八眉猪DQA基因编码区多态性及生物信息学分析

采用克隆测序的方法对八眉猪DQA基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测八眉猪DQA基因的理化特性及其编码产物的结构功能。结果显示:八眉猪DQA基因编码255个氨基酸,编码区序列有14个碱基变异,11个氨基酸变异,外显子2区域表现出丰富的多态性。DQA基因编码产物是一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能预测结果显示,信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率较高。研究结果为八眉猪的抗病分子育种和经济性状相关基因筛选提供理论依据。

猪SLA-DQA基因外显子4多态性分析

采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.25<PIC<0.5),杜洛克为0.610 1,属于高度多态(PIC>0.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。

MHC DQA基因的分子进化研究——Ⅱ.基于核苷酸替换和SCU偏移的系统发育的分析

根据23个等位基因不同外显子(EN)的核苷酸(NT)替换及同义密码子使用谱(SCU)偏移研究了哺乳类7种动物MHC DQA座位的系谱发育关系。发现:(1)在大时间尺度内,MHC DQA基因进化速率(1.0×10^(-9),其中EN2为1.3×10^(-9)9NT/位点/年)与一般核基因相似;鼠类DQA基因的NT替换速率大致是其他哺乳类的2倍;(2)证实DQA等位基因多态性是在哺乳动物分化以后才逐渐形成的;推测牛类也存在与绵羊DQA2即OLA-DQA(c17-2)对等的具有最近共同祖先的DQA2基因座位有待发现;HLA-DQA2系谱与HLA-DQA1祖先的分化年代在20～12Mya(百万年前),HLA-DQA1各等位基因分化时间在24Mya至1Mya以内,因此产生HLA-DQA2座位的基因重组发生在HLA-DQA1产生少数几个等位基因之后;(3)基于SCU分化度的进化树从一个新的角度体现了DQA基因的系统发育关系,并显示HLA-DQA2具有特殊的SCU,提示在DQA基因的进化中产生了SCU的分化,SCU系统树在进化上有重要价值和特殊意义。改进了基因的SCU分化度和SCU相似系数的估算方法。

MHCDQA基因的分子进化研究Ⅰ.等位基因多态性保持机制及GC含量对基因结构的影响

对７种哺乳动物ＭＨＣＤＱＡ座位的２３个等位基因不同外显子（ＥＮ）、抗原识别位点崳ǎ粒遥樱┖停牛危驳姆牵粒遥樱ǎ危粒牛危玻┑暮塑账嵬逄婊宦剩ǎ校螅┖鸵煲逄婊宦剩ǎ校危┙辛朔治觯⑾衷冢龋蹋粒模眩粒钡模犯龅任换蛑浜停桑幔粒幔父龅任换蛑洌赐晃镏郑模眩粒被蜃荒冢粒遥拥模校尉灾哂冢穑螅脖兑陨希硐殖孕匝≡瘢欢煌镏郑模眩粱颍ǎ模眩粒被颍模眩粒玻┗蛲晃镏值牟煌模眩粱颍ǎ模眩粒焙停模眩粒玻┑模粒遥又浜透鞅冉献榈模危粒牛危仓洌颍校笥耄校未笾孪嗟龋唇频胤现行越脑て冢唬牛危春停牛危巢唤鎏婊宦试侗龋粒遥拥停校螅校伪戎狄喾浅４螅冢桑幔粒岬任换蛑浯锏浇玻氨叮煌蜃恢湟泊锏剑幢蹲笥遥拭飨缘拇炕≡瘢牵煤糠治鱿允荆牵梅逯荡笾挛挥谀承┕δ芮嘤π蛄械闹醒氩糠郑唬牛危吹膷ＧＣ含量最高且稳定；密码子第三位ＧＣ含量（ＧＣＩＩＩ）的变化与ｐｓ存在一定程度的负相关关系。上述结果表明，同－ＭＨＣＤＱＡ基因的相应于不同功能区（或ＡＲＳ）的不同外显子（或密码子群）具有特定的相应于其功能的等位基因多态性保持机制，并提示ＧＣＩＩＩ是在选择压力下维持分子结构和功能的一种重要机制。?

近交五指山小型猪SLA-DQA基因的克隆及在大肠杆菌的原核表达

采用RT-PCR方法扩增五指山猪SLA-DQA基因cDNA,克隆入测序载体,测序结果与Gene Bank(登陆号:AY243104)的序列相同,大小为768 bp,该基因编码255个氨基酸残基和一个终止密码,预计蛋白分子量为28 kD.将这个基因克隆到原核表达载体PET-28a(+)中,经酶切、PCR扩增和测序分析确证其正确,插入到表达载体中,阅读框是正确的,从而构建成重组表达载体PET-28a(+)-DQA.重组质粒转化至宿主菌BL21(DE3)中,用IPTG进行诱导表达,对表达的蛋白用SDS-PAGE电泳分析,结果表明得到了与预计分子量相同的蛋白.

黑线仓鼠MHCⅡ类DQA基因外显子2的克隆与序列分析

为了探明黑线仓鼠MHC的结构与功能并寻找分子标记,对MHCⅡ类DQA基因的外显子2进行克隆和序列分析.提取黑线仓鼠3个群体(吴村、沂南和临朐)的基因组DNA构建基因池,利用PCR技术扩增得到249 bp的片段,将该目的片段连接到pMD18-T载体中,重组质粒转入大肠杆菌DH5α后利用蓝白斑法筛选阳性克隆,测序后得到该目的片段的核苷酸序列(Genbank登录号:FJ209306)并推导出氨基酸序列.结果表明:黑线仓鼠、人类、大鼠、小鼠、猪、马、牛、兔之间DQA基因外显子2的核苷酸序列同源性为68.7%-85%,氨基酸序列同源性为56.8%-83.5%,黑线仓鼠与大鼠、小鼠亲缘关系更近.测序得到的DQA基因外显子2的序列在物种间具有丰富的多态性,可以作为物种遗传分析的分子标记.

海南五指山猪SLA-DQA基因cDNA全长的克隆分析

猪主要组织相容性复合体（MHC）又称猪白细胞抗原（SLA）复合体。它分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类，其中Ⅰ类和Ⅲ类位于7号染色体的短臂（7p1．1），

美洲水貂DQA基因全长cDNA克隆及其生物信息学分析

参考NCBI GenBank中上传的雪貂、海獭DQA基因序列设计出RT-PCR扩增引物,克隆了美洲水貂DQA基因全长cDNA序列;利用生物信息学软件构建了DQA基因系统进化树,预测了DQA蛋白结构与功能。结果表明:DQA基因全长cDNA序列大小为1 147 bp, ORF序列为768 bp,编码255个氨基酸,存在23个氨基酸的信号肽序列;DQA蛋白第236位氨基酸疏水性最强,53位氨基酸亲水性最强,218-240氨基酸可能为跨膜区域;蛋白质二级结构存在3个α-螺旋区和14个β-折叠区,处于无规则卷曲状态。获得了一个DQA蛋白三级结构模型,覆盖范围为25-208氨基酸;系统进化树表明,美洲水貂与欧洲雪貂亲缘关系最近,与家马关系最远。该研究结果为进一步阐明水貂DQA基因和蛋白的结构与功能提供了一定数据基础。

亚洲黑熊主要组织相容性复合体DQA及DRB基因外显子2多态性分析

试验旨在分析亚洲黑熊主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)DQA和DRB基因外显子2多态性。采用PCR扩增和克隆测序等方法对来自云南地区的40只亚洲黑熊DNA样本进行研究。结果发现,在40只亚洲黑熊样本中检测出了9个DQA外显子2等位基因和13个DRB外显子2等位基因,和大熊猫相比,亚洲黑熊在DQA和DRB基因外显子2位点上有较高的多态性。通过对推导出的氨基酸序列抗原结合位点的同义替换和非同义替换的比较,证明了DQA和DRB位点的平衡选择作用。

藏绵羊DQA1基因多态性分析

【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点(A/G),属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。

藏绵羊基因OLA-DQA2第2外显子多态性分析

【目的】针对藏绵羊腐蹄病所带来的死亡现象,选择与该病相关的基因OLA-DQA2为研究对象,分析群体中该基因的遗传多态性及变异特征,为进一步寻求抗病分子育种提供依据。【方法】采用PCR-SSCP检测216只表型正常和患病藏绵羊OLA-DQA2基因第2外显子的多态性,克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确藏绵羊OLA-DQA2基因等位基因之间的遗传关系。【结果】藏绵羊DQA2基因第2外显子中表现了15个基因型。发现藏绵羊群体中OLA-DQA2基因第2外显子有8个新等位基因,分别命名为OLA-DQA2*H、*I、*J、*K、*L、*M、*N和*O,使绵羊基因库中该座位的等位基因数量从23个增加到31个。序列分析中发现71个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换39个(占54.9%),颠换23个(占32.4%)。【结论】藏绵羊DQA2基因第2外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源。

不同物种MHC-DQA1基因部分序列的生物信息分析

作者应用比较基因组学和生物信息学方法比较了绵羊、牛、鹿和狗MHC-DQA1基因部分序列,并对该基因的遗传多样性及分子系统发育进行了分析。结果表明,38个基因序列检测到107个多态位点,共生成38个单倍型。物种间及物种内MHC-DQA1存在较丰富的遗传多样性。

51例安徽汉族免疫性不育症患者与HLA-DQA1基因相关性及免不Ⅲ号的治疗

目的探讨抗精子抗体阳性的免疫性不育症患者与人类白细胞抗原-DQA1(human leucocyte anti-gen-DQA1,HLA-DQA1)基因的相关性及中医药治疗与HLA-DQA1基因型的关系。方法 采用聚合酶链反应-序列特异性引物(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)技术,对51例抗精子抗体阳性的免疫性不育症患者和60名正常健康人的HLA-DQA1基因进行分型研究,并对患者用中医免疫方免不Ⅲ号(生地、白芍、山萸肉、山药、枸杞子、丹皮、麦冬)治疗3个月。结果 免疫性不育症组HLA-DQA1*0401等位基因频率明显高于正常对照组(χ2=29.869,P<0.01),免不Ⅲ治疗后,27例HLA-DQA1*0401转阴22例(81.5%),差异有统计学意义(χ2=5.24,P=0.022)。结论 HLA-DQA1*0401等位基因可能是抗精子抗体阳性的免疫性不育症的易感基因,HLA-DQA1*0401等位基因的患者经中药治疗有效。

牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变。二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性。错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低。研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础。

三个中国汉族人纯合细胞DQA1基因启动子多态性的分子生物学研究

近年来国外发现参与Ⅱ类基因转录调控的启动子区也存在多态性，运用聚合酶链反应（ＰＣＲ）和末端终止法，对三个中国汉族人ＨＬＡ纯合细胞的ＤＱＡ１基因启动子区（ＱＡＰ）３１８ｂｐ的核苷酸（包括顺式作用元件Ｘ、Ｙ、Ｘ２和Ｗｂｏｘ）进行了扩增和测序，发现等位基因ＤＱＡ１＊０３０１１（纯合细胞ＳＭＹ２３Ａ）的ＱＡＰ结合和白种人的同一等位基因ＤＱＡ１＊０３０１１的ＱＡＰ不同，而与ＤＱＡ１＊０３０１２的ＱＡＰ结构相同。

DQA1基因启动子区及编码区与大动脉炎的关联研究

目的 大动脉炎（Takayasu arteritis）是一种累及主动脉及其主要分支的慢性进行性非特异血管炎性疾病.本研究以人类白细胞抗原（HLA）-DQA1为候选基因分析其编码区基因型和启动子区多态性与中国大动脉炎的关联.方法 采用病例对照研究的方法,入选中国汉族大动脉炎患者100例和健康对照104例,应用聚合酶链反应-序列特异性引物（PCR-SSP）和聚合酶链反应-单链构象多态性分析（PCR-SSCP）方法检测HLA-DQA1基因编码区和启动子区基因型,并分析基因型与疾病的关联.结果 具有类似DQα链蛋白抗原结合槽部位肽结合袋的氨基酸组成结构的DQA1＊0301/2/3基因型,在大动脉炎组显著低于对照组（P=0.003）.DQA1启动子QAP 1.3在大动脉炎组低于对照组（P=0.036）.结论 DQA1＊0301/2/3基因型、DQA1启动子QAP 1.3基因型可能是大动脉炎的保护基因型.

安徽汉族51例免疫性不育症中医证型与HLA-DQA1基因型的关系

目的:探讨抗精子抗体阳性的免疫性不育症患者与人类白细胞抗原-DQA1(Human LeococyteAntigen-DQA1,HLA-DQA1)基因的相关性及不同中医证型与HLA-DQAl等位基因的相关性。方法:采用聚合酶链反应序列特异性引物(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)技术,将51例抗精子抗体阳性的免疫性不育症中医分型为肾阴不足型、湿热内蕴型和瘀血阻滞型的患者与60名正常健康人的HLA-DQA1基因进行分型研究。结果:免疫性不育症组HLA-DQA1*0401等位基因频率明显高于正常对照组(χ2=29.869,P<0.01),免疫性不育症组DQA1*0301等位基因频率较正常对照组显著降低(P<0.01)。肾阴不足型免疫性不育症组HLA-DQA1*0301基因频率较正常对照组显著降低(P<0.01)。HLA-DQA1*0401基因频率较正常对照组显著升高(P<0.01)。结论:HLA-DQA1*0401等位基因可能是抗精子抗体阳性的免疫性不育症的易感基因,DQA1*0301可能是安徽汉族免疫性不育症的保护基因;免疫性不育症患者的中医证型肾阴不足型可能与DQA1*0401有关。

内蒙古汉族儿童过敏性紫癜与HLA-DQA1基因的关联性研究

目的 探讨内蒙古汉族儿童 HL A- DQA1等位基因与过敏性紫癜 (anaphylactoid purpura,AP)的遗传易感性及其与临床特点的关系。方法 用聚合酶链反应 -序列特异性引物技术 ,对 70例内蒙古汉族儿童 AP和 90名健康儿童 HL A- DQA1等位基因进行对比分析。结果 (1)病例组 DQA1* 0 30 1基因频率为 33.4% ,明显高于对照组 (10 .6 % ) (P<0 .0 1) ;DQA1* 0 30 2基因频率为 6 .7% ,明显低于对照组(19% ) (P<0 .0 1)。 (2 )单纯皮肤紫癜病例组与对照组 DQA1* 0 30 1和 0 30 2基因频率比较 ,差异无显著性(P>0 .0 5 ) ;伴有胃肠、关节、肾脏损害病例 DQA1* 0 30 1基因频率分别为 2 6 .7%、2 8.5 %和 2 9.3% ,均明显高于对照组 (10 .6 % ) (P均 <0 .0 1) ;而 DQA1* 0 30 2基因频率分别为 3.9%、5 .7%和 9.6 % ,分别与对照组 (19% )比较 ,肾脏损害组差异无显著性 (P>0 .0 5 ) ,胃肠和关节损害组均明显降低 (P均 <0 .0 1)。结论HL A- DQA1* 0 30 1等位基因可能是内蒙古汉族儿童 AP发病单体型中一个遗传易感基因 ,具此基因者可能更易出现胃肠、关节和肾脏损害 ;而 DQA1* 0 30 2等位基因可能为其遗传保护基因 ,对出现胃肠、关节损害可能有拮抗作用。

贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析

目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子3进行遗传变异分析。结果:在3个山羊品种中共筛选得到4个SNPs,G71A(同义突变)、T100C(Asn→Ser)、G202A(Pro→Leu)、A223G(Met→Thr)。生物信息学分析发现,G202A位点变异虽未引起mRNA二级结构的变化,但最小自由能降低,结构稳定性增强;DQA1基因Exon3的不同基因型的蛋白质二级结构中均不含有α螺旋。结论:三个贵州地方山羊种DQA1基因外显子3中含有较丰富的多态性,G202A位点变异在mRNA二级结构及蛋白质二级结构中与其他基因型具有较明显的差异。

血液透析患者中心静脉导管相关性感染与人白细胞抗原DQA1基因多态性的关系

目的研究血液透析(HD)患者中心静脉导管相关性感染(CRI)发生与人白细胞抗原(HLA)DQA1基因多态性的关系和Cox回归模型对发病风险预测价值。方法选取2019年1-12月山东省烟台毓璜顶医院置入中心静脉导管(CVC)进行HD治疗的398例患者为研究对象,患者首次CVC置管时采集患者基本资料,同时完善实验室检查并检测HLA-DQA1基因多态性,随访透析期间CRI发生情况,根据结果将患者分为CRI组和未感染组,比较两组临床资料和检测结果,分析影响CRI发生的影响因素及其预测价值。结果398例HD患者中发生CRI者67例,占16.83%,CRI组年龄、糖尿病占比、白细胞计数(WBC)、中性粒细胞占比(N%)、C-反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、股静脉置管比例和HLA-DQA1*0102等位基因分布频率高于未感染组,血清白蛋白(ALB)水平低于未感染组(P<0.05);Cox回归分析显示,年龄、股静脉置管和HLA-DQA1*0102等位基因是CRI发生的影响因素(P<0.05),血清ALB水平为保护因素(P<0.05);年龄、ALB、股静脉置管、HLA-DQA1*0102以及各因素联合诊断预测HD患者CRI发生风险的AUC分别为0.583、0.622、0.556、0.562和0.662,灵敏度分别为92.54%、50.75%、43.28%、28.36%和80.60%,特异度分别为24.77%、69.18%、69.18%、82.78%和47.43%。结论HD患者CRI发生与HLA-DQA1基因多态性关系密切,同时还受年龄、ALB和股静脉置管等因素影响,综合评估各种因素可为预测CRI发生风险提供参考信息。