中国北方习见水母类的DNA条形码分析

本研究获得了中国北方近海习见水母类24个种共62条线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(mtCOI)序列,结合GenBank中具DNA条形码关键词的mtCOI序列,共比较了水母类mtCOI片段207条,水母mtCOI种内遗传差异在0%-7.4%之间,均值为0.9%(SD=0.014),其中约93%的个体种内差异小于4%;近源种间遗传差异在5.4%(Sarsia)到44.9%(Lensia)之间,均值为25.1%(SD=0.118),97%以上的个体种间遗传差异大于10%。绝大多数(98.8%)水母种类种内遗传差异小于种间遗传差异,条形码间隙明显。本研究涉及的中国北方习见水母种内遗传差异均显著小于种间遗传差异,结果表明以mtCOI作为DNA条形码可以实现对中国北方习见水母种类鉴定。利用DNA条形码序列分析,梳理了中国近海一些常见水母的分类地位。此外,对4种保存液保存方法的比较研究表明,90%乙醇、DMSO、RNA Safer和DNA Conserver4种保存液无法同时保存形态学特征和DNA序列,但DNA Conserver的效果相对较好。

鉴定气单胞菌DNA条形码的筛选与评价

为筛选合适的DNA条形码对气单胞菌属(Aeromonas)进行鉴定,以33株气单胞菌为材料,选取cpn60、recA和ppsA 3个候选DNA条形码进行PCR扩增及序列分析。以种间和种内遗传距离、序列扩增测序成功率、DNA条形码间隙(DNA barcoding gap)和系统发育树作为评价条形码片段的指标,筛选出该属的DNA条形码。分析表明,cpn60基因的扩增及测序的成功率最高,种内遗传平均距离(0.017)和种间遗传平均距离(0.133)差异显著,且存在较明显的DNA barcoding gap,表明cpn60可作为气单胞菌鉴定的DNA条形码。

4个线粒体基因在鲤所属国家种质鉴定中的应用及效果评价

近年来,mtDNA条形码技术已广泛应用于鱼类种质鉴定研究。为探讨该技术在鲤种质鉴定方面应用的可行性及如何有效应用于地域种群等鉴定分析,从NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)搜集鲤COⅠ、COⅡ、Cytb和D-loop4个mtDNA序列,并尝试基于DNA条形码技术来进行鲤所属国家的鉴定分析。结果表明:Cytb相对其他3个线粒体序列存在较大的DNA条形码间隙,COⅡ基因最佳匹配的准确率最高(准确率82.97%),基于4个mtDNA序列的聚类分析表明鲤所属国家按照临近区域聚类。综合条形码间隙及假阳性率和假阴性率的评价,研究认为,相比其他3个mtDNA序列,Cytb基因用于鉴定鲤所属国家更具优势,但其鉴定效率仍不理想。综上所述,mtDNA序列用于鉴定鲤不同地域的技术依然需要改进,以降低这一技术的假阳性率和假阴性率。