甘蓝型油菜DOF蛋白基因的克隆与生物信息学分析

Dof转录因子是植物特有的一类转录因子,含有一个独特的单锌指结构域,在植物的生长发育中起重要的调控作用。以甘蓝型油菜为试材,采用电子克隆和RT-PCR技术,以期克隆一个具有Zf-Dof结构域的蛋白基因cDNA序列。结果表明:该基因含有1284bp的开放阅读框,编码427个氨基酸,蛋白分子量为46.9kDa,等电点为8.86,为亲水性蛋白。经序列比对分析表明其与拟南芥CDF3基因有较高同源性,可能具有相似的功能。

水稻OsDOF23的结构和功能分析及其结合蛋白的质谱分析

水稻(Oryza sativa L.)OsDOF23是植物特异性转录因子DOF(DNA binding with one finger)蛋白家族的一员,但其具体的生物学功能和调节机制不明。本研究以OsDOF23为研究对象,预测了OsDOF23蛋白的理化性质和结构特性,分析了OsDOF23基因的组织表达图谱,及其在水稻群体中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和插入缺失标记(insertion-deletion,InDel)。此外,成功克隆并在大肠杆菌(Escherichia coli)中表达纯化了OsDOF23蛋白的C末端,并以其为抗原制作了OsDOF23的多克隆抗体,用于后续的免疫沉淀实验。经免疫沉淀和液相色谱串联质谱技术检测分析,从水稻总蛋白中得到与OsDOF23共沉淀的蛋白质组信息。经筛选得到37个可能与DOF23互作的蛋白,对这些蛋白进行功能富集分析发现,从生物过程来说,其主要富集于蛋白质代谢和运输功能方面;从分子功能来说,其主要富集于核酸结合活性和转运活性方面。这些结果表明OsDOF23蛋白可能通过与蛋白质代谢、核酸结合和转运等相关功能蛋白互作发挥其生物学功能。

Dof转录因子的全基因组分析揭示辣椒发育和响应生物胁迫的功能特征

Dofs(DNA-binding with one zinc finger proteins)是植物特有的转录因子家族。Dof蛋白参与许多生物过程,如植物激素的产生,种子发育和环境适应。Dof蛋白已经在多种植物中被鉴定,但在辣椒中尚未开展类似的研究。我们在辣椒中鉴定出了33个可能的Dof基因(CaDofs)。为了了解CaDof基因的特征,我们分析了其系统进化关系、蛋白质基序和进化历史。我们将含有25个基序且分布在8条染色体上的33个CaDof基因分成4个族。我们发现CaDof基因的扩张可追溯到最近的复制事件。茄科种系形成之前,片段复制在CaDof家族基因中占主导地位。通过RNA-seq分析获得了CaDof基因表达谱,发现在对包括两种TMV菌株,辣椒斑驳病毒和辣椒疫霉菌的生物胁迫响应过程中,Ca Dof家族基因表现出了时间和病原特异性变化,这表明CaDof基因的功能具有多样性。这些结果不仅为研究Dof基因在生物胁迫中的响应提供有价值的信息,同时也有助于更好地理解Dof基因在辣椒和其他物种中的多重功能。