用荧光标记MVR-PCR方法研究中国汉族人群DYF155S1基因座多态性

建立简便、实用的DYF15 5S1基因座基因分型的银染和荧光标记半自动分析方法 ,对中国汉族 15 5个无关男性个体血样本DNA进行分型 ,两种方法分型结果一致。 15 5人共检出 66种等位基因 ,有 3 8个等位基因仅出现 1次。根据图谱中第一条DNA片段及DNA条带数从小至大命名 ,频率最高的为 18和 2 2号等位基因 ,其第一条DNA片段大小为 180bp ,DNA条带数为连续的 16和 17个 ,频率均为 0 0 65。这一位点的基因多样性 (h)为 0 9789。 15 5人中有 2 5人表现为连续DNA谱带中有 1个或 2个DNA条带的丢失 (nullrepeat) ,序列分析证明丢失的DNA条带位置对应于 3型核心序列。结果表明 ,本文建立的分析方法能很好地揭示DYF15 5S1基因座 5′端多态性 ,是目前仅作1次PCR能获得个体Y染色体多态信息较高的技术。用本方法建立的中国汉族人群DYF15 5S1基因座等位基因频率资料 ,为群体遗传学研究及法医学应用提供了基础资料。

DYF155S1基因座的法医学应用研究

目的探讨Y染色体小卫星DYF155S1基因座在法医学中的应用价值。方法采用荧光MVR-PCR和Amp-FLP技术。结果同一个体不同组织所获得的分型结果一致;本方法能作出正确分型的最低基因组DNA量为0.3 ng;在女性成份为男性成份100倍的混合DNA样本(总DNA量多少为110 ng)中能正确检出DYF155S1基因型;调查130个父系家庭的男性成员样品(减数分裂336次),总共发现DYF155S1基因座有3次突变,突变率为0.9%。对强奸案混合斑的分析,可直接检出DYF155S1基因型。但是,本方法只能区分哺乳类雄性动物与非哺乳类动物。结论采用荧光MVR-PCR和Amp-FLP方法分析Y染色体小卫星DYF155S1基因座,方法可靠,灵敏度高,对混合斑和微量检材中男性DNA的分析具有较高的应用价值。

中国藏族与维吾尔族Y染色体DYF155S1基因座的遗传多态性与民族差别

目的 :探讨Y染色体DYF15 5S1基因座的遗传多态性及民族间差异。方法 :应用小卫星可变重复序列PCR荧光显谱及DNA序列测定技术 ,对 12 2例中国藏族和维吾尔族男性个体的DYF15 5S1基因座的多态性进行检测。结果 :共检出 5种重复序列类型 ,包括 1型、3型、4型与新的 7型和未知型 ,7型是在 3型的基础上T2 2A置换所形成 ,在 72例藏族群体中发现 18例 ,维吾尔族群体中未检出 ,可作为民族特征性遗传标记。重复序列的排列方式以 3 13 4顺序多见 ,在藏族和维吾尔族群体中各占 61.1%和 48.0 % ,是黄种人的特点。 13 4顺序在维吾尔族群体中占第二位 ,为 3 2 .0 % ,3′端的 4型重复序列的平均数目在维吾尔族群体为 18.0条 ,明显高于藏族群体的 13 .3条 ,显示出维吾尔族群体有接近白种人的特点 ,同时存在黄种人与白种人混杂的痕迹。藏族群体的 2 5 .0 %为73 13 4排列。结论 :DYF15 5S1基因座具有非常高的遗传多态性和明显的民族差异 。

云南白族人群Y染色体DYF155S1基因座多态性研究

揭示云南白族 136例无关男性个体Y染色体小卫星DYF15 5S1基因座多态性。用已建立的Amp FLP和MVR PCR方法分析DYF15 5S1基因座长度多态性、5′端多态性、3′端多态性。DYF15 5S1基因座具有高度多态性 ,基因多样性 (h)达 0 9996。研究表明将Amp FLP和荧光MVR PCR结合起来更能充分揭示DYF15 5S1基因座多态性 ,可为遗传学、人类学及法医学的研究提供有效的工具和基础资料。

中国维吾尔族人群MSY1(DYF155S1)基因座多态性及其结构特点

应用荧光标记MVR PCR、Amp FLP与DNA序列分析技术等检测106例中国维吾尔族人群无关男性个体血纱样品,揭示了中国维吾尔族人群Y特异的小卫星MSY1(DYF155S1)基因座5′和3′端多态性及其基因结构特点。DYF155S1基因座的多态性表现为3个方面:(1)长度多态性;(2)5′端多态性;(3)3′端多态性。106例无关个体共检出37个不同长度的片段,5′端检出68个类型,3′端检出23个类型。综合这3方面多态性,106例个体间没有相同,其基因多样性(h)超过0.9999。DNA序列分析发现该基因座5′端表现有7种模块结构,3′端有2种模块结构。DYF155S2片段缺失率约为4.7%。MVR PCR、Amp FLP与DNA序列分析技术结合起来可以更充分地揭示人群Y染色体特异的小卫星MSY1(DYF155S1)基因座多态性,并提出命名方式,从而为人类遗传学及法医学研究提供了有用的方法和基础资料。

中国汉族与日本群体DYFl55S1基因座的遗传多态性

目的探讨Y染色体DYF155S1基因座的遗传多态性及群体间差异。方法 应用MVR-PCR、荧光显谱及DNA序列分析技术,对来自中国群体(北方汉族,64例)和日本群体(43例)男性个体的DYF155S1基因座进行初步分析。结果107例样本共检出了5种重复序列类型,包括新的命名为6型的重复序列,它是在1型的基础上T22A置换所形成,仅存在于日本群体,可作为民族特征性遗传标记。2群体重复序列的排列方式以3134顺序为主,在中国和日本群体中各占73.44％和67.44％,是黄种人的特点。134顺序在中国群体中占第二位,为17.19％,6134排列占日本群体的16.28％。3’端的4型重复序列的平均数目在日本群体为8.8条,明显低于中国群体的12.5条。结论DYF155S1基因座具有非常高的遗传多态性和明显的群体差异。

多拷贝基因座DYF399S1在河南汉族群体中的遗传多态性分析

目的:研究Y染色体上1个新的多拷贝短串联重复序列基因座DYF399S1在河南汉族群体中的遗传多态性。方法:采集248名河南汉族无关男性个体的血标本,提取基因组DNA,PCR法扩增,用中性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物并测序,采用ABI 3130基因自动分析仪和Gene Mapper ID v3.5软件分析结果。结果:DYF399S1基因座为3拷贝,在河南汉族群体继续表现为(GAAA)3N7(GAAA)12-22其模块结构包括1个重复数目变异的核心序列和1个固定的重复序列结构。按其变异模块命名等位基因,共发现11个等位基因。在248名河南汉族无关男性个体中,3个拷贝组成的单体型有94种,其中出现最多的单体型是18/18/18,频率是0.080 6,仅出现1次的单体型有49种,频率是0.004 0;单体型辨别能力(DC)是0.372 5,单体型多样性(HD)和个体识别力(DP)分别为0.865 5和0.862 1。结论:DYF399S1基因座具有高度的多态性,适用于法医学实践和人类进化的研究。

中国汉族人群DYF155S1位点等位基因结构研究

[目的]为建立一种简便、实用的 DYF155S1位点多态性分析技术提供依据。[方法]采用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)方法,调查中国汉族人群155个无关男性个体DYF155S1位点长度的变异情况。PCR扩增产物用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染显示条带。用循环测序法对该位点的10个等位基因进行正向和反向序列分析。[结果]以基因组 DNA为模板,用一对引物可同时扩增出 DYF155S1和DYF155S2 2个位点的等位基因。DYF155S1位点表现出有长度多态性,这些等位基因约 1500～2 500 bp。DYF155S2位点表现出有或缺失的二态现象,缺失率约为7.1％。发现有4种变异的核心序列,其中3种与文献报道一致,被命名为1型、3型和4型,另一种为新发现的变异核心序列,暂命名为7型。10个等位基因具有相同的模块结构,在5’端表现为3型-1型-3型排列,在3’端则表现为 4型-3型排列。[结论]中国汉族人群DYF155S1位点 5’端序列较3’端的多态性高。

STR基因座D1S518、D4S2639、D15S817汉族人群遗传多态性调查

目的分析武汉地区汉族人群D1S518、D4S2639、D15S8173个短串联重复序列(STR)基因座遗传多态性,探讨其在法医学检验中的应用价值。方法应用PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离及银染显带等技术,对各样品进行3个STR基因座分型,调查武汉地区汉族人群3个STR基因座遗传多态性基因频率分布。结果D1S518基因座观察到8个等位基因,24个基因型;D4S2639基因座观察到9个等位基因,32个基因型;D15S817基因座观察到7个等位基因,18个基因型,3个STR基因座的杂合度分别为0.7547、0.8165、0.7602;多态性信息含量分别为0.7290、0.7568、0.7222。结论D1S518、D4S2639、D15S8173个STR基因座基因频率分布与Hardy-Weinberg平衡吻合良好,在武汉地区汉族人群中呈现较高的遗传多态性,属于高信息度遗传标记。

D1S549基因座分型标准物的克隆制备方法及其群体遗传学研究

目的 采用分子克隆技术建立制备大量优质标准 STR基因座等位基因分型标准物的方法，解决长期困扰 STR分型上存在的准确性和标准化问题。方法 先用 PCR扩增出 D1S549基因座的 8个等位基因片段，将其插入 pUC重组质粒中，经 DNA测序分析证实插入片段的结构及大小，用国际标准将插入的等位基因片段进行命名，最后经转染、扩大培养，扩增及再鉴定后制备出标准的 D1S549等位基因分型标准物。结果应用此分型标准物，调查了成都地区汉族 ,甘肃回族及新疆维族群体 D1S549基因座的基因型分布频率。结论 表明该法制备的 STR基因座等位基因分型标准物适用于法医学鉴定实践， D1S549基因座是一个适合我国群体分析和法医学遗传分析的遗传标记。

FAM羧基荧光素修饰引物检测D1S80基因座遗传多态性

目的建立用FAM羧基荧光素修饰引物检测DIS80基因座的方法。方法采用5-FAM修饰引物,通过PCR扩增,DNA全自动遗传分析仪进行片段长度分析,检测129名黑龙江汉族无关个体DIS80基因座遗传多态性。结果在所调查的129名黑龙江汉族无关个体样本中,DIS80基因座有21个等位基因,56个基因型,基因频率在0.0039-0.1667之间。杂合度(H)为0.9097,个人识别机率(PD)为0.9691,非父排除概率(PE)为0.8113,多态性信息总量(PIC)为0.8988。群体内基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论FAM羧基荧光素修饰引物检测DIS80基因座的方法,简便、灵敏、稳定性好,DIS80基因座用于个体识别及亲权鉴定具有很高的实用价值。

广东汉族人群D22S1045、D1S1656、D2S441和D10S1248基因座的遗传多态性分析

目的调查广东汉族人群D22S1045、D1S1656、D2S441和D10S1248等4个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性。方法采用德国Qiagen公司的Hexaplex ESS试剂盒复合扩增169个广东汉族个体的4个STR基因座。扩增产物经美国ABI公司的3100遗传分析仪电泳分析其基因型,在各基因座均符合Hardy-Weinberg平衡的基础上计算其遗传学参数:基因频率、杂合度(H)、多态信息含量(P1C)、个体识别能力(PD)和非父排除率(PE)。结果169名无关个体4个STR基因座中共检出40个等位基因,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P】0.05),

应用MVR-PCR和银染法分析河北汉族人群D1S8基因座DNA结构多态性

研究D1S8基因座重复序列内部的变异，并进行数字编码。应用MVR－PCR和聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳银染法对240名河北汉人无关个体进行检测。结果每个个体得到约30个数字编码，未发现任何两无关个体所有编码相同，30个编码完全相同的概率为3．55×10－11。3种重复单位a-型、t-型、o-型出现的频率分别为54.77％、42．54％、2．69％。为小卫星变异重复序列的研究及其在法医实践中的应用提供了一种新方法。

广东省瑶族人群15个STR基因座的多态性调查

目的调查广东省瑶族人群无关个体 15个STR基因座 (D3S135 8、TH0 1、D2 1S11、D18S5 1、PentaE、D5S818、D13S317、D7S82 0、D16S5 39、CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、FGA)的多态性 ,研究其在法医学检验中的应用价值。方法应用PowerplexTM16荧光标记复合扩增系统对 2 2 2例广东省瑶族无关个体血样DNA进行 15个STR基因座的复合扩增 ,用ABI 310 0遗传分析仪对扩增产物进行检测 ,用GeneScan、GenoTyper软件进行基因分型 ,统计计算 15个STR基因座的群体遗传学参数。结果PowerplexTM16荧光标记系统的 15个STR基因座在广东省瑶族人群的累积偶合率为 7 5 8× 10 - 17,三联体累积非父排除率为 0 999998,二联体累积非父排除率为 0 9996 6。结论本研究 15个STR基因座可满足广东省瑶族人群法医学的个体识别及亲权鉴定的需要。

国内首次发现及确认D1S1656基因座等位基因7鉴定1例

1案例1.1简要案情因申报北京户口,母亲王某与孩子需进行亲子鉴定。采集二人指尖血备检。1.2 DNA提取用DNA IQ^(TM)试剂盒(美国Promega公司)在工作站(美国Beckman公司NX)上提取上述两人血样DNA。1.3常规检验采用PowerPlex^(■)21 System(美国Promega公司)进行PCR复合扩增,PCR反应体系和循环参数按说明书要求。使用3130XL型遗传分析仪(美国AB公司)电泳分离扩增产物。GeneMapper ID v3.2软件进行基因座分型。

连续3步缺口修复技术构建牛αS1酪蛋白-人溶菌酶杂合基因座

目的:构建一个牛αS1酪蛋白调控序列指导人溶菌酶(hLYZ)基因组序列的杂合基因座。方法:采用本实验室发明的连续3步缺口修复技术。将6个无痕连接的同源臂插入以pBR322为载体的骨架中,构成能进行3次连续基因抓捕的载体,利用Red同源重组系统介导的缺口修复技术,分别抓捕牛αS1酪蛋白3'端调控序列(9 kb)、hLYZ基因座序列(5 kb)、牛αS1酪蛋白5'端调控序列(20 kb),使这3个基因片段自动无痕地连接在基因抓捕载体上,形成牛αS1酪蛋白-hLYZ杂合基因座。结果:实验经过PCR扩增、限制性内切酶酶切验证和序列测定,验证了hLYZ的基因组序列对牛αS1酪蛋白编码基因组序列的精确置换。结论:这种修复技术为乳腺生物反应器高效表达大载体的制备提供了可行的思路及方法。

连续3步基因抓捕构建牛αS1酪蛋白-人tPA杂合基因座

目的:构建一个利用牛αS1酪蛋白基因座完整的上下游调控序列指导人组织型纤溶酶原激活剂(tPA)基因组序列在乳腺特异性高效表达的牛αS1酪蛋白-人tPA杂合基因座。方法:采用连续3步基因抓捕的方法。首先,以pBR322载体作为骨架,插入预先无痕连接在一起的6个同源臂,构成能连续进行3次基因抓捕的抓捕载体;然后,在大肠杆菌内利用Red同源重组系统介导的缺口修复技术,第一步从含牛αS1酪蛋白基因座的细菌人工染色体(BAC)上亚克隆9 kb的牛αS1酪蛋白基因3'端侧翼序列到抓捕载体上,第二步从人tPA BAC上亚克隆17 kb的从起始密码子(ATG)到终止密码子(TGA)的人tPA基因组序列,第三步从牛αS1酪蛋白BAC上亚克隆20 kb的牛αS1酪蛋白基因5'端完整侧翼序列,并使这3个基因片段在抓捕载体上自动无痕地连接在一起,形成一个长约46kb的牛αS1酪蛋白-人tPA杂合基因座。结果:经过PCR扩增、限制性内切酶消化和序列测定验证,构建的杂合基因座中,原牛αS1酪蛋白基因组编码序列从起始密码子到终止密码子被人tPA基因组序列精确置换。结论:连续三步基因抓捕构建杂合基因座乳腺表达载体的技术,为乳腺生物反应器高效表达大载体的制备提供了探索性研究。