法医DNA片段分析软件的研究与应用

法医DNA片段分析软件是与法医DNA专用检测平台相配套的数据分析工具,可实现对平台采集、预处理过的DNA数据进行分析和深度加工,并实现法医DNA检验过程的自动化,进一步摆脱我国DNA检测技术对国外分析软件的依赖,具有良好的推广应用前景。

无胶筛分毛细管电泳分离DNA片段的现状与展望

毛细管电泳已DNA片段分离分析的重要手段。本文简述了毛细管电泳中采用无胶筛分介质分离DNA片段的机理研究,介绍了筛分介质近年的研究发展状况,依据分离介质的化学组成,分单聚物、共聚物和混聚物等3个部分进行了评述,并对其发展前景进行了展望。

5种笛鲷mtDNA及Cytb基因片段的RFLP比较

采用线粒体DNA限制性片段长度多态性分析(mtDNARFLP)和线粒体DNA的细胞色素b基因(Cytb)的部分序列扩增限制性片段长度多态性分析(mtDNAPCRRFLP)两种方法,对笛鲷属5种鱼类进行种间系统发育的比较研究,结果显示:(1)画眉笛鲷依照其形态学上体侧条带颜色差异,可分为褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷两个种;(2)千年笛鲷和星点笛鲷、褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷、金带笛鲷和金焰笛鲷之间遗传距离相对较近;(3)两种分析方法都可以为种的区分提供方便有效的分子标记;(4)两种分析方法在构建发育系统树上不完全一致。本文从mtDNA角度深入研究了南海海域笛鲷的系统发生,表明了mtDNA作为一种广泛应用的分子标记的实用性,同时也有一些潜在问题需要进一步研究。

刺参消化道中蛭弧菌类的生物多样性分析

研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。

毛细管电泳-激光诱导荧光检测装置的研制及应用

目的 自行组建高效毛细管电泳 -激光诱导荧光分析装置。方法 以波长 5 4 3.5 nm He- Ne激光为激发光源 ,滤色片 -单色仪分光 ,光电倍增管检测 ,用计算机采集和处理电泳图谱。结果 优化了毛细管电泳 -激光诱导荧光检测装置的设计和分析参数 ,用该装置获得了高信噪比毛细管电泳谱。对罗丹明类荧光试剂 (Sulforhdam ineB)溶液的检出限为 10 - 9m ol/ L,线性范围为 1× 10 - 6～ 1× 10 - 9mol/ L。采用该装置检测了分枝杆菌 DNA的 PCR扩增产物、酶切产物以及人血清白蛋白。结论 所组建的高效毛细管电泳 -激光诱导荧光分析装置结构合理 ,灵敏度高 ,成本低、光路校准方便 ,分离效能明显高于常规琼脂糖电泳 ,能作为研究生物样品中 DNA片段和蛋白质含量的有效检测手段。

EBV-LMP1对鼻咽癌细胞系CNE1细胞凋亡的影响

背景与目的:已证实EB病毒编码的潜伏膜蛋白1(latentmembraneprotein,LMP1)具有转化致瘤作用,在鼻咽癌的发生发展中起重要作用。LMP1的转化致瘤作用可能与细胞凋亡有关,本实验目的是观察EBV-LMP1对鼻咽癌细胞系CNE1细胞凋亡的影响,探索LMP1在鼻咽癌发生发展中的可能机制。方法:用电转染的方法将带有绿色荧光蛋白GFP报道系统的EB病毒LMP1基因真核表达质粒导入CNE1,用荧光显微镜检测报道基因GFP的表达情况;用免疫组化法及Westernblot法检测目的基因LMP1的表达情况;用流式细胞仪、荧光染色及DNA片段分析等方法检测在有地塞米松磷酸钠或无血清饥饿诱导的情况下LMP1对CNE1细胞凋亡的影响。结果:CNE1G细胞(转染空载质粒PAT-GFP的CNE1细胞)及CNE1GL(转染目的基因质粒PAT-GFP-LMP1的CNE1细胞)有绿色荧光蛋白表达,CNE1细胞(未经转染的CNE1细胞)无绿色荧光蛋白表达;CNE1GL细胞LMP1呈阳性表达,而CNE1及CNE1G细胞均为阴性。CNE1、CNE1G及CNE1GL3组细胞分别用地塞米松磷酸钠或无血清1640培养液处理后均有凋亡出现,且两种诱导方法均能使CNE1GL组细胞的凋亡指数(apoptosisindex,AI)较CNE1及CNE1G组明显增高(P<0.05),而CNE1与CNE1G组的凋亡指数无明显差别。3组细胞常规培养下则无凋亡出现。

腺病毒介导的p27kip1基因转移对食管癌细胞及裸鼠移植瘤生长的抑制作用

目的 :研究p2 7kip1基因转移对食管癌的体内、外抑制作用 ,并探讨其抑癌机制。方法 :①构建携带人p2 7kip1cDNA的重组腺病毒 (Ad p2 7kip1) ;②将Ad p2 7kip1转染人食管癌细胞Eca970 6 ,MTT法、3 H TdR和3 H Leucine掺入试验检测对细胞增殖的影响 ,流式细胞仪 (FCM)、DNA片段分析检测对细胞周期和凋亡的影响 ,TRAPPCR -ELISA法检测端粒酶活性 ,免疫细胞化学法及Westernblotting法检测p2 7kip1和Survivin的表达 ;③Ad p2 7kip1直接注射入人食管癌裸鼠移植瘤中 ,观测抑瘤效应 ,并检测p2 7kip1和Survivin的表达。结果 :①Ad p2 7kip1转染食管癌细胞后 ,细胞增殖明显受抑制 ,G0 /G1期细胞比例增加 ,并出现明显的亚二倍体凋亡峰和特征性的凋亡梯状条带 ,细胞端粒酶活性降低 ,p2 7kip1表达增强 ,Survivin表达降低 ;②采用p2 7kip1基因治疗 ,食管癌裸鼠移植瘤生长明显受抑制 ,肿瘤生长抑制率达 6 4 .1% ,移植瘤中p2 7kip1表达增强 ,Survivin表达降低。结论 :p2 7kip1基因转移对食管癌具有较显著的体内、外抑制作用 ,其机制是增强p2 7kip1表达、抑制Survivin表达 ,使细胞产生G1期阻滞 ,抑制端粒酶活性 ,并诱导凋亡 ,表明该基因疗法是食管癌治疗的新途径。

二乙氧基乙醇诱导大鼠生精细胞凋亡及其分子机制研究

目的 观察二乙氧基乙醇 (2 - EE)诱导大鼠生精细胞凋亡及Bcl- 2家族、Fas系统和Caspase -3与细胞凋亡过程的作用 ,探讨 2- EE诱导大鼠生精细胞凋亡的分子调控机制。方法 选用SD大鼠 (8只 ,分 3个实验组和 1个对照组 ,每组 2只 )以 80 0mg kg剂量分别灌胃 1、3和 5d。提取一侧睾丸组织DNA用于DNA片段分析 ,另一侧睾丸组织RNA用于半定量RT -PCR分析Bax、Bcl -2、Fas、Fas L和Caspase- 3基因mRNA水平变化。用QuantityOne 4 1 1软件定量各条带亮度 ,以GAPDHRT- PCR定量结果为内对照得出各个基因mRNA相对定量值。结果 2 EE染毒后第 1天 ,大鼠睾丸细胞DNA片段出现明显的“DNALadder”。RT- PCR电泳结果结合QuantityOne 4 1 1定量结果显示 :Bax与FasmRNA水平在染毒后每天均升高 ,以第 3天最为显著 ,并且Bax与Bcl- 2mRNA水平的比值也在染毒后上升。结论 二乙氧基乙醇可以诱导生精细胞凋亡 ,其分子途径可能与Bax家族和Fas系统有关。

蕙兰根部内生细菌多样性及季节动态变化

为了研究蕙兰(Cymbidium faberi)根部内生细菌群落结构在不同季节里的变化,于不同季节从蕙兰根部分离出内生细菌207株,采用核糖体DNA扩增片段限制性分析(ARDRA)研究了蕙兰根部内生细菌群落组成的季节动态变化。将内生细菌纯培养物扩增近全长的16S rDNA,并用ARDRA对所分离的菌株进行分型,根据酶切图谱的差异,将其分成25个ARDRA型,并选取代表性菌株进行16S rDNA序列测定。结果表明,分离出来的内生细菌分为9个属,包括芽孢杆菌属(Bacillus)、伯克氏属(Burkholderia)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、假单胞属(Pseudomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、Lysinibacillus、Cohnella和短杆菌属(Bre-vibacterium),其中优势种群为Bacillus,次优势种群为Paenibacillus和Burkholderia。秋季分离出的内生细菌种类最多,夏季分离出的种类最少。在不同季节蕙兰内生细菌群落结构差异极显著(p<0.001),但在不同季节里蕙兰根部内生细菌优势种群没有差异。

溴化乙锭致小鼠外周血单个核细胞DNA损伤的研究

目的:应用片段化DNA定量分析法和碱性单细胞凝胶电泳法,观察溴化乙锭(EB)对体外培养的小鼠外周血单个核细胞DNA的损伤情况及时间、剂量-效应关系。方法:利用碱性单细胞凝胶电泳法和片段化定量分析法研究在10.0 ng/L EB浓度水平下,培养时间从0～72 h,分析EB对单个核细胞DNA的损伤作用;分别以0、10.0 ng、20.0 ng、50.0 ng/L的EB处理小鼠外周血单个核细胞12 h和24 h,观察剂量-效应关系。结果:10.0 ng/L浓度EB处理的小鼠外周血单个核细胞与对照组在片段化和拖尾率均存在差别(P<0.01);DNA片段化和EB浓度之间存在相关性,24 h时r=0.902(P<0.01);48 h时r=0.819(P<0.05)。结论:溴化乙锭能够明显损伤小鼠外周血单个核细胞DNA,并且呈现明显的时间、剂量效应。

岱山盐场可培养嗜盐菌的多样性及其产酶活性筛选

从岱山盐场采集样品,利用选择性培养基分离培养嗜盐菌,对盐田环境中可培养嗜盐菌的多样性及产酶活性进行研究.共分离得到181株嗜盐菌菌株,通过真细菌和古生菌两对通用引物扩增其16SrRNA基因,并采用限制性内切酶HinfI进行ARDRA(amplifiedrDNArestrictionanalysis)多态性分析,共分为21个不同的操作分类单元(operationtaxonomyunits,OTUs),其中嗜盐细菌有12个OTUs,嗜盐古菌有9个OTUs.选取具有不同酶切图谱的代表菌株进行克隆测序,BLAST比对及系统发育分析将嗜盐细菌归于7个属,其中嗜盐单胞菌属(Halomonas)的菌株数占优势,是嗜盐细菌总数的46.8%;嗜盐古菌归于4个属,盐盒菌属(Haloarcula)的菌株数占优势,是嗜盐古菌总数的49.1%.对分离菌株的产酶活性进行检测表明,岱山盐田环境蕴含丰富的产淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶等生物活性酶的嗜盐菌,其中盐盒菌属产酶菌株数最丰富.研究结果表明,岱山盐田环境中具有较为丰富的嗜盐菌多样性,是筛选产酶菌株的重要资源库.

ARDRA分型测定刺参养殖环境中蛭弧菌多样性

【目的】研究刺参养殖环境中蛭弧菌类微生物的多样性及其组成特征。【方法】对刺参养殖用水进行过滤,获得微生物并提取其总DNA,分别采用两对特异性引物Per和Bac扩增蛭弧菌类微生物相应的16S r RNA基因目的片段。通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)方法,使用HaeⅢ和MspⅠ,双酶切各60个目的基因的单克隆,选不同条带克隆进行测序并对测序结果的多重序列分析比对。【结果】确定两对引物分别存在8和9种碱基差异序列,均属于噬菌弧菌属,分属于3个类群中。类群Ⅰ、Ⅱ为优势类群,且均为已知类群,类群Ⅲ为潜在的新类群;Per1(KP214541)和Bac44(KP214551)代表菌株分别为优势种。【结论】刺参养殖环境中蛭弧菌具有较高的多样性,包括已知类型和未知类型的蛭弧菌;可进一步进行蛭弧菌的分离、培养,用于刺参养殖中病害防治研究。