利用生物信息工具预测植物中DNA甲基化位点

DNA甲基化是表观遗传学的热点问题。CyMATE(Cytosine Methylation Analysis Tool for Everyone,CyMATE)是一种新的预测DNA甲基化的生物信息工具,能预测重亚硫酸盐基因组测序后得到的序列的甲基化状态。DNA甲基化数据库(DNA methylation database,MethDB)中储存了DNA甲基化的大量信息。用拟南芥(Arabidopsis thaliana)的SUPERMAN(sup)gene(GenBank No.ATU38946)在DNA甲基化数据库中的已知信息检测CyMATE,结果表明CyMATE预测的DNA甲基化水平与DNA甲基化数据库中的原始记录基本一致。此外,从网上搜索一段亚硫酸盐测序后的序列,用CyMATE预测了它的甲基化状态,并对其结果进行了分析。

CPT1C的表达水平与甲基化的关联及其对胃癌预后的影响

目的探讨CPT1C在胃癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理胃癌数据集的mRNA表达RNA-seq数据及临床预后相关数据,对胃癌组织和正常组织中CPT1C基因进行差异表达分析,并绘制图型。以CPT1C表达量的中位数为界将胃癌患者分为高表达组和低表达组,使用Kaplan-Meier法进行生存分析,探索CPT1C的表达与胃癌患者生存和临床病理特征的关系。同时利用DNA甲基化交互可视化数据库(DNMIVD)分析CPT1C甲基化与基因表达的关系及其与预后的相关性。使用GSEA4.0.1软件进行基因集富集分析,同时进行多GSEA富集分析的图形绘制。结果CPT1C在胃癌中显著高表达,与癌旁组织的差异具有统计学意义(P=0.003);删除TCGA胃癌患者中生存时间<30 d的样本后,共有306例样本,CPT1C高表达患者(n=153)预后更差(P=0.01),且在Kaplan-Meier Plotter数据分析平台中,高表达CPT1C的胃癌患者同样与不良预后相关(P<0.05);对TCGA胃癌患者的单因素和多因素回归分析提示,高表达CPT1C与更短的生存相关(P=0.02),CPT1C基因表达与DNA启动子甲基化呈显著负相关(r=-0.33,P=6.60e-10),并且低甲基化与不良预后相关(P=7.53e-03);GSEA分析结果显示,CPT1C高表达样本富集了ECM受体相互作用、Ca离子信号通路和HEDGEHOG信号通路等相关基因集,而CPT1C低表达样本则富集了剪接体,碱基切除修复和氧化磷酸化等相关基因集。结论CPT1C可能作为胃癌的独立预后因素,其可能通过参与ECM受体相互作用、Ca离子信号通路和HEDGEHOG信号通路等通路调节胃癌的发生发展。