硒都黑猪NT5C1A基因核心启动子区鉴定及转录因子预测

本研究旨在探究猪胞质5'核苷酸酶1A基因(Cytosolic 5'-Nucleotidase1A,NT5C1A)启动子区序列的结构特性,确定其核心启动子区并分析其关键转录因子结合位点,为探究其表达调控机制提供理论依据。对NT5C1A互作蛋白进行预测,在线生物信息学分析软件预测猪NT5C1A基因核心启动子区,根据预测结果设计7对启动子缺失片段引物,以硒都黑猪血液基因组DNA为模板,通过PCR扩增和Sanger测序方法获得NT5C1A基因5'端7个启动子缺失片段并克隆至pGL3-Basic载体,以双荧光素酶报告基因检测试验对缺失片段进行荧光素酶活性检测,并通过转录因子在线预测软件预测核心启动子区潜在的转录因子。结果表明,NT5C1A基因核心启动子位于转录起始位点-290~+109bp的位置(ATG作为+1),该区域含有MYOD1、MYOG、MYF5和SP1等肌肉发育相关的转录因子结合位点。本试验为研究NT5C1A基因调控猪肌肉发育的分子机制提供了理论依据。

急性脑梗死患者血清C1q肿瘤坏死因子相关蛋白1、锌指样转录因子2水平与颈动脉粥样硬化斑块稳定性的分析

目的探讨急性脑梗死(ACI)患者血清中C1q肿瘤坏死因子相关蛋白1(CTRP1)、锌指样转录因子2(KLF2)的表达水平及其与颈动脉粥样硬化(CAS)斑块稳定性的关系。方法收集黑龙江省传染病防治院分院2021年6月至2023年1月期间进行治疗的128例ACI患者作为ACI组,根据ACI患者CAS斑块的特性,将患者分为无斑块组19例,稳定斑块组45例和不稳定斑块组64例,另选取128例同期健康体检者作为对照组。比较各组血清CTRP1、KLF2水平;Spearman法分析ACI组患者血清CTRP1、KLF2水平与CAS斑块稳定性的相关性;多因素Logistic回归分析ACI患者CAS斑块稳定性的影响因素;受试者工作特征曲线分析血清CTRP1、KLF2水平对ACI患者CAS斑块不稳定性的预测价值。结果与对照组相比,ACI组血清CTRP1水平较高、KLF2水平较低(t=15.949、78.545,P<0.01)。无斑块组、稳定斑块组、不稳定斑块组血清CTRP1、中性粒细胞计数、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平、美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分依次升高(F=49.819、27.014、17.143、335.582,P<0.01);KLF2水平依次降低(F=127.385,P<0.01)。ACI组患者CTRP1水平与CAS斑块稳定性呈正相关(r=0.532,P<0.01);KLF2水平与CAS斑块稳定性呈负相关(r=-0.614,P<0.01)。多因素Logistic回归分析显示CTRP1、KLF2、LDL-C、中性粒细胞计数、NIHSS评分是ACI患者CAS斑块稳定性的影响因素[OR(95%CI)=3.154(1.533~6.488)、0.763(0.648~0.898)、2.373(1.328~4.239)、2.148(1.278~3.611)、2.723(1.355~5.471),P<0.01]。CTRP1、KLF2两者联合预测ACI患者CAS斑块不稳定性的曲线下面积为0.897,敏感度为90.62%,特异度为75.56%,优于单独预测(Z=2.585、2.237,P<0.05)。结论ACI患者血清CTRP1水平较高,KLF2水平较低,两者均与ACI患者CAS斑块稳定性相关,且两者联合对ACI患者CAS斑块不稳定性具有较好的预测效能。

高山离子芥CBF/DREB1转录因子基因的分离与表达(英文)

以冷胁迫和脱水处理的高山离子芥幼叶为材料,采用RT-PCR技术获得1条新的C重复/脱水应答元件结合因子(CBF/DREB1)基因(CbCBF,登录号AY994127)。该基因含651 bp的开放阅读框(ORF),编码216个氨基酸的蛋白质,预测该蛋白具有一个AP2 DAN结合域,一个核定位信号和碳端酸性激活域。多序列比对结果表明,CbCBF蛋白与拟南芥及其他植物CBF具有较高的相似性。Northern杂交结果显示,CbCBF基因不能被冷处理诱导表达,但可被脱水和ABA处理快速诱导;同时发现CbCBF基因也能被紫外辐射和机械刺激诱导表达。表明高山离子芥CbCBF基因可能参与应答多种非生物胁迫过程。

miR-200c/ZEB1/E-cadherin轴在胆管癌转移侵袭中的作用及对胆管癌预后评估的价值

目的:探讨微小RNA-200c(miR-200c)/锌指转录因子(ZEB1)/E-钙黏蛋白(E-cadherin)在胆管癌(HCCA)转移、侵袭中的作用及对HCCA预后评估的临床价值。方法:选取2020年08月至2022年12月间我院收治的胆管癌患者36例为研究对象,同时选取胆管良性疾病患者(胆总管结石或胆管良性狭窄)20例作为对照。采用原位杂交、实时荧光定量PCR检测miR-200c在HCCA患者组织及血清中的表达;生存曲线分析miR-200c表达与总生存期的相关性;Transwell实验检测细胞的迁移及侵袭能力;免疫印迹检测ZEB1及E-cadherin蛋白的表达。体内研究构建裸鼠成瘤实验,采用免疫组化检测ZEB1及E-cadherin蛋白的表达;Tunel技术检测组织中的凋亡情况。受试者工作特征(ROC)曲线评估生物标志物对胆管癌预后的诊断效能。结果:miR-200c低表达于HCCA组织及血清中;生存曲线分析显示,miR-200c表达与患者的总生存期呈正相关性,TNM分期与患者的总生存期呈负相关性;miR-200c mimics抑制了胆管癌细胞的迁移和侵袭能力,并降低ZEB1表达而诱导E-cadherin表达;转染ZEB1逆转miR-200c的作用效应,促进胆管癌细胞的迁移和侵袭特性,抑制胆管癌细胞的凋亡。CA199、CEA和miR-200c联合检测诊断胆管癌预后的ROC曲线下面积为0.892,灵敏度0.8611,特异度0.8000。结论:miR-200c/ZEB1/Ecadherin轴参与胆管癌的转移侵袭;CA199、CEA和miR-200c联合检测对胆管癌预后的诊断效能良好,对临床胆管癌的治疗策略具有重要指导价值。

转录因子DREB1A基因和Bar基因双价植物表达载体的构建及对马铃薯遗传转化的研究

马铃薯在生长发育过程中受各种生物和非生物胁迫的影响,干旱是其中最常见和危害最严重的非生物胁迫因素之一,常常导致单产不高,总产不稳,严重影响着马铃薯产业的发展。本研究以改善马铃薯抗旱性为目的,采用PCR方法从拟南芥中克隆了转录因子DREB1A基因和诱导型启动子rd29A。利用DNA重组技术成功构建了诱导型启动子rd29A驱动转录因子DREB1A基因和CaMV35S启动子驱动Bar基因的双价植物表达载体pBI121-rd29-BDR,并通过农杆菌介导法对马铃薯进行遗传转化,PPT筛选得到22株抗性苗,PCR和RT-PCR检测证明DREB1A基因已整合到陇薯10号马铃薯基因组中并在转基因植株中转录表达,有望提高转基因马铃薯的抗旱性。目前,作者正在进行转基因马铃薯的抗旱性分析研究。

花生中DREB类转录因子PNDREB1的克隆及鉴定

脱水响应元件结合因子(DREB)是一类对多个抗逆相关基因表达起调控作用的植物特有的转录因子,在植物抗逆能力综合改良方面具有重要作用。本研究通过筛选花生未成熟种子的cDNA文库,分离到一个DREB类基因——PNDREB1(FM955398)。该基因序列长度为687bp,推测编码蛋白含有229个氨基酸残基,相对分子量为24.7kD,理论等电点为5.97,与其他物种中该类转录因子序列同源性较高。利用酵母单杂交系统,对花生PNDREB1与DRE元件的特异识别和结合能力及其C-末端转录激活活性进行检测,显示,转入含有该基因及阳性对照基因的载体均可使酵母菌株正常生长,且具有显色反应,而转入空载体的酵母菌株不能生长,证明基因PNDREB1中的AP2结构域具有和DRE元件特异性结合的能力;同时,只有转入含有该基因C-末端片段及阳性对照基因的载体可使酵母菌株正常生长,并具有显色反应,而转入空载体的酵母菌株不能生长,说明其C-末端片段具有转录激活活性,该基因为DREB类转录因子。基因表达模式分析显示,PNDREB1为组成型表达,且被低温强烈、迅速诱导表达,并对干旱胁迫也有一定程度的响应,但对高盐和ABA处理没有响应。

转录因子DREB1A基因的克隆与植物表达载体的构建

根据GenBank中已发表的转录因子DREB1A基因的cDNA序列设计并合成了一对引物 ,通过RT PCR的方法从低温处理的拟南芥总RNA中扩增出DREB1A基因的全长cDNA片段。将其克隆到 pMD1 8T vector中。经测序证明该片段与GenBank上报道的序列具有 99.8%的同源性。 2个碱基的置换导致了一处氨基酸的差异 ,但这一氨基酸并不在基因的功能结构域上 ,推测其不会影响基因功能。以植物表达载体pBch为基础 ,构建了由组成型启动子 35S调控的DREB1A基因的植物表达载体pBDR35S 。

干旱响应转录因子DREB1A基因导入水稻光温敏核不育系的研究

以成熟胚诱导的愈伤组织作为农杆菌转化的受体材料,将诱导型启动子rd29A驱动的拟南芥DREB1A基因导入粳型光温敏核不育系水稻4008S,共获得67株再生苗.再生苗经0.75mg/L除草剂草铵膦涂布筛选,有62株再生苗表现出对草铵膦抗性.PCR检测抗性苗中DREB1A基因,结果全为阳性.挑选部分进行Southern检测,结果表明目的基因已经整合到水稻基因组中.在干旱胁迫下,转基因水稻当代(T1代)植株的电导率显著低于非转基因对照植株(P<0.05),脯氨酸含量显著高于对照植株(P<0.05),证明DREB1A基因能提高水稻对干旱胁迫的耐受性.

转录因子DREB1A基因的克隆与Gateway克隆技术构建植物表达载体

目的:研究转录因子DREB1A在植物抗渗透胁迫反应中的作用,并探讨利用Gateway克隆技术构建植物表达载体的方法。方法:根据GenBank中登录的DREB1A基因的全长mRNA序列设计引物,克隆了拟南芥的转录因子DREBIA基因。根据Gateway克隆技术的要求,设计含有attB接头的引物,利用高保真的PlatinumpfxDNA聚合酶,通过PCR方法在克隆基因的两端加上B序列。通过BP反应将包含有attB接头的PCR产物克隆到含有attP的donor载体上以产生Entry克隆,通过LR反应将已经重组入Entry载体的DREB1A基因再克隆到pH2GW7双元载体。结果:对重组载体pH2GW7-DREB1A的鉴定结果表明成功构建了DREB1A基因的植物表达载体。结论:利用Gateway克隆技术构建植物表达载体简便易行,该结果为遗传转化研究奠定了基础。

DREB1A转录因子蛋白的原核表达

DREB1A是DREB转录因子的一员,它们都含有一段与DNA结合的保守区域,由58个氨基酸组成,称为EREBP/AP2结构域(EREBP/AP2 domain)。一个DREB转录因子可以调控多个与植物干旱、高盐及低温耐性有关的功能基因表达。从拟南芥中克隆了DREB1A转录因子基因,成功构建了DREB1A基因的原核表达载体,转化E.coliBL21(DE3),经1 mmol/L IPTG诱导表达获得了DREB1A蛋白,但以包涵体形式存在。为以后深入研究DREB转录因子与DRE顺式作用元件相互作用的具体机制奠定了基础。

拟南芥耐干旱相关转录因子DREB1A基因的克隆及序列分析

设计引物利用PCR技术从拟南芥中克隆与植物耐旱相关序列DRE相结合的转录因子DREB1A的基因,得到扩增谱带后,进行TA克隆,经蓝白斑筛选获得pDREB重组质粒,经PCR验证和序列测定确认扩增所得片段为DREB1A基因,并对该基因序列进行了分析.

拟南芥逆境胁迫诱导转录因子DREB1A基因的克隆和序列分析

以拟南芥基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到逆境胁迫诱导转录因子DREB1A基因,将其克隆到pUC19质粒中.序列分析表明获得的基因序列与已报道的该基因的序列完全相同.

转录因子MAZ对c1orf109基因转录表达调控的体外研究

目的:本文旨在研究转录因子Myc相关锌指蛋白(MAZ)在体外对人类1号染色体开放阅读框109(c1orf109)基因的转录表达调控。方法:体外条件下,采用凝胶电泳迁移实验筛选c1orf109基因启动子区MAZ的结合位点,并利用本室构建的由c1orf109启动子驱动的增强型绿色荧光蛋白报告载体与MAZ和转录因子特化蛋白1(Sp1)的表达质粒共转染He La细胞,24 h后,用激光共聚焦显微镜和流式细胞术检测c1orf109基因的转录表达情况。结果:c1orf109启动子区可与MAZ结合,且有与Sp1共享的结合位点;MAZ与Sp1皆可抑制c1orf109的转录表达,且Sp1的抑制作用大于MAZ(P<0.05)。结论:MAZ与Sp1两个转录因子共同调控c1orf109基因在生理及病理条件的表达,且调控方向一致。

隐丹参酮调节Rac1/AKT/NF-κB信号通路对脓毒症大鼠肠损伤的影响

目的:探究隐丹参酮(CRY)调节Ras相关C3肉毒素底物1(Racl)/丝氨酸-苏氨酸蛋白酶(AKT)/核转录因子-κB(NF-κB)信号通路对脓毒症大鼠肠损伤的影响。方法:建立脓毒症大鼠模型。大鼠分为Control组、Model组、隐丹参酮高、中、低剂量组(7.0mg·kg^(-1)·d^(-1)CRY-H组、14.0mg·kg^(-1)·d^(-1)CRY-M组、28.0mg·kg^(-1)·d^(-1)CRY-L组)和隐丹参酮高剂量+NF-κB通路激活剂组(28mg·kg^(-1)·d^(-1)CRY-H+5 mg·kg^(-1)·d^(-1)PMA组),每组12只,Control组与Model组使用同等剂量生理盐水进行处理,每天1次,连续21d。用试剂盒检测脓毒症大鼠血清炎症因子、氧化应激、肠黏膜屏障指标水平;HE染色观察大鼠肠组织病理形态;免疫组化和免疫印迹法分别检测大鼠肠组织中ZO-1、occludin和通路蛋白表达。结果:与Control组比较,Model组黏膜绒毛排列紊乱,部分黏膜脱落、坏死,大量炎细胞浸润,组织病理评分较高,血清TNF-α、IL-1β、MDA、内毒素、D-乳酸水平上升,SOD水平降低,Rac1、p-AKT/AKT、p-NF-κB/NF-κB表达上调,ZO-1、occludin下调表达(P<0.05);与Model组比较,CRY-L、CRY-M、CRY-H组肠黏膜绒毛相对完整,炎细胞浸润减轻,组织病理评分降低,血清TNF-α、IL-1β、MDA、内毒素、D-乳酸水平降低,SOD水平上升,Rac1、p-AKT/AKT、p-NF-κB/NF-κB表达下调,ZO-1、occludin上调表达(P<0.05);与CRY-H组相比,CRY-H+PMA组肠黏膜细胞有较多炎细胞浸润,组织病理评分升高,血清TNF-α、IL-1β、MDA、内毒素、D-乳酸水平升高,SOD水平降低,Rac1、p-AKT/AKT、p-NF-κB/NF-κB表达上调,ZO-1、occludin下调表达(P<0.05)。结论:隐丹参酮抑制Rac1/AKT/NF-κB信号通路改善脓毒症大鼠肠损伤。

恶性黑素瘤细胞miR-508-3p与叉头框转录因子C1的关系及对增殖、迁移和侵袭的影响

目的探讨miR-508-3p与叉头框转录因子C1(forkhead box C1,FOXC1)的关系及其在恶性黑素瘤中的表达和作用机制。方法通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测mi R-508-3p和FOXC1在HEM正常黑素细胞及A375恶性黑素瘤细胞中的表达;将体外培养的A375细胞分为mimics NC组、mi R-508-3p mimics组、inhibitor NC组和mi R-508-3p inhibitor组,RT-qPCR检测其沉默效果及对FOXC1 mRNA水平的影响;免疫印迹法(Western blot)分别检测FOXC1蛋白的表达量;MTT法检测A375细胞的增殖能力;Transwell实验检测转染后A375细胞侵袭及迁移能力的变化;荧光素酶报告基因技术检测FOXC1是否为mi R-508-3p的直接靶基因。结果与人正常黑素细胞相比,A375细胞中mi R-508-3p表达明显降低,而FOXC1表达明显升高;与inhibitor NC组相比,转染mi R-508-3p inhibitors的A375细胞中mi R-508-3p的表达明显下调,FOXC1 mRNA和蛋白表达、细胞的增殖、侵袭及迁移能力明显升高;与mimics NC组相比,转染mi R-508-3p mimics的A375细胞中mi R-508-3p的表达明显升高,FOXC1 mRNA和蛋白表达、细胞的增殖、侵袭及迁移能力明显降低;mi R-508-3p mimics可降低野生型FOXC1 3’-UTR的荧光素酶报告基因相对活性。结论 mi R-508-3p通过负向调控FOXC1抑制恶性黑素瘤的增殖、迁移和侵袭。

转录因子DREB1A基因的克隆及植物表达载体的构建

研究转录因子DREB1A在植物抗渗透胁迫反应中的作用。根据GenBank中登录的DREB1A基因的序列设计引物,用PCR方法从拟南芥中克隆DREB1A基因,利用基因重组技术成功构建了植物表达载体pCAMB1A1300-DREB1A。该结果为进一步利用DREB1A基因做遗传转化研究奠定了基础。

拟南芥DREB 1A转录因子的原核表达和多克隆抗体制备

采用PCR技术,从质粒pCAMBIA 1301/DREB 1A中扩增拟南芥DREB 1A转录因子的编码序列,并将其插入原核表达载体pGEX-4T-1中诱导表达,获得分子量约50.4 kDa的融合蛋白,经融合蛋白纯化酶切后免疫家兔获得DREB 1A转录因子特异性的多克隆抗体,经酶联免疫吸附测定表明,所制备的多克隆抗体的稀释倍数为25 600时,显色仍清晰可见。

DREB1C-GFP融合基因植物表达载体的构建

为了便于转基因植株的分子检测,利用重叠延伸PCR(gene splicing by overlap extension PCR,SOE PCR)方法克隆来自于水母的绿色荧光蛋白基因(GFP)和来自于拟南芥的目的基因DREB1C转录因子,并对其进行改造获得融合基因。通过酶切和连接,将融合基因构建到表达载体pCAMBIA1301上,获得了具有DERB1C和GFP基因的重组表达载体pDR1-GFP,酶切和测序结果表明,该融合基因与设计相符。

甜菊耐寒相关基因SrDREB1As的克隆与转录因子特性分析

AP2/ERF转录因子家族中DREB亚族的A-1亚组基因对植物耐寒性具有显著的调控作用。本研究通过同源克隆的方法在甜菊中获得2个A-1亚组基因,分别命名为SrDREB1A1和SrDREB1A2(NCBI基因登录号分别为MK163640和MK163641)。SrDREB1A1 ORF全长660 bp,编码219个氨基酸残基,预测的蛋白分子量为24.58 kDa,等电点为5.42。SrDREB1A2 ORF全长630 bp,编码209个氨基酸残基,预测的蛋白分子量和等电点分别为23.21 kDa和5.41。进化树分析发现,SrDREB1A1和SrDREB1A2分别与紫茎泽兰的AaCBF及菊花的DgDREB1A亲缘关系最近,序列分析发现二者都具有一个典型的AP2结构域。进一步对蛋白功能研究发现,SrDREB1A1和SrDREB1A2都定位在细胞核并且具有转录激活活性。本研究将通过转基因手段为提高甜菊的耐寒性提供重要的基因资源。

胃癌组织中转录因子叉盒蛋白C1表达与肿瘤临床生物学行为及预后的关系

目的探讨胃癌组织中转录因子叉盒蛋白C1(FOXC1)表达与肿瘤临床生物学行为及预后的关系,并对FOXC1与干细胞标志物CD44和醛脱氢酶1(ALDH1)的关系进行分析。方法采用免疫组织化学法检测FOXC1、CD44、ALDH1在胃癌及癌旁中的表达,整理患者的临床病理资料并进行随访。结果 FOXC1、CD44及ALDH1在胃癌组织中的阳性表达率高于癌旁组织(P<0.05)。FOXC1与患者淋巴结转移、TNM分期有相关性(P<0.05)。FOXC1阳性表达患者总体生存率为7.69%,明显低于FOXC1阴性表达患者(56.25%)。Cox比例风险回归分析显示,FOXC1阳性表达是胃癌患者预后的独立危险因素(P<0.05)。FOXC1与CD44呈正相关(P<0.05)。结论 FOXC1与胃癌的侵袭转移有关,FOXC1阳性表达是胃癌预后不良的标志。