绵羊DRB1基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊MHCⅡ区DRB1基因进行生物信息学分析,以预测DRB1基因编码产物的理化性质、结构与功能,同时构建DRB1同源基因的系统进化树。结果表明,DRB1基因编码产物为不稳定亲水性蛋白,具有明显的信号肽,其切割位点位于29-30位的氨基酸之间。二级结构主要以无规则卷曲和延伸链为主,主要在细胞质中发挥生物学作用。序列分析表明,DRB1编码产物可能具有免疫应答和受体、胁迫应答和信号转导等功能,可能在免疫应答和胁迫应答过程中发挥重要作用,可能对绵羊免疫力和抗病性起关键作用。DRB1基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,绵羊DRB1与山羊、羚羊、塔尔羊和牛等物种DRB1氨基酸距离较近,具有高度同源性。

甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长速度的关联分析

通过220只甘肃高山细毛羊生长性能测定、DNA测序验证、微卫星DNA多态性检测和相关性分析,研究了甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星重复单位是由GT/GA组成的复合型微卫星座位。研究共检测到13个等位基因和40种基因型,等位基因201、195和193 bp是优势等位基因,201/201 bp是优势基因型。该微卫星座位多态信息含量为0.830,杂合度为0.847,属高度多态座位。相关性分析表明,183、191、207和197 bp等位基因对应的甘肃高山细毛羊群体出生体质量极显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因群体(P<0.01),同时显著高于179、189、193和201 bp等位基因群体(P<0.05),含有179、189、193和201 bp等位基因的群体的出生重显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因的群体(P<0.05)。就甘肃高山细毛羊1月龄、2月龄、3月龄和6月龄体质量综合考虑,含有197和207 bp等位基因群体的体质量较高,从甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星座位选择考虑,在选种时尽量保留含有197和207 bp等位基因的个体作为种用,将可能提高甘肃高山细毛羊的出生体质量和出栏体质量(6月龄体质量)。

HLA－DRB1基因位点多态性的PCR－RFLP分析

设计并建立一套适合国内应用的改良ＰＣＲ－ＲＦＬＲ方法，分５组特异性扩增ＤＮＡ样品，随后进行酶切定型分析，准确检测了编码ＤＲ抗原特异性的ＨＬＡ－ＤＲＢ１基因位点的多态性，该法采用分组扩增，不发生与其它ＤＲＢ位点等位基因的交叉扩增，不仅适合纯合子的区分而且可以清楚准确地检测杂合子样品，已报道过的ＤＲＢ１位点编码的特异性组合都可以通过这个方法得到准确分析。所使用的Ⅱ类限制性内切酶均价格便宜、易购。

山东地区寻常型、脓疱型银屑病与HLA-DRB1基因的关系

目的探讨HLA-DRB1基因与银屑病的相关性。方法用序列特异性引物—聚合酶链反应(PCR-SSP)方法对98例寻常型银屑病患者、36例泛发性脓疱型银屑病患者和70例正常对照组进行HLA-DRB1基因分型,并分析了其在各组中的分布。结果寻常型银屑病患者组DRB1*7、DRB1*10等位基因频率较正常对照组显著增高,泛发性脓疱型银屑病患者组HLA-DRB1*7频率较正常对照组显著增高。结论寻常型银屑病及泛发性脓疱型银屑病在发病机理方面存在共同的遗传易感基因,而后者又有其特殊的遗传背景。

中国湖北汉族人群HLA-DRB1基因多态性研究

目的:调查湖北汉族人群人类白细胞抗原(HLA)-DRB1基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法:应用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)方法对213名随机选取无亲缘关系的湖北籍汉族健康体检者或健康献血员进行HLA-PDRB1基因型检测。结果:在213名正常个体中,发现基因频率(GF)较高的有DRB1*1501-1502(GF=11.0%)、*1101-1105(GF=8.5%)、*0901(GF=6.8%)、*1301-1302(GF=6.6%)、DRB4*0101(GF=19.0%)、DRB5*0101(GF=16.9%),低频率等位基因是DRB1*04、*1001和*0101-0103。结论:从基因水平分析了HLA-DRB1基因在湖北汉族群体中的分布特征,提供了一套比较完整准确的DRB1基因频率,为人类学和疾病相关性等研究提供了重要的参考数据。

汉族老年慢性乙型肝炎患者HLA-DRB1基因多态性

目的探讨汉族老年慢性乙型肝炎患者HLA-DRB1基因多态性。方法选取汉族老年人群中的53例慢性乙型肝炎患者、100例正常健康老年人以及31例乙型肝炎表面抗原携带者作为研究对象,分别为病例组、抗原携带组和健康对照组,对三组研究对象的HLA-DRB1等位基因分型进行比较,并对HBV不同复制状态者HLA-DRB1等位基因分型进行分析。结果病例组的HLA-DRB1*03等位基因频率明显较健康对照组高,而HLA-DRB1*15等位基因频率明显低于健康对照组(P<0.05),抗原携带者与健康对照组比较,HLA-DRB1各等位基因的频率,无显著性差异(P>0.05)。HBV高复制状态组的DRB1*07基因位点明显较低复制状态组多见(P<0.05)。结论汉族老年慢性乙型肝炎患者与HLA-DRB1基因多态性之间存在比较强的相关性。

HLA-DRB1基因多态性与贵州地区汉族人群结核病的易感性分析

目的:探讨HLA-DRB1基因多态性与汉族人群结核病的遗传相关性。方法:用聚合酶链反应-序列多态性分析(PCR-SSP)技术分别对47例贵州地区汉族活动性结核病患者及53例汉族健康对照者进行HLA-DRB1等位基因分型。结果:在等位基因HLA-DRB1中,结核病患者的HLA-DRB1*16的基因频率明显高于正常对照组(P<0.05),而HLA-DRB1*11基因频率则低于正常对照组(P<0.05)。结论:HLA-DRB1*16可能为贵州地区汉族人群结核病的易感基因,HLA-DRB1*11可能为汉族人群结核病的保护基因。

山东地区汉族骨髓捐献者HLA-DRB1基因分型及多态性分析

目的观察山东地区汉族人群人白细胞抗原(HLA)-DRB1基因多态性及其分布特点。方法采用聚合酶链反应—测序为基础的分型方法(PCR-SBT)对随机抽取的909例中华骨髓库山东分库内山东汉族骨髓供者血样进行HLA-DRB1基因分型和多态性分析。结果共检测出42种HLA-DRB1等位基因,其中HLA-DRB1*0901等位基因频率最高(16.28%),其次为HLA-DRB1*1501(15.13%)和HLA-DRB1*0701(14.04%),基因频率最低的是DRB1*0408、DRB1*0809、DRB1*1103、DRB1*1303、DRB1*1412、DRB1*1425、DRB1*1601,各占0.06%。山东汉族骨髓供者HLA-DRB1等位基因的分布与江苏、湖北、新疆、广东、韩国、日本和德国人群存在明显差异(P均<0.05)。结论掌握了山东地区汉族人群HLA-DRB1基因多态性及其分布特征。

汉族、维吾尔族慢性粒细胞白血病与HLA-A、B、DRB1基因相关性研究

目的:探讨汉族、维吾尔族慢性粒细胞白血病(CML)的人类白细胞抗原(HLA)与患病的相关性。方法:采用聚合酶链式反应技术(PCR)对138名(维吾尔族67名、汉族71名)CML型白血病患者和300名(维吾尔族和汉族各150例)正常健康人做HLA-A、B、DRB1基因检测分型,并比较HLA基因多态性的分布频率及其差异与CML的相关性。结果:维吾尔族CML患者A*69基因频率低于健康人(P<0.05),B*38、DRB1*18基因频率高于健康人(P<0.05);汉族CML患者A*31、B*50、B*62、B*75、DRB1*12基因频率高于健康人(P<0.05)。结论在排除疾病因素和种族差异后,发现维吾尔族CML患者的A*69基因可能为抗CML的保护基因;B*38、DRB1*18可能为CML患病的易感基因;汉族CML患者的A*31、B*50、B*62、B*75、DRB1*12可能为CML患病的易感基因。

内蒙古鄂温克族人群HLA-DRB1基因多态性与族源分析

目的:对内蒙古鄂温克族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)Ⅱ类基因DRB1位点进行基因型检测。方法:采用DNA序列测定的分型技术(sequencing based typing,SBT),对94名鄂温克族个体进行分析。结果:DRB1等位基因中,共检出25种等位基因,内蒙古鄂温克族以DRB1*090102(16.0%)的频率最高,其次为DRB1*030101(13.3%)、DRB1*040101(10.1%)、DRB1*070101(7.4%)、DRB1*120101/1206(7.4%);系统树上鄂温克族与同样是北方人群的北方汉族、沈阳汉族和蒙古族聚在一起。结论:鄂温克族人群中HLA-DRB1分布特征有其独特性,鄂温克族基因频率和系统树显示鄂温克族属于中国北方人群。

中国美利奴羊(军垦型)MHC-DRB1基因Nested PCR—RFLP反应体系的优化

试验针对目前对绵羊MHC-DRB1基因的分析,介绍了利用Nested PCR扩增再进行RFLP反应的方法在中国美利奴(军垦型)上的应用。分析了在Nested PCR-RFLP反应中的一些影响因素及它的优缺点,建立了绵羊MHC-DRB1基因Nested PCR-RFLP的最佳反应体系。

河西绒山羊GOLA-DRB1基因第2外显子变异特征分析

采用PCR-SSCP、克隆测序等方法,分析600只河西绒山羊GOLA-DRB1基因第2外显子遗传特征、SNPs变异类型,同时分析该基因与山羊流产的关联性。结果表明,河西绒山羊DRB1基因第2外显子上存在26个等位基因,序列比对后发现26个等位基因中存在71个核苷酸变异位点,占分析位点总数的30%。其中转换位点25个,占核苷酸多态位点的35.21%;颠换位点35个,占核苷酸多态位点的49.3%;转换和颠换共存位点9个,占12.68%。山羊流产关联性分析结果表明,在河西绒山羊病例组中DRB1*18、DRB1*23、DRB1*26等位基因频率高于正常对照组(P<0.05),χ2值分别为6.31,4.859,6.396,RR值为2.55,2.72,DRB1*8等位基因频率显著高于正常对照组(P<0.01),χ2值为17.618,RR值为3.59;病例组中DRB1*14等位基因频率低于正常对照组(P<0.05),χ2值为4.812,RR值为0.65,DRB1*1和DRB1*11显著低于正常对照组(P<0.01),其中B1的χ2值和RR值分别为14.11和0.61,初步推断DRB1*8可能是河西绒山羊流产发病单体型中的遗传易感基因,DRB1*1和DRB1*11可能为其遗传保护基因。

哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性研究

试验旨在对哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性进行研究。使用虎红平板凝集试验(RBPT)对试羊的血清进行血清学检测,参考GenBank中绵羊MHC ClassⅡ区DRB1基因序列(登录号:NC_040271.1),对其外显子1和4片段设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对230只哈萨克绵羊的DRB1基因进行多态性检测,分析其多态位点与哈萨克绵羊布鲁氏菌易感性之间的关系。RBPT检测发现66只哈萨克绵羊为布鲁氏菌感染阳性,阳性检出率为28.7%。外显子1片段存在一个SNP位点(F1-G22A),测序确定两种基因型(GG、GA),优势等位基因和基因型分别为G、GG,F1-G22A多态位点的易感基因型为GA。卡方检验表明,哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性的相关性不显著(P>0.05)。通过生物信息学在线软件分析得出,F1-G22A多态位点导致了RNA二级结构的改变和最小自由能的降低,引起了蛋白质二级结构的改变。DRB1基因外显子4片段未发现SNPs。由此得出,哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性可能存在一定的相关性。

哈萨克羊DRB1基因外显子3多态性及生物信息学分析

试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为:T10C、C119T(Trp→Arg)、G215C(Gln→Glu)、A238G、T245G(Ser→Ala)、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异(P>0.05);进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点(T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T)与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。

HLA-DRB1基因分型与慢性乙型肝炎的相关性研究

目的探讨HLA-DRB1等位基因多态性与慢性乙型肝炎之间的关系。方法采用聚合酶链反应、反向特异性序列寡核苷酸探针(SSO)基因分型技术结合Luminex液态芯片技术对81例慢性乙型肝炎患者和90例正常人的HLA-DRB1等位基因进行分型比较。结果HLA-DRB1等位基因0901型在慢性乙型肝炎的等位基因频率明显高于对照组(33.33%、15.56%),两者相比差异有显著性(χ2=7.40,P<0.01,RR=2.71),而HLA-DRB1等位基因0403型在慢性乙型肝炎的等位基因频率明显低于对照组(16.05%、35.56%),两者相比差异有显著性(χ2=8.37,P<0.01,RR=0.37);其他型别的等位基因2组间没有明显差别。结论HLA-DRB1等位基因0901型与慢性乙型肝炎易感性密切相关,可能是慢性乙型肝炎的易感基因或连锁基因;HLA-DRB1等位基因0403型与慢性乙型肝炎抗性密切相关,可能是慢性乙型肝炎的抗性基因。宿主的HLA-DRB1是乙肝病毒感染转归的重要因素。

绵羊DRB1基因外显子2酵母表面展示库的构建及鉴定

为了揭示布鲁氏菌病的致病机制并研制其新型分子疫苗,试验利用酿酒酵母展示系统展示绵羊白细胞表面抗原DRB1基因,构建DRB1基因外显子2的酵母表面展示库。参照GenBank中绵羊MHCⅡDRB1基因序列设计引物,以绵羊脾脏组织cDNA为模板,反转录扩增得到预期长度的产物,双酶切连接到克隆载体pEASY-T1,命名为pEASY-T1-DRB1。双酶切连接到表面展示载体pYD1上,成功构建了表面展示重组质粒pYD1-DRB1。以pEASY-T1-DRB1为模板,将DRB1基因外显子2两端进行点突变,产生新的酶切位点,然后对外显子2设计特异性引物。对500个绵羊样本进行DNA池化,扩增DRB1基因外显子2序列,双酶切后连接到经相同酶双酶切的表面展示重组突变载体pYD1-DRB1-TB上,构建酿酒酵母表面展示库。转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,计算库容量。将其转化酿酒酵母EBY100感受态细胞,经半乳糖诱导,通过免疫荧光法在荧光显微镜下检测。结果显示,绵羊DRB1基因成功整合到酵母基因组中,酵母展示库的库容量在105个以上,DRB1基因库成功展示在酵母细胞表面。由此说明,该库可用于下一步布鲁氏菌抗原肽的筛选。

外阴硬化性苔藓中医辨证分型与HLA-A\B\DRB1基因多态性的相关性研究

目的:观察中国汉族妇女外阴硬化性苔藓患者中医辨证分型与HLA-A\B\DRB1基因多态性的相关性。方法:选取中国汉族妇女外阴硬化性苔藓中属肝肾阴虚型40例、肝经湿热型36例,正常健康中国汉族妇女62人(正常对照组),分别采用PCR-SSP方法进行基因多态性关联检测分析。结果:HLA-B*15、HLA-DRB1*12等位基因在外阴硬化性苔藓各中医证型出现的频率均升高,与正常对照组相比有极显著性差异(P<0.01);等位基因HLA-B*40在肝肾阴虚组患者中呈低表达,与正常对照组比较亦有极显著性差异(P<0.01)。结论:HLA-B*15、HLA-DRB1*12等位基因可能是中国汉族妇女VLS肝肾阴虚型与肝经湿热型的易感基因,HLA-B*40等位基因可能是中国汉族妇女VLS肝肾阴虚型的保护性基因,而与VLS肝经湿热型无相关性。HLA-B*40等位基因在两组中的显著性差异提示中医辨证分型的物质基础和异质性,对VLS的诊断、治疗、预测和中医辨证分型均具有重要意义。

HLA-DRB1基因多态性与乙型病毒性肝炎的相关性研究

目的探讨河南地区汉族慢性乙型肝炎患者与HLA-DRB1基因多态性的相关性。方法采用聚合酶链反应/序列特异性引物技术对河南地区90例慢性乙肝患者和62例健康对照者进行HLA-DRB1等位基因的检测,应用统计学软件SPSS10.0对两组实验结果进行χ2检验。结果在慢性乙肝组中,HLA-DRB11301/1302出现的频率明显下降,与对照组相比其差异有统计学意义;1501/1502,1201/1202在两组间出现的频率相比无明显差异。结论HLA-DRB11301/1302等位基因可能是河南乙型肝炎人群中清除HBV病毒的抗病基因。

河南汉族乙型肝炎e抗原阳性慢性乙型肝炎患者HLA-DRB1基因多态性测定

目的:测定河南地区汉族人群乙型肝炎e抗原阳性慢性乙型肝炎患者HLA-DRB1基因的多态性。方法:应用聚合酶链反应-序列特异性引物技术,对河南汉族38例乙型肝炎e抗原阳性慢性乙型肝炎患者及42例正常健康人(对照组)进行HLA-DRB1*1201/1202、*1301/1302、*1501/1502等位基因检测。结果:对照组HLA-DRB1*1301/1302等位基因频率高于乙型肝炎e抗原阳性慢性乙型肝炎组,差异有统计学意义(P<0.05);HLA-DRB1*1201/1202、*1501/1502等位基因频率2组间差异无统计学意义(P均>0.05)。结论:HLA-DRB1*1301/1302等位基因是河南汉族乙型肝炎e抗原阳性慢性乙型肝炎患者的一个保护基因。