甘蓝型油菜BnaSVB基因的克隆及DUF538基因家族的鉴定

为了研究甘蓝型油菜(Brassica napus L.)中SVB基因的功能以及甘蓝型油菜DUF538基因家族的特性,本研究在甘蓝型油菜耐盐品系862中克隆了Bna SVB基因的CDS序列,并首次在甘蓝型油菜全基因组中鉴定出DUF538基因家族。生物信息学分析结果显示,BnaSVB基因CDS序列长468 bp,编码155个氨基酸,含有一个未知功能的DUF538结构域;BnaSVB基因和SVB基因编码蛋白理化性质相似,均属于亲水性蛋白,磷酸化位点较高,无跨膜区域;它们的一级、二级结构相似,三级结构存在显著差异,又存在10处氨基酸的差异位点,其中还包含两处氨基酸位点的缺失,这可能会造成它们基因功能的不同。本研究利用Hmmer3.1和blastp首次在甘蓝型油菜全基因组中鉴定并筛选出了78个DUF538基因家族成员,将其分为三个亚族,并对其家族成员基因结构、蛋白理化性质、染色体定位、motif、系统进化做了初步分析,以期为该基因的进一步研究打下基础。