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MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序 被引量:1
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作者 曹英豪 彭公信 《生物信息学》 2020年第3期169-175,共7页
位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序... 位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序列数据库以及基因注释信息,转换基因编码区坐标为基因组坐标,并调用Primer3的python程序包接口,可批量自动化完成基因突变位点的引物及探针序列设计。MutPrimerDesign使用简便,可识别多种数据库的基因名称,并能够修改引物常规参数,实现引物的快速调整。 展开更多
关键词 引物设计 突变 生物信息学分析
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A Survey on the Methods of Primer Design Among Plant Pathologists in Australia and New Zealand
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作者 Francisco M. Ochoa Corona1 Brendan Rodoni Joe Tang 《Journal of Life Sciences》 2012年第5期476-480,共5页
Designing primers for PCR-based diagnostics was achieved by executing sight searches on DNA sequences. Visual searching for specific DNA targets is time consuming, subjective and requires optimisation among numerous c... Designing primers for PCR-based diagnostics was achieved by executing sight searches on DNA sequences. Visual searching for specific DNA targets is time consuming, subjective and requires optimisation among numerous candidate primer sets. Several primer design software have been linked to useful bioinformatic packages to speed the development of PCR assays. Despite the software options available, primer design has remained a challenging aspect of incursion responses, biosecurity emergencies and microbial forensic applications. Two surveys were conducted among 45 plant virologists and 21 other plant pathologists during the 7th Australasian Plant Virology Workshop and the 16th Biennial Australasian Plant Pathology Conference in 2006 and 2007, respectively. Results show that most primer design learning occurs scientist to scientist rather than during academic teaching. This tendency matches with 16% of scientists users of PCR, who do not engage in primer design and 25% designing primers only by visual means, combining a pool of 41% who if trained, would likely enhance their performance in primer design. Only 13 out of 58 scientists ranked themselves as experts. Implementing primer design in study programs and regional training will benefit plant pathology and entomology, and the responsiveness and performance of biosecurity and microbial forensics in the South Pacific. 展开更多
关键词 primer design PCR education training BIOSECURITY microbial forensics plant pathology.
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利用MPprimer设计引物并优化扩增条件以提高多重PCR效率的实验研究 被引量:27
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作者 王稳 屈武斌 +3 位作者 申志勇 任长虹 刘虎岐 张成岗 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第3期342-346,共5页
多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来... 多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来优化多重PCR实验.结果表明,MPprimer程序能够设计出理想的多重PCR引物,并且通过对退火温度及延伸时间进行优化,可显著提高多重PCR实验效率,对于提高基因表达的规模化检测能力具有积极的促进作用. 展开更多
关键词 PCR 多重PCR 引物设计 MPprimer
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利用软件Primer Premier 5.0进行PCR引物设计的研究 被引量:49
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作者 任亮 朱宝芹 +4 位作者 张轶博 王海燕 李尘远 苏玉虹 巴彩凤 《锦州医学院学报》 2004年第6期43-46,共4页
目的 运用PrimerPremier 5 0软件设计PCR引物 ,并且检验所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法 运用PrimerPremier 5 0软件设计 16对猪和犬的PCR扩增引物 ,通过PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳检测实验结果。结果 在所设计的 16对引... 目的 运用PrimerPremier 5 0软件设计PCR引物 ,并且检验所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法 运用PrimerPremier 5 0软件设计 16对猪和犬的PCR扩增引物 ,通过PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳检测实验结果。结果 在所设计的 16对引物中有 8对PCR扩增特异性好且效率高 ,成功率 5 0 %。但是 ,其中早期设计引物 12对只有 4对成功 ,后期设计引物 4对全部成功。结论 从引物设计的过程中可以看到一种趋势 -后期引物设计的成功率远远高于早期。这表明我们在引物设计方面正在逐步成熟 。 展开更多
关键词 PCR引物设计 软件primer Premier 5.0 PCR
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利用Primer Premier 5.0进行引物设计 被引量:29
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作者 翟中会 陈希南 王娟 《西北医学教育》 2008年第4期695-698,共4页
目前,PCR引物设计大都通过计算机软件进行。本文详细的介绍了怎样利用“Primer Premier5.0”软件进行PCR引物设计。
关键词 引物 软件 设计
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基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用
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作者 熊亚俊 陈伊洁 +1 位作者 邹娟 张帆 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1130-1138,共9页
引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信... 引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载(https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git)。 展开更多
关键词 本地BLAST 高通量 引物设计 R语言
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适于多物种的通用尾巴序列设计及通用体系的建立
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作者 孙擘 王蕊 +3 位作者 霍永学 葛建镕 匡猛 王凤格 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期94-102,共9页
【目的】荧光毛细管电泳由于其检测通量高、分辨率高等优点,被广泛应用于个体鉴定、品种鉴定、物种鉴定等多种应用场景中。尾巴序列为荧光毛细管电泳平台的广泛应用提供了高效的解决方案。为解决已有尾巴序列无法满足多物种使用需求,本... 【目的】荧光毛细管电泳由于其检测通量高、分辨率高等优点,被广泛应用于个体鉴定、品种鉴定、物种鉴定等多种应用场景中。尾巴序列为荧光毛细管电泳平台的广泛应用提供了高效的解决方案。为解决已有尾巴序列无法满足多物种使用需求,本研究基于编码转译技术开发高效的通用尾巴序列(universal tailed-sequence,UTS)设计工具。基于此工具设计通用尾巴序列,构建适合多作物的通用型PCR体系和程序,提高荧光电泳通量和灵活性。【方法】基于编码转译技术开发高效的通用尾巴序列设计工具,并对3755个常用汉字进行编码转译,并设置序列GC含量、发卡结构及同源引物二聚体退火温度等筛选条件得到符合条件的UTS。使用BLAST工具对通用尾巴序列设计工具生成的UTS在多种生物基因组上进行同源性评估,并在玉米、番茄、辣椒、西瓜等作物上进行实验评估,构建物种通用型实验体系及程序。【结果】通过设计工具编码转译并筛选共得到7436833个高质量的候选UTS,占所有字组的52.74%。挑选6个UTS在20个作物基因组上的BLAST结果显示其与M13相比具有更好的特异性。通过对通用引物扩增程序进行优化,使通用引物在多个物种上的扩增成功率达到或超过95%,并具有较强的稳定性。【结论】利用编码转译技术开发通用尾巴序列,并为其搭配物种通用型扩增体系和程序,提供一种通量高、成本低的荧光电泳通用检测方法。 展开更多
关键词 PCR 荧光电泳 通用引物 引物设计
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基于香菇交配型位点保守区重测序设计引物鉴定单核菌丝交配型的研究
8
作者 简文成 邢鑫 +3 位作者 王琪 全建钰 王立安 葛荣朝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期87-93,共7页
香菇单核菌丝的杂交受到A和B等2种交配型因子的影响。基于全基因组测序可以对香菇单核菌丝进行交配型鉴定,但存在技术复杂和成本较高的局限。为实现对香菇单核菌丝未知交配型基因的快捷鉴定,以香菇H31和BJ4菌株为材料,采用对交配型位点... 香菇单核菌丝的杂交受到A和B等2种交配型因子的影响。基于全基因组测序可以对香菇单核菌丝进行交配型鉴定,但存在技术复杂和成本较高的局限。为实现对香菇单核菌丝未知交配型基因的快捷鉴定,以香菇H31和BJ4菌株为材料,采用对交配型位点区域的特异性扩增和重测序的方法,确定了可用于未知交配型基因鉴定的PCR扩增引物。利用菌丝杂交结果确定能够杂交的2种单核菌丝,将其交配型分别记为A1B1和A2B2。根据NCBI获得的A和B交配型位点基因序列的比对分析,在其保守区设计引物,对A1B1和A2B2单核菌丝进行PCR扩增。通过对扩增产物的重测序信息进行比对,获得A1和A2、B1和B2不同交配型基因序列中的非保守区,然后在此区域设计4种交配型基因特异性扩增引物,实现对H31和BJ4香菇单核菌丝交配型基因的鉴定。根据分子水平的交配型鉴定结果,对H31和BJ4香菇单核菌丝分别进行杂交验证。结果表明,交配型基因的分子鉴定结果与单核菌丝杂交结果一致。以香菇为试验材料确立的交配型基因鉴定方法不再依赖于全基因组测序,该方法同样适用于其他食用菌交配型基因的鉴定,因此,研究结果对食用菌的遗传育种具有广泛的应用价值。 展开更多
关键词 香菇 杂交育种 交配型鉴定 单核菌丝 引物设计
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嗜虫耶尔森氏菌CSLH88的毒理学试验
9
作者 王浩然 柯思恺 +3 位作者 许璐瑶 李紫博 张飞萍 吴松青 《中国森林病虫》 北大核心 2024年第5期33-39,共7页
为探究嗜虫耶尔森氏菌Yersinia entomophaga CSLH88对哺乳动物的毒害作用,选择无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级7周龄ICR小鼠评估急性经口毒性和急性经口致病性,设计特异性引物检测小鼠体内嗜虫耶尔森菌残留情况,评估其是否... 为探究嗜虫耶尔森氏菌Yersinia entomophaga CSLH88对哺乳动物的毒害作用,选择无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级7周龄ICR小鼠评估急性经口毒性和急性经口致病性,设计特异性引物检测小鼠体内嗜虫耶尔森菌残留情况,评估其是否可作为携带毒素防治松墨天牛Monochamus alternatus的载体菌株。结果表明:该菌对小鼠的半致死剂量(LD_(50))大于5000 mg/kg,筛选得到特异性引物,检测发现小鼠组织及血液、粪便中残留CSLH88,但未出现病变,且在21 d后可以完全清除;小鼠在试验期间未出现异常现象。嗜虫耶尔森氏菌对小鼠无毒性和致病性,可作为防治松墨天牛的潜在工程菌株。 展开更多
关键词 松墨天牛 嗜虫耶尔森氏菌 毒性 致病性 特异性引物设计
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山豆根ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选
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作者 李金梅 关妙娟 +3 位作者 黄鼎 明如宏 李良波 谭勇 《安徽农业科学》 CAS 2024年第18期78-82,共5页
以山豆根为试验材料,采用正交试验考察DNA、引物、Mg^(2+)、dNTPs、Taq酶5个因素对ISSR-PCR反应体系的影响,建立并优化山豆根ISSR-PCR反应体系条件。结果表明:山豆根ISSR-PCR反应体系(20μL)最优条件为Mg^(2+)浓度3 mmol/L,dNTPs 0.2 mm... 以山豆根为试验材料,采用正交试验考察DNA、引物、Mg^(2+)、dNTPs、Taq酶5个因素对ISSR-PCR反应体系的影响,建立并优化山豆根ISSR-PCR反应体系条件。结果表明:山豆根ISSR-PCR反应体系(20μL)最优条件为Mg^(2+)浓度3 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq酶1 U,引物0.5μmol/L,模板DNA 100 ng,运用该体系从100条UBC引物中筛选到10条清晰、多态性好的引物。采用正交试验设计可有效建立山豆根ISSR-PCR反应的最优体系,为山豆根的亲缘关系,种质资源遗传多样性评价及品种鉴定和系统分类等研究提供科学依据。 展开更多
关键词 山豆根 ISSR-PCR体系优化 正交试验 引物筛选
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可编程引信杀爆弹长管电底火设计
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作者 杨青山 闫鹏飞 +3 位作者 李泽亨 卫夏 李宝明 王晓庆 《兵工自动化》 北大核心 2024年第7期1-4,10,共5页
为提升坦克炮杀爆弹的作战能力,设计用于可编程引信杀爆弹的长管电底火。针对抗静电性能、通电安全性、击发可靠性等性能指标,进行结构设计,解决电底火漏烟密闭性、环电极的强度、发火件桥丝焊接质量及发火可靠性等问题。结果表明:该方... 为提升坦克炮杀爆弹的作战能力,设计用于可编程引信杀爆弹的长管电底火。针对抗静电性能、通电安全性、击发可靠性等性能指标,进行结构设计,解决电底火漏烟密闭性、环电极的强度、发火件桥丝焊接质量及发火可靠性等问题。结果表明:该方案能保证长管电底火对杀爆弹装定击发电压的有效执行,满足火炮发射指令的要求。 展开更多
关键词 长管电底火 结构设计 发火可靠性 发射指令
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革胡子鲇生长激素基因表达定量PCR分析的引物设计与评估
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作者 蓝一 何净慧 +1 位作者 王晓梅 王茜 《河北渔业》 2024年第5期6-10,36,共6页
以革胡子鲇(Clarias gariepinus)为试验对象,对其生长激素(GH)基因进行荧光定量PCR(qPCR)的引物设计与评估。将合成的5对引物通过常规PCR电泳结果选择出符合条件的GHF-GHR引物,并进行qPCR引物的评估。结果显示:扩增GH基因片段的引物GHF-... 以革胡子鲇(Clarias gariepinus)为试验对象,对其生长激素(GH)基因进行荧光定量PCR(qPCR)的引物设计与评估。将合成的5对引物通过常规PCR电泳结果选择出符合条件的GHF-GHR引物,并进行qPCR引物的评估。结果显示:扩增GH基因片段的引物GHF-GHR扩增时熔解曲线为单一峰,说明引物具有良好的特异性;通过标准曲线得出GHF-GHR引物的扩增效率为93.3%,标准曲线的R2值为0.982,说明引物的扩增效率良好。上述结果说明GHF-GHR引物能用于待检样本的GH基因表达的qPCR分析。 展开更多
关键词 革胡子鲇(Clarias gariepinus) 生长激素基因 引物设计 荧光定量PCR 评估
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鸡血藤ISSR体系优化及引物筛选
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作者 李金梅 王一婷 +4 位作者 潘丽梅 黄晓东 谭勇 汝梅 刘雯 《湖北农业科学》 2024年第1期206-211,共6页
以鸡血藤的入药部位藤茎为试验材料,采用改良CTAB法进行DNA提取,利用正交试验和单因素试验对ISSR-PCR反应体系进行优化和构建。结果表明,鸡血藤最佳ISSR-PCR反应体系为DNA模板60 ng,Taq酶2.00 U,Mg2+浓度1.75 mmol/L,dNTP浓度0.25 mmol... 以鸡血藤的入药部位藤茎为试验材料,采用改良CTAB法进行DNA提取,利用正交试验和单因素试验对ISSR-PCR反应体系进行优化和构建。结果表明,鸡血藤最佳ISSR-PCR反应体系为DNA模板60 ng,Taq酶2.00 U,Mg2+浓度1.75 mmol/L,dNTP浓度0.25 mmol/L,引物浓度0.20 μmol/L,最佳退火温度44.6℃。从100条ISSR引物筛选出20条适合鸡血藤的ISSR引物。 展开更多
关键词 鸡血藤 ISSR 分子标记 引物筛选 正交设计 体系优化
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薄壳山核桃SSR-PCR体系优化及引物筛选
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作者 罗晓蕾 黄丹 +4 位作者 彭兵阳 王磊彬 毕慧慧 何的明 吕佳斌 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期138-147,共10页
【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,... 【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,以薄壳山核桃DNA作为模板,对影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系中的6个影响因素(DNA、Mg^(2+)、10×PCR Buffer、引物、Taq酶、dNTPs)进行单因素试验,根据单因素试验的结果确定各影响因素的适宜用量范围,再据此设计正交试验。【结果】根据正交试验扩增结果,确立薄壳山核桃的最佳反应体系(10μL)为:Taq酶0.15 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,dNTPs 0.1 mmol/L,引物1.0μmol/L,50 ng模板DNA 1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,ddH_(2)O5.8μL。5个因素影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系的扩增效果,其影响程度大小依次为Taq酶>引物=DNA>Mg^(2+)>dNTPs。以8种薄壳山核桃DNA为模板,4对薄壳山核桃引物对优化后的薄壳山核桃SSR-PCR反应体系进行验证,均扩增出明亮清晰的条带,证明优化后的反应体系稳定可靠。利用优化后的反应体系在283对核桃及山核桃引物中筛选出高多态性薄壳山核桃引物12对,其多态性位点信息数均高于0.5。【结论】优化后的反应体系及筛选出的12对薄壳山核桃引物可直接用于后续的SSR分子标记试验,为薄壳山核桃亲缘关系鉴定、交配系统分析等研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 薄壳山核桃 SSR-PCR反应体系 引物筛选 单因素试验 正交设计试验
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牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选 被引量:44
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作者 侯小改 王娟 +3 位作者 贾甜 张钰乾 侯娟 李嘉珏 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第5期92-96,共5页
以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+2.50 mmo... 以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+2.50 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.60μmol/L、Taq DNA聚合酶0.50 U、模板DNA 1.00 ng/μL,1×PCR-Buffer,总体积20.00μL。比较各因素对扩增反应的结果,其中以Mg2+浓度的影响最大,DNA模板用量的影响最小。运用牡丹17个品种验证了该体系稳定可靠,并从36个SCoT引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的24个引物。这一体系的建立及多态性引物的筛选为今后利用SCoT标记技术对牡丹进行相关研究提供了科学依据。 展开更多
关键词 牡丹 SCoT-PCR 反应体系 正交设计 引物筛选
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PCR技术在沙门氏菌快速检测中的应用 被引量:37
16
作者 刘华伟 郭蔼光 +1 位作者 马立农 邱立 《动物医学进展》 CSCD 2004年第6期55-58,共4页
PCR是一种体外核酸扩增技术 ,具有敏感性强、特异性高、快速、简便等优点 ,在医学、生物学等领域中得到了广泛应用。文章系统地阐述了PCR技术在沙门氏菌快速检测中的应用 ,并对引物基因设计、PCR扩增过程中的技术参数和常见疑难问题做... PCR是一种体外核酸扩增技术 ,具有敏感性强、特异性高、快速、简便等优点 ,在医学、生物学等领域中得到了广泛应用。文章系统地阐述了PCR技术在沙门氏菌快速检测中的应用 ,并对引物基因设计、PCR扩增过程中的技术参数和常见疑难问题做了归纳总结。同时简要介绍了PCR技术的研究进展 。 展开更多
关键词 PCR技术 沙门氏菌 检测技术 聚合酶链式反应
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苦荞SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:10
17
作者 王耀文 夏楠 +3 位作者 韩瑞霞 李艳琴 王安虎 蔡光泽 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2011年第4期4-8,共5页
为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(313)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选。结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+&#... 为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(313)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选。结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+×dNTP、Mg2+×Taq酶)对苦荞SSR-PCR均有极显著影响;最佳反应体系为:20μL总体积,Mg2+1 mmol/L,dNTP 0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA30 ng,引物0.25μmol/L,10×buffer 2μL。运用该体系对7份苦荞材料进行扩增,电泳结果显示,扩增条带清晰,重复性好。利用148对SSR引物对滇宁一号、九江苦荞、野苦荞进行扩增,选出具有多态性的引物26对,可用于苦荞遗传多样性分析及遗传图谱构建。 展开更多
关键词 苦荞 SSR-PCR 交互正交设计 引物筛选
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华扁穗草ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:13
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作者 包蕊 胡延萍 +2 位作者 王莉 旭荣花 李毅 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期46-52,共7页
利用正交试验设计方法,对影响华扁穗草ISSR-PCR反应中Mg2+、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物和DNA模板等5个因素进行优化筛选,以期建立最佳反应条件。同时,筛选扩增条带清晰稳定的ISSR引物,经退火温度试验得到各个引物的最佳退火温度。结果表... 利用正交试验设计方法,对影响华扁穗草ISSR-PCR反应中Mg2+、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物和DNA模板等5个因素进行优化筛选,以期建立最佳反应条件。同时,筛选扩增条带清晰稳定的ISSR引物,经退火温度试验得到各个引物的最佳退火温度。结果表明:华扁穗草20μl ISSR-PCR最佳反应体系包括1.80 mmol/L Mg2+、0.80U Taq DNA聚合酶、0.100mmol/L dNTP、0.6μmol/L引物和20ng DNA模板;筛选出扩增条带清晰稳定的10条引物。体系验证和引物筛选试验表明,其在华扁穗草不同个体中能够扩增出条带清晰、稳定性好的条带,可用于后续华扁穗草遗传多样性分析,为华扁穗草野生资源保护和优良牧草种质资源选育提供理论依据。 展开更多
关键词 华扁穗草 ISSR-PCR 反应体系 正交试验设计 引物筛选
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木薯SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:6
19
作者 严华兵 周慧文 +1 位作者 单建伟 谢向誉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1648-1652,共5页
【目的】优化木薯SCoT-PCR反应体系并进行SCoT引物筛选,为木薯辅助育种提供技术支持。【方法】以木薯品种新选048为材料,利用正交试验设计对DNA模板量、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶量等因素进行优化,确定木薯最佳S... 【目的】优化木薯SCoT-PCR反应体系并进行SCoT引物筛选,为木薯辅助育种提供技术支持。【方法】以木薯品种新选048为材料,利用正交试验设计对DNA模板量、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶量等因素进行优化,确定木薯最佳SCoT-PCR反应体系,并用其进行SCoT引物筛选。【结果】木薯最佳SCoT-PCR反应体系(20.0μL):模板DNA 60 ng,引物浓度0.30μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg^(2+)1.50 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L。利用该体系筛选出19条SCoT引物,能稳定扩增出数量多、清晰可辨且多态性丰富的条带。【结论】优化的木薯SCoT-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,且筛选出的19条引物均适用于木薯遗传多样性分析。 展开更多
关键词 木薯 SCoT-PCR反应体系 正交试验设计 引物筛选
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长春花ISSR-PCR反应体系的正交优化 被引量:7
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作者 刘峰 顾志敏 +2 位作者 陈析丰 金杨 马伯军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第5期2261-2263,2267,共4页
[目的]筛选最适的长春花ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验方法,对影响长春花ISSR-PCR反应体系的引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶浓度和模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行正交试验,建立适合长春花ISSR-PCR的反应体系。... [目的]筛选最适的长春花ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验方法,对影响长春花ISSR-PCR反应体系的引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶浓度和模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行正交试验,建立适合长春花ISSR-PCR的反应体系。[结果]长春花ISSR-PCR反应体系的最佳条件:引物浓度0.50μmol/L,dNTP浓度0.10 mmol/L,Mg2+浓度3.00 mmol/L,Taq酶浓度0.75U/25μl,DNA模板浓度350 ng/25μl。采用该反应体系筛选出12对适合于长春花ISSR-PCR反应的引物。[结论]利用优化系统进行长春花的ISSR-PCR反应,可获得稳定性高、重复性好、背景清晰的电泳结果。 展开更多
关键词 长春花 ISSR-PCR 正交设计 引物筛选
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