染色质DNaseⅠ超敏感位点的定位及其转录调控功能的研究进展

DNaseⅠ超敏感位点(DNaseⅠhypersensitive sites,DHSs)是对DNaseⅠ高度敏感的活性染色质区域。全基因组DHSs的定位分析已成为准确识别染色质上基因转录调控元件的有效方法,有助于系统解析基因和基因组信息及转录调控的动态分子机制。文中就DHSs的分布、DHSs的高通量测序技术及DHSs的转录调控功能的相关性研究进展作一综述。

Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位

目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5kU/L、10kU/L DNaseⅠ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediatedPCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序。通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置。用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子。结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点。在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300bp至500bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS。运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子。结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区。这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据。

冠心病相关SLC22A3基因中新发现负性调控序列的性质与功能鉴定

目的:拟对课题组前期发现的冠心病相关SLC22A3基因intron7区域中的2段DNA负性调控序列的性质及功能进行研究,以明确其为沉默子还是绝缘子。方法:利用生物信息学分析2段负性调控序列在所培养细胞系中的脱氧核糖核酸酶I(DNaseⅠ)的敏感性,并以包含人SLC22A3基因全长序列的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)为模板,PCR扩增2段负性调控序列,以pGL3-Control作为工具载体,将2段序列克隆入报告基因Luciferase(LUC)的启动子与增强子之间以及增强子的下游,构建4组重组质粒,并以pGL3-Control质粒作为空白对照,与内参质粒p RL-SV40共转染人胚肾细胞HEK293T,24 h后检测荧光素酶活性。结果:2段负性调控序列均位于DNaseⅠ超敏位点,明确了其为顺式调控元件的性质。4组重组质粒pGL3-con-SLCi7-447X、p GL3-con-SLCi7-447S、p GL3-con-SLCi7-460X及pGL3-con-SLCi7-460S荧光素酶活性分别为2.353±0.323、3.046±0.415、3.016±0.119、3.833±0.282,相较于空白对照pGL3-Control(7.423±0.230),荧光素酶活性均明显降低(P<0.05)。结论:SLC22A3基因的intron7区域中存在2个负性调控元件,其负性调控作用不受位置的影响发挥沉默子调控功能,为进一步对冠心病相关SLC22A3基因的表达调控研究提供了理论依据。

转录因子Gata3在Th2细胞分化过程中的作用

CD4^+辅助性T细胞根据其所分泌的细胞因子主要分为Th1、Th2、Th17和调节性T细胞(Treg)四个细胞亚群,它们对机体的免疫功能有着重要的调节作用。作为Th2细胞特异性的转录因子,Gata3能选择性地诱导幼稚性(na(?)ve)CD4^+T细胞朝着Th2方向分化,这一作用不仅体现在Gata3对IL-5和IL-13在转录水平上的调节,更表现在对CD4+T细胞染色质的重塑(chromatinremodeling)。Gata3除了在早期调控Th2细胞的分化,其对终末分化的Th2细胞的主要表型的维持也必不可少。本文主要就Gata3调节Th2细胞分化的作用和具体机制以及它自身在这一过程中所受到的调控做一综述。