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Dof基因家族调节植物生长发育功能的研究进展 被引量:9
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作者 李娅 丁文杰 +3 位作者 江海燕 李玉立 王良桂 岳远征 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1758-1766,共9页
Dof(DNA binding with one finger)蛋白是一类植物特异性转录因子,通常含有200~400个氨基酸和2个主要结构域。该家族成员的N-末端为高度保守的单锌指Dof结构域,具有与DNA和蛋白质相互作用的双重功能,其C末端的氨基酸序列则较为多变,是... Dof(DNA binding with one finger)蛋白是一类植物特异性转录因子,通常含有200~400个氨基酸和2个主要结构域。该家族成员的N-末端为高度保守的单锌指Dof结构域,具有与DNA和蛋白质相互作用的双重功能,其C末端的氨基酸序列则较为多变,是Dof蛋白重要的特异转录调控结构域。研究表明,Dof蛋白作为转录激活物或阻遏物参与了多方面的植物生长发育过程。随着基因组测序技术的发展,已有大量的Dof基因从植物基因组数据库中鉴定出来。该文对近年来国内外有关Dof基因家族的结构特点、全基因组鉴定、蛋白互作以及生物学功能等方面的研究进展进行综述,以期为Dof转录因子的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 dof基因家族 结构特点 蛋白互作 生物学功能
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Genome-Wide Identification and Characterization of the <i>Dof</i>Transcription Factor Gene Family in <i>Phaseolus vulgaris</i>L. 被引量:1
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作者 Tania Mayumi Ito Claudia Borsari Trevizan +1 位作者 Tiago Benedito dos Santos Silvia Graciele Hülse de Souza 《American Journal of Plant Sciences》 2017年第12期3233-3257,共25页
The Dof (DNA-binding with one finger) proteins are a class of plant-specific transcription factors that can trigger several processes involved in plant growth and development, as well as in stress responses. Here, we ... The Dof (DNA-binding with one finger) proteins are a class of plant-specific transcription factors that can trigger several processes involved in plant growth and development, as well as in stress responses. Here, we performed a systematic bioinformatics analysis to characterize all Dof genes in common bean, which included analysis of the genome sequence, conserved protein domains, chromosomal locations, subcellular locations, phylogenetic relationships, gene duplications, and gene expression profiles in different tissues. Bioinformatics analysis revealed 36 putative genes related to PvDof that were classified into seven subfamilies (A, B1, B2, C1, C2, D1, and, D2) by comparative phylogenetic analysis. Based on our genome duplication analysis, a total of 36 genes were found to be distributed on all 11 chromosomes, and they expanded through gene duplication in tandem, suggesting the involvement of segmental duplication events in the evolutionary process. Synteny events and phylogenetic comparisons of the Dof proteins of common bean with those of A. thaliana, O. sativa, and G. max L. led to the identification of several orthologous and paralogous genes, which provided further insight into the diversity of the evolutionary characteristics of genes of this family in other plant species. Expression profiles revealed that most of the PvDof genes were expressed in different tissues, indicating that PvDof genes may be involved in various physiological functions during plant development. The results of this study provide additional information and potential biotechnological resources for further understanding the molecular basis of this gene family and consequently improvement of common bean crops. 展开更多
关键词 Common BEAN DNA-BINDING with One Finger (dof) Domain proteins Tran-scription Factor
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水稻OsDOF23的结构和功能分析及其结合蛋白的质谱分析
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作者 彭雪艳 沈敏 +2 位作者 徐道博 刘云峰 苏元 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期579-592,共14页
水稻(Oryza sativa L.)OsDOF23是植物特异性转录因子DOF(DNA binding with one finger)蛋白家族的一员,但其具体的生物学功能和调节机制不明。本研究以OsDOF23为研究对象,预测了OsDOF23蛋白的理化性质和结构特性,分析了OsDOF23基因的组... 水稻(Oryza sativa L.)OsDOF23是植物特异性转录因子DOF(DNA binding with one finger)蛋白家族的一员,但其具体的生物学功能和调节机制不明。本研究以OsDOF23为研究对象,预测了OsDOF23蛋白的理化性质和结构特性,分析了OsDOF23基因的组织表达图谱,及其在水稻群体中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和插入缺失标记(insertion-deletion,InDel)。此外,成功克隆并在大肠杆菌(Escherichia coli)中表达纯化了OsDOF23蛋白的C末端,并以其为抗原制作了OsDOF23的多克隆抗体,用于后续的免疫沉淀实验。经免疫沉淀和液相色谱串联质谱技术检测分析,从水稻总蛋白中得到与OsDOF23共沉淀的蛋白质组信息。经筛选得到37个可能与DOF23互作的蛋白,对这些蛋白进行功能富集分析发现,从生物过程来说,其主要富集于蛋白质代谢和运输功能方面;从分子功能来说,其主要富集于核酸结合活性和转运活性方面。这些结果表明OsDOF23蛋白可能通过与蛋白质代谢、核酸结合和转运等相关功能蛋白互作发挥其生物学功能。 展开更多
关键词 水稻 dof蛋白 原核表达 液相色谱串联质谱
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褐飞虱诱导的水稻cDNA文库的构建及锌指蛋白基因的分离 被引量:1
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作者 王小兰 祝彩磊 +1 位作者 祝莉莉 何光存 《武汉植物学研究》 CSCD 2004年第1期22-26,共5页
从褐飞虱取食48h后的水稻幼苗中提取总RNA并纯化出mRNA,经反转录合成第一、二链cDNA,去除小于400bp的cDNA片断后,连接EcoRI人工接头,与去磷酸化的噬菌体长短臂连接,体外包装后感染,成功构建了含1.1×106重组子的褐飞虱诱导的水稻cDN... 从褐飞虱取食48h后的水稻幼苗中提取总RNA并纯化出mRNA,经反转录合成第一、二链cDNA,去除小于400bp的cDNA片断后,连接EcoRI人工接头,与去磷酸化的噬菌体长短臂连接,体外包装后感染,成功构建了含1.1×106重组子的褐飞虱诱导的水稻cDNA表达文库,重组子平均外源片断为1.5kb,扩增后的cDNA文库滴度为1.1×1011pfu/mL,适用于筛选低丰度mRNA的cDNA克隆。将已筛选得到的ESTBPHiw001为探针,在褐飞虱诱导的水稻cDNA文库中筛选得到1.4kb的全长锌指蛋白基因,命名为OsBi2。Northernblot分析说明此基因可能在水稻对褐飞虱的防卫反应中起作用。 展开更多
关键词 褐飞虱 CDNA文库 锌指蛋白
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不同花生品种B06基因的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 陈泽宇 左欣欣 严海燕 《广西农学报》 2011年第5期25-31,共7页
Dof(DNA binding with one finger)转录因子是一类植物特有的、进化上高度保守的基因家族,对植物多方面的生理过程均发挥调控作用[1]。根据Dof家族中的一个B06基因的cDNA保守序列设计引物,对8个品种花生的B06基因进行PCR扩增克隆相似基... Dof(DNA binding with one finger)转录因子是一类植物特有的、进化上高度保守的基因家族,对植物多方面的生理过程均发挥调控作用[1]。根据Dof家族中的一个B06基因的cDNA保守序列设计引物,对8个品种花生的B06基因进行PCR扩增克隆相似基因,并测定序列。实验成功克隆出四粒红和073103的完整B06基因和其余6个品种的大部分B06基因,其中073103含有一个内含子,其余7个品种不含内含子。通过比较8个品种间B06基因的序列差异与品种性状间的关系,并通过生物信息学对基因及编码蛋白进行分析,探究B06蛋白可能的功能。结果发现:典型的B06蛋白由176个氨基酸组成,在N-端附近37个氨基酸区域处形成保守的单锌指DOF结构;推测在DOF区域后的59-67氨基酸处有核定位信号序列;蛋白序列中有多个N-糖基化、蛋白激酶C磷酸化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化、N-十四烷酰基化位点,可以接受不同途径的信号刺激,修饰前后发生定位或活性的变,推测Bo6蛋白可能与植物对外界刺激的反应相关。结合性状分析,推测B06蛋白与花生种子中的脂肪和蛋白质含量高低无明显联系。试验为进一步深入研究B06蛋白的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 dof 转录因子 种子发育 蛋白质结构
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甘蓝型油菜DOF蛋白基因的克隆与生物信息学分析 被引量:1
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作者 尹明智 胡燕 《北方园艺》 CAS 北大核心 2017年第14期18-24,共7页
Dof转录因子是植物特有的一类转录因子,含有一个独特的单锌指结构域,在植物的生长发育中起重要的调控作用。以甘蓝型油菜为试材,采用电子克隆和RT-PCR技术,以期克隆一个具有Zf-Dof结构域的蛋白基因cDNA序列。结果表明:该基因含有1284bp... Dof转录因子是植物特有的一类转录因子,含有一个独特的单锌指结构域,在植物的生长发育中起重要的调控作用。以甘蓝型油菜为试材,采用电子克隆和RT-PCR技术,以期克隆一个具有Zf-Dof结构域的蛋白基因cDNA序列。结果表明:该基因含有1284bp的开放阅读框,编码427个氨基酸,蛋白分子量为46.9kDa,等电点为8.86,为亲水性蛋白。经序列比对分析表明其与拟南芥CDF3基因有较高同源性,可能具有相似的功能。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 dof蛋白基因 电子克隆 生物信息学
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