腐烂茎线虫rDNA-ITS序列分析

利用一对通用引物rDNA1/rDNA2扩增6个腐烂茎线虫供试群体的rDNA-ITS区域,获得序列长度不等的片段。Des-1、Des-2和Des-3群体扩增片断长度均为1130bp。而Des-5、Des-6和Des-7群体的扩增片段长度均为942bp,与以上群体相比,在ITS区具有一个188bp的缺失片段。序列比对后确定缺失片段位于ITS1区,而且该片段含有多个可重复小片段,这可能是造成碱基缺失的原因。根据遗传进化分析可将供试线虫分为两个大的群体。

危害马铃薯的茎线虫分离鉴定

本文对采自河北张家口市察北区、危害马铃薯的线虫(编号De-Chabei)进行了形态及分子生物学鉴定,形态测量结果表明其与马铃薯腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor Thorne)一致,采用通用引物rDNA1/rDNA2扩增rD-NA-ITS区的长度为1130bp,测序比对以及采用马铃薯茎线虫B型特异性引物DdL1/DdL2扩增得到485bp特异性片段,表明与B型或L型马铃薯腐烂茎线虫一致;再次证明该型线虫在河北马铃薯主产区的分布和危害。

腐烂茎线虫热激蛋白新基因的克隆与序列分析

热激蛋白90基因(heat shock protein 90genes,hsp90s)是与生物发育、生物防御反应以及生物抗环境胁迫等相关的多功能基因。本试验以RT-PCR结合RACE方法从腐烂茎线虫Ditylenchus destructor中克隆出1个hsp90,命名为Dd-hsp90-1,基因登录号为HQ901595。Dd-hsp90-1cDNA全长序列含有1个2 160bp的开放性阅读框(ORF),编码719个氨基酸残基,其5′末端和3′末端分别含有70bp和117bp的非编码区(UTR)。Dd-hsp90-1内含子外显子结构分析结果表明,其基因组序列包含9个内含子,且各内含子两端剪接位点序列遵守GT/AG规则。Dd-hsp90-1基因的推定蛋白Dd-HSP90-1分子质量约为82.79ku。该基因为单拷贝基因,并且与其他热激蛋白90基因高度同源。Dd-HSP90-1具有热激蛋白90家族保守的序列和基系。此外,该基因还具有胞质型热激蛋白90的5个特征序列和特异MEEVD基系,这表明Dd-hsp90-1为胞质型热激蛋白90。系统进化分析结果显示,Dd-hsp90-1与松材线虫热激蛋白90基因(GenBank登录号ACY01918)亲缘关系最近,氨基酸序列一致性达到86.65%。同时,热激蛋白90基因的系统进化分析结果也体现了植物寄生线虫之间的取食行为差异。

马铃薯腐烂茎线虫28S rDNA-D2/D3区序列分析

我国危害甘薯的马铃薯腐烂茎线虫rDNA-ITS基因片段长度存在A型(900bp)和B型(1100bp)2个类型,A型腐烂茎线虫群体的ITS片段比B型群体少200bp。为了进一步研究这2种类型群体的发育关系,本文用线虫通用引物D2A和D3B对来自国内的21个马铃薯腐烂茎线虫群体和1个韩国的马铃薯腐烂茎线虫28SrDNA-D2/D3区进行了PCR扩增,均产生大小一致的片段,长度约为780bp,克隆、测序后用DNAMAN5.2软件和MEGA4软件进行分析比对,结果表明我国21个马铃薯腐烂茎线虫群体28SrDNA-D2/D3区只有20余个碱基的差异,相似率达97.2%。基于UPGMA构建的系统发育树很好地区分了马铃薯腐烂茎线虫A型和B型群体,展现出了群体的来源及发育关系。