福建省大豆疫病病原鉴定及其核糖体DNA-ITS序列分析

从福建省龙海大豆根腐病株上分离的疫霉菌株中,选取6个代表菌株,对病原菌进行了形态特征、致病性、寄主范围鉴定及核糖体DNA-ITS序列分析,结果表明,该菌为疫霉属真菌,在黑麦琼脂培养基上生长缓慢,菌丝致密、无隔,形成菌丝膨大体,近直角分支,分支处稍缢缩。水培后产生大量椭圆形孢子囊,不形成乳突,通过内层出方式产生新孢子囊,游动孢子在孢子囊内形成,同宗配合,藏卵器球形,雄器侧生;接种后可出现典型的大豆疫病症状;人工接种只侵染大豆、豇豆和菜豆等少数豆科植物。其核糖体DNA-ITS序列分析表明,分离菌株与GenBank中大豆疫霉的ITS序列的同源性均为99.8％,仅有2个碱基的差异,结合形态特征和致病性测定,将这些病原菌鉴定为Phytophthora sojac.这是首次报道大豆疫霉菌在福建省存在。

次郞甜柿炭疽病菌的分离鉴定及其rDNA-ITS序列分析

为了给生产中柿树次郎甜柿炭疽病的诊断及防治提供理论指导,通过组织分离法和单孢分离法从感病次郞甜柿的果实和嫩梢中获得了2个分离物,菌落及孢子形态特征显示该分离物为炭疽菌。以通用引物ITS6和ITS4,通过PCR扩增,获得了rDNA-ITS基因片段。测序结果显示,从柿的果实和嫩梢分离获得的染病次郎甜柿分离物ITS序列完全一致,片段大小为598 bp,该片段与感病浙江无核柿(AY787483)和新西兰分离物(GQ329690)的同源性分别为100%和99.8%。系统进化树分析结果显示,染病次郎甜柿分离物与浙江无核柿(AY787483,AY791890)和新西兰分离物(GQ329687,GQ329688和GQ329690)处在同一分支,据此,将该病原物鉴定为柿树炭疽菌Colletotrichum horii,并将其ITS基因序列提交到GenBank数据库(基因登录号:JQ957543)。

rDNA-ITS序列分析鉴定块菌伴生真菌

分离攀枝花地区野生块菌伴生真菌,经PCR扩增其rDNA-ITS序列,测序并分析其序列信息,初步鉴定了7种块菌伴生真菌.系统进化树分析将供试真菌分为3大类群:植物腐生真菌、动物病原真菌及植物内共生真菌.

小麦矮腥黑穗病菌与其近缘种的rDNA-ITS序列分析

本研究对小麦矮腥黑穗病菌(Tilletia controversa)及其近似种小麦网腥黑穗病菌(T.caries)、小麦光腥黑穗病菌(T. foetida)的rDNA-ITS进行了测序,并结合GenBank中登录的这3个种的其他菌株及腥黑粉属其他6个近缘种41条ITS序列进行了聚类分析。结果表明,所有菌株可以被划分为3个分支:第1个分支为印度腥黑穗病菌(T. indica)与其近似种T. walkeri;第2个分支主要是小麦矮腥黑穗病菌与其近似种T. caires和T. foetida及寄生在杂草上的一些腥黑粉菌(T.bromi 和T.fusca);第3个分支主要是寄生在杂草和水稻上的腥黑粉菌(T. barclayana和T. horrida)。第1分支与第2分支之间 ITS差异较大,同一分支内不同种之间ITS差异很小。rDNA-ITS序列只能用于腥黑粉菌属中部分种的区分。

巴戟天与常见混伪品的rDNA-ITS序列分析及其分子鉴定

目的比较巴戟天与常见混伪品之间的rDNA-ITS碱基序列的差异及其规律,同时为巴戟天及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记.方法对巴戟天及其常见混伪品的rDNA-ITS进行了PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果测定了巴戟天及其混伪品的rDNA-ITS区序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列.巴戟天与假巴戟天、羊角藤在ITS1和ITS2区的差异性分别为2.9%～5.8%和2.9%～4.2%,而与虎刺在ITS1和ITS2区的差异性则为21.2%和18.9%.根据ITS序列特征构建的系统树,混伪品假巴戟天与羊角藤首先聚类,然后与巴戟天聚在一起,而虎刺则单独聚为一支.结论rDNA-ITS序列可作为巴戟天与混伪品的一种较好的分子指纹图谱的标记方法.

浙江4地桃花水母的rDNA-ITS序列分析

采用PCR和DNA测序技术,对浙江省4个地点桃花水母(Craspedacusta)的核糖体RNA基因内转录间隔区(rDNA-ITS)进行了扩增与测序,并与GenBank中已有的桃花水母ITS区基因序列进行比对分析,计算了它们的遗传距离,利用MEGA 4.1构建了系统发育树。结果显示:这4个地点的桃花水母与索氏桃花水母(Craspedacusta sowerbyi)的ITS区基因相似度极高,同源性都在97%以上,遗传距离保持在0～0.008之间,在进化树中与索氏桃花水母聚为同一支。研究结果表明,这4地的桃花水母都属于索氏桃花水母(C.sowerbyi)。

剑麻茎腐病菌的rDNA-ITS序列分析

应用核糖体rDNA-ITS区的序列分析研究13个不同地区来源的剑麻茎腐病菌,测序结果表明,参试菌株的ITS扩增区约600 bp,无太大的长度变异,同时通过在GenBank中搜索其同源性序列并构建它们的系统发育树,结果表明,引起剑麻茎腐病的病原为黑曲霉菌Aspergillus niger。

核桃种质资源rDNA-ITS序列分析

本研究以9份核桃属种质资源为材料,利用设计引物对其ITS区段进行PCR扩增和测序。利用Dnasp 5.0和MEGA 6.0软件分析ITS序列特征,寻找差异位点,并构建系统发育树。结果显示,9份材料的ITS区段在644～647 bp之间,存在48个变异位点,转换和颠换的比值为1.75。系统发育树结果表明,野核桃和核桃楸亲缘关系最近,最先聚在一起,再与麻核桃聚为核桃楸组,与传统分类学一致。本研究为发掘和利用核桃属种质资源奠定了理论基础。

节瓜及近缘葫芦科作物种质资源rDNA-ITS序列分析与系统进化研究

通过PCR扩增获得了56份节瓜种质资源及7份相关瓜类种质资源的rDNA-ITS序列,测序后结合GenBank中34份葫芦科作物的ITS序列,利用生物信息学软件分析序列长度、变异位点、G＋C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统进化关系。节瓜种质资源ITS基本序列全长612-617 bp,G＋C含量59.97%-61.07%,供试材料间共96个变异位点,其中一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。基于ITS序列差异,56份节瓜材料聚为5大类,其中12-2-3材料为单独一个分支,黑毛节瓜H2251为第二分支,H5FA为第三分支,剩余节瓜材料聚为第四、五分支。节瓜材料12-2-3与其他材料遗传分歧最大,农艺性状与抗性也差异较大,可用作节瓜杂交育种的亲本以扩大选择范围。节瓜的系统位置排列在Indomelothria blumei（GU799496）与Dactyliandra welwitschii（HQ201973）之间,与Indomelothria blumei亲缘关系最近;Mrbayes软件分析表明,葫芦科作物Zehneria thwaitesii（AM981145）、Ctenolepis cerasiformis（AM981142）、Cucumis melo（AM36377）、Dactyliandra welwitschii（HQ201973）、Trochomeria macrocarpa（AM981141）最原始,系统进化顺序为甜瓜→南瓜、栝楼、苦瓜、丝瓜、西瓜、蒲瓜→冬瓜、节瓜→黄瓜。本研究通过分析节瓜及近缘葫芦科作物种质资源的ITS序列,为其系统进化、DNA指纹鉴别、育种亲本选择及比较组学分析等提供了分子生物学依据。

腐烂茎线虫rDNA-ITS序列分析

利用一对通用引物rDNA1/rDNA2扩增6个腐烂茎线虫供试群体的rDNA-ITS区域,获得序列长度不等的片段。Des-1、Des-2和Des-3群体扩增片断长度均为1130bp。而Des-5、Des-6和Des-7群体的扩增片段长度均为942bp,与以上群体相比,在ITS区具有一个188bp的缺失片段。序列比对后确定缺失片段位于ITS1区,而且该片段含有多个可重复小片段,这可能是造成碱基缺失的原因。根据遗传进化分析可将供试线虫分为两个大的群体。

水蛭及其近缘物种的rDNA-ITS序列分析

目的:通过分析比较入药水蛭及近缘物种的ITS基因片段,探讨其作为分子手段应用于种类鉴定,同时应用此分子标记来分析水蛭的亲缘关系,为研究其系统发育和完善分类系统提供参考。方法:对宽体金线蛭、尖细金线蛭、光润金线蛭、日本医蛭、菲牛蛭、湖北牛蛭、棒纹牛蛭、八目石蛭进行总DNA提取,PCR扩增测序,应用软件分析ITS片段长度、(A+T)%含量、变异位点和进化关系。结果:得到总长度为948～981bp的ITS序列片段,序列中G+C碱基比例较高,为56.0%～57.8%。整个ITS基因片段存在210个碱基变异位点和43个碱基插入/缺失,相对较为保守。石蛭科石蛭属八目石蛭与医蛭科牛蛭属棒纹牛蛭的分类地位较近,遗传距离为0.007;而黄蛭科的3个种与医蛭科的4个种在构建系统发育树时能明显地分为2大支。结论:ITS序列片段分析结果支持黄蛭科和医蛭科现在的分类地位,而八目石蛭与棒纹牛蛭似乎未达属间差异,其分类地位有待进一步探讨。

辽宁省辣椒土传病害镰刀菌鉴定及rDNA-ITS序列分析

[目的]对分离的辣椒镰刀菌形态、基因序列进行研究,以确定病原菌的种类及这些菌的同源性,为进一步开展该病害诊断和防治研究奠定基础。[方法]对采自辽宁省各地辣椒土传病害的16株病菌进行形态观察及rDNA-ITS序列分析。[结果]引起辽宁省辣椒土传病害的主要镰刀菌有尖镰孢、茄镰孢、锐顶镰孢和串珠镰孢等4种,根据菌株分生孢子形态和rDNA-ITS序列同源性,将ZW13、LY3、PJLJ、HC5、CY2、CY5、TLLJ、LY5、LY1菌株聚类为尖镰孢;FSLJ2和FSLJ3菌株聚类为茄镰孢;ZW和ZW18菌株聚类为锐顶镰孢;KPLJ、LZLJ、FSLJ1菌株聚类为串珠镰孢。[结论]从分子系统树和菌株间的遗传距离看出镰刀菌同种同源性都很高,不同种之间同源性相对较低,种间遗传差异较大。

11份蜜环菌种质rDNA-ITS序列分析

本研究以收集自贵州省(贵州大学农学院M-01~M-07、都匀市M-08、凯里市M-09和福泉市M-11)和湖北省宜昌市(M-10)的11份蜜环菌种质为研究对象,提取其基因组DNA,采用通用引物ITS4/ITS5对核糖体转录间隔区(rDNA-ITS)进行扩增,利用DNAMAN软件对11份蜜环菌种质进行构建同源树并分析其序列特征,采用MEGA软件最近邻距法进行系统发育分析及遗传距离的计算。结果表明,11份蜜环菌种质可分为两个大类4个亚类,第Ⅰ-Ⅰ类包括M-01、M-02、M-04、M-05和M-08-M-10,第Ⅰ-Ⅱ类为M-03,第Ⅱ-Ⅰ类包括M-06和M-07,第Ⅱ-Ⅱ类为M-11,具有较强的同源性(93%);两个大类样品的特征序列均位于ITS1和ITS2区表现为碱基的转换或颠换;共有序列的相似度为88.71%在ITS区存在丰富的变异表现为碱基的转换、颠换和缺失,第Ⅰ类的GC含量(44.2%)高于第Ⅱ类(42.6%);种内遗传距离均为0,第Ⅰ-Ⅱ类和第Ⅱ-Ⅱ类的种间遗传距离最小(0.002),第Ⅱ-Ⅰ类和第Ⅱ-Ⅱ类的种间遗传距离最大(0.035);经NCBI数据库BLAST对比及系统发育分析这4个亚类的样品均不能与下载的蜜环菌归为一支。因此,11份密环菌种质可能是一个较为庞大的复合群,采用通用引物ITS4/ITS5扩增的核糖体基因可以对此类蜜环菌进行分类但不适合作为鉴定的持家基因。

猕猴桃果实贮藏期主要真菌病害的rDNA-ITS鉴定及序列分析

【目的】对陕西省周至县猕猴桃主栽品种‘华优’、‘海沃德’及‘秦美’贮藏期霉烂果实中的病原菌进行分离与鉴定,分析比较病原菌rDNA-ITS序列的差异和种内与种间群体分化状况,确定优势菌,为病害防治提供依据。【方法】采用病原菌形态鉴定与rDNA-ITS鉴定相结合的方法,确定引起猕猴桃霉烂的病原菌种类;通过构建系统发育树,分析病原菌种之间的亲缘关系。【结果】从贮藏期霉烂的猕猴桃果实中共分离出30株病原菌,主要为青霉属(Penicillium)、木霉属(Trichoderma)、交链孢霉属(Alternaria)、毛霉属(Mucor)、拟青霉属(Simplicillium)等5个属。其中青霉属(Penicillium)19株占63.3%,为优势菌,包括Penicillium sp.、Penicillium chrysogenum、Penicillium paneum、Penicillium purpurogenum和Penicillium commune;木霉属(Trichoderma)8株占26.7%较次之,包括Trichoderma longibrachiatum和Trichoderma sp;交链孢霉属(Alternaria)、毛霉属(Mucor)、拟青霉属(Simplicillium)各1株,各占3.3%;聚类分析表明,30株病原聚为五大类群。【结论】引起陕西省周至县‘华优’、‘海沃德’和‘秦美‘猕猴桃贮藏期果实霉烂优势病原菌为Penicillium sp.、Penicillium chrysogenum、Penicillium paneum、Penicillium purpurogenum和Penicilliumcommune;rDNA-ITS区序列在青霉菌属内种间差异鉴别具有较高的参考价值。

6个相似穿孔线虫种群的形态特征及rDNA-ITS序列分析

运用光学显微镜对相似穿孔线虫进行观察及测量其主要特征;采用线虫通用引物18S和28S对6个相似穿孔线虫种群进行rDNA-ITS区进行了序列扩增,获得片段长度大约850 bp,克隆测序后使用UPGMA法进行聚类分析和构建系统发育树。结果表明：6个相似穿孔线虫的相似度高达99.3%,其中1RS、2RS、3RS和6RS 4个种群与来自台湾的KJ845638.1、广州的KF234224.1和马来西亚半岛的FJ455830.1在一个小类群中,表明它们之间的亲缘关系较近;而4RS和5RS种群在另一个小类群中。本研究为深入相似穿孔线虫不同种群间的形态差异与系统发育关系、及两者之间的关系等研究提供科学的理论依据。

云南蚕区采集桑褐斑病病原真菌基于rDNA-ITS序列的分类鉴定与系统发育分析

已报道的桑褐斑病的病原真菌有桑粘隔孢(Septogloeum mori Briosi et Cavara)和桑褐斑壳丰孢[Phloeospora maculans(Bereng.)Allesch]两种。在云南省不同蚕区选择感染桑褐斑病的桑树分离病原菌株,以待测病原菌株的基因组DNA为模板,采用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增各菌株的r DNA-ITS序列。对菌株PCR产物测序后比对Gen Bank数据库中已提交桑褐斑病病原菌的r DNA-ITS同源序列,应用MEGA5.2软件和Neighbor-Joining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。结果表明,从云南省不同蚕区感病桑树分离的桑褐斑病病原菌r DNA-ITS序列与Gen Bank中登录桑褐斑壳丰孢P.maculans的r DNA-ITS序列(登录号:GU214670.1)、桑球腔菌[Mycosphaerella mori(Fckl.)Wolf]r DNA-ITS序列(登录号:AB435069.1)的遗传距离很近,序列相似度达99%以上,聚为同一分支,其中编号BS、DY、ML、QJ的菌株与来自印度的桑球腔菌的序列相似度达到100%。由此认为,引起云南蚕区桑褐斑病的病原真菌为桑褐斑壳丰孢Phloeospora maculans,有性态为桑球腔菌Mycosphaerella mori。

香蕉枯萎镰刀菌的核糖体DNA-ITS区段序列分析

寻找香蕉枯萎镰刀菌1号生理小种（Focr1）和4号生理小种（Focr 4）在rDNA-ITS区段序列上的差异,为香蕉枯萎镰刀菌小种的快速检测提供依据。对来自海南省和广东省的3个Focr 1和5个Focr 4菌株进行rDNA-ITS测序,并与GenBank中的4个尖孢镰刀菌的rD-NA-ITS序列进行比对分析。8个菌株中ITS1和ITS2分别为147和152 bp,与GenBank中的尖孢镰刀菌有97.0%-99.0%的同源性。香蕉枯萎镰刀菌4号生理小种和1号生理小种与GenBank中尖镰孢菌菊花专化型、尖孢镰刀菌黄瓜专化型和一品冠萎凋病菌在rDNA-ITS序列的367与386 bp位点存在两处共性差异：4号生理小种的碱基均为T（胸腺嘧啶）,而1号生理小种和GenBank中3个菌株的碱基均为C（胞嘧啶）。尖孢镰刀菌rDNA-ITS区段序列不适于区分种内不同专化型及生理小种。

基于rDNA-ITS序列及相似度分析的中药赤芍分子鉴别研究

目的:分析中药赤芍正品及混伪品ITS序列的种内相似度及特定位点序列碱基差异,为建立中药赤芍的分子鉴别标准提供思路。方法:采用PCR扩增产物直接测序的方法对市场上购得的未知来源赤芍样品S1、S2的ITS序列(包括ITS1,ITS2,5.8S)进行测定,测定结果进行BLAST比对、相似度分析、序列特异性碱基位点差异比较;用DNAMAN对GenBank上已注册的正品赤芍和混伪品赤芍的ITS序列进行分析。结果:建立了赤芍药材分子鉴别的3个指标,即根据BLAST结果定属,种内相似度缩小属内范围并定种,再通过特异性碱基位点差异最终确定并证实样品的物种;确定了样品S1来源于芍药属植物芍药Paeonia lactiflora Pall.,样品S2来源于芍药属植物川赤芍Paeonia veitchii Lynch.。结论:本文为赤芍的分子鉴别提供较为有效的思路与方法,同时为基于rDNA-ITS相似度及序列分析进行其他中药品种鉴别提供依据。

根结线虫rDNA-ITS片段的克隆与序列分析

用PCR方法扩增了16个不同地区和不同作物上根结线虫群体的ITS片段,并进行了克隆、序列测定分析和比对。结果表明:采自北京密云苦瓜和豇豆、北京通州月季以及山东胶州、烟台、潍坊花生上的6个根结线虫群体为北方根结线虫(Meloidogyne hapla),其ITS片段大小为772 bp;来自云南番茄、成都黄瓜和海南石榴上的3个根结线虫群体为爪哇根结线虫(M.javanica),其ITS片段大小为767 bp;来自河北廊坊番茄、北京海淀番茄和浙江黄瓜上的3个根结线虫则属于花生根结线虫(M.arenaria),其ITS片段大小为768 bp;而安徽和县、宿州的番茄以及太和桔梗上的3个根结线虫则属于南方根结线虫(M.incognita),其ITS片段大小为766 bp;海南胡椒上的根结线虫群体为番禺根结线虫(M.panyuensis),ITS片段大小为869 bp。

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。