河西绒山羊DRB3基因外显子2多态性分析

研究采用PCR-SSCP方法检测1 046只河西绒山羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因,分析各等位基因间的遗传关系和进化意义。结果表明,河西绒山羊DRB3基因第2外显子表现了18个等位基因(LG001-LG018)控制的31个基因型,LG005为优势等位基因,LG005*005为优势基因型,18个单倍型序列分析发现44个核苷酸多态位点、29个氨基酸多态位点;与GenBank下载序列比对分析结果表明,16个DRB3的等位基因是本研究首次发现;DRB3基因遗传多态指数中,观察杂合度为0.269 6,多态信息含量为0.869 9,有效等位基因数为1.369 1;经χ2适合性检验,该群体偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);18个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势。研究认为河西绒山羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;河西绒山羊DRB3基因最初由2个等位基因突变分化成两大类等位基因。

北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因外显子2的克隆与序列分析

采用PCR技术扩增出北京荷斯坦母牛BoLA-DRB3基因的外显子2的267 bp大小的片段,将该片段克隆到pGEM-T Easy质粒中,重组质粒用PCR和酶切分析进行阳性克隆鉴定,然后测定核苷酸序列,并推导其氨基酸序列.北京荷斯坦牛、蒙古牛、人类、瑞典红白花牛、蒙古绵羊、西班牙山羊之间DRB3基因外显子2的核苷酸序列同源性为80.9%～95.5%,氨基酸序列同源性为75.3%～91.0%.

中国荷斯坦牛BoLA-DRB3基因的mRNA表达研究

为揭示牛MHC-DRB3上游调控区多态对其表达调控作用,利用PCR-SSCP和DNA序列测定技术分析并建立BoLA-DRB3*exon2和BoLA-DRB3 URR之间的连锁关系。结合不同近端调控区与转录因子结合模式预测结果,选择3种不同上游调控序列的连锁组合,应用实时定量RT-PCR技术对牛MHC-DRB3基因mRNA相对表达量进行了验证分析。结果表明,上游调控区基因型为H17H17的BoLA-DRB3基因mRNA相对表达量显著高于(P<0.01)基因型H1H1及H5H6。初步证明上游调控区中的多态会引起结构基因表达量的变化。

山东地方绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLPs反应体系的优化

本文探讨了影响山东地方绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLPs扩增的因素,实验结果表明:抗凝剂、模板的浓度、纯度、Mg2+的浓度、引物的浓度、变性温度、Taq聚合酶、退火温度等因素对扩增结果的影响,为此我们对影响扩增结果的各个因素和反应程序进行了研究和浓度梯度的对比试验,建立了绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLPs的最佳反应体系和反应程序。

大通牦牛DRB3.2基因的遗传多样性

为研究大通牦牛DRB3.2基因的遗传多样性,对69头大通牦牛的DRB3.2基因进行半巢式PCR扩增及序列测定,与GenBank下载的牛亚科其他群体对应基因序列进行比较分析。结果表明,大通牦牛DRB3.2基因在核苷酸组成上与其他牛种无明显差异,变异主要源于碱基的颠换,以T/G和C/G为主,等位基因多样性为0.991,平均核苷酸差异数为5.30,核苷酸多样性为2.01%,非同义替换与同义替换的比率(ω)为3.487 0,氨基酸分析结果表明发生变异的位点主要集中在该基因的抗原结合区及其相邻区域。正向检验结果表明,大通牦牛正受到强烈的正向选择,这种变异可能与该基因适应环境因子的特殊功能有关。

大额牛Bola-DRB3基因第2外显子的PCR-RFLP多态性分析

本文应用PCR-RFLP方法研究了大额牛MHCⅡ类基因座位的Bola-DRB3基因第2外显子的遗传多态性。结果表明:HaeⅢ酶切出现3种基因型,即NN、OO、NO,由N和Q两个等位基因控制;NO为优势基因型,O为优势基因。RsaI酶切也出现3种基因型,即PP、PQ、QQ,由P和Q两个等位基因控制;QQ为优势基因型,Q为优势基因,说明大额牛在有些基因位点上,特别是在Bola基因系统中还是具有较为丰富的遗传多态性;经X^2适合性检验表明两位点均符合Hardy-Weinberg平衡,这对保种是有利的。作者认为目前大额牛的保种应以传统保种方法为主,在泸水县、福贡县等地引种,异地纯繁成功的基础上,国家给予重点扶持,建立保种场和核心群进行重点保种;同时,应积极探索冻精、冻胚以及分子标记辅助保种和基因库保种等方法,加大生物技术保种的研究和应用力度;在必要的条件下建立大额牛冻精、冻胚的“基因库”,开展细胞工程、胚胎工程方面的研究,并探讨细胞核移植作为大额牛遗传资源保存的可行性和现实性。

荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因PCR-RFLP多态性分析

分别采用HaeⅢ和BstYI内切酶,以PCR-RFLP方法检测了新疆地区引进的澳大利亚荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因的多态性。结果显示:在HaeⅢ酶切分析中检测到6种基因型,3个等位基因,其中基因型AB频率最高,等位基因A为优势基因;在BstYI酶切分析中共检测到3种基因型,2个等位基因,其中基因型AA频率最高,等位基因A为优势基因。经χ2适合性检验,BoLA-DRB3基因的HaeⅢ酶切位点的碱基突变偏离Hardy-Weinberg(P<0.01)平衡状态,而BstYI酶切位点碱基突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。

多浪羊MHC-DRB3基因第二外显子序列分析

主要组织相容性复合体(Major Histocompitibility Complex,MHC)广泛存在于脊椎动物中,由于高度多态性在遗传育种和抗病性方面成为人们关注的热点。本实验用直接测序技术(DR)对23 只多浪羊DRB3 基因进行核酸序列分析。并用DNAMAN 分析序列共检测出46 个突变位点。结果表明,MHC-DRB3 基因在多浪羊中具有较高的多态性。

中国荷斯坦乳牛DRB3基因多态性的PCR-SSCP分析及其与泌乳性状的相关性

采用PCR-SSCP技术,对中国荷斯坦乳牛DRB3基因的多态性进行了分析,并用线性数学模型分析了各种基因型与乳牛乳腺炎的相关性。结果显示,DRB3基因有AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.46,0.33和0.21;DRB3基因多态的产生是第88位产生A→T突变、第118位产生T→A突变以及第165位产生A→G的替换造成的;基因型频率分布的2χ值为19.56(P<0.01),DRB3基因的突变处于Hardy-Weinberg非平衡状态。相关性分析表明,不同基因型乳牛之间泌乳性状的差异不显著。

马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析

【目的】分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子多态性,确定其等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点,以及与家养绵羊的遗传进化关系。【方法】采用PCR-SSCP方法对39只马可·波罗盘羊、159只塔什库尔干羊、72只藏绵羊、76只宁夏滩羊、36只柯尔克孜羊和26只多浪羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因进行检测,对不同绵羊品种产生的差异等位基因进行克隆及测序,并对等位基因单倍型序列进行分析;利用生物信息学在线软件分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码蛋白的理化性质、结构和功能。【结果】试验共获得66个MHC-DRB3等位基因,马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊、柯尔克孜羊和多浪羊的等位基因数分别为23、14、12、12、4和1个。马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊MHC-DRB3基因第2外显子等位基因序列中的核苷酸多态位点分别为74、76、45、49和25个,表明相较于藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊,马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊的多态性更高。系统发育分析表明,马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊MHC-DRB3基因均呈两支分化;马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊和藏绵羊MHC-DRB3基因单倍型的相似性较高。马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码产物为不稳定亲水性蛋白,二级结构主要以无规则卷曲和α-螺旋为主,其生物学作用主要在细胞质中体现。【结论】本试验确定了马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点,为进一步探究绵羊MHC-DRB3基因的调控机理及进化意义提供材料。

牛BoLA-DRB_3基因的多态性与乳房炎相关性初探

利用PCR-RFLP技术对易感乳房炎的奶牛血样24份,不易感染乳房炎的2个黄牛品种南阳牛、秦川牛血样66份共计90个个体进行牛BoL A-DRB3基因第2外显子多态性分析。结果表明:扩增大小为252 bp的片段经限制性内切酶B stU I酶切后表现多态,且奶牛AA型个体显著高于黄牛品种,提示BoL A等位基因A作为母牛乳房炎易感性的候选标记具有潜在的有效性。

三江黄牛Bola-DRB_3基因第二外显子的PCR-RFLP多态性研究

用PCR-RFLP方法,对三江黄牛和黑白花奶牛的MHCⅡ类基因座位Bola-DRB3基因第2外显子的遗传样性进行了研究.结果表明:①三江黄牛HaeIII酶切出现3种基因型,即SS、RS、RR,由S和R两个基因控制,RR为优势基因型,R为优势基因;RsaI酶切出现4种基因型,即XX、XM、LM、MM,由X、M和L三个复等位基因控制,LM为优势基因型,M为优势基因;两种内切酶在三江黄牛Bola-DRB3基因的第二个外显子上有150、202、65、180等酶切位点,且4个位点的碱基存在多态性,表现为多碱基突变;经χ2适合性检验,HaeIII和RsaI酶切位点的χ2值分别为7.0802、14.1358,差异显著(p<0.05),说明三江黄牛Bola-DRB3基因第2外显子的4个酶切位点的碱基突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态,存在选择、基因突变、近交、遗传漂变等因素的影响.②黑白花奶牛HaeIII酶切出现4种基因型,即JJ、KI、IJ、KJ,由J、K和I三个复等位基因控制,JJ为优势基因型,J为优势基因;RsaI酶切出现3种基因型,即LL、MM、LM,由L和M两个基因控制,LM为优势基因型,M为优势基因;HaeIII和RsaI两种内切酶在黑白花奶牛中也有多个酶切位点,在150、48、65、202位上有碱基多态性,表现为多碱基突变;经χ2适合性检验,RsaI酶切位点的χ2值为3.456,差异不显著(p>0.05),处于Hardy-Weinberg平衡状态;HaeIII酶切位点的χ2值为18.4211,差异显著(p<0.05),未达到Hardy-Weinberg平衡状态.③用两种酶在三江黄牛中共检测到7种基因型,且与黑白花奶牛在酶切位点上具有较多的差异,说明三江黄牛具有丰富的遗传多样性;这一结果与张成忠、赖松家等从血液蛋白、染色体、mtDNA等水平上的研究结果一致,也同三江黄牛的育成历史和所处生态条件一致.综上所述,三江黄牛具有丰富的遗传多样性,今后应加强对三江黄牛遗传多态性以及起源、演化和分类的研究,为这一畜种资源的进一步开发利用和保护提供理论基础.