人线粒体单链DNA结合蛋白1在恶性肿瘤发生、发展中的作用及研究进展

人线粒体单链DNA结合蛋白1(mitochondrial single-strand DNA-binding protein 1, mtSSBP1)是定位于线粒体中的单链DNA结合蛋白,参与线粒体DNA(mtDNA)的复制、转录和修复,在维持线粒体基因组的稳定性和功能等发挥重要作用。mtSSBP1与肿瘤细胞增殖、转移和侵袭等恶性生物学行为相关,在多种人类恶性肿瘤中表达上调,其与肿瘤组织浸润加深、分化能力减弱、肿瘤增大和临床分期增加均相关。该文现对mtSSBP1的结构、功能及其在不同类型恶性肿瘤中的作用机制进行阐述,旨在为mtSSBP1与肿瘤的基础研究和临床应用提供参考。

基于Transformer-BiLSTM特征融合的DNA结合蛋白预测方法

蛋白质与生命活动密切相关,脱氧核糖核酸(DNA)结合蛋白作为一种特殊的蛋白质,在生命活动中有着不可替代的作用.因此,研究DNA结合蛋白有很重要的现实意义,这个课题的研究前景十分广阔.传统生物技术虽然精度较高,但其成本十分的昂贵,效率比较低,设备要求极高,并不适合现代社会大量研究蛋白质的需求.机器学习的方法在一定程度上弥补了生物实验技术的不足,但是在数据处理方面远不如深度学习技术来的高效与便捷.在本研究中提出了一种基于双向平行长短期记忆神经网络(BiLSTM)和Transformer的深度学习框架来预测DNA结合蛋白.该模型不仅可以进一步提取蛋白质序列的信息和特征,还可以进一步提取进化信息的特征,最后,将这两个特征融合起来进行训练和测试.该模型拓展了研究人员在蛋白质特征提取方面的研究思路,为使用Transformer编码器块提取蛋白质全局特征提供参考.在PDB2272数据集上,与PDBP_Fusion模型相比,精度(ACC)和Matthew相关系数(MCC)分别提高了2.64%和5.51%.该模型的实验结果具有一定的优势.

乳腺癌组织中孕激素受体与雌激素受体DNA结合功能关系的研究

目的：观察３６ 例（Ｅ２ ＋ ） 乳腺癌患者组织ＰＲ 和ＥＲ ＤＮＡ 结合功能的关系，进而探讨（Ｅ２ ＋ ／ＰＲ＋ ） 表型内分泌治疗无反应的分子机制。方法：用激素结合法和迁移率改变法。结果：１） 用含有ＥＲ 的ＭＣＦ－ ７ 细胞株作为阳性对照，２２ ℃Ｍｇ２ ＋ 存在条件下，迁移率改变法中ＥＲ－ ＥＲＥ 复合物的形成是激素依赖性的，证实了ＥＲ－ ＥＲＥ 复合物的特性。２） 激素结合法和迁移率改变法检测结果显示，３６ 例（Ｅ２ ＋ ） 乳腺癌中有２５ 例相一致，其中两种方法都是阳性者（ＰＲ＋ ／ＥＲＥ＋ ）１７ 例，都是阴性者（ＰＲ－ ／ＥＲＥ－ ）８ 例。３ 例肿瘤，激素结合法阳性而迁移率改变法阴性（ＰＲ＋ ／ＥＲＥ－ ） 。８ 例肿瘤，激素结合法阴性而迁移率改变法阳性（ＰＲ－ ／ＥＲＥ＋ ） 。结论：乳腺癌组织中依赖ＥＲ 的ＰＲ 表达还有其它途径（ＰＲ＋ ／ＥＲＥ－ ） ，且ＰＲ 阴性不能表示ＥＲ ＤＮＡ 结合功能状态有缺陷（ＰＲ－ ／ＥＲＥ＋ ） ，利用ＰＲ 评估ＥＲ ＤＮＡ 结合功能状态以指导乳腺癌的内分泌治疗存在约３０ ％ （１１／３６） 的误差率。因此，传统的激素结合法检测结果（Ｅ２ 、ＰＲ） 同迁移率改变法检测结果（ＥＲＥ） 相结合，能更准确地反应ＥＲ

补阳还五汤提高血管性痴呆大鼠海马CREB、C/EBP的DNA结合活性

目的观察补阳还五汤对血管性痴呆大鼠海马CREB(cAMP反应元件结合蛋白)、C/EBP(CCAAT/增强子结合蛋白)DNA结合活性的影响。方法实验分为假手术组、模型组、补阳还五汤组和尼莫地平组。采用改良的4血管法制备血管性痴呆模型,分别给予生理盐水、补阳还五汤、尼莫地平灌胃干预,用凝胶电泳迁移率改变分析法(EMSA)测定各组大鼠CREB和C/EBP的DNA结合活性。结果与假手术组比较,模型组大鼠海马组织CREB的DNA结合活性明显降低(P<0.01);与模型组比较,尼莫地平组与补阳还五汤组明显升高(P<0.01);尼莫地平组与补阳还五汤组之间差异无显著性(P>0.05)。结论补阳还五汤可提高VD大鼠海马组织CREB、C/EBP与DNA的结合活性。

植物碱性亮氨酸拉链(bZIP)蛋白的研究进展(二)——DNA结合特性、基因表达、功能及应用

植物碱性亮氨酸拉链 (bZIP)蛋白在高等植物基因表达与调控中起重要作用。本文介绍了植物bZIP蛋白与DNA结合特性 ,探讨了它们的基因表达和功能 。

丹参对大鼠全脑缺血再灌注后海马CA1区AP-1 DNA结合活性的影响

目的 探讨丹参对活化蛋白 1(AP 1)在缺血性脑损伤中的影响及其神经保护作用的机制。方法 采用颈动脉负压分流法制备大鼠全脑缺血再灌注模型 ,用EMSA法和组织化学法观察海马CA1区AP 1的DNA结合活性以及神经元形态改变。结果 (1)缺血再灌 3h ,丹参能不同程度的增加AP 1的结合活性 ,其中R6 0组较NS组明显增强 (P <0 0 5 ) ,R3 0组也有增强 ,活性由假手术组的 2 8倍增加为 3 0倍 ,但较NS组无显著性差异。同时RSM能不同程度的减轻再灌 72h和 7d的神经元损伤 ,CA1区存活细胞数目较NS组明显增加 (P <0 0 5 )。结论 丹参能明显提高缺血后海马CA1区AP 1的DNA结合活力 ,丹参的神经保护作用可能与其调节AP 1的DNA结合活力有关。

慢性鼻-鼻窦炎黏膜组织中核因子-κB的表达及其与DNA结合活性的研究

目的 探讨核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)在慢性鼻-鼻窦炎黏膜中的表达及活性状态。方法 采用免疫组化方法检测18份慢性鼻-鼻窦炎钩突黏膜NF-κB亚单位P50、p65的表达,并与10份中鼻道侧中鼻甲黏膜对照;同时采用凝胶电泳迁移率法检测慢性鼻-鼻窦炎黏膜组织中核蛋白提取物与特异性NF-κB探针的结合活性。结果 p50主要位于上皮细胞和腺上皮细胞的胞核和胞质,p65则主要位于上皮细胞的胞质,偶见于胞核。慢性鼻-鼻窦炎组p50胞核阳性染色的阳性细胞百分率是7.8％-52.1％,平均为23％;对照组p50胞核阳性染色的阳性细胞百分率仅0.7％。2组p50胞核阳性染色的阳性细胞百分率间比较差异有显著意义(x2=22.917,P<0.01)。慢性鼻-鼻窦炎组NF-κB的DNA结合的32P标记电泳带密度扫描值为28.14±16.71,与对照组(9.28±2.84)比较,差异有显著意义(t=4.56,P<0.05)。结论 NF-κB在慢性鼻-鼻窦炎黏膜中表达显著增强,且其与DNA-蛋白结合活性显著增高,提示慢性鼻-鼻窦炎黏膜炎症反应中NF-κB被激活。

改良EMSA法分析人α1(Ⅰ)胶原基因序列特异性DNA结合蛋白

目的 :分析人α1( )胶原基因 5′侧翼区具有较高启动调控活性序列的 DNA结合蛋白。方法 :以原代培养人瘢痕皮肤成纤维细胞为胶原产生细胞 ,采用限制性内切酶消化、DNA混合片段末端标记和增强化学发光的改良电泳迁移率改变实验(EMSA)分析人 α1( )胶原基因 5′侧翼区 - 2 6 8～ + 42 bp序列 DNA结合蛋白。结果 :在胶原产生细胞——人瘢痕成纤维细胞中存在 α1( )胶原基因 - 2 6 8～ + 42 bp序列的 DNA结合蛋白 ,其结合活性具有特异性 ,并能被 Sp- 1,NF- 1,NF- κB识别序列所竞争。结论 :改良 EMSA法可用于分析较长序列的 DNA结合蛋白 ,人 α1( )胶原基因 - 2 6 8～ + 42 bp序列中存在转录因子Sp- 1,NF- 1,NF- κB结合序列 ,这些转录因子结合位点可能与人 α1( )胶原基因 - 2 6 8～ + 42 bp序列的高启动活性有关。

p65 DNA结合域的克隆、表达及其酵母双杂交自身激活作用检测

目的 获得NF κBp65亚基DNA结合域cDNA及构建酵母双杂交系统中的靶基因 ,并检测靶基因的表达和自身激活活性。方法 利用引物二聚体搭桥技术 ,扩增p65亚基DNA结合域基因片段 ,并将其克隆入酵母双杂交载体pG BKT7DNA BD。应用醋酸锂法转化酵母细胞AH10 9,在SD Trp选择培养基上培养 ,观察转化株的生长情况。按尿素 SDS法抽提酵母蛋白 ,用SDS PAGE电泳和Western blot鉴定靶蛋白在酵母细胞中的表达。利用液相法和平板法检测阳性转化株 β 半乳糖苷酶的活性。 结果 获得p65DNA结合域基因片段 ,并成功构建酵母双杂交系统中的靶基因。靶基因能在酵母细胞中表达 ,对酵母细胞无毒性作用 ,无自身激活活性。结论 NF κBp65亚基DNA结合域可作为酵母双杂合系统中的靶基因 ,用于肽库筛选 。

DNA结合分化抑制蛋白1和基质金属蛋白酶9在结直肠癌中的表达及与微血管密度的相关性

目的探讨结直肠癌组织中DNA结合分化抑制蛋白1(Id-1)和基质金属蛋白酶9(MMP-9)的表达及其与肿瘤微血管生成、临床病理指标的相关性。方法应用免疫组织化学染色法检测50例结直肠癌组织和50例癌旁正常组织中Id-1和MMP-9的表达,以及CD34标记的微血管密度(MVD)情况。结果 Id-1和MMP-9在结直肠癌组织中阳性表达为72.00%(36/50)、78.00%(39/50),显著高于癌旁正常组织的24.00%(12/50)、28.00%(14/50)(P=0.000);结直肠癌组织中MVD值为17.22±2.08,明显高于癌旁正常组织5.36±2.17(P=0.000);Id-1、MMP-9和MVD均与肿瘤浆膜浸润、TNM分期、癌胚抗原(+)、脉管浸润、淋巴结转移及肝转移相关(P均<0.05),而与年龄、性别、肿瘤大小、分化程度无关(P均>0.05);癌组织中Id-1和MMP-9阳性表达组MVD值显著高于阴性组(P均=0.000);结直肠癌组织中Id-1与MMP-9呈明显正相关性(r=0.429,P=0.000);生存分析显示:Id-1与MMP-9表达与结直肠癌患者预后关系密切,二者高表达提示预后不良。结论 Id-1、MMP-9高表达与结直肠癌的发生演进高度相关,并与MVD呈正相关,二者可能共同参与了肿瘤微血管的生成、肿瘤的浸润及血行转移。

小鼠α2(Ⅰ)胶原基因DNA结合蛋白研究

目的 :初步分析小鼠α2 ( )胶原基因上游 5′- U TR近端 80 0 bp(- 780～ + 5 4bp)序列的 DNA结合蛋白。 方法 :PCR扩增小鼠α2 ( )胶原基因 - 2 5 8～ + 5 4bp,- 5 19～ - 2 48bp,- 741～ - 5 0 1bp片段 ,Dig- d U TP末端标记 PCR产物 ,与经 SDS- PAGE并转印至膜上的胶原产生细胞的核抽提物进行 DNA -蛋白质结合反应 ,以抗 Dig抗体检测结合反应信号。 结果 : 型胶原基因上游 5′- U TR近端 80 0 bp序列中存在至少 3个不同的核转录因子结合位点 ,相识别 (consensus)的核蛋白因子相对分子质量分别为 12万 ,5万 ,2万。TGF- β1可增强细胞中相对分子质量为 12万的核蛋白因子的表达。结论 :小鼠 α2( )胶原基因上游 - 780～ + 5 4bp这 80 0 bp片段中存在与不同的核蛋白因子结合的序列 ,可能与 Sp- 1有关。TGF- β1通过增强相对分子质量为 12万核蛋白的表达而促进该蛋白与靶调控序列的结合。

氯化甲基汞对发育阶段大鼠小脑转录因子CREB DNA结合活性的影响

目的 :探讨氯化甲基汞 ( MMC)对发育大鼠小脑组织转录因子 CREB DNA结合活性的影响。方法 :将妊娠大鼠于妊娠 7～ 1 0 d连续 4d每日灌胃给予氯化甲基汞 4mg· kg-1,取生后 1、3、7、1 4d大鼠小脑组织提取核蛋白。采用凝胶移位法观察 MMC对发育阶段大鼠小脑转录因子CREB DNA结合活性的影响。结果 :对照组和实验组各发育阶段小脑组织 CREB在凝胶移位电泳中均呈现两条迟滞带 ;对照组和实验组 P1 - 7大鼠幼仔小脑 CREB DNA结合活性随生后发育时间延长呈下降趋势 ;实验组大鼠幼仔小脑 CREB DNA结合活性均高于相应对照组。结论 :CREB参与大鼠脑发育的调节 ;甲基汞所致发育脑组织损伤可能与其引起 CREB DNA结合活性升高有关。

翼螺旋转录因子FOXO1的DNA结合域的表达、纯化及结合特性

目的:探讨翼螺旋转录因子FOXO1的DNA结合域(FOXO1 DNA binding domain,FOXO1-DBD)的表达、纯化及与DNA的结合特性。方法:采用优化FOXO1-DNA的基因序列和低温诱导的方式实现FOXO1-DBD蛋白的可溶性表达,通过镍亲和层析及阳离子交换层析进行纯化,并经凝胶迁移实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)验证FOXO1-DBD的DNA结合特性。结果:优化后的FOXO1基因在21℃时编码的蛋白大多以可溶性方式表达,通过两步纯化即可获得95%以上纯度的FOXO1-DBD蛋白,纯化的蛋白与含FOX家族DNA结合基序(G/ATAAACA)的DNA序列显示良好的结合特性。结论:建立了FOXO1-DBD蛋白高效表达、纯化的方法,验证了FOXO1蛋白在识别DNA上的复杂性。

乙型和丙型肝炎病毒与肝细胞相互作用的分子生物学基础：启动子DNA结合蛋白研究策略

乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染肝细胞之后，首先要借助肝细胞中的一些成分完成其复制和表达的生活周期，主要是肝细胞中的一些调节蛋白与这2种肝炎病毒调节基因序列之间的结合，并对于肝炎病毒的复制和表达过程进行调节。

脑缺血再灌注大鼠学习记忆能力和海马组织CREB、C/EBP的DNA结合活性改变

目的观察脑缺血再灌注大鼠学习记忆能力和海马组织环磷酸腺苷反应(cAMP)元件结合蛋白(CREB)及CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)的DNA结合活性改变。方法采用4血管法制备大鼠缺血再灌注损伤模型,用水迷宫检测大鼠学习记忆能力,HE染色观察海马CA1区神经元形态改变,凝胶电泳迁移率改变分析法(EMSA)测定CREB和C/EBP的DNA结合活性。结果水迷宫检测:与假手术组术比较,模型组大鼠逃逸潜伏期明显延长(P<0.05),跨越平台次数明显减少(P<0.05)。HE染色:假手术组大鼠海马CA1区神经元排列整齐、均匀,细胞结构完整;模型组大鼠海马CA1区部分神经元正常结构消失,胞核区域浓染,出现凝固性坏死及细胞脱失,海马CA1区正常神经细胞数目较假手术组明显减少(P<0.05)。EMSA检测:模型组大鼠海马组织CREB和C/EBP的DNA结合活性均较假手术组显著降低(P<0.01)。结论 CREB和C/EBP的DNA结合活性下降可能参与了脑缺血再灌注损伤引起的神经元损伤和学习记忆能力下降。

应用噬菌体展示技术筛选HBsAg启动子I的DNA结合蛋白

目的:通过筛选HBsAg基因启动子Ⅰ(SP Ⅰ,surface promoter Ⅰ)结合蛋白,为HBV复制机制的研究探索新的途径. 方法:应用噬菌体展示技术,以HBsAg基因启动子Ⅰ的聚合酶链反应(PCR)产物DNA作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行4轮“黏附-洗脱-扩增”筛选过程,经噬斑的PCR扩增后,构建克隆载体,最后对所筛选克隆进行DNA序列分析和同源性搜索. 结果:噬菌体经富集后,从随机筛选的14个克隆中得到8 个阳性克隆,成功构建了克隆载体.序列测定后经过同源性搜索,确定了和HBV表面抗原基因启动子Ⅰ特异结合的肝细胞蛋白,共编码7种蛋白.其中3个克隆编码未知功能蛋白;其余的克隆分别编码4-氨基丁酸氨基转移酶、触珠蛋白、复制蛋白等蛋白. 结论:用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到HBsAg基因启动子Ⅰ的结合蛋白,分析了该蛋白的编码基因.

电针对CFA大鼠脊髓背角CREB的DNA结合活性影响研究

目的:观察电针对CFA大鼠脊髓背角环磷腺苷反应元件结合蛋白(CREB)的DNA结合活性的干预作用以探讨电针的镇痛机制。方法:清洁级健康雄性SD大鼠按完全随机分为空白对照组(N组),模型对照组(CFA组)和电针治疗组(EA组),CFA组和EA组大鼠通过足底内注射弗氏完全佐剂(CFA)建立炎症痛模型,EA组大鼠于造模后5.5 h选取双侧"足三里"、"昆仑"穴进行电针治疗。分别观察造模前、造模后5 h、6 h、2 d、7 d和14 d六个时点的足跖容积和痛阈(PWTs),及造模后6 h、2 d和14 d患侧脊髓背角CREB的DNA结合活性。结果:与N组大鼠比较,造模后各时间点,CFA组大鼠足跖显著肿胀,PWTs明显降低,CREB的DNA结合活性增加;造模后各时间点,EA组大鼠PWTs均显著高于同期CFA组,CREB的DNA结合活性减少,但足跖容积未见明显改变。结论:电针具有良好的镇痛作用,且其镇痛作用可能与调节脊髓背角CREB的DNA结合活性相关。

DNA结合抑制因子-1在子宫内膜异位症中的表达及其与微血管密度的关系

目的检测DNA结合抑制因子-1(Id-1)在子宫内膜异位症(EMs)中的表达及其与血管生成的关系,探讨其在EMs发病机制中的作用。方法采用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测EMs在位内膜(60例)、异位内膜(60例)及正常子宫内膜(30例)中Id-1 mRNA的表达水平,同时应用免疫组化SP法对CD34标记阳性的血管进行微血管密度(MVD)测定,分析两者的相关性。结果 EMs在位内膜Id-1 mRNA相对表达量和MVD值明显高于正常子宫内膜,但低于EMs异位内膜,而且随着临床期别增加EMs在位及异位内膜Id-1表达水平和MVD值均增加,差异有统计学意义(P<0.01)。正常子宫内膜、EMs在位及异位内膜的增殖期和分泌期比较,Id-1 mRNA表达水平和MVD值均差异无统计学意义(P>0.05)。EMs在位和异位内膜Id-1mRNA表达水平和MVD值呈明显正相关性(r=0.879,P=0.000;r=0.829,P=0.000)。结论 Id-1在EMs在位和异位内膜中存在过度表达,且与血管生成密切相关,推测Id-1可能通过促血管生成途径参与EMs的发病机制。

鸡减蛋综合征病毒DNA结合蛋白的基因结构及同源分析

从中国发病鸡群中分离的鸡减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）ＡＡ－２株，经常规方法提取其病毒核酸后，构建了限制性内切酶ＰｓｔⅠ及ＨｉｎｄⅢ水解片段的基因文库。对其中ＨｉｎｄⅢ－Ｆ片段（５２．９～５８．９ｍｕ）的正反２条链的序列测定发现，其反链存在１个编码容量为３８７个氨基酸（ａａ）的开放读码框架（ｏｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅ，ＯＲＦ），经Ｇｅｎｅｂａｎｋ／ＥＭＢＬ同源搜寻后证实其编码产物为ＥＤＳＶ的ＤＮＡ结合蛋白（ＤＢＰ）。与其他腺病毒ＤＢＰ的氨基酸序列进行同源比较，其Ｎ端同源性在１９．０％～４６．２％之间，Ｃ端同源性在２７．７％～６０．４％之间。腺病毒ＤＢＰ的３个保守序列ＣＲ１，ＣＲ２，ＣＲ３在ＥＤＳＶＤＢＰ中有较大变化，但ＥＤＳＶＤＢＰ的锌指框架（Ｚｎ２＋ｆｉｎｇｅｒｍｏｔｉｆ）却保留了对其功能必需的残基。

大鼠骨骼肌肌质网序列非依赖性的DNA结合蛋白

目的：观察大鼠骨骼肌肌质网上是否存在非核ＤＮＡ结合蛋白。方法：应用差速离心及蔗糖密度梯度离心法分离大鼠骨骼肌肌质网膜蛋白，用３２Ｐ标记的ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ印记杂交。结果：在大鼠骨骼肌肌质网膜中存在两种ＤＮＡ结合蛋白，相对分子质量分别是８３０００、５８０００，这２种蛋白质可与不同的线状双链ＤＮＡ，环状ＤＮＡ及单链ＤＮＡ结合。