DA8600测序平台对EGFR基因检测最低DNA用量的探讨

目的基于DA8600测序平台,探讨Ampli Seq建库方法检测EGFR基因突变所需最低样本DNA用量,以评估下一代测序(next generation sequencing,NGS)检测技术的性能。方法本研究选择10例EGFR突变的石蜡包埋组织样本,分别取1 ng、5 ng、10 ng、20 ng样本DNA进行文库构建,使用DA8600半导体测序仪进行检测,并比较检测结果。结果 10 ng和20 ng DNA用量均可全部准确检出EGFR基因突变;5 ng DNA用量准确检出7例EGFR基因突变,1例文库质量不合格无法进行测序,1例无法检出EGFR突变,1例测序数据量不足检测失败;1 ng DNA用量构建文库全部质量不合格,无法进行测序。结论通过对10例样本不同DNA用量构建文库的检测结果分析,说明10 ng DNA即可采用Ampli Seq建库方法在DA8600半导体测序仪进行EGFR基因突变检测。