检出20例缺失和6例重复,其中4例缺失和2例重复因变异片段<100 Kb被CNV-seq漏检。无DMD/BMD生育史或家族史的胎儿中,CNV-seq检出缺失占42%(13/31),重复占58%(18/31),重复占比高于有DMD/BMD生育史或家族史的胎儿,其中3例位于第42~67号外显子(可能致病),9例覆盖DMD基因5’或3’末端,均包含第1或第79号外显子(临床意义未明),其余6例CNV-seq检出重复片段位于chrX:32650635_32910000(临床意义未明),但MLPA检测结果均为阴性。结论CNV-seq可有效检出胎儿DMD基因缺失或重复,但存在少量漏检风险,结果需MLPA验证。CNV-seq检测到chrX:32650635_32910000区域重复及检出覆盖DMD基因5′端或3′端重复的变异可能并不致病。