基于DPO引物的实时荧光PCR检测微生物肥料中的鼠李糖乳杆菌

【目的】建立一种快速、准确的鼠李糖乳杆菌检测方法。【方法】根据已报道的鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)的gyr B基因保守序列,设计用于检测鼠李糖乳杆菌的特异性DPO引物,结合SYBR Green I实时荧光PCR技术,建立鼠李糖乳杆菌的实时荧光PCR检测方法,评价其特异性和灵敏度,并将建立的检测方法用于实际样品的检测中。【结果】该方法对2株鼠李糖乳杆菌能得到阳性扩增,而其余10种乳酸菌及阴性对照没有扩增曲线,而且在退火温度为50~60℃不影响其特异性;该实时荧光PCR检测灵敏度比农业部标准中普通PCR检测高10倍;用10种微生物肥料及其它益生菌产品进行了验证,检出情况与产品标识一致。【结论】研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR能够准确、高效的检测微生物肥料及其他益生菌产品中的鼠李糖乳杆菌。

植物乳杆菌的DPO引物实时荧光PCR检测方法

根据已报道的植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）的23S rRNA基因保守序列,设计用于检测植物乳杆菌的特异性DPO（dual priming oligonucleotide）引物,结合SYBR GreenⅠ实时荧光PCR技术,建立植物乳杆菌的DPO引物实时荧光PCR检测方法,对其特异性和灵敏度进行了评价,并将建立的检测方法用于实际样品的检测中。结果显示,该方法对2株植物乳杆菌能得到阳性扩增,其余11株乳酸菌及阴性对照没有扩增曲线,灵敏度高达0.001 ng/μL,而且在退火温度为50~60℃范围内不影响其特异性,表明该方法对退火温度不敏感;用微生物菌制剂和酸奶共13种益生菌产品进行了验证,检出情况与产品标识一致。因此,该研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR能够快速、准确、高效地检测微生物菌制剂及其他益生菌产品中的植物乳杆菌。

基于DPO引物检测猪流行性腹泻病毒荧光定量RT-PCR方法的建立及初步应用

为建立快速、准确检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的方法,本研究以PEDV的N基因为靶基因,基于双启动寡核苷酸引物(DPO),经过条件优化,建立了检测PEDV的荧光定量RT-PCR方法。结果显示,DPO引物的有效退火温度范围较宽(45℃~65℃);在测试的10种病毒中仅PEDV为阳性扩增结果,其余病毒为阴性结果,特异性较强;对PEDV质粒标准品的检测限可达1.64×10^1拷贝/μL,敏感性较高;组内、组间重复性结果的变异系数均小于1%,重复性较好。利用该方法对采集的272份临床仔猪腹泻样品(粪便、小肠组织)进行检测,结果显示,共检出PEDV阳性样品39份,阳性率为14.34%,与常规RT-PCR方法检测结果的阳性符合率为92.31%;本研究建立方法检测的阳性样品经PEDV N基因测序鉴定,确实均为PEDV阳性样品。本研究建立的基于DPO引物检测PEDV的荧光定量RT-PCR方法为PEDV的准确检测和流行病学调查提供技术支持。

应用DPO引物技术同时检测5种蚊媒病毒的多重RT-PCR方法

目的应用双启动寡核苷酸引物(Dual Priming Oligonucleotide,DPO)技术建立同时检测日本脑炎病毒(JapaneseEncephalitisVirus,JEV)、黄热病毒(YellowFeverVirus,YFV)、西尼罗病毒(WestNileVirus,WNV)、圣路易斯脑炎病毒(St.Louis encephalitis virus,SLEV)和登革病毒(Dengue virus,DV)5种蚊媒病毒的多重RT-PCR方法。方法利用Primer Premier5.0软件设计5种病毒的特异性DPO引物,对引物浓度、Mg2+浓度和退火温度进行优化,测定多重RT-PCR反应的特异性和敏感性。结果应用DPO引物技术建立的多重RT-PCR方法可特异性扩增JEV、YFV、WNV、SLEV和DV的142 bp、293 bp、377 bp、630 bp和521 bp基因片段,灵敏度分别为5 000 PFU/ml、4 500 PFU/ml、2.3×105copies/μl、2.6×104copies/μl和1.37×104copies/μl,蚊虫模拟添加实验未发生非特异反应。结论应用DPO引物技术建立的针对5种蚊媒病毒的多重RT-PCR检测方法有良好的敏感性和特异性,可以同时对JEV、YFV、WNV、SLEV和DV进行检测。

基于DPO引物的多重RT-PCR技术检测常见呼吸道病毒

目的:应用DPO引物技术建立一种同时检测流感等5种常见呼吸道病毒的多重RT-PCR检测方法。方法:设计针对流感病毒甲、乙型,呼吸道合胞病毒,腺病毒,以及肠道病毒通用的高特异性DPO引物,通过对多重RT-PCR反应体系的优化,建立上述5种病原体的多重RT-PCR检测技术。结果:建立的多重RT-PCR方法可同时扩增甲型流感病毒等5种病原体的基因片段,检测敏感性分别为102copies/ml、103copies/ml、102copies/ml、103copies/ml、102copies/ml,并与副流感等其它呼吸道病毒无交叉反应。结论:本研究建立的多重RT-PCR可以同时准确分型甲、乙型流感病毒,呼吸道合胞病毒,腺病毒和肠道病毒,为呼吸道感染的病原学诊断提供了有效的实验室检测手段。

DPO引物多重RT-PCR技术检测甲型流感病毒的研究

目的应用DPO引物技术建立一种可以同时检测新甲型流感病毒H1N1、季节性流感病毒H1N1、H3N2以及禽流感病毒H5N1的单管多重RT-PCR检测方法,为流行性感冒的监测与应急诊断提供高通量检测技术。方法应用DPO引物技术设计针对新甲型流感病毒H1N1、季节性流感病毒H1N1和H3N2以及禽流感病毒H5N1的高特异性DPO引物,并对多重RT-PCR反应体系优化,建立多重RT-PCR检测技术。结果建立的多重RT-PCR方法可同时扩增新甲型流感病毒H1N1221 bp、季节性流感病毒H1N1468 bp和H3N2592 bp以及禽流感病毒H5N1350 bp的基因片段。检测敏感性分别为102、102、103和102copies/ml,并与呼吸道合胞病毒、麻疹病毒、风疹病毒等呼吸道病毒无交叉反应。结论本研究建立的多重RT-PCR可以同时准确分型新甲型流感病毒H1N1、季节性流感病毒H1N1和H3N2以及禽流感病毒H5N1,为流行性感冒的监测与应急诊断提供了有效的实验室检测手段。

基于DPO引物检测猪传染性胃肠炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及应用

为建立快速、特异性检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的方法,以TGEV的N基因为靶基因,利用双启动寡核苷酸引物(dual priming oligonucleotide,DPO),建立了检测TGEV的real-time RT-PCR方法。结果显示,与常规引物相比,DPO引物的特异性强,有3个以上碱基与模板发生错配,将导致扩增效率极大降低或终止扩增反应,同时DPO引物有效退火温度范围较宽,在40~65℃均能高效地扩增靶基因,不需要对退火温度进行优化。本研究建立的方法灵敏度高,对TGEV核酸的最低检测限可达1.52×10~1 copies/μL,同时利用该方法对10种病毒株进行检测,仅TGEV为阳性,显示了良好的检测特异性。该方法的检测重复性好,以质粒标准品为模板的组内、组间重复性检测结果的变异系数均小于1.00%。利用建立的方法对采集的213份仔猪腹泻临床样品进行检测,共检出TGEV阳性样本31份,阳性率为14.55%,与常规RT-PCR方法检测结果的符合率为93.55%,与基于N基因测序结果的符合率为100.00%。本研究基于DPO引物建立的检测TGEV的real-time RT-PCR方法,为TGEV的准确检测和流行病学调查提供技术支持。

基于DPO引物构建的六重PCR检测食品中常见致病菌的方法研究

目的基于DPO引物在多重PCR检测中的优点,构建一种六重DPO-PCR方法用于检测食品及食源性疾病样本中常见的6种致病菌。方法以霍乱弧菌的vcc、志贺菌的ipa H、单增李斯特菌的iap、副溶血性弧菌的gyr B、金黄色葡萄球菌的nuc以及沙门菌的omp C为靶基因,设计6对DPO引物,经过反应体系优化,建立了六重DPO-PCR方法。结果六重PCR反应体系内部DPO引物之间干扰小;扩增后除靶基因外的其他15种细菌DNA无扩增条带出现;对6种致病菌的最低检出限分别为:霍乱弧菌,220 cfu/ml;志贺菌,150 cfu/ml;单增李斯特菌,190 cfu/ml;副溶血性弧菌,190 cfu/ml;金黄色葡萄球菌,700 cfu/ml;沙门菌,960 cfu/ml。结论用DPO引物构建的六重PCR方法具有特异性强,退火温度范围宽,引物之间干扰小,电泳图谱背景清晰,可以达到一管6检的目的,为食品及食源性疾病样本快速准确检测提供了一种新的高通量的快速检测方法。

产志贺毒素大肠杆菌O26多重双启动寡核苷酸引物-PCR检测方法的建立

为建立一种三重DPO-PCR方法用于食品样品中的产志贺毒素大肠杆菌O26的检测。以志贺毒素stx1和stx2、O抗原基因wzx O26特异性和实际检测效果,设计引物,构建三重DPO-PCR反应体系,进行特异性、灵敏度、模拟样品验证和实际样品验证。结果表明,三对DPO引物对退火温度不敏感,在49~69℃之间均能发生扩增,且引物之间干扰较小,具有较高的特异性,除目的基因外非目标细菌均无扩增条带出现,纯菌灵敏度检测表明,三重DPO-PCR方法对O26的最低检测限为3.8×10^3 cfu/g。在模拟样品和实际样品中具有良好的检测效果。本研究基于DPO引物构建的三重DPO-PCR方法具有效率高,特异性强,不受退火温度限制等优点,可用于食品样品中产志贺毒素大肠杆菌O26的快速准确检测提供一种高效的辅助检测方法。

应用DPO技术检测食源性致病菌的多重PCR的研究

DPO是经特殊设计的特异性引物,本研究根据单增李斯特菌的prfA gene、O157的rfb Egene和副溶血弧菌的tlgene和志贺氏菌的ipaH gene设计四对DPO引物,采用多重PCR的方法,建立了检测单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H7、副溶血弧菌和志贺氏菌的快速检测体系。实验结果表明:该体系特异性强,操作简单,为食源性致病菌的检测提供了新型的有效手段。