长期继代蝴蝶兰类原球茎对抗氧化剂的生理响应及DNA稳定性分析

为了解抗氧化剂减缓长期继代蝴蝶兰类原球茎衰老的机理,本实验在培养基添加抗氧化剂100 mg/L半胱氨酸和8 g/L甘露醇继代类原球茎24个月,分析其相关氧化指标及DNA稳定性。结果表明,类原球茎培养期间处理组总活性氧水平变化趋势与对照组不同,处理组比对照组低,对照组总活性氧水平消长趋势与超氧阴离子(O_2^-)生成速率较为一致,处理组则与羟自由基(·OH)相对含量的消长趋势较一致。继代期间丙二醛含量变化趋势与总活性氧水平变化趋势相似,处理组比对照组低。类原球茎DNA的SRAP分析结果表明,继代培养期间处理组与对照组间均未发生明显的DNA差异。类原球茎DNA甲基化程度变化趋势与总活性氧水平变化大体相同,中后期处理组比对照组低。

微卫星DNA不稳定性与胃癌早期诊断的研究

目的 研究MSI在胃癌发生中的作用及其与胃癌临床病理特征之间的关系 ,探讨采用MSI筛选胃癌高危人群和早期诊断胃癌的可能性。方法 采用PCR、PCR 变性聚丙烯酰胺凝胶及硝酸银染色方法检测 30例胃癌及相应的 14例癌旁肠化生组织的MSI。结果 胃癌MSI阳性率为36 6 7% (11/ 30 ) ,D2S12 3和BAT2 6的MSI阳性率略高于其他位点 ;癌旁肠化生组织MSI阳性率为2 1 4 3% (3/ 14 )。 3例MSI阳性肠化生标本对应的胃癌组织均为MSI H ,MSS胃癌对应的肠化生组织也为MSS ;MSI与胃癌患者的年龄、性别、胃癌分期、淋巴结转移及组织分型无关 (P >0 0 5 ) ,与胃癌的分化程度和发生部位有关 :高 中分化胃癌MSI H检出率 4 7 0 6 % (8/ 17)显著高于低分化胃癌7 6 9% (1/ 13) (P <0 0 5 ) ;胃窦胃癌MSI H阳性率 4 7 37% (9/ 19)显著高于胃体及胃底胃癌 0 % (0 /11) (P =0 0 1)。结论 肠化生组织中MSI的进行性积累可能在一部分胃癌的发生中起作用 ,MSI可能是胃癌发生的早期分子事件。

微卫星DNA不稳定性与遗传性非息肉病性大肠癌的相关性研究

目的:探讨微卫星DNA不稳定性(microsatelliteinstability,MSI)与遗传性非息肉病性大肠癌(hereditarynonpolysiscolorectalcancer,HNPCC)的关系。方法:采用PCR-SSCP方法,检测2例遗传性非息肉病性大肠癌、11例散发性大肠癌的2、17号染色体的2个位点的MSI。结果:2例遗传性非息肉病性大肠癌均存在一个位点的MSI,11例散发性大肠癌中1个有MSI。结论:MSI是HNPCC常见的分子学事件,HNPCC有其特有的分子生物学特性。

散发性非息肉性大肠癌微卫星DNA不稳定性分析

为分析Ｄ２Ｓ４４１、Ｄ２Ｓ１１９和Ｄ２Ｓ１２３３个微卫星ＤＮＡ标记位点不稳定性，研究ＳＮＰＣＣ发生机理的分子基础。应用ＰＣＲ－ＳＳＬＰ扩增微卫星ＤＮＡ，聚丙烯酰胺凝胶电泳方法对３１例临床诊断为散发性非息肉性大肠癌的肿瘤组织及其相应的正常组织的Ｄ２Ｓ４４１、Ｄ２Ｓ１１９和Ｄ２Ｓ１２３３个微卫星ＤＮＡ标记位点进行分析。结果显示，３１例中，２例在所检测的３个位点均存在微卫星ＤＮＡ不稳定性。提示微卫星ＤＮＡ不稳定性与散发性非息肉性大肠癌发生有关，可通过检测微卫星ＤＮＡ不稳定性筛选大肠癌高危人群，以便早期预防。

食管癌组织3p、18q位点微卫星DNA序列不稳定性的研究

目的:探讨微卫星DNA序列不稳定性(M SI)表达水平与人食管癌发生及其临床病理特征的关系。方法:应用聚合酶链反应(PCR)和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对30例人食管癌中M SI表达情况进行研究。结果:D3S1067位点M SI发生检出频率较高,为26.7%(8/30);D18S58位点M SI阳性率为20%(6/30)。有18对组织在D3S1067和D18S58两个位点均未检出M SI。食管癌M SI多发生在3p位点,尤其是在3p14～3p21区段。食管鳞癌组织中M SI阳性为26.1%(6/23),差异有显著性(P<0.05),2例腺癌中1例检出M SI,5例食管小细胞癌均为M SI阳性。食管小细胞癌中M SI的发生较鳞癌为高,与肿瘤的病理分级、PTNM分期、有无区域淋巴结转移和浸润深度无关(P>0.05)。结论:食管癌在3p和18q染色体位点均存在微卫星不稳定现象;D3S1067和D18S582个位点上M SI与食管癌的临床病理类型均相关:D3S1067位点M SI与食管鳞癌的发生关系密切,D18S58与食管小细胞癌的发生关系密切;M SI也许可做为临床筛查恶性肿瘤高危人群的分子手段,具有潜在的应用前景。

22例微卫星DNA不稳定性大肠癌家系筛查结果分析

目的通过对既往已确认有微卫星不稳定的大肠癌患者的一级亲属随访调查研究,筛查遗传性非息肉病型大肠癌家系及早期遗传性非息肉病型大肠癌。方法选取已确认发现微卫星不稳定性(MSI)阳性大肠癌患者的一级亲属66例,进行随访。对尚未发生恶性肿瘤的63例无症状筛查对象行电子大肠镜检查,病变组织取病理活检,组织行HE染色,经病理医师诊断。结果 66例筛选对象中已有3例发生恶性肿瘤,其他63例筛查对象中肠镜检查发现结肠绒毛状腺瘤1例,大肠息肉7例,遵循Amsterdam标准Ⅱ确诊4个HNPCC家系,其中结肠腺瘤病例出现在HNPCC家系中,属于癌前病变。结论具有遗传背景的MSI阳性的大肠癌患者的一级亲属有可能是遗传性非息肉性大肠癌的高危人群。对这些高危人群应进行定期的随访观察,有望早期发现HNPCC家系和早期遗传性非息肉病型大肠癌患者。

微卫星DNA不稳定性及其在星形细胞肿瘤中的意义

星形细胞肿瘤中微卫星DNA不稳定性的出现及其频率取决于肿瘤的恶性程度。恶性程度高的星形细胞肿瘤常可检出MSI,且伴有错配修复基因的突变率也较高。某些MSI位点可作为间变性星形细胞瘤预后的一个指征。由于某些错配修复基因的缺陷导致微卫星DNA不稳定性 ,基因组不稳定性的影响在星形细胞肿瘤的发生。

胃癌P53基因突变与微卫星DNA不稳定性关系的研究

目的：探讨胃癌P53基因突变与微卫星DNA不稳定性的变化及其相互关系。方法：应用银染PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术检测28例内镜活检组织标本，检测P53基因第5～8外显子基因突变及第2、17号染色体的2个位点的MSI的情况。结果：MSI总检出率为32．1％(9／28)，中．高分化腺癌MSI阳性率为60％，显著高于低分化腺癌16．7％(P<0．05)。Ⅰ—Ⅱ期MSI阳性检出率(60％)显著高于Ⅲ-Ⅳ期(16．7%)(P<0．05)。P53基因总突变率为60．7％，P53基因在淋巴结转移组中的突变率(84．6％)明显高于无转移组的突变率(40%)(P<0．05)。P53基因突变组中，MSI检出率(35．3％)较无突变组(27．3％)有增高趋势，但两者无显著性差异(P>0．05)。结论：P53基因突变与MSI可能分别代表了胃癌病变过程中的不同分子病理学机理，MSI可能是胃癌发生过程中的早期标志，而P53突变在胃癌的发生中较普遍，并且与胃癌发生转移有关。两者不同程度地反映胃癌的细胞生物学恶性行为，这对临床分析胃癌的预后可能有参考意义。

DNA和RNA双链稳定性差异的理论研究

利用适用于分子间弱相互作用,尤其是生物分子间的氢键相互作用的改进的半经验方法RM1BH和达到线性标度的新的半经验算法以及SimuCal_SE方法,与自主开发的量子化学程序包SimuPac1.0,对4组一系列DNA和RNA碱基的氢键结合能进行了计算.这些计算包括单一碱基类型和混合碱基类型两大类情形,最大的原子数达到1064个.计算结果表明,在碱基层数较少时,DNA和RNA氢键结合能差别不大;在碱基层数较多时,RNA的氢键结合能明显高于DNA的氢键结合能;嘌呤和嘧啶的排列方式对结合能略有影响,但不影响上述趋势.可见,氢键对于RNA的稳定性差异起到重要的作用,计算结果支持了实验的结论.

中国人原发性食管癌微卫星DNA序列的不稳定性研究

目的检测微卫星DNA序列的不稳定性在中国人原发性食管癌中的表达并探讨其与食管癌临床病理特征之间的关系。方法应用PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳-硝酸银染色技术，检测63例中国人原发性食管癌组织中做卫星DNA序列的不稳定性。结果食管癌中微卫星DNA序列不稳定性的发生率为41．2％；微卫星DNA的不稳定性与肿瘤的病理类型有关，而与临床分期、病理分级、淋巴结转移、癌组织的侵袭性等无关。结论中国人食管癌组织中存在微卫星DNA序列的不稳定性，可能是食管癌发生过程中的早期事件．并且可能更多的参与了食管小细胞癌的发生。

错配修复蛋白的DNA微卫星不稳定性和缺陷:唯支持细胞综合症的一种新病因

微卫星不稳定性是某些类型癌症的特征,并存在于缺乏特异性DNA错配修复蛋白的啮齿类动物。这些无精子症小鼠表现与某些人类睾丸功能衰竭患者相同的精子发生缺陷。

海洋沉积物中深古菌的固碳潜能——基于DNA的稳定性同位素示踪研究

深古菌分布广泛、生境多样,是地球丰度最高的微生物之一,被认为在全球碳循环中扮演着重要角色.由于分离培养困难,深古菌的生理代谢功能尚不清楚.前期研究表明,深古菌具有降解木质素的功能;宏基因组分析也表明深古菌包含完整的无机碳固定途径(Wood-Ljungdahl pathway,WL途径),但尚未有直接的功能验证报道.本研究利用木质素与NaH^(13)CO_(3)对海洋沉积物样品进行长期培养,探究深古菌固定无机碳的能力.结果表明:在添加了木质素的培养体系中深古菌持续增长,10个月后其丰度增幅高达15.3倍,并在古菌中占比由30%上升为80%.为查明培养体系内微生物的固碳功能,监测了总有机碳δ^(13)C随时间的变化,发现两种添加了NaH^(13)CO_(3)的体系的总有机碳在最初的一个月均有升高,随后在未添加木质素的体系中基本保持不变,而添加了木质素的体系中δ^(13)C缓慢而持续地增长.对培养过程中不同处理和不同阶段的样品进行DNA提取,并通过超高速密度梯度离心获得不同浮力密度DNA后,利用Q-PCR分析其中深古菌与细菌的16S rRNA基因丰度.发现4个月后添加了木质素和NaH^(13)CO_(3)的体系中深古菌16S rRNA基因相较于细菌更明显集中出现在密度更重的层位,说明深古菌通过利用木质素和固定NaH^(13)CO_(3)大量增殖并导致其DNA被^(13)C标记,深古菌具有固碳代谢的能力.

维持DNA结构稳定性的因素

对DNA分子结构的稳定性的原因进行了讨论,介绍了维持DNA分子一级结构的主要因素,即共价键和核糖上羟基的缺乏;维持DNA分子二级结构的主要因素,即氢键、碱基堆积力、正负电荷作用以及DNA分子双螺旋结构本身的一些特征。

生物环境中能提取到DNA吗

以DNA类型、来源和学生的质疑引入环境DNA概念,从DNA稳定性因素分析生物环境中能够提取到DNA的可能性,简要介绍环境DNA的采集和提取方法。

新一代高通量测序与稳定性同位素示踪DNA/RNA技术研究稻田红壤甲烷氧化的微生物过程

【目的】利用新一代高通量测序技术分析复杂土壤环境中整体微生物群落结构的变化规律,研究特定功能微生物生理过程的分子机制;利用稳定性同位素示踪微生物核酸DNA/RNA,研究复杂土壤中关键元素转化的微生物调控机制。【方法】针对我国第四纪红色粘土母质发育的3种稻田红壤,围绕13C-甲烷好氧氧化的微生物过程,在DNA和RNA水平高通量测序土壤微生物群落16S rRNA基因和16S rRNA,通过超高速密度梯度离心土壤微生物总核酸获得13C-标记的DNA/RNA,进一步采用克隆文库技术研究稻田红壤甲烷好氧氧化的微生物作用者。【结果】新一代高通量测序结果表明,3种稻田红壤甲烷的好氧氧化过程中,甲烷好氧氧化菌占土壤整体微生物群落的丰度显著增加,RNA水平的增幅显著高于DNA水平,能够更为灵敏地反映土壤甲烷好氧氧化的微生物过程。3种稻田红壤甲烷的好氧氧化过程中,类型Ⅰ和类型Ⅱ甲烷好氧氧化菌在湖南古市土壤中显著增加,湖南桃源土壤中类型Ⅱ甲烷好氧氧化菌增加明显,而类型I甲烷好氧氧化菌在广东雷州土壤中增幅最大。进一步利用13C-DNA和13C-RNA分别构建pmoA基因和16S rRNA克隆文库,发现类型I甲烷好氧氧化菌主导了湖南古市和广东雷州稻田红壤甲烷的好氧氧化过程,类型II甲烷好氧氧化菌主导了湖南桃源稻田红壤甲烷的好氧氧化过程。【结论】新一代高通量测序技术能够在整体微生物群落水平,清楚反映复杂土壤中特定功能微生物的生理生态过程,而RNA较DNA水平的分析更为灵敏;稳定性同位素示踪微生物核酸DNA/RNA技术能够准确地揭示复杂土壤重要过程的微生物作用者。

基于核酸DNA/RNA同位素示踪技术的水稻土甲烷氧化微生物研究

稳定性同位素示踪复杂土壤中微生物DNA/RNA的技术难点是13C-DNA/RNA的鉴定。本研究针对我国六种典型水稻土,利用稳定性同位素13CH4示踪活性的甲烷氧化菌,超高速密度梯度离心获得不同浮力密度DNA/RNA后,以甲烷氧化菌独有的pmo A功能基因和16S r RNA特异基因作为分子标靶,通过半定量凝胶电泳技术评价了特异基因作为分子标靶判定13C-DNA/RNA的可行性,进一步利用克隆文库技术研究水稻土中的活性甲烷氧化菌群落结构。结果表明:甲烷氧化菌功能基因pmo A作为分子标靶,能够准确鉴别13C-DNA,而甲烷氧化菌特异的16S r RNA基因则能较好地区分12C和13C标记的RNA,但13C-RNA中的非目标微生物污染高于13C-DNA示踪技术。进一步以13C-DNA和13C-RNA为模板,分别构建了pmo A和16S r RNA基因的克隆文库,系统发育分析表明I型菌主导了土壤甲烷氧化过程,其中江西鹰潭和黑龙江五常土壤中活性甲烷氧化菌全部属于Ia型,而四川资阳、浙江嘉兴、江苏常熟和江都土壤中Ia型和Ib型甲烷氧化菌均有发现,并且后者比例较低。这些结果表明分子标靶基因能够有效判定复杂土壤中的甲烷氧化菌13C-DNA/RNA,在DNA和RNA水平的结果基本一致,我国典型水稻土中活性甲烷氧化菌可能存在一定的地理分异规律。

线粒体微卫星DNA不稳定性与肿瘤关系的研究进展

线粒体DNA直接控制细胞氧化磷酸化过程,其基因组序列发生突变尤其是微卫星DNA 不稳定性会严重降低线粒体产生能量的功能,诱发细胞程序性死亡和癌细胞形成。目前,有关人类线粒体微卫星DNA不稳定性与肿瘤关系的研究越来越受到关注。仅就微卫星DNA的特点和不稳定性形成的机理以及与肿瘤关系的研究进展作以概述。

子宫颈癌组织中线粒体DNA微卫星不稳定性分析

宫颈癌是最常见的妇科恶性肿瘤，其发生率与病死率居世界女性恶性肿瘤的第2位。宫颈癌发病的分子机制仍不十分明确。线粒体DNA（mtDNA）是细胞核外惟一的遗传物质，比核DNA更容易突变，突变率约为核DNA的10倍^[1]，突变形式包括缺失、插入、微卫星不稳定等，偶然的突变即可致DNA序列改变，引起编码蛋白的变化，进而可能导致细胞癌变。

Nuclear and mitochondrial DNA microsatellite instability in hepatocellular carcinoma in Chinese

AIM：To study the nuclear microsatellite instability (nMSI) at BAT26 and mitochondral microsalellite instability (mtMSI) in the occurrence and development of hepatocellular carcinoma and the relationship between nMSI and mtMSI.METHODS: nMSI was observed with PCR and mtMSI with PCR-SSCP in 52 cases of hepatocellular carcinoma.RESULTS:mtMSI was detected in 11 out of the 52 cases of hepatocellular carcinoma (21.2%). Among the 11 cases of hepatocellular carcinoma with mtMSI, 7 occured in one locus and 4 in 2 loci. The frequency of mtMSI in the 52 cases of hepatocellular carcinoma showed no correlation to sex, age,infection of hepatitis B, liver cirrhosis as well as positive AFP of the patients (P>0.05). In addition, nMSI was detected in 3 out of 52 cases of hepatocellular carcinoma (5.8%) and there was no correlation of the incidence of mtMSI to that of nMSI (P>0.05).CONCLUSION:mtMSI may be involved in the coccurrence and development of hepatocellular carcinoma and it is independent of nMSI.