布尼亚病毒科全基因组序列比对分析

布尼亚科病毒(Bunyaviridae)是一类医学和农业上的重要病毒。本文从NCBI数据库下载具有完整基因组序列的布尼亚科病毒的5个属20种病毒的序列,用生物学软件DNAman,DNAstar进行比对分析,发现布尼亚科病毒属中的植物病毒在核酸序列及蛋白结构上与动物病毒有很大差异:(1)只有植物病毒的M基因组能编码NSm运动蛋白;(2)植物病毒和动物病毒在核酸序列和蛋白质序列长度均有差异,表明该科病毒是进化速度较快的病毒;(3)植物病毒核酸序列的GC含量低于动物病毒;(4)通过SMART网络软件进行蛋白质拓扑结构分析发现植物病毒和动物病毒在糖蛋白GnGc的结构上存在显著差异;(5)植物病毒糖蛋白结构较为复杂,有较多的紊乱区域,除INSV外,其他病毒都具有N端信号肽。这将对以后分子生物学检测中引物的设计及病毒的鉴定等方面的研究起到积极的作用。

番茄斑萎病毒属ssRNA-M序列比对分析

番茄斑萎病毒属(Tospovirus)是布尼亚病毒科唯一的植物病毒属,在热带、亚热带以及温带地区引起许多作物和花卉严重病害的发生.该研究利用DNAstar、DNAman等软件对其RNA-M编码G1G2蛋白和NSm非结构蛋白的核酸和蛋白质序列进行分析,发现Tospovirus属病毒的G1G2蛋白和NSm非结构蛋白序列的长度和GC含量在不同病毒种间变异不大,同时得出序列比对图和一致性(Identity)的值、同源性(Homolog tree)的值和系统进化树(Phylogenetic tree)的值,并发现根据NSm蛋白质序列划分的2个相似性组与前人划分的血清组非常接近.

ScYLV和SrMV的PCR引物优化设计

以甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,,ScYLV)和高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,,SrMV)为材料,运用DNAMAN、Primer Premier 5.0和Oligo6.0等软件设计PCR引物,,进行普通PCR、多重PCR、实时定量PCR反应,检验所设计引物的PCR扩增效率、特异性和有效性。归纳总结多种PCR反应中引物设计的一般性思路,提出启发性的方法,并将以上经验付诸实践检验;最后将研究思路概括为:针对性、实用性和一般性。

生物信息数据库简介及在农业上的应用

随着生物技术与生物信息学的不断发展 ,生物信息数据库中信息呈指数增长 ,理解其中所包含的生物学知识、揭示生物内在规律将成为今后自然科学研究中的重要课题。本文介绍了近几年来世界生物信息数据库发展的状况 。

马PPAR-γ基因序列生物信息学初步分析

为阐明马PPAR-γ基因的结构及功能,采用DNAMAN软件对马的PPAR-γ基因序列进行初步的生物信息学研究分析。结果表明:完整的马PPAR-γ基因开放阅读框序列为1 584 bp,编码528个氨基酸,预测的马PPAR-γ分子量为60 KD,等电点为6.01。马PPAR-γ基因编码区使用次数最多的密码子是编码赖氨酸(K)的AAG(22次),密码子使用偏倚程度为0%-44%。马PPAR-γ氨基酸中以亮氨酸出现次数最多(54次),出现次数最少的为色氨酸(2次)。马的PPAR-γ的二级结构以无规则卷曲为主,α螺旋和β折叠为辅。马的PPAR-γ多肽链的整体疏水性较弱,但在437-443处出现一典型疏水峰,在430-452氨基酸残基区域存在一典型的跨膜区。该研究结果为揭示PPAR-γ基因在马脂代谢中的作用奠定了基础。

构建分子系统树的简易方法

利用大分子序列差异构建分子系统树已成为现代系统分类和生物进化研究工作者的基本方法和工具,掌握建树方法对该领域的研究工作具有十分重要的意义。构建分子系统树的软件很多。就DNAMAN6.0和MEGA5.1联合建树的简易方法进行阐述,帮助初学者建树。