DiversiLab系统在食源性致病菌基因分型中的应用

食源性致病菌所引起的食源性疾病已成为世界性的公共卫生问题。据美国疾病控制与预防中心（Centers for Disease Control and Prevention,CDC）报道,美国每年约发生4800万起食源性中毒事件,其中有940万起是由致病菌造成的[1]。据不完全统计,我国食源性疾病暴发年均数10万起,年发病人数超过1亿人次,

DiversiLab系统沙门氏菌分子分型评价

目的:评价DiversiLab(DVL)系统对沙门氏菌(SA)的分型能力。方法:用rep-PCR技术为原理的DVL系统对进出口食品中分离的44株SA进行分子分型,并与脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果比较,探讨DVL对SA的种群分类能力和分辨率。结果:44株SA经rep-PCR分型分成22个群,分离自不同国家、不同食品中的相同血清型SA分布在同一个群,而且菌株之间相似性非常高。在rep-PCR结果中分在同一个群中的SA,在PFGE结果中除SA2和SA15外,其他菌株之间相关性较低。结论:DVL在SA的种群的分类能力上优于PFGE,但分辨率低于PFGE。

汉坦病毒系统发生分析及其基因分型的研究

目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生树。用M+S、M、G1、以及G2的2003-2302片段以NJ法构建的系统发生树将所选25株病毒分为5个分支,分别对应于HTN、SEO、DOB、PUU血清型及引起HPS的Sin Nombre血清族。但用G2区的2741-2950片段构建的系统发生树将DOB型与HTN型分为一支。以MP法用M、M+S及G1片段构建的发生树,结果与NJ法相同,但用S与G2的2003-2302、2741-2950片段构建的系统发生树则不能将所有的病毒株分在相应的血清型。因此,汉坦病毒的基因分型及系统发生分析时,NJ法优于MP法;用M片段的G1核苷酸序列可以替代M与S片段全序列进行基因分型及系统发生分析。

人类血小板抗原HPA-15系统PCR-SSP基因分型技术的建立

本研究目的是采用PCR-SSP技术建立人类血小板抗原HPA-15系统的基因分型方法,并应用于血小板供者库的HPA基因定型。采用第11届国际输血协会(ISBT)血小板血清学与基因分型协作组推荐的序列特异性引物,调节引物浓度、Mg2+离子浓度和探索最佳PCR扩增条件,建立HPA-15系统基因分型技术。该分型技术的准确性和可靠性,采用第11届ISBT血小板协作组提供的质控样本进行验证,同时采用本研究合成的引物及商品化试剂盒,对50名随机的汉族血小板捐献者进行HPA-15系统基因分型,作为平行对照。应用本研究的方法,对第11届ISBT送检的10份考核样本进行基因分型。结果表明:基因分型结果与ISBT公布的结果完全一致。50名随机的血小板志愿捐献者,经本研究的方法及美国G&T公司的试剂检测,基因分型的结果相符合;观察到的基因频率:HPA-15a和-15b分别为0.5100和0.4900。结论:本研究建立的HPA基因分型技术具有简便、快速、准确的特点,适合于常规HPA基因分型,具有广泛的应用前景。

应用DiversiLab分型系统对奶制品中的阪崎肠杆菌进行同源性分析

为研究奶制品污染中阪崎肠杆菌的同源性关系,并建立起阪崎肠杆菌基于重复序列的分型技术。对2005-2006年福建省出入境检验检疫局从各类奶制品中分离出的阪崎肠杆菌先进行API鉴定,然后进行DiversiLab分型。其中DiversiLab分型包括:DNA提取,rep-PCR和微电泳芯片分离检测。rep-PCR条件为:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,70℃延伸90 s,35个循环;最后70℃延伸3 min。结果表明:31株阪崎肠杆菌被API分成了5种不同的生物型,DiversiLab分型能将阪崎肠杆菌分为不同的亚型,但它们之间没有必然的联系。部分同一企业来源的菌株具有同源性,样品的同源性与采样地无关。DiversiLab分型系统是一种快速,高效,易于操作,高重复性,高分辨率的基因分型方法,可作为食源性污染的同源性分型工具。

男性泌尿系统感染产超广谱β-内酰胺酶和AmpC酶的大肠埃希菌基因分型研究

目的：了解本院男性泌尿系感染产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）和AmpC酶大肠埃希菌（E．coli）的基因型分布。方法：收集2004年1月～2005年6月本院临床分离的尿培养阳性大肠埃希菌共187株，用CLSI／NCCLS推荐的纸片扩散法（包括筛选和确认实验）进行耐药表型检测，三维酶试验检测ESBLs和AmpC酶，PCR扩增质粒型ESBLs和ampC基因，肉汤交配法检测质粒型ampC基因的接合传递性。结果：产ESBLs大肠埃希菌检出率为24．6％（46／187）。在三维试验中，46株均产分解头孢三嗪（CRO）的β-内酰胺酶，其中3株产ESBLs和AmpC两种酶，其余43株单产ESBLs酶。在PCR扩增试验中，44株扩增出ESBLs基因blaTEM、blaCTX-M、blaOXA3型中的1型或1型以上基因片段，未扩增出blaSHV型基因片段；3株扩增出质粒介导的ampC基因，2株为CIT型，1株为DHA型。携带质粒型ampC基因的菌株均将耐药性传递给受体菌。结论：南京地区男性泌尿系感染产ESBLs大肠埃希菌以CTX-M型为主；质粒介导AmpC酶已在大肠埃希菌中出现，其耐药性能够水平传播，给临床抗感染治疗带来严重威胁。

系统性红斑狼疮中医辨证与人类白细胞抗原-DQ基因分型的相关性研究

目的:探讨系统性红斑狼疮(SLE)中医基本证型与人类白细胞抗原(HLA)-DQ基因分型的相关性。方法:以广东籍健康者及SLE患者全血为研究标本,DNA的提取用快速盐析法,HLA-DQ基因分型用序列特异性引物(SSP)法。结果:SLE患者组中DQA1*0101的检出率明显高于正常组,DQA1*0302、DQB1*0301的检出率明显低于正常组;阴虚内热型的DQA1*0501基因频率、脾肾阳虚型及阴虚内热型的DQAl*0101基因频率高于其他各型(P<0.05);其他等位基因在各型间比较无统汁学意义(P>0.05)。结论:广东籍汉族SLE患者中,疾病的易感基因表现为DQA1* 0101,而疾病的保护性基因在本研究中表现为DQAl*0302、DQB1 * 0301;中医证型有一定的遗传倾向,与HLA-DQ基因有一定的内在联系。本研究提示DQA1*0101与脾肾阳虚及阴虚内热相关连,提示阴虚内热、脾肾阳虚型体质是广东籍SLE患者的易感体质,广东籍汉族人SLE患者阴虚内热体质还与DQA1* 0501基因相关连,说明中医证型不是与单一的基因相关连,可能与一组或多组基因群关系更为密切。

中国汉族人群ABO血型系统基因分型研究与应用

目的 研究中国汉族人群ABO基因多态性,并将基因分型技术用于解决临床输注中血型血清学难题。方法 快速盐析法提取外周血中的DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)基因方法对ABO血型定型,并且在吸收放散试验、唾液血型物质凝集抑制等血清学试验基础上,用PCR-SSP法扩增疑难ABO血型的等位基因。结果 在中国汉族符合Hardy-Weinberg平衡的随机群体(260人)中,检出O1、B、A101(A267_C)和A102/103(A467_r)四种等位基因,其基因频率分别为0.5827、0.18460.0096、0.2231。在疑难血型鉴定中6份血清学定为A2的标本中,只有2例基因分型确定为A20101,其余均为A102/A10301型,在一家系疑难血型鉴定中,兄弟三人均为类孟买型,ABO基因分型分别为A_(102)B、A_(102)B、A_(102)O_1。结论 ABO RCR-SSP基因分型是一种方便、快速、可靠的技术,与血型血清学相比有着显著优势。研究发现中国汉族人群A2等位基因构成与国际报道的基因构成存在差异。

一例抗-Dia合并抗-Wra的疑难标本鉴定及基因分型检测

目的1例产生抗-Di^(a)联合抗-Wr^(a)的患者血样,结合血清学检测及基因检测分析,探讨Diego血型基因筛查的意义。方法采用血型血清学试验进行血型鉴定、抗体筛选鉴定、抗体效价测定及交叉配血;对患者血样进行DNA提取,并PCR扩增、直接测序法检测Diego血型基因。结果患者血清中存在抗-Di^(a)(IgG效价16)合并抗-Wr^(a)(IgG效价2);直接测序结果显示患者Diego血型基因型为Di(a-b+)/Wr(a-b+);选择Di^(a)和Wr^(a)抗原阴性献血者血液与患者血样进行交叉配血,配血相合。结论对低频抗体检测可将基因分型与血型血清学实验相结合,有利于商品化血型抗体稀缺情况下的血型鉴定与血液选择,保障临床供血及输血安全。

优化的多重扩增阻滞突变系统-PCR对载脂蛋白E基因的简易分型

目的通过改进和优化多重扩增阻滞突变系统-PCR(multi-ARMS-PCR)条件,建立载脂蛋白E(ApoE)基因的简易分型方法。方法基于multi-ARMS-PCR的原理和特点,针对文献报道方法中存在的缺陷和错误,重新设计或改进引物。以外周血白细胞基因组DNA为模板,应用4个等位基因特异性寡核酸上游引物、1个通用下游引物和一对内参引物,分A,B两个管同步进行多重PCR反应。PCR扩增产物经过琼脂糖凝胶电泳分离-EB染色,根据电泳带型的差异,实现对ApoE 6种基因型的判定。结果新引物显著提高了扩增效率和反应特异性,排除了非特异条带的干扰,减少了ApoE基因分型的错判。结论采用优化后的multi-ARMS-PCR方法对ApoE基因型进行鉴定,具有操作简便、时间短、效率高、成本低的优点,值得推广。

肿瘤基因标志物在造血系统肿瘤诊断和分型中的应用

目前许多肿瘤基因标记物已被发现 ,在基因水平精确地对肿瘤进行诊断和分型是将来肿瘤诊断学发展的趋势。它已应用于日常的肿瘤诊断、筛选、治疗效果的判断及预后复发的判断。淋巴造血系统肿瘤常可检测到抗原受体基因克隆性重排和细胞染色体易位导致融合基因的异常表达。利用特异的基因标记 ,能使淋巴系统肿瘤得以准确分型。

扩增阻滞突变系统用于ABO血型基因分型研究

目的建立一种快速、低成本的ABO血型基因分型方法。方法设计6对引物,建立扩增阻滞突变系统(ARMS),对30例中国汉族无关个体外周血样本的ABO基因型进行鉴定,并与血清学方法和直接测序结果进行比较。结果 ARMS技术检测30例样本结果同血清学方法、直接测序结果吻合率达到100%。结论该研究建立的ABO血型基因型鉴定方法可快速检测出28种ABO基因型,具有一定的临床应用价值。

CCA基因分型与系统抗肿瘤研究进展--第一届北京国际胆管细胞癌高峰论坛纪要

第一届北京国际胆管细胞癌（cholangiocarcinoma,CCA）高峰论坛于2017年9月23日在北京市隆重召开。本届论坛分设＂临床医学＂＂转化医学＂＂新技术交流＂和＂临床思维能力训练营＂四个专题,就CCA临床及基础研究领域的最新进展、热点方向、研究模式、学科间合作等方面展开交流,旨在进一步整合优势资源,促进多学科融合发展,

青海牧区犊牛腹泻大肠埃希氏菌毒力基因及血清型分布特征研究

为掌握青海牧区致牦牛腹泻大肠埃希氏菌病的流行特征,以期为牦牛大肠埃希氏菌性腹泻的预防和治疗提供依据,对青海省玉树、果洛、海北地区采集的99份犊牦牛腹泻相关样本进行致病性大肠埃希氏菌的分离培养及O抗原血清分型、毒力基因扩增及小鼠毒性试验等研究。结果显示,分离菌株主要携带F17、ompA、fimC、espA、HPI、LEE、VT1、SLT2等毒力基因,未检出K88、K99、LT1等毒力基因,小鼠最低致死剂量为2.5×10^(9)CFU/mL,优势血清型为O25、O55和O107,分别占定型血清的25.40%、14.29%和19.05%,系统主要发育群为B1群。研究结果将为后续青海地区致犊牦牛腹泻大肠杆菌病的治疗、发病机制探讨及疫苗研制提供支撑。

四川地区无关供血者Rh血型系统基因分型及结果分析

目的探讨人类红细胞Rh血型基因在四川地区汉族人群中的分布频率以及与Rh血清学表型之间的关系。方法采用PCR-SSP技术对随机选取的200名四川地区汉族无关供血者进行RHD基因和RHCE基因检测。同时,采用常规血清学技术检测RhD、C、c、E、e抗原表现型。结果共检出RhD阳性198例,RhD阴性2例。C基因频率为0.675,c基因频率为0.325,E基因频率为0.2475,e基因频率为0.7525。RHC/c、RHE定型结果与血清学一致;1例表现型为Ccee RhD阴性样本带有RHD基因外显子10和内含子10;7例RHe基因与血清学结果不相符,均出现基因检测阳性,而无相应的表现型。结论使用PCR-SSP技术能够准确对红细胞Rh血型系统基因分型。200份样本中,RHC/c、RHE基因定型可获得与血清学表现型完全一致结果;1例表型为dCcee个体,为RhD抗原阴性带有不完整的RHD基因外显子,揭示RHD基因多态性;3.5((7/200)样本RHe基因阳性而未见相应的抗原表达,提示可能遇到罕见的RHCE单体型或是新的RHe基因。

基于主判别变量法的近红外光谱STR基因分型专家系统

基于近红外光谱结合主判别变量算法对短串联重复序列(STR)基因分型专家系统进行研究。选择STR基因座D16S539中6种总核心重复串数不同且出现频率较高的基因型9-9、9-11、9-12、10-10、10-11和11-11作为研究对象。6种基因型样本分别通过两次聚合酶链反应(PCR)平行扩增,以扩增产物的近红外光谱作为判别变量建立判别模型。最后,基于该基因座6种基因型的总核心重复序列数的差异来构建其基因分型专家系统。结果表明:方法适用于不同差异程度的基因型分型,预测准确率高且稳健性好,这为建立其他基因座的分型专家系统提供了可行性。

新乡地区献血者HPA1-18系统基因分型研究

目的研究新乡地区固定单采血小板献血者HPA1-18系统基因多态性分布,为输血患者寻找相容性血小板提供可靠依据。方法采用PCR-SSP法对150名固定单采血小板献血者标本进行HPA1-18系统的基因分型。结果HPA1-18系统基因在本地区固定献血者中分布频率分别为HPA-1a 0.990和-1b 0.010,HPA-2a 0.947和-2b 0.053,HPA-3a 0.376和-3b 0.624,HPA-15a 0.476和-15b 0.524;其余HPA系统只检测到a等位基因,故其基因频率均为1.000。结论HPA-2、3、15系统杂合度较高,抗原分布不配合率相对高,在临床配合性血小板输注中必须加以重视。