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枳DREB基因家族的鉴定及其对非生物胁迫的响应
1
作者
范丽珍
佟晓楠
+7 位作者
陈凯
钟静
郑淑芳
张欣悦
董小筠
王心蕊
胡子菲
李兴涛
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第15期53-64,共12页
为了解枳(Poncirus trifoliata)DREB基因家族参与非生物胁迫的调控机制,基于枳基因组数据,利用生物信息学方法对枳DREB基因家族成员(PtrDREB)进行全基因组鉴定,讨论PtrDREB各基因的物种进化关系及各基因在不同组织中的表达模式,并用qRT-...
为了解枳(Poncirus trifoliata)DREB基因家族参与非生物胁迫的调控机制,基于枳基因组数据,利用生物信息学方法对枳DREB基因家族成员(PtrDREB)进行全基因组鉴定,讨论PtrDREB各基因的物种进化关系及各基因在不同组织中的表达模式,并用qRT-PCR技术检测9个PtrDREB家族成员在非生物胁迫处理下的相对表达量。结果表明,从枳基因组中共鉴定出48个DREB成员,不均匀地分布在9条染色体上,这些DREB成员编码的蛋白质氨基酸序列长度范围为144~639 aa,相对分子量范围为15 638.35~76 776.34 u,等电点的范围为4.72~9.62,均为亲水性蛋白;34个PtrDREB亚细胞定位于细胞核中;48个PtrDREB基因分为5个亚族;DREB基因的启动子顺式作用元件含有大量光响应、植物激素、非生物胁迫及植物生长发育响应元件;DREB基因家族在不同组织中的表达具有明显差异,在根、果实、叶片、胚珠、种子和幼芽中高表达的基因数目分别为17、13、4、4、6、8个;qRT-PCR数据表明,在经过低温、高温和干旱处理后,9个PtrDREB基因中分别有8、6、1个基因上调表达,上调幅度分别为1.27~5.85、1.44~2.05、2.06倍,因此推测PtrDREB家族成员在非生物胁迫中可能发挥重要的调控作用。
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关键词
枳
dreb
基因
家族
生物信息学
非生物胁迫
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职称材料
玉米DREB转录因子家族的全基因组鉴定与分析
被引量:
2
2
作者
王雷立
董柯清
+2 位作者
张严玲
刘青青
王翠玲
《湖南农业大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期270-281,共12页
借助生物信息学手段,从玉米DREB家族基因的鉴定、基因结构、顺式作用元件等多角度进行解析,以期了解其在抗逆途径中的潜在功能。结果表明:玉米中共有87个DREB家族成员,分为6个亚组,理化性质分析结果表明其编码的氨基酸序列长度为125~45...
借助生物信息学手段,从玉米DREB家族基因的鉴定、基因结构、顺式作用元件等多角度进行解析,以期了解其在抗逆途径中的潜在功能。结果表明:玉米中共有87个DREB家族成员,分为6个亚组,理化性质分析结果表明其编码的氨基酸序列长度为125~452个氨基酸,均编码亲水性蛋白;在玉米10条染色体上均有分布,在4号、5号染色体长臂处较为集中;仅有少数基因含有内含子,大多数成员只以CDS的形式存在且在各亚组之间保守;启动子区域除含有MBS等响应干旱胁迫的元件外,还含有响应赤霉素、ABA、MeJA等相关调控途径的元件;物种共线性分析结果表明,高粱与玉米DREB家族成员之间存在共线性特征,且部分基因呈现倍性关系;基于转录组数据的表达模式分析显示,在干旱、盐、干旱和盐双重胁迫处理下,仅有几个基因的表达水平显著升高,多数DREB家族基因以下调的表达方式参与胁迫响应。
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关键词
玉米
dreb家族基因
生物信息学
全
基因
组鉴定
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职称材料
题名
枳DREB基因家族的鉴定及其对非生物胁迫的响应
1
作者
范丽珍
佟晓楠
陈凯
钟静
郑淑芳
张欣悦
董小筠
王心蕊
胡子菲
李兴涛
机构
赣南师范大学生命科学学院/国家脐橙工程技术研究中心
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第15期53-64,共12页
基金
国家自然科学基金(编号:32160731)
江西省教育厅科学技术研究项目(编号:GJJ2201233)
赣南师范大学研究生创新基金(编号:YCX23A038)。
文摘
为了解枳(Poncirus trifoliata)DREB基因家族参与非生物胁迫的调控机制,基于枳基因组数据,利用生物信息学方法对枳DREB基因家族成员(PtrDREB)进行全基因组鉴定,讨论PtrDREB各基因的物种进化关系及各基因在不同组织中的表达模式,并用qRT-PCR技术检测9个PtrDREB家族成员在非生物胁迫处理下的相对表达量。结果表明,从枳基因组中共鉴定出48个DREB成员,不均匀地分布在9条染色体上,这些DREB成员编码的蛋白质氨基酸序列长度范围为144~639 aa,相对分子量范围为15 638.35~76 776.34 u,等电点的范围为4.72~9.62,均为亲水性蛋白;34个PtrDREB亚细胞定位于细胞核中;48个PtrDREB基因分为5个亚族;DREB基因的启动子顺式作用元件含有大量光响应、植物激素、非生物胁迫及植物生长发育响应元件;DREB基因家族在不同组织中的表达具有明显差异,在根、果实、叶片、胚珠、种子和幼芽中高表达的基因数目分别为17、13、4、4、6、8个;qRT-PCR数据表明,在经过低温、高温和干旱处理后,9个PtrDREB基因中分别有8、6、1个基因上调表达,上调幅度分别为1.27~5.85、1.44~2.05、2.06倍,因此推测PtrDREB家族成员在非生物胁迫中可能发挥重要的调控作用。
关键词
枳
dreb
基因
家族
生物信息学
非生物胁迫
分类号
S184 [农业科学—农业基础科学]
S666.401 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
玉米DREB转录因子家族的全基因组鉴定与分析
被引量:
2
2
作者
王雷立
董柯清
张严玲
刘青青
王翠玲
机构
河南科技大学农学院
出处
《湖南农业大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期270-281,共12页
基金
国家自然科学基金项目(31901561、U2004153)
河南省重点研发与推广专项(202102110010)。
文摘
借助生物信息学手段,从玉米DREB家族基因的鉴定、基因结构、顺式作用元件等多角度进行解析,以期了解其在抗逆途径中的潜在功能。结果表明:玉米中共有87个DREB家族成员,分为6个亚组,理化性质分析结果表明其编码的氨基酸序列长度为125~452个氨基酸,均编码亲水性蛋白;在玉米10条染色体上均有分布,在4号、5号染色体长臂处较为集中;仅有少数基因含有内含子,大多数成员只以CDS的形式存在且在各亚组之间保守;启动子区域除含有MBS等响应干旱胁迫的元件外,还含有响应赤霉素、ABA、MeJA等相关调控途径的元件;物种共线性分析结果表明,高粱与玉米DREB家族成员之间存在共线性特征,且部分基因呈现倍性关系;基于转录组数据的表达模式分析显示,在干旱、盐、干旱和盐双重胁迫处理下,仅有几个基因的表达水平显著升高,多数DREB家族基因以下调的表达方式参与胁迫响应。
关键词
玉米
dreb家族基因
生物信息学
全
基因
组鉴定
Keywords
maize
dehydration-responsive element-binding protein family genes
bioinformatics
genome-wide identification
分类号
S513.035.3 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
枳DREB基因家族的鉴定及其对非生物胁迫的响应
范丽珍
佟晓楠
陈凯
钟静
郑淑芳
张欣悦
董小筠
王心蕊
胡子菲
李兴涛
《江苏农业科学》
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
玉米DREB转录因子家族的全基因组鉴定与分析
王雷立
董柯清
张严玲
刘青青
王翠玲
《湖南农业大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
下载PDF
职称材料
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